BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114A18
Chromosome3 (Build37)
Map Location 55,264,483 - 55,442,202
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDclk1
Upstream geneLOC100039951, LOC434807, B020017C02Rik, D3Ertd300e, Exosc8, Alg5, Smad9, Rfxap, LOC545524, 6030405A18Rik, Ccna1, 4931419H13Rik, Spg20, A730037C10Rik, Sohlh2
Downstream geneMab21l1, 4933417G07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114A18.bB6Ng01-114A18.g
ACCDH919672DH919673
length1,051962
definitionDH919672|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114A18, 5' end.DH919673|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114A18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,441,145 - 55,442,202)(55,264,483 - 55,265,446)
sequence
gaattccagactctaaaggatcagggtacctgctcatgctgcaggttgaa
tggttctgttcattagtgcattttatattgctgataccattgttattctt
tcacatggcactgtacataggaaatcatcctggaggtttacactaggtcc
ctggctagataccagacttgtagggacatgagggacaggtgctttcatct
gaaacagccttacacaaattctgaaactaatttggaagtgataaaaatta
atttgcgcactttaattggaagcagctcctgcatgaaagaacgcagagca
gagcaggcaatctgtgctaggagctgattgaattttttgtcaggtaggtg
tcttggacttggccgcttatcctctagagcccttctttgcaatatattac
agcccatctctgactggtgagctttaaccagatcaatgctattcctgtgg
aatccccagggcacaactttcattgatcttgggacttgacagctctcatt
acgtgctgtagcttccaacaagatagtcacaagaggagcgagttaacatc
gttgtgtcttcagtagaccccgaaaatgcattaggaactcagctcaagac
caaatctgctttaaagaatgtgatttaaatgtttattttgagtgatacat
acatatgaaaatttaaaaaccatagcaatagaaaatcctggaaggggatt
tagtgctcatctttcaaattgaatctaccagtatccactgagatggttat
acgctattctccttcagttttaaacccagatctctatgctcatgtataga
cactatgcagactgggaaaggagaaggctgaaaagacagtcctagctgtg
cacatgcaccttctctgggcacctattgttttggactcagccttggacac
tgactcttctatcagctgcagcctttagccaaacatcttccagtctgact
tgagctctttgttagtctctatctaagacattcctcagcctccactaacc
acacagtgtataggagctgggatatgacagagactgaccagaggcatgtg
t
gaattctttcgggcatcagtggcactcccttgaccaacagctcctgggga
agactctatcagcagtacttttgtagcttccggaaggagcactctcccct
cccatgacctttttatcttagctcgttaaaaattatattttaattaacct
ataaaacaggtttccatatgatttatttcacacgtccttagtgatgttta
tccctccctgtaagctctctcaaatccttctgcactgtaaactttctccc
tcttggatccactccccaccccctttcgtggtctactcccttctttcttc
ctttaaacatagtatctggtcatatcagggacatagtgaaatatttactc
agtgaaaatgagaagcactttatgtctcagttagtcttgctttaagatgt
gtctaatatctttccagcttcacaggtgaaaatatttacttggtgcctgg
catctgagacatacacccacacacacacacacacacacacacacacacac
acctgcattcttcattgtgcacacagaatctaaggtcatttagaagcaat
gaattagtgggcgctttgatgataatttaataaaaggtgccctttagcca
accactaggtgcagcaactcttctcttggtaggtatggattctgcatcta
caacaatgctgaaatcttctgtttcctagtctagcccttcccttagagac
cactggctgggaagtccagtgcagtaagccatgaacaatgagacccatca
aataaagacagcccagtagcatgcaagcaaattaaaacgctcacagcttg
ctgttgtgccacgcaaaacatcagtaaataaaccccctcccaagttttta
aagaaatagttatcaatatacttcaaaggaaaaactaccaattagtacag
tatgtggcattttaaagatctttggagtagtgacaaatgtgtcaggagtc
tctccccccccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_55441145_55442202
seq2: B6Ng01-114A18.b_45_1095 (reverse)

seq1  ACACATTGCCTCTGGTCAGTCTCTGTTCATATCCCAGCTCCTATTACACT  50
      ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACACA-TGCCTCTGGTCAGTCTCTG-TCATATCCCAGCTCCTA-TACACT  47

seq1  GTTGTTGGTTAGTGGAGGCTGAGGAATGTCTTTAGATAAGAGACTAACAA  100
      ||   ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  GT--GTGGTTAGTGGAGGCTGAGGAATGTC-TTAGAT-AGAGACTAACAA  93

