BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-115N18
Chromosome3 (Build37)
Map Location 85,232,221 - 85,401,767
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042237, LOC100042125, Pet112l
Upstream gene6330505N24Rik, Arfip1, EG667788, EG627369, Tigd4, Tmem154, LOC624889, Fbxw7, Dear1
Downstream gene9930021J17Rik, Glt28d2, LOC100042265, Gm1019, Sh3d19, Rps3a, LOC634201, Lrba, Mab21l2, EG667024
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-115N18.bB6Ng01-115N18.g
ACCDH921016DH921017
length1,1321,198
definitionDH921016|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115N18, 5' end.DH921017|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-115N18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,400,638 - 85,401,767)(85,232,221 - 85,233,454)
sequence
gaattcacttagctattacctaaacacagaagtcctgctccctgagttca
acaaacttcacctgatgcactgtcaggcacatgtaaaataatcaccaaat
tcctcaatacatcatctccctcctgtatctgctgggaatccggattccag
gcaaacccacctgtagtggctattcctggttgtcaacttgactatatttg
gaatgaactacaatccagaattggaaggctcaccagtgacccttatctgg
aggcttggagatccttatctggatcttggtttggagatcttgagccatag
tggctatggattccagaagattgaatctccgagtttaaggaacacacctt
taatctgggattaaaggtgtggtggaactcacctttaatctgggctacac
cttctgctggagacaatataaggacattggaagaagggagtctagctctt
gctccttcgcctgcttgctatgtgagactgagtaactgctagatccttgg
acttccattcatagctgcgactgaacaattgttgggaattgggctgccga
ctgtaagtcatcaataaattcctttactatctagagactatccataagtt
ctgtgactctagagaaccctgactaatacaccacccttctccaccaaggc
tctgccccttcacttagtgaaagcctgtcctcgaggtctcctcctattct
cctctccaaaagtagcctttgttagaatcgatgtgttcagatacttcctc
tgcttaaagttctgctttactgctcccatcaccaagtgctcagagattcg
tcagtccctaaataatccagctgaatttggccctcttgtcaattacaccc
acccagcactctttagttggccacactagtgtgttcctctgtacaaactg
ctgcttccaactagacccttggatgtgtgagctcttacccatcactacct
ccaatgcaaacactccttggctctcacagcccctcggagagcacacccca
cttcataggctgacttcttagggacagtcgttatcattctgctggttctt
cttttgccccatcacttaactatataatccaactgaataaccattaccta
agatggatgaataacttaccattccctttatc
gaattcactgaatcccagagtgaacaagctacctagaggtgaggagtagg
atggggtgagttctaaagggttcctgggacacctgcccctacagagggca
gaactcttatctccagagactgaccatagacctgggagagctttgaggag
aggggatggaactggactagaagtcactagattgggtggatctacccaga
tgccgtctggtgggcaaggggggttcctaagaatcagatgttaaagcact
tctccagacatctctgttatcacacacttttgtcctgcccacagtagtag
tctctgaaattcctgtccttttagacatttagtgttaaaaggaacttgtt
ataaaaagtgtttaaatgttaaagatgcatttatcgtcttgtttcagaat
cccccagactcctcattgttttgcttccaagtgcttatccatttgtcact
gtgtacatgctcagaggattatttggatcaatgtctcctcagcttgactg
aggtgcccgagggcctggacatacgcgctcttgccagttttcccagtttt
gccagatgtgccatcactggctgtaagaaagcatacagttgttctgctca
cttggtataaaaatgtgaacacagatcaactctcctttgctctgacttcg
aatagagctacagtggcaggtgtattccacatgatgatgtctctggctta
ttcccaaataaacagcatcattcttcagggactccctctctgcttgttga
agacacggctagagactggtcttcacactgaagttgcatgaagttgttct
agactgcagttttcataatggcaattttctgacaggttggcagcataatg
tctacctgtggcctgttcagtggggtgaggcaactttccagcagcatggt
aaaagctggtcttaagcaaggggcactaatactttgccagactactgtca
gctaatggacttactgacttccttcatactgcacagttgggggagtcgtc
acacatcactcctgctgggtagatgttgctacaaggagaaaaaaataggt
agcaacttgcatggagtgcatcacgacatttcctgtcacaaaatgaagct
taggcctctaatgactctcatgattcaaaccttaagcctcggaattttta
ttcactgatcacttaattctcctaacctgtttctaccttctctttcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_85400638_85401767
seq2: B6Ng01-115N18.b_43_1174 (reverse)

