BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115J22
Chromosome3 (Build37)
Map Location 79,755,730 - 79,900,789
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100041725, LOC100041766, Rapgef2, LOC100041741, LOC100041793, LOC667613, Ppid, Etfdh, 4930579G24Rik, Rxfp1, Tmem144, 1110032E23Rik
Downstream geneEG626797, Gria2, Glrb, EG626841, Pdgfc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115J22.bB6Ng01-115J22.g
ACCDH920837DH920838
length4731,160
definitionDH920837|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115J22, 5' end.DH920838|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115J22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,755,730 - 79,756,208)(79,899,625 - 79,900,789)
sequence
taatcaataacgtaaaaatctagacatgcaggaagataggatatcttcat
tgtaagcaaaattaatcgtcttgtttgggatcctaagatcatgcctgagg
aaggatctggggccctacccaaggtcaagtacattcagcacttaggcctg
gtgtttaatactgtaatataaaatatctataaatgttagaggaatattaa
atctatgccagcaaatgttaatttttagtgctggaatgcttggttttcag
ttggcttcagtacaaatctggagtgagggctctcctccctttccatatcc
ccaaattacctgtctttccccctgccccagcttccactaaatgctatatt
tattttcttgtcatgttttattgacaggcttgaatgtctttttcagaaaa
gctgccttgtgataggcttgtgttccagtgaactgggtatgttgctggaa
gggatggtgggggatgtggagta
gaattccatggcagttgcaagctatctgacaaaaattctgagagtcaaca
acagtttccctggaacttaagtatgcactcttagccactgagccatttct
ccagccctcaaacttgagttggttttattttgattgatggtgataataaa
gacatacctacttcaaaggattactgtgaaaaccaaggaagataaatggg
gaagttagttatgaaacctaatgtgctatgcaaatatgaagttaaagcca
ttatgtgaaggatttaatcttaaagcattttgtcaacacaaagagcctag
taactagtcgatgtgtttttaatgatttggtggccaaggtgcggattggg
acgcttgcctgagtttttctctgctttgctttgaaacaatcaacctagcc
ctgtggtattgatcataacaagctagaaagagttccacttggctctcccg
aattatgtgtaatttatatggtttcttctgtctatgcttgggtttcatag
ccatgtaaaagcctctcaaaatgaaacaaatgttatccctctatcatctt
atcgtacagtaggcatgaaatcagttcatattccatgtaagagctgctgc
acagtcaacttttcttgattccaaaatccaaagaacacagcaagaacaat
tacaattataaacagtcagtcctctactaatccttatgtatacagtcttg
gctgatagaaaagcaggatgtgtgctctttcttgggagtaacatgactct
tctgatgggaagacacacaccattttatttagaattataagtggctccta
ataaacaacattgcattataacaccatttgtgtcactaaaattctaagtc
caaaatgaatctgataatattaggccttggaaattaagtctggagacaaa
gcagatggaatttttttcttaaatctctgtatttatttttccatgtaatt
ttagtggctcagtatactttttgtcttgaaagattattcaacaactaatg
aggtcctgacactagcacacagtagcattcacttcatccagttccatctc
ttacattcaaaagcacattatgacttcatacctagtttaaattttatgtg
actaaacattctaggcatgtggtttgctacagatttaatgaaattacgag
aatatgttac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_79755730_79756208
seq2: B6Ng01-115J22.b_50_528

seq1  GAATTCTAATCAATAACGTAAAAATCTAGACATGCAGGAAGATAGGATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAATCAATAACGTAAAAATCTAGACATGCAGGAAGATAGGATAT  50

seq1  CTTCATTGTAAGCAAAATTAATCGTCTTGTTTGGGATCCTAAGATCATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTGTAAGCAAAATTAATCGTCTTGTTTGGGATCCTAAGATCATGC  100

seq1  CTGAGGAAGGATCTGGGGCCCTACCCAAGGTCAAGTACATTCAGCACTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGAAGGATCTGGGGCCCTACCCAAGGTCAAGTACATTCAGCACTTA  150

seq1  GGCCTGGTGTTTAATACTGTAATATAAAATATCTATAAATGTTAGAGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTGGTGTTTAATACTGTAATATAAAATATCTATAAATGTTAGAGGAA  200

seq1  TATTAAATCTATGCCAGCAAATGTTAATTTTTAGTGCTGGAATGCTTGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAATCTATGCCAGCAAATGTTAATTTTTAGTGCTGGAATGCTTGGT  250

seq1  TTTCAGTTGGCTTCAGTACAAATCTGGAGTGAGGGCTCTCCTCCCTTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTTGGCTTCAGTACAAATCTGGAGTGAGGGCTCTCCTCCCTTTCC  300

seq1  ATATCCCCAAATTACCTGTCTTTCCCCCTGCCCCAGCTTCCACTAAATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCCCAAATTACCTGTCTTTCCCCCTGCCCCAGCTTCCACTAAATGC  350

seq1  TATATTTATTTTCTTGTCATGTTTTATTGACAGGCTTGAATGTCTTTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTATTTTCTTGTCATGTTTTATTGACAGGCTTGAATGTCTTTTTC  400

seq1  AGAAAAGCTGCCTTGTGATAGGCTTGTGTTCCAGTGAACTGGGTATGTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGCTGCCTTGTGATAGGCTTGTGTTCCAGTGAACTGGGTATGTTG  450

seq1  CTGGAAGGGATGGTGGGGGATGTGGAGTA  479
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAGGGATGGTGGGGGATGTGGAGTA  479

seq1: chr3_79899625_79900789
seq2: B6Ng01-115J22.g_67_1226 (reverse)