seq1  AGAGCTCAAGTCAGACTGGAAGATGTTTGGCTAAAGGCTGCAGCTGATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCAAGTCAGACTGGAAGATGTTTGGCTAAAGGCTGCAGCTGATAG  143

seq1  AAGAGTCAGTGTCCAAGGCTGAGTCCAAAACAATAGGTGCCCAGAGAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTCAGTGTCCAAGGCTGAGTCCAAAACAATAGGTGCCCAGAGAAGG  193

seq1  TGCATGTGCACAGCTAGGACTGTCTTTTCAGCCTTCTCCTTTCCCAGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTGCACAGCTAGGACTGTCTTTTCAGCCTTCTCCTTTCCCAGTCT  243

seq1  GCATAGTGTCTATACATGAGCATAGAGATCTGGGTTTAAAACTGAAGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGTGTCTATACATGAGCATAGAGATCTGGGTTTAAAACTGAAGGAG  293

seq1  AATAGCGTATAACCATCTCAGTGGATACTGGTAGATTCAATTTGAAAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCGTATAACCATCTCAGTGGATACTGGTAGATTCAATTTGAAAGAT  343

seq1  GAGCACTAAATCCCCTTCCAGGATTTTCTATTGCTATGGTTTTTAAATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTAAATCCCCTTCCAGGATTTTCTATTGCTATGGTTTTTAAATTT  393

seq1  TCATATGTATGTATCACTCAAAATAAACATTTAAATCACATTCTTTAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATGTATGTATCACTCAAAATAAACATTTAAATCACATTCTTTAAAG  443

seq1  CAGATTTGGTCTTGAGCTGAGTTCCTAATGCATTTTCGGGGTCTACTGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTTGGTCTTGAGCTGAGTTCCTAATGCATTTTCGGGGTCTACTGAA  493

seq1  GACACAACGATGTTAACTCGCTCCTCTTGTGACTATCTTGTTGGAAGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAACGATGTTAACTCGCTCCTCTTGTGACTATCTTGTTGGAAGCTA  543

seq1  CAGCACGTAATGAGAGCTGTCAAGTCCCAAGATCAATGAAAGTTGTGCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACGTAATGAGAGCTGTCAAGTCCCAAGATCAATGAAAGTTGTGCCC  593

seq1  TGGGGATTCCACAGGAATAGCATTGATCTGGTTAAAGCTCACCAGTCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGATTCCACAGGAATAGCATTGATCTGGTTAAAGCTCACCAGTCAGA  643

seq1  GATGGGCTGTAATATATTGCAAAGAAGGGCTCTAGAGGATAAGCGGCCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGCTGTAATATATTGCAAAGAAGGGCTCTAGAGGATAAGCGGCCAA  693

seq1  GTCCAAGACACCTACCTGACAAAAAATTCAATCAGCTCCTAGCACAGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAGACACCTACCTGACAAAAAATTCAATCAGCTCCTAGCACAGATT  743

seq1  GCCTGCTCTGCTCTGCGTTCTTTCATGCAGGAGCTGCTTCCAATTAAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCTCTGCTCTGCGTTCTTTCATGCAGGAGCTGCTTCCAATTAAAGT  793

seq1  GCGCAAATTAATTTTTATCACTTCCAAATTAGTTTCAGAATTTGTGTAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCAAATTAATTTTTATCACTTCCAAATTAGTTTCAGAATTTGTGTAAG  843

seq1  GCTGTTTCAGATGAAAGCACCTGTCCCTCATGTCCCTACAAGTCTGGTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTCAGATGAAAGCACCTGTCCCTCATGTCCCTACAAGTCTGGTAT  893

seq1  CTAGCCAGGGACCTAGTGTAAACCTCCAGGATGATTTCCTATGTACAGTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCAGGGACCTAGTGTAAACCTCCAGGATGATTTCCTATGTACAGTG  943

seq1  CCATGTGAAAGAATAACAATGGTATCAGCAATATAAAATGCACTAATGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTGAAAGAATAACAATGGTATCAGCAATATAAAATGCACTAATGAA  993

seq1  CAGAACCATTCAACCTGCAGCATGAGCAGGTACCCTGATCCTTTAGAGTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACCATTCAACCTGCAGCATGAGCAGGTACCCTGATCCTTTAGAGTC  1043

seq1  TGGAATTC  1058
      ||||||||
seq2  TGGAATTC  1051

seq1: chr3_55264483_55265446
seq2: B6Ng01-114A18.g_65_1026

seq1  GAATTCTTTCGGGCATCAGTGGCACTCCCTTGACCAACAGCTCCTGGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCGGGCATCAGTGGCACTCCCTTGACCAACAGCTCCTGGGGA  50

seq1  AGACTCTATCAGCAGTACTTTTGTAGCTTCCGGAAGGAGCACTCTCCCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTATCAGCAGTACTTTTGTAGCTTCCGGAAGGAGCACTCTCCCCT  100

seq1  CCCATGACCTTTTTATCTTAGCTCGTTAAAAATTATATTTTAATTAACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGACCTTTTTATCTTAGCTCGTTAAAAATTATATTTTAATTAACCT  150

seq1  ATAAAACAGGTTTCCATATGATTTATTTCACACGTCCTTAGTGATGTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACAGGTTTCCATATGATTTATTTCACACGTCCTTAGTGATGTTTA  200

seq1  TCCCTCCCTGTAAGCTCTCTCAAATCCTTCTGCACTGTAAACTTTCTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCCTGTAAGCTCTCTCAAATCCTTCTGCACTGTAAACTTTCTCCC  250

seq1  TCTTGGATCCACTCCCCACCCCCTTTCGTGGTCTACTCCCTTCTTTCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGATCCACTCCCCACCCCCTTTCGTGGTCTACTCCCTTCTTTCTTC  300

seq1  CTTTAAACATAGTATCTGGTCATATCAGGGACATAGTGAAATATTTACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAACATAGTATCTGGTCATATCAGGGACATAGTGAAATATTTACTC  350

seq1  AGTGAAAATGAGAAGCACTTTATGTCTCAGTTAGTCTTGCTTTAAGATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAAATGAGAAGCACTTTATGTCTCAGTTAGTCTTGCTTTAAGATGT  400

seq1  GTCTAATATCTTTCCAGCTTCACAGGTGAAAATATTTACTTGGTGCCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAATATCTTTCCAGCTTCACAGGTGAAAATATTTACTTGGTGCCTGG  450

seq1  CATCTGAGACATACACCCACACACACACACACACACACACACACACACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGAGACATACACCCACACACACACACACACACACACACACACACAC  500

seq1  ACCTGCATTCTTCATTGTGCACACAGAATCTAAGGTCATTTAGAAGCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCATTCTTCATTGTGCACACAGAATCTAAGGTCATTTAGAAGCAAT  550

seq1  GAATTAGTGGGCGCTTTGATGATAATTTAATAAAAGGTGCCCTTTAGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAGTGGGCGCTTTGATGATAATTTAATAAAAGGTGCCCTTTAGCCA  600

seq1  ACCACTAGGTGCAGCAACTCTTCTCTTGGTAGGTATGGATTCTGCATCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTAGGTGCAGCAACTCTTCTCTTGGTAGGTATGGATTCTGCATCTA  650

seq1  CAACAATGCTGAAATCTTCTGTTTCCTAGTCTAGCCCTTCCCTTAGAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAATGCTGAAATCTTCTGTTTCCTAGTCTAGCCCTTCCCTTAGAGAC  700

seq1  CACTGGCTGGGAAGTCCAGTGCAGTAAGCCATGAACAATGAGACCCATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGCTGGGAAGTCCAGTGCAGTAAGCCATGAACAATGAGACCCATCA  750

seq1  AATAAAGACAGCCCAGTAGCATGCAAGCAAATTAAAACGCTCACAGCTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGACAGCCCAGTAGCATGCAAGCAAATTAAAACGCTCACAGCTTG  800

seq1  CTGTTGTGCCACGCAAAACATCAGTAAATAAACCCCCTCCCAAGTTTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTGCCACGCAAAACATCAGTAAATAAACCCCCTCCCAAGTTTTTA  850

seq1  AAGAAATAGTTATCAATATACTTCAAAGGAAAAACTACCAATTAGTACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATAGTTATCAATATACTTCAAAGGAAAAACTACCAATTAGTACAG  900

seq1  TATGTGGCATTTTAAAGATCTTTGGAGTAGTGACAAAAGGTGTCAAGGAG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||
seq2  TATGTGGCATTTTAAAGATCTTTGGAGTAGTGAC-AAATGTGTC-AGGAG  948

seq1  TCTCTCCCCCCCCC  964
      ||||||||||||||
seq2  TCTCTCCCCCCCCC  962