seq1  GATAAAGGGAATGGTAAGTTATTCAT-CATCTTAGCTAATGTTTAATCAG  49
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||
seq2  GATAAAGGGAATGGTAAGTTATTCATCCATCTTAGGTAATGGTTATTCAG  50

seq1  TTTGGTATTATAGTTAGGTGATGGGGCAAAAGAAGAACCAAGCAGAATGA  99
      || | |  |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTGGATTATATAGTTAAGTGATGGGGCAAAAGAAGAACC-AGCAGAATGA  99

seq1  T-ACGACTGTCCCCTAAGAAGTCAGCCTATGAAGTGGGTGGTGCTTCTCC  148
      | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||
seq2  TAACGACTGT-CCCTAAGAAGTCAGCCTATGAAGTGGGGTGTGC-TCTCC  147

seq1  GA-GGGCTGTGGGAGCCAAGGAGTGTTTGCATTGGA-GTAGTGATGGGTA  196
      || |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAGGGGCTGTGAGAGCCAAGGAGTGTTTGCATTGGAGGTAGTGATGGGTA  197

seq1  AGAGCTCACACATCCAAGGGTCTAGTTGGAAGCAGCAGTTTGTACAGAGG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCACACATCCAAGGGTCTAGTTGGAAGCAGCAGTTTGTACAGAGG  247

seq1  AACACACTAGTGTGGCCAACTAAAGAGTGCTGGGTGGGTGTAATTGACAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACTAGTGTGGCCAACTAAAGAGTGCTGGGTGGGTGTAATTGACAA  297

seq1  GAGGGCC-AATTCAGCTGGATTATTTAGGGACTGACGAATCTCTGAGCAC  345
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCCAAATTCAGCTGGATTATTTAGGGACTGACGAATCTCTGAGCAC  347

seq1  TTGGTGATGGGAGCAGTAAAGCAGAACTTTAAGCAGAGGAAGTATCTGAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGATGGGAGCAGTAAAGCAGAACTTTAAGCAGAGGAAGTATCTGAA  397

seq1  CACATCGATTCTAACAAAGGCTACTTTTGGAGAGGAGAATAGGAGGAGAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCGATTCTAACAAAGGCTACTTTTGGAGAGGAGAATAGGAGGAGAC  447

seq1  CTCGAGGACAGGCTTTCACTAAGTGAAGGGGCAGAGCCTTGGTGGAGAAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGAGGACAGGCTTTCACTAAGTGAAGGGGCAGAGCCTTGGTGGAGAAG  497

seq1  GGTGGTGTATTAGTCAGGGTTCTCTAGAGTCACAGAACTTATGGATAGTC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTGTATTAGTCAGGGTTCTCTAGAGTCACAGAACTTATGGATAGTC  547

seq1  TCTAGATAGTAAAGGAATTTATTGATGACTTACAGTCGGCAGCCCAATTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATAGTAAAGGAATTTATTGATGACTTACAGTCGGCAGCCCAATTC  597

seq1  CCAACAATTGTTCAGTCGCAGCTATGAATGGAAGTCCAAGGATCTAGCAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAATTGTTCAGTCGCAGCTATGAATGGAAGTCCAAGGATCTAGCAG  647

seq1  TTACTCAGTCTCACATAGCAAGCAGGCGAAGGAGCAAGAGCTAGACTCCC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCAGTCTCACATAGCAAGCAGGCGAAGGAGCAAGAGCTAGACTCCC  697

seq1  TTCTTCCAATGTCCTTATATTGTCTCCAGCAGAAGGTGTAGCCCAGATTA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCAATGTCCTTATATTGTCTCCAGCAGAAGGTGTAGCCCAGATTA  747

seq1  AAGGTGAGTTCCACCACACCTTTAATCCCAGATTAAAGGTGTGTTCCTTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGAGTTCCACCACACCTTTAATCCCAGATTAAAGGTGTGTTCCTTA  797

seq1  AACTCGGAGATTCAATCTTCTGGAATCCATAGCCACTATGGCTCAAGATC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCGGAGATTCAATCTTCTGGAATCCATAGCCACTATGGCTCAAGATC  847

seq1  TCCAAACCAAGATCCAGATAAGGATCTCCAAGCCTCCAGATAAGGGTCAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAACCAAGATCCAGATAAGGATCTCCAAGCCTCCAGATAAGGGTCAC  897

seq1  TGGTGAGCCTTCCAATTCTGGATTGTAGTTCATTCCAAATATAGTCAAGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAGCCTTCCAATTCTGGATTGTAGTTCATTCCAAATATAGTCAAGT  947

seq1  TGACAACCAGGAATAGCCACTACAGGTGGGTTTGCCTGGAATCCGGATTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAACCAGGAATAGCCACTACAGGTGGGTTTGCCTGGAATCCGGATTC  997

seq1  CCAGCAGATACAGGAGGGAGATGATGTATTGAGGAATTTGGTGATTATTT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGATACAGGAGGGAGATGATGTATTGAGGAATTTGGTGATTATTT  1047

seq1  TACATGTGCCTGACAGTGCATCAGGTGAAGTTTGTTGAACTCAGGGAGCA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTGCCTGACAGTGCATCAGGTGAAGTTTGTTGAACTCAGGGAGCA  1097

seq1  GGACTTCTGTGTTTAGGTAATAGCTAAGTGAATTC  1130
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTCTGTGTTTAGGTAATAGCTAAGTGAATTC  1132

seq1: chr3_85232221_85233454
seq2: B6Ng01-115N18.g_69_1266

seq1  GAATTCACTGAATCCCAGAGTGAACAAGCTACCTAGAGGTGAGGAGTAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGAATCCCAGAGTGAACAAGCTACCTAGAGGTGAGGAGTAGG  50

seq1  ATGGGGTGAGTTCTAAAGGGTTCCTGGGACACCTGCCCCTACAGAGGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGTGAGTTCTAAAGGGTTCCTGGGACACCTGCCCCTACAGAGGGCA  100

seq1  GAACTCTTATCTCCAGAGACTGACCATAGACCTGGGAGAGCTTTGAGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTTATCTCCAGAGACTGACCATAGACCTGGGAGAGCTTTGAGGAG  150

seq1  AGGGGATGGAACTGGACTAGAAGTCACTAGATTGGGTGGATCTACCCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGATGGAACTGGACTAGAAGTCACTAGATTGGGTGGATCTACCCAGA  200

seq1  TGCCGTCTGGTGGGCAAGGGGGGTTCCTAAGAATCAGATGTTAAAGCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGTCTGGTGGGCAAGGGGGGTTCCTAAGAATCAGATGTTAAAGCACT  250

seq1  TCTCCAGACATCTCTGTTATCACACACTTTTGTCCTGCCCACAGTAGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGACATCTCTGTTATCACACACTTTTGTCCTGCCCACAGTAGTAG  300

seq1  TCTCTGAAATTCCTGTCCTTTTAGACATTTAGTGTTAAAAGGAACTTGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAAATTCCTGTCCTTTTAGACATTTAGTGTTAAAAGGAACTTGTT  350

seq1  ATAAAAAGTGTTTAAATGTTAAAGATGCATTTATCGTCTTGTTTCAGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAGTGTTTAAATGTTAAAGATGCATTTATCGTCTTGTTTCAGAAT  400

seq1  CCCCCAGACTCCTCATTGTTTTGCTTCCAAGTGCTTATCCATTTGTCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAGACTCCTCATTGTTTTGCTTCCAAGTGCTTATCCATTTGTCACT  450

seq1  GTGTACATGCTCAGAGGATTATTTGGATCAATGTCTCCTCAGCTTGACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACATGCTCAGAGGATTATTTGGATCAATGTCTCCTCAGCTTGACTG  500

seq1  AGGTGCCCGAGGGCCTGGACATACGCGCTCTTGCCAGTTTTCCCAGTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCCCGAGGGCCTGGACATACGCGCTCTTGCCAGTTTTCCCAGTTTT  550

seq1  GCCAGATGTGCCATCACTGGCTGTAAGAAAGCATACAGTTGTTCTGCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGATGTGCCATCACTGGCTGTAAGAAAGCATACAGTTGTTCTGCTCA  600

seq1  CTTGGTATAAAAATGTGAACACAGATCAACTCTCCTTTGCTCTGACTTCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTATAAAAATGTGAACACAGATCAACTCTCCTTTGCTCTGACTTCG  650

seq1  AATAGAGCTACAGTGGCAGGTGTATTCCACATGATGATGTCTCTGGCTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAGCTACAGTGGCAGGTGTATTCCACATGATGATGTCTCTGGCTTA  700

seq1  TTCCCAAATAAACAGCATCATTCTTCAGGGACTCCCTCTCTGCTTGