BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115K06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 144,249,176 - 144,401,459
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSep15, LOC435761, Sh3glb1, LOC668890, Clca1
Upstream geneEG668889, EG621809, LOC100039938, LOC100039952, Lmo4, LOC545572, Hs2st1
Downstream geneClca2, Clca4, EG622139, AI747448, Clca6, Clca3, Clca5, Odf2l, Col24a1, 2410019A14Rik, Cyr61
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115K06.bB6Ng01-115K06.g
ACCDH920853DH920854
length1,1011,143
definitionDH920853|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115K06, 5' end.DH920854|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115K06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,400,351 - 144,401,459)(144,249,176 - 144,250,346)
sequence
gaattcttaagatcgcgtggctggtgttgtgggtatctggcggtagtcag
ccgactctgcgcccgagctaccccagtgctgctcggaccgaagggggctt
gtgcccctactcagaccgggttttctgctttcctaactaatgcagtctta
ggtcccgcacgattggattggagcagatgctgtgttccactcaccagaag
tcttaagatcgcttggtgggtgttgtgggtagctggcgatagtcagacga
ctgagcaccctagctatccaggtgctgctcggaagttatattttctaaaa
acagcattactacacagtcaagcaaggctttgtatcagaacagtgtgacc
tagtgtttaactgtgctgtatactctctgacacactcttatcatcaatgc
gaacaaacagcatcaattttcattttaacttactatgtgactaatcactg
tgcttcattataaaggtgctgatactgttaaaaatgatggcatctacaca
agatactttacagattatcatggaaatggtagatacagcctaaaagtgcg
tgtccaggcacaaagaaacaaaaccagactgagcttaagacagaagaaca
agtctttatatatacctggctatgtggaaaatggtaagtagtattaaaac
agatatggcttacctgcagatagatagacagacagatagatacatagata
catagatagagcaaacactgaatagagagtcacacccacccaactatata
attatggagtcagccttgtgatttaaaacaatattcatgtcaatgggccc
agcataaatgacatttccacataatttgttacaatcttcctcagtttgtt
ttatttccactgaaaaatacatttcctgaccttgtggaacaaaccctgtg
gtaagttgtaaagctgagtgaaatacgagtattgtcgccacggatctcat
gagatggtgataggggaaacagggtcaaaattagttttaacttatcacat
ttcaaatgaatagttagccagctttctcccctattattttaacatttatc
tttatgtgcattggtgatttgtctatatgtaacgaagtttcagatccccg
a
gaattcagcagatagttaagatgcacgtagttaatttacaggtatagaaa
tagaaggctgtttggccactttgctaagtgatttgctaaaatcgcagccc
agcttctctcccttgatcctgtgtcaacagatgtggggtacatattttca
gtgtgttttgtggcataaatgtacaaccttaacaagtttctattgcattc
aagaatagtgcctttattatttgtccatgtatgactagcttattgttcag
aattgcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagggagaggggaatgttggaatga
gcaatgaagtaaaatgtaaaacagtatgcgtggtggaaacattgttttgt
agtggcagtaactatggcaatgaacacaactgtaagaaaccttgaaataa
actaattatttaagctgtattggactaagtcttaaatttcatacaaggat
ttgaagctatgaagtcaagccttgtgtgttctctgacagaaaaactgcca
agtgacaagaccaggcttgaggggacacagggaccacgcatcagctcgcc
attaaatccagtgagcacagcgatagtgccctgccttgtcttttgttggc
tttctctttggccagatgcttctctccagtgaatcaagcgttacgttcta
gaacttctgcagtggaaattccaagacattccttaggcctcagcttgaaa
tcaaccacttcagcaaactgctcgtcttgattcagagccagtgtttggct
tgctgcatgtgtgggtttcacccagacttctgactttggaaaatctatgc
tccctccccatttgttaattagcttgttttcccaactgacaggatcttgt
acatactttctggggagcctccctttctccctaacattctgatcttctca
cactgagcccccataccgttagttacacagggacatcccaccactcgcag
gcacttgcgtcagcttgcctccccgaactcactctcttgtggtcacatga
tgttttctttgcttgcttcagttttctctcagttattctctgccacgtgt
atagagctctttgagctgagtagtatggtgaacccaatttcatcatgctt
atctggaattcctgggaacttggatacctccatcatagatgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_144400351_144401459
seq2: B6Ng01-115K06.b_47_1147 (reverse)

seq1  TCGGGGATCTGACACCTTCAGATATACATATAGACAAATCACCAATGCAC  50
      |||||||||||| | ||||     ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGGATCTGA-AACTTC---GTTACATATAGACAAATCACCAATGCAC  46

seq1  ATAAAGATAAATGTTAAAATAATAAGGGGGAGAAAGCTGGCTTAACTATC  100
      ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| 
seq2  ATAAAGATAAATGTTAAAATAATA--GGGGAGAAAGCTGGC-TAACTATT  93

seq1  ATTTTGAAATGTGATAAGTTAAAACTAATTTTTGACCCTGTTTTCCCTAT  150
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  CATTTGAAATGTGATAAGTTAAAACTAA-TTTTGACCCTGTTTCCCCTAT  142

seq1  CACCTTCTCATGAGATCCGTGGCGACAATACTCGTATTTCACTCAGCTTT  200
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCTCATGAGATCCGTGGCGACAATACTCGTATTTCACTCAGCTTT  192

seq1  ACAACTTACCACAGGGTTTGTTCCACAAGGTCAGGAAATGTATTTTTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTTACCACAGGGTTTGTTCCACAAGGTCAGGAAATGTATTTTTCAG  242

seq1  TGGAAATAAAACAAACTGAGGAAGATTGTAACAAATTATGTGGAAATGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATAAAACAAACTGAGGAAGATTGTAACAAATTATGTGGAAATGTC  292

seq1  ATTTATGCTGGGCCCATTGACATGAATATTGTTTTAAATCACAAGGCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGCTGGGCCCATTGACATGAATATTGTTTTAAATCACAAGGCTGA  342

seq1  CTCCATAATTATATAGTTGGGTGGGTGTGACTCTCTATTCAGTGTTTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATAATTATATAGTTGGGTGGGTGTGACTCTCTATTCAGTGTTTGCT  392

seq1  CTATCTATGTATCTATGTATCTATCTGTCTGTCTATCTATCTGCAGGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATGTATCTATGTATCTATCTGTCTGTCTATCTATCTGCAGGTAA  442

seq1  GCCATATCTGTTTTAATACTACTTACCATTTTCCACATAGCCAGGTATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATATCTGTTTTAATACTACTTACCATTTTCCACATAGCCAGGTATAT  492

seq1  ATAAAGACTTGTTCTTCTGTCTTAAGCTCAGTCTGGTTTTGTTTCTTTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGACTTGTTCTTCTGTCTTAAGCTCAGTCTGGTTTTGTTTCTTTGT  542

seq1  GCCTGGACACGCACTTTTAGGCTGTATCTACCATTTCCATGATAATCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGACACGCACTTTTAGGCTGTATCTACCATTTCCATGATAATCTGT  592

seq1  AAAGTATCTTGTGTAGATGCCATCATTTTTAACAGTATCAGCACCTTTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATCTTGTGTAGATGCCATCATTTTTAACAGTATCAGCACCTTTAT  642

seq1  AATGAAGCACAGTGATTAGTCACATAGTAAGTTAAAATGAAAATTGATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGCACAGTGATTAGTCACATAGTAAGTTAAAATGAAAATTGATGC  692

seq1  TGTTTGTTCGCATTGATGATAAGAGTGTGTCAGAGAGTATACAGCACAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTCGCATTGATGATAAGAGTGTGTCAGAGAGTATACAGCACAGT  742

seq1  TAAACACTAGGTCACACTGTTCTGATACAAAGCCTTGCTTGACTGTGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACACTAGGTCACACTGTTCTGATACAAAGCCTTGCTTGACTGTGTAG  792

seq1  TAATGCTGTTTTTAGAAAATATAACTTCCGAGCAGCACCTGGATAGCTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTGTTTTTAGAAAATATAACTTCCGAGCAGCACCTGGATAGCTAG  842

seq1  GGTGCTCAGTCGTCTGACTATCGCCAGCTACCCACAACACCCACCAAGCG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCAGTCGTCTGACTATCGCCAGCTACCCACAACACCCACCAAGCG  892

seq1  ATCTTAAGACTTCTGGTGAGTGGAACACAGCATCTGCTCCAATCCAATCG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAAGACTTCTGGTGAGTGGAACACAGCATCTGCTCCAATCCAATCG  942

seq1  TGCGGGACCTAAGACTGCATTAGTTAGGAAAGCAGAAAACCCGGTCTGAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGGGACCTAAGACTGCATTAGTTAGGAAAGCAGAAAACCCGGTCTGAG  992

seq1  TAGGGGCACAAGCCCCCTTCGGTCCGAGCAGCACTGGGGTAGCTCGGGCG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGCACAAGCCCCCTTCGGTCCGAGCAGCACTGGGGTAGCTCGGGCG  1042

seq1  CAGAGTCGGCTGACTACCGCCAGATACCCACAACACCAGCCACGCGATCT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCGGCTGACTACCGCCAGATACCCACAACACCAGCCACGCGATCT  1092

seq1  TAAGAATTC  1109
      |||||||||
seq2  TAAGAATTC  1101

seq1: chr3_144249176_144250346
seq2: B6Ng01-115K06.g_67_1209

seq1  GAATTCAGCAGATAGTTAAGATGCACGTAGTTAATTTACAGGTATAGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCAGATAGTTAAGATGCACGTAGTTAATTTACAGGTATAGAAA  50

seq1  TAGAAGGCTGTTTGGCCACTTTGCTAAGTGATTTGCTAAAATCGCAGCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGGCTGTTTGGCCACTTTGCTAAGTGATTTGCTAAAATCGCAGCCC  100

seq1  AGCTTCTCTCCCTTGATCCTGTGTCAACAGATGTGGGGTACATATTTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTCTCCCTTGATCCTGTGTCAACAGATGTGGGGTACATATTTTCA  150

seq1  GTGTGTTTTGTGGCATAAATGTACAACCTTAACAAGTTTCTATTGCATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTTTGTGGCATAAATGTACAACCTTAACAAGTTTCTATTGCATTC  200

seq1  AAGAATAGTGCCTTTATTATTTGTCCATGTATGACTAGCTTATTGTTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAGTGCCTTTATTATTTGTCCATGTATGACTAGCTTATTGTTCAG  250

seq1  AATTGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGAGAGGGGAATGTTGGAATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGGAGAGGGGAATGTTGGAATGA  300

seq1  GCAATGAAGTAAAATGTAAAACAGTATGCGTGGTGGAAACATTGTTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATGAAGTAAAATGTAAAACAGTATGCGTGGTGGAAACATTGTTTTGT  350

seq1  AGTGGCAGTAACTATGGCAATGAACACAACTGTAAGAAACCTTGAAATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCAGTAACTATGGCAATGAACACAACTGTAAGAAACCTTGAAATAA  400

seq1  ACTAATTATTTAAGCTGTATTGGACTAAGTCTTAAATTTCATACAAGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATTATTTAAGCTGTATTGGACTAAGTCTTAAATTTCATACAAGGAT  450

seq1  TTGAAGCTATGAAGTCAAGCCTTGTGTGTTCTCTGACAGAAAAACTGCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGCTATGAAGTCAAGCCTTGTGTGTTCTCTGACAGAAAAACTGCCA  500

seq1  AGTGACAAGACCAGGCTTGAGGGGACACAGGGACCACGCATCAGCTCGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACAAGACCAGGCTTGAGGGGACACAGGGACCACGCATCAGCTCGCC  550

seq1  ATTAAATCCAGTGAGCACAGCGATAGTGCCCTGCCTTGTCTTTTGTTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATCCAGTGAGCACAGCGATAGTGCCCTGCCTTGTCTTTTGTTGGC  600

seq1  TTTCTCTTTGGCCAGATGCTTCTCTCCAGTGAATCAAGCGTTACGTTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTTGGCCAGATGCTTCTCTCCAGTGAATCAAGCGTTACGTTCTA  650

seq1  GAACTTCTGCAGTGGAAATTCCAAGACATTCCTTAGGCCTCAGCTTGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTCTGCAGTGGAAATTCCAAGACATTCCTTAGGCCTCAGCTTGAAA  700

seq1  TCAACCACTTCAGCAAACTGCTCGTCTTGATTCAGAGCCAGTGTTTGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCACTTCAGCAAACTGCTCGTCTTGATTCAGAGCCAGTGTTTGGCT  750

seq1  TGCTGCATGTGTGGGTTTCACCCAGACTTCTGACTTTGGAAAATCTATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCATGTGTGGGTTTCACCCAGACTTCTGACTTTGGAAAATCTATGC  800

seq1  TCCCTCCCCATTTGTTAATTAGCTTGTTTTCCCAACTGACAGGATCTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCCCATTTGTTAATTAGCTTGTTTTCCCAACTGACAGGATCTTGT  850

seq1  ACATAC-TTCTGGGGAGCCTCCCTTTCTCCCTAACATTCTGATCTTCTCA  899
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTTTCTGGGGAGCCTCCCTTTCTCCCTAACATTCTGATCTTCTCA  900

seq1  CACTGAGCCCCCCATACCCGTTAGTTACACAGGGACATCCCACCACTCGC  949
      ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CACTGAG-CCCCCATA-CCGTTAGTTACACAGGGACATCCCACCACTCG-  947

seq1  CAGGCACTTGCCGTCCAGCCTTGCCTCCCCGAACTTCACTCTCTGTGGGT  999
      |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||   |||
seq2  CAGGCACTTG-CGT-CAG-CTTGCCTCCCCGAAC-TCACTCTCTTGTGGT  993

seq1  CACATGATGTTTTTCTTTGTGCTTGCCTTCAGTTTTTCTCTCAAGGTTTA  1049
      ||||||||| |||||||  |||||| |||||| ||||||||||    |||
seq2  CACATGATG-TTTTCTT--TGCTTG-CTTCAG-TTTTCTCTCA---GTTA  1035

seq1  TTCCTCTTGCCACGTGTATTAGAGCTTCTTTTGAAAGCTGAGTAGTAATG  1099
      || ||| ||||||||||| |||||| |||||    ||||||||||||  |
seq2  TT-CTC-TGCCACGTGTA-TAGAGC-TCTTT---GAGCTGAGTAGTATGG  1078

seq1  TGACACCACATTTCCATCATGCCTTCATCTGAGATGTCTGTGGACACTTG  1149
      ||| ||| || || ||||||||  | |||||  ||  ||| ||| |||||
seq2  TGA-ACC-CAATTTCATCATGC--TTATCTGGAATTCCTG-GGA-ACTTG  1122

seq1  AGTCACCTCCATCATAGATGCT  1171
       |  ||||||||||||||||||
seq2  -GATACCTCCATCATAGATGCT  1143