BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115N02
Chromosome3 (Build37)
Map Location 82,698,468 - 82,836,852
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrat, Fgg, Fga
Upstream geneLOC100041901, Ctso, Tdo2, Accn5, Gucy1b3, Gucy1a3, Mtap9, Npy2r, LOC100041940, EG633285
Downstream geneFgb, Plrg1, EG627094, Dchs2, 1700028M03Rik, LOC100042007, LOC100042091, Sfrp2, LOC633522, Tlr2, D930015E06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115N02.bB6Ng01-115N02.g
ACCDH920984DH920985
length9181,124
definitionDH920984|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115N02, 5' end.DH920985|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115N02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,835,936 - 82,836,852)(82,698,468 - 82,699,595)
sequence
gaattctccttcccctttgtcattcaggctgccgaaacctctcttgtagt
cttgccaggtccggttaaaattcagcgatccatccattctttgctggatc
aaaagccatcctcccaaactggtctcttgatcgcaataaacagaaaaaac
cttactggatccaggtggcttgatactgaaaatgccattttgggcacctg
aagtttgtgtttggaggacatcatcacagtctaaaaaaaaaaattaagct
ggttggaggaagttattctcatttaaatatgcaaagataggcatcaccca
gattgaagtagctactgcctacctgcctgtctgtctgcctgcctgcctgt
cttccttcctcccttccttccctcctcccacacgaaaaggatgcacctac
aatgagatgtaattttttagcaggtaaaggatactcatcctttagcaacc
tctcttcaaatggatttgaaatcttacgtgtccatgctaatctcaaatga
tagtttaaagctagctaagcattcatcagtccatactaatggaacacagt
ttttaacctgatctaaatgtcaactgcaacatacactaaatttaaggtta
gggggttgggtattacaatcgcacacgttttgaatgaattcggttaaaca
gactcagaactgagtttcggcagaatttgttcatttatttaaaatgtatt
tattgagaaatgactgcactgttaggcatttgggaattacagaaatagac
acatggtcaagtccctgcccccaaggaacgtacagtctagcatgaaaagt
tgaccaaaaaaaaaatgagattccaacaaaacactaaaggaggttaggaa
acgggtgcagcgtgcctggtaagcacttcgcagtaatggttaacttaatc
taggggggggggggggtg
gaattccttctaggcaaatctcacccattgagtgagaacctgtctcaaaa
aagtgtaaaataataccagaacatgacgttgcagtacttaagtgcttagc
acagaatgagcatccaatgaatgacaaatgagtcttggtctaatgatatg
aagaaagtcaggattacttatgttaattctagccccaagaatccccttag
taggtaaggaggaaccactatctgtgaacacagatttagtttcaaacagc
atttcctattacctacaatactgatgtctggaggggggcgtgctataatg
aattcatgtaaacaacttccatggtgaagaggaaaaaggcactaaccaat
gcctgtcagatgcacagatacttcaggtaatttaggtggttggaacaggc
ccaaagaacacctatattctttaattttttttccattcagtgttttactg
atatgaaacatttaagcaattaaatgtttaatttggatattaaacaaagt
ttaattatcattatactccaactaaatttgttgtaggagaacactgggta
ataagacctcagttaaactaaacgctgttctctcctttgttcaggttggc
tcactgactaaaacaaatcctcctttctgccataagagtcactgtactgt
gattcttttgtctcatgtagccagactggtcttgaactacctatgtagta
caagctggccttcgacccctctgggcaatgcaaacaagtcttaaaccctc
tgtgtgagcaggctagtcttgaactcccaatcttcctgcctccacatccc
aaggggtgtgattacatgcttggctattctgtgatttttttttaagtttt
atttttaattgtgtgtgtgtgtgtgtatgtctgtctaccatgtatgttgt
acacatggaggccagaagagggtgttgaatcttctggaattggagttaca
gaaggttataagccaccaggagctgctggtactaaatcctggtcctcttc
agaagtagcaatagctctcggttgcggagtcatctcttcgatgctgctgt
gtacttttgacagtaacagacagcaagacagtatttgtgctgcagccaac
aagtctggagctctcattctgctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_82835936_82836852
seq2: B6Ng01-115N02.b_47_964 (reverse)

seq1  CA-CCCCCCCCCCCCCTAGATTAAGTTAACCATTACTGCGAAGTGCTTAC  49
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCCCCCCCCCCCTAGATTAAGTTAACCATTACTGCGAAGTGCTTAC  50

seq1  CAGGCACGCTGCACCCGTTTCCTAACCTCCTTTAGTGTTTTGTTGGAATC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCACGCTGCACCCGTTTCCTAACCTCCTTTAGTGTTTTGTTGGAATC  100

seq1  TCATTTTTTTTTTGGTCAACTTTTCATGCTAGACTGTACGTTCCTTGGGG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTTTTTTTGGTCAACTTTTCATGCTAGACTGTACGTTCCTTGGGG  150

seq1  GCAGGGACTTGACCATGTGTCTATTTCTGTAATTCCCAAATGCCTAACAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGACTTGACCATGTGTCTATTTCTGTAATTCCCAAATGCCTAACAG  200

seq1  TGCAGTCATTTCTCAATAAATACATTTTAAATAAATGAACAAATTCTGCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTCATTTCTCAATAAATACATTTTAAATAAATGAACAAATTCTGCC  250

seq1  GAAACTCAGTTCTGAGTCTGTTTAACCGAATTCATTCAAAACGTGTGCGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTCAGTTCTGAGTCTGTTTAACCGAATTCATTCAAAACGTGTGCGA  300

seq1  TTGTAATACCCAACCCCCTAACCTTAAATTTAGTGTATGTTGCAGTTGAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATACCCAACCCCCTAACCTTAAATTTAGTGTATGTTGCAGTTGAC  350

seq1  ATTTAGATCAGGTTAAAAACTGTGTTCCATTAGTATGGACTGATGAATGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGATCAGGTTAAAAACTGTGTTCCATTAGTATGGACTGATGAATGC  400

seq1  TTAGCTAGCTTTAAACTATCATTTGAGATTAGCATGGACACGTAAGATTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTAGCTTTAAACTATCATTTGAGATTAGCATGGACACGTAAGATTT  450

seq1  CAAATCCATTTGAAGAGAGGTTGCTAAAGGATGAGTATCCTTTACCTGCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCCATTTGAAGAGAGGTTGCTAAAGGATGAGTATCCTTTACCTGCT  500

seq1  AAAAAATTACATCTCATTGTAGGTGCATCCTTTTCGTGTGGGAGGAGGGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATTACATCTCATTGTAGGTGCATCCTTTTCGTGTGGGAGGAGGGA  550

seq1  AGGAAGGGAGGAAGGAAGACAGGCAGGCAGGCAGACAGACAGGCAGGTAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGGAGGAAGGAAGACAGGCAGGCAGGCAGACAGACAGGCAGGTAG  600

seq1  GCAGTAGCTACTTCAATCTGGGTGATGCCTATCTTTGCATATTTAAATGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAGCTACTTCAATCTGGGTGATGCCTATCTTTGCATATTTAAATGA  650

seq1  GAATAACTTCCTCCAACCAGCTTAATTTTTTTTTTTAGACTGTGATGATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAACTTCCTCCAACCAGCTTAATTTTTTTTTTTAGACTGTGATGATG  700

seq1  TCCTCCAAACACAAACTTCAGGTGCCCAAAATGGCATTTTCAGTATCAAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCAAACACAAACTTCAGGTGCCCAAAATGGCATTTTCAGTATCAAG  750

seq1  CCACCTGGATCCAGTAAGGTTTTTTCTGTTTATTGCGATCAAGAGACCAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTGGATCCAGTAAGGTTTTTTCTGTTTATTGCGATCAAGAGACCAG  800

seq1  TTTGGGAGGATGGCTTTTGATCCAGCAAAGAATGGATGGATCGCTGAATT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGAGGATGGCTTTTGATCCAGCAAAGAATGGATGGATCGCTGAATT  850

seq1  TTAACCGGACCTGGCAAGACTACAAGAGAGGTTTCGGCAGCCTGAATGAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCGGACCTGGCAAGACTACAAGAGAGGTTTCGGCAGCCTGAATGAC  900

seq1  AAAGGGGAAGGAGAATTC  917
      ||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGAAGGAGAATTC  918

seq1: chr3_82698468_82699595
seq2: B6Ng01-115N02.g_68_1191

seq1  GAATTCCTTCTAGGCAAATCTCACCCATTGAGTGAGAACCTGTCTCAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCTAGGCAAATCTCACCCATTGAGTGAGAACCTGTCTCAAAA  50

seq1  AAGTGTAAAATAATACCAGAACATGACGTTGCAGTACTTAAGTGCTTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTAAAATAATACCAGAACATGACGTTGCAGTACTTAAGTGCTTAGC  100

seq1  ACAGAATGAGCATCCAATGAATGACAAATGAGTCTTGGTCTAATGATATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATGAGCATCCAATGAATGACAAATGAGTCTTGGTCTAATGATATG  150

seq1  AAGAAAGTCAGGATTACTTATGTTAATTCTAGCCCCAAGAATCCCCTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAGTCAGGATTACTTATGTTAATTCTAGCCCCAAGAATCCCCTTAG  200

seq1  TAGGTAAGGAGGAACCACTATCTGTGAACACAGATTTAGTTTCAAACAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAAGGAGGAACCACTATCTGTGAACACAGATTTAGTTTCAAACAGC  250

seq1  ATTTCCTATTACCTACAATACTGATGTCTGGAGGGGGGCGTGCTATAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCTATTACCTACAATACTGATGTCTGGAGGGGGGCGTGCTATAATG  300

seq1  AATTCATGTAAACAACTTCCATGGTGAAGAGGAAAAAGGCACTAACCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATGTAAACAACTTCCATGGTGAAGAGGAAAAAGGCACTAACCAAT  350

seq1  GCCTGTCAGATGCACAGATACTTCAGGTAATTTAGGTGGTTGGAACAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTCAGATGCACAGATACTTCAGGTAATTTAGGTGGTTGGAACAGGC  400

seq1  CCAAAGAACACCTATATTCTTTAATTTTTTTTCCATTCAGTGTTTTACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGAACACCTATATTCTTTAATTTTTTTTCCATTCAGTGTTTTACTG  450

seq1  ATATGAAACATTTAAGCAATTAAATGTTTAATTTGGATATTAAACAAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAAACATTTAAGCAATTAAATGTTTAATTTGGATATTAAACAAAGT  500

seq1  TTAATTATCATTATACTCCAACTAAATTTGTTGTAGGAGAACACTGGGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTATCATTATACTCCAACTAAATTTGTTGTAGGAGAACACTGGGTA  550

seq1  ATAAGACCTCAGTTAAACTAAACGCTGTTCTCTCCTTTGTTCAGGTTGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGACCTCAGTTAAACTAAACGCTGTTCTCTCCTTTGTTCAGGTTGGC  600

seq1  TCACTGACTAAAACAAATCCTCCTTTCTGCCATAAGAGTCACTGTACTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGACTAAAACAAATCCTCCTTTCTGCCATAAGAGTCACTGTACTGT  650

seq1  GATTCTTTTGTCTCATGTAGCCAGACTGGTCTTGAACTACCTATGTAGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTTTTGTCTCATGTAGCCAGACTGGTCTTGAACTACCTATGTAGTA  700

seq1  CAAGCTGGCCTTCGACCCCTCTGGGCAATGCAAACAAGTCTTAAACCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGGCCTTCGACCCCTCTGGGCAATGCAAACAAGTCTTAAACCCTC  750

seq1  TGTGTGAGCAGGCTAGTCTTGAACTCCCAATCTTCCTGCCTCCACATCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGAGCAGGCTAGTCTTGAACTCCCAATCTTCCTGCCTCCACATCCC  800

seq1  AAGGGGTGTGATTACATGCTTGGCTATTCTGTGATTTTTTTTTAAGTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGTGTGATTACATGCTTGGCTATTCTGTGATTTTTTTTTAAGTTTT  850

seq1  ATTTTTAATTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTCTGTCTACCATGTATGTTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAATTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTCTGTCTACCATGTATGTTGT  900

seq1  ACACATGGAGGCCAGAAGAGGGTGTTGAATCTTCTGGAATTGGAGTTACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGGAGGCCAGAAGAGGGTGTTGAATCTTCTGGAATTGGAGTTACA  950

seq1  GAAGGTTATAAGCCACCAGGAGCTGCTGGTAACTAAATCCTGGTCCTCTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTTATAAGCCACCAGGAGCTGCTGGT-ACTAAATCCTGGTCCTCTT  999

seq1  CAAGAGTAGCAATAGCTCTTCGGTGCGGAGTCATCTCTTCGATGCCTGCT  1050
      ||  |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CAGAAGTAGCAATAGCTCTCGGTTGCGGAGTCATCTCTTCGATG-CTGCT  1048

seq1  GTGTAACTTTTGACAGTTAACAGACAGC-AGACAGTA-TTGTGCTGCAGC  1098
      |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  GTGT-ACTTTTGACAG-TAACAGACAGCAAGACAGTATTTGTGCTGCAGC  1096

seq1  CCACACAGGTCTGGAGCTCTCAATCTGCTG  1128
      |   ||| |||||||||||||| |||||||
seq2  C--AACAAGTCTGGAGCTCTCATTCTGCTG  1124