seq1  GTAACATATTCT-GTATATTCATTAAATATTGTAGCAAA-CACATGCATA  48
      |||||||||||| |||  ||||||||||  ||||||||| ||||||| ||
seq2  GTAACATATTCTCGTAATTTCATTAAAT-CTGTAGCAAACCACATGCCTA  49

seq1  GAATGTATTAGTCAACAATAAATATAAACTAAGTTATGATGTCAT-ATGT  97
      |||||| |||||| |||  |||| |||||| || ||||| ||||| ||||
seq2  GAATGT-TTAGTC-ACATAAAATTTAAACT-AGGTATGAAGTCATAATGT  96

seq1  GCTTTTGAATGT-AGAGATGGAACTGGATGAAGTGAATGCTTACTGTGTG  146
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  GCTTTTGAATGTAAGAGATGGAACTGGATGAAGTGAATGC-TACTGTGT-  144

seq1  GCTAGTGTTCAGGACCTCATTAGTTGTTGGATAATCTGTCAAGACAAAAA  196
      ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  GCTAGTG-TCAGGACCTCATTAGTTGTTGAATAATCTTTCAAGACAAAAA  193

seq1  GTATTACTGAGCCACTAAAATTACATGG-AAAATAAATACAGAGATTTAA  245
      ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTA-TACTGAGCCACTAAAATTACATGGAAAAATAAATACAGAGATTTAA  242

seq1  GAAAAAAAATTCCATCTGCTTTGTCTCCAGACTTAATTTTCCAAGGCCTA  295
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  G-AAAAAAATTCCATCTGCTTTGTCTCCAGACTTAA-TTTCCAAGGCCTA  290

seq1  ATATTATCAGATTCATTTTGGACTTAGAATTTTAGTGACACAAATGGTGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATCAGATTCATTTTGGACTTAGAATTTTAGTGACACAAATGGTGT  340

seq1  TATAATGCAATGTTGTTTATTAGGAGCCACTTATAATTCTAAATAAAATG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATGCAATGTTGTTTATTAGGAGCCACTTATAATTCTAAATAAAATG  390

seq1  GTGTGTGTCTTCCCATCAGAAGAGTCATGTTACTCCCAAGAAAGAGCACA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTCTTCCCATCAGAAGAGTCATGTTACTCCCAAGAAAGAGCACA  440

seq1  CATCCTGCTTTTCTATCAGCCAAGACTGTATACATAAGGATTAGTAGAGG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGCTTTTCTATCAGCCAAGACTGTATACATAAGGATTAGTAGAGG  490

seq1  ACTGACTGTTTATAATTGTAATTGTTCTTGCTGTGTTCTTTGGATTTTGG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACTGTTTATAATTGTAATTGTTCTTGCTGTGTTCTTTGGATTTTGG  540

seq1  AATCAAGAAAAGTTGACTGTGCAGCAGCTCTTACATGGAATATGAACTGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAGAAAAGTTGACTGTGCAGCAGCTCTTACATGGAATATGAACTGA  590

seq1  TTTCATGCCTACTGTACGATAAGATGATAGAGGGATAACATTTGTTTCAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGCCTACTGTACGATAAGATGATAGAGGGATAACATTTGTTTCAT  640

seq1  TTTGAGAGGCTTTTACATGGCTATGAAACCCAAGCATAGACAGAAGAAAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAGGCTTTTACATGGCTATGAAACCCAAGCATAGACAGAAGAAAC  690

seq1  CATATAAATTACACATAATTCGGGAGAGCCAAGTGGAACTCTTTCTAGCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAAATTACACATAATTCGGGAGAGCCAAGTGGAACTCTTTCTAGCT  740

seq1  TGTTATGATCAATACCACAGGGCTAGGTTGATTGTTTCAAAGCAAAGCAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATGATCAATACCACAGGGCTAGGTTGATTGTTTCAAAGCAAAGCAG  790

seq1  AGAAAAACTCAGGCAAGCGTCCCAATCCGCACCTTGGCCACCAAATCATT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAACTCAGGCAAGCGTCCCAATCCGCACCTTGGCCACCAAATCATT  840

seq1  AAAAACACATCGACTAGTTACTAGGCTCTTTGTGTTGACAAAATGCTTTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACACATCGACTAGTTACTAGGCTCTTTGTGTTGACAAAATGCTTTA  890

seq1  AGATTAAATCCTTCACATAATGGCTTTAACTTCATATTTGCATAGCACAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAAATCCTTCACATAATGGCTTTAACTTCATATTTGCATAGCACAT  940

seq1  TAGGTTTCATAACTAACTTCCCCATTTATCTTCCTTGGTTTTCACAGTAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTTCATAACTAACTTCCCCATTTATCTTCCTTGGTTTTCACAGTAA  990

seq1  TCCTTTGAAGTAGGTATGTCTTTATTATCACCATCAATCAAAATAAAACC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGAAGTAGGTATGTCTTTATTATCACCATCAATCAAAATAAAACC  1040

seq1  AACTCAAGTTTGAGGGCTGGAGAAATGGCTCAGTGGCTAAGAGTGCATAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAAGTTTGAGGGCTGGAGAAATGGCTCAGTGGCTAAGAGTGCATAC  1090

seq1  TTAAGTTCCAGGGAAACTGTTGTTGACTCTCAGAATTTTTGTCAGATAGC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTCCAGGGAAACTGTTGTTGACTCTCAGAATTTTTGTCAGATAGC  1140

seq1  TTGCAACTGCCATGGAATTC  1165
      ||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAACTGCCATGGAATTC  1160