BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115F05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 11,040,974 - 11,165,127
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041480, Pmp2, Fabp9, Fabp4, 1700008G05Rik, Impa1, Slc10a5, Zfand1, Chmp4c, Snx16, LOC670564, LOC383826, EG667978
Downstream geneLOC667999
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115F05.bB6Ng01-115F05.g
ACCDH920619DH920620
length7461,122
definitionDH920619|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115F05, 5' end.DH920620|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115F05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,040,974 - 11,041,719)(11,163,973 - 11,165,127)
sequence
gaattctctagccacctatagatttgtctacatggacataaatttaactg
tcattttggcattaaactaacaaaaacagagctgtgatactgcttcctgg
ttgtgttttattgagaatattgaaacagtttactggtgttcgttttacca
catcttctctatggctacaggttgtagcccagagacaccaattattaatt
tctgtattgctttctagttgctatgataaaatacaggcaagctagtgaag
acaaaatttattttggcttacagttccagcgggtatacatcccagtatgg
aagtcaggaagaaacctcattatgcttcctctgcaaacaagaagcatcaa
caggaggaagtggggctgggctaccaaacctcaaagtctgctgtagctca
aatttctcctctggtaagattatacctcctaaaggttccaggtcaactag
gtacaaagtattcgaagacatgagcttatggaatcttattcaaatcattg
caggtgtaatactaagtgaaaaccttgagtattcctgtatagcaaatcaa
attgtctatcacaaacccaaaatgtctaagcaagttatataataagtgtt
tttgaatcataattaaatcaagtatctttaagtcctaagaatatgaaata
attatatatgtgtgtatgtgtttgtatatatatatgtatatatgtatata
tatacatgtgtatatgtgtgtatatatgtatatgtgtatatatata
gaattcttagctcctttaataccatgtctacctggatgctgccatgcttc
ccatcataatgataatggacataacctctgaaatggtaagccagccaaat
taaatgtttgtctttataagaattgctgtggttattgtgtctcttcacag
caataaaaccctaactaattagacagccattctatttggggaaatctatg
gaccatggatgagggggccagactcttagctttgtttatatgttactgtg
agcaattttcctaagaattctgaacttccatttaatcatctggggaaatg
tgagactaaaacagtttctgagggctgcttaaacttcaaaaactgtgata
attttttttgagatgttacaaatctcatgattataaataggaaagtttat
taatttttttttacttacatttgttgcttattactattagggagactatt
gaaatatgtggcttaagttagtgcggaacaacagaacacagttcctgtca
taaatctgacaagaagtctttctttctctgtgctgaattttcaactgacc
tgtgacgtcttcttctggacttgggatctgaggacttaaaagaatgggac
aaattacagtctaatgctgtagaaaatcttacttcagtcttcgtttattt
tcatatgcaagtgaaacaaagaaatcaatgatttaagaaaggttgtttga
gttcagaaaaacatgtaaataaatgccagtaagcaaatactaaatattaa
cacagtacccctttcccaggactttctcagaatagaccaatttaaacaca
atcacctggcacttactatagattatatctgggaaagcatgaaagcgagg
cagaagccatatccagattcaggctacactggcaagattgggttctatag
ctatgttctgatatccaacaagaataaacatgtcttctaagttgatataa
atatgtgtcacaggagggacatatcagtctatacatctagggacaaatgt
acctgagtaaactctctgcctttccttgatcctctctacagttcccagca
tgtcagcatgatcatcttagctgctccaagatcatctacctaattatgca
cccaggttcactttagtaagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_11040974_11041719
seq2: B6Ng01-115F05.b_44_789

seq1  GAATTCTCTAGCCACCTATAGATTTGTCTACATGGACATAAATTTAACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAGCCACCTATAGATTTGTCTACATGGACATAAATTTAACTG  50

seq1  TCATTTTGGCATTAAACTAACAAAAACAGAGCTGTGATACTGCTTCCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTGGCATTAAACTAACAAAAACAGAGCTGTGATACTGCTTCCTGG  100

seq1  TTGTGTTTTATTGAGAATATTGAAACAGTTTACTGGTGTTCGTTTTACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTTTATTGAGAATATTGAAACAGTTTACTGGTGTTCGTTTTACCA  150

seq1  CATCTTCTCTATGGCTACAGGTTGTAGCCCAGAGACACCAATTATTAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTCTCTATGGCTACAGGTTGTAGCCCAGAGACACCAATTATTAATT  200

seq1  TCTGTATTGCTTTCTAGTTGCTATGATAAAATACAGGCAAGCTAGTGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATTGCTTTCTAGTTGCTATGATAAAATACAGGCAAGCTAGTGAAG  250

seq1  ACAAAATTTATTTTGGCTTACAGTTCCAGCGGGTATACATCCCAGTATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATTTATTTTGGCTTACAGTTCCAGCGGGTATACATCCCAGTATGG  300

seq1  AAGTCAGGAAGAAACCTCATTATGCTTCCTCTGCAAACAAGAAGCATCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGGAAGAAACCTCATTATGCTTCCTCTGCAAACAAGAAGCATCAA  350

seq1  CAGGAGGAAGTGGGGCTGGGCTACCAAACCTCAAAGTCTGCTGTAGCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGAAGTGGGGCTGGGCTACCAAACCTCAAAGTCTGCTGTAGCTCA  400

seq1  AATTTCTCCTCTGGTAAGATTATACCTCCTAAAGGTTCCAGGTCAACTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCTCCTCTGGTAAGATTATACCTCCTAAAGGTTCCAGGTCAACTAG  450

seq1  GTACAAAGTATTCGAAGACATGAGCTTATGGAATCTTATTCAAATCATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAAAGTATTCGAAGACATGAGCTTATGGAATCTTATTCAAATCATTG  500

seq1  CAGGTGTAATACTAAGTGAAAACCTTGAGTATTCCTGTATAGCAAATCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGTAATACTAAGTGAAAACCTTGAGTATTCCTGTATAGCAAATCAA  550

seq1  ATTGTCTATCACAAACCCAAAATGTCTAAGCAAGTTATATAATAAGTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCTATCACAAACCCAAAATGTCTAAGCAAGTTATATAATAAGTGTT  600

seq1  TTTGAATCATAATTAAATCAAGTATCTTTAAGTCCTAAGAATATGAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATCATAATTAAATCAAGTATCTTTAAGTCCTAAGAATATGAAATA  650

seq1  ATTATATATGTGTGTATGTGTTTGTATATATATATGTATATATGTATATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATATGTGTGTATGTGTTTGTATATATATATGTATATATGTATATA  700

seq1  TATACATGTGTATATGTGTGTATATATGTATATGTGTATATATATA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATGTGTATATGTGTGTATATATGTATATGTGTATATATATA  746

seq1: chr3_11163973_11165127
seq2: B6Ng01-115F05.g_68_1189 (reverse)

seq1  AGCTTAAACTAAAGTGAAACCTGAGTGCCATAATAGTGTAGAATGATCTT  50
      |||||  ||||||||| |||||| ||| ||||||   |||| |||||| |
seq2  AGCTT--ACTAAAGTG-AACCTGGGTG-CATAATTAGGTAG-ATGATC-T  44

seq1  TGGAGCAGGCTTAAAGGATGATTCATGCTGAACAATGCCTTGGGGGAACT  100
      ||||||| |||   | ||||| |||||||||   ||||     |||||||
seq2  TGGAGCA-GCT---AAGATGA-TCATGCTGA--CATGC----TGGGAACT  83

seq1  GTGAGAGAGGATCAAGGGAAAAGGCAGAGGAGTTTTTACCTCAGGTACAT  150
      || ||||||||||||||  ||||||||| ||||||    |||||||||| 
seq2  GT-AGAGAGGATCAAGG--AAAGGCAGA-GAGTTT---ACTCAGGTACA-  125

seq1  TTTGTCCCCTAGATTGTTATTAGACCTGATATTGTCCCTCCTGTGACACA  200
      ||||| ||||||| |||   |||| |||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTGT-CCCTAGA-TGT--ATAGA-CTGATA-TGTCCCTCCTGTGACACA  169

seq1  TATTTATATTCAACTTAGAAGACATGTTTATTCTTGTTGGATATCAGAAC  250
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATA-TCAACTTAGAAGACATGTTTATTCTTGTTGGATATCAGAAC  218

seq1  ATAGCTATAGAACCCAATCTTGCCAGTGTAGCCTGAATCTGGATATGGCC  300
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATAGCTATAGAACCCAATCTTGCCAGTGTAGCCTGAATCTGGATATGG-C  267

seq1  TTCTGCCTCGCTTTCATGCTTTCCCAGATATAATCTATAGTAAGTGCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCTCGCTTTCATGCTTTCCCAGATATAATCTATAGTAAGTGCCAG  317

seq1  GTGATTGTGTTTAAATTGGTCTATTCTGAGAAAGTCCTGGGAAAGGGGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATTGTGTTTAAATTGGTCTATTCTGAGAAAGTCCTGGGAAAGGGGTA  367

seq1  CTGTGTTAATATTTAGTATTTGCTTACTGGCATTTATTTACATGTTTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTAATATTTAGTATTTGCTTACTGGCATTTATTTACATGTTTTTC  417

seq1  TGAACTCAAACAACCTTTCTTAAATCATTGATTTCTTTGTTTCACTTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCAAACAACCTTTCTTAAATCATTGATTTCTTTGTTTCACTTGCA  467

seq1  TATGAAAATAAACGAAGACTGAAGTAAGATTTTCTACAGCATTAGACTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAATAAACGAAGACTGAAGTAAGATTTTCTACAGCATTAGACTGT  517

seq1  AATTTGTCCCATTCTTTTAAGTCCTCAGATCCCAAGTCCAGAAGAAGACG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGTCCCATTCTTTTAAGTCCTCAGATCCCAAGTCCAGAAGAAGACG  567

seq1  TCACAGGTCAGTTGAAAATTCAGCACAGAGAAAGAAAGACTTCTTGTCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGTCAGTTGAAAATTCAGCACAGAGAAAGAAAGACTTCTTGTCAG  617

seq1  ATTTATGACAGGAACTGTGTTCTGTTGTTCCGCACTAACTTAAGCCACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGACAGGAACTGTGTTCTGTTGTTCCGCACTAACTTAAGCCACAT  667

seq1  ATTTCAATAGTCTCCCTAATAGTAATAAGCAACAAATGTAAGTAAAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAATAGTCTCCCTAATAGTAATAAGCAACAAATGTAAGTAAAAAAA  717

seq1  AATTAATAAACTTTCCTATTTATAATCATGAGATTTGTAACATCTCAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATAAACTTTCCTATTTATAATCATGAGATTTGTAACATCTCAAAA  767

seq1  AAAATTATCACAGTTTTTGAAGTTTAAGCAGCCCTCAGAAACTGTTTTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATCACAGTTTTTGAAGTTTAAGCAGCCCTCAGAAACTGTTTTAG  817

seq1  TCTCACATTTCCCCAGATGATTAAATGGAAGTTCAGAATTCTTAGGAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACATTTCCCCAGATGATTAAATGGAAGTTCAGAATTCTTAGGAAAA  867

seq1  TTGCTCACAGTAACATATAAACAAAGCTAAGAGTCTGGCCCCCTCATCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCACAGTAACATATAAACAAAGCTAAGAGTCTGGCCCCCTCATCCA  917

seq1  TGGTCCATAGATTTCCCCAAATAGAATGGCTGTCTAATTAGTTAGGGTTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCATAGATTTCCCCAAATAGAATGGCTGTCTAATTAGTTAGGGTTT  967

seq1  TATTGCTGTGAAGAGACACAATAACCACAGCAATTCTTATAAAGACAAAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTGTGAAGAGACACAATAACCACAGCAATTCTTATAAAGACAAAC  1017

seq1  ATTTAATTTGGCTGGCTTACCATTTCAGAGGTTATGTCCATTATCATTAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATTTGGCTGGCTTACCATTTCAGAGGTTATGTCCATTATCATTAT  1067

seq1  GATGGGAAGCATGGCAGCATCCAGGTAGACATGGTATTAAAGGAGCTAAG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGAAGCATGGCAGCATCCAGGTAGACATGGTATTAAAGGAGCTAAG  1117

seq1  AATTC  1155
      |||||
seq2  AATTC  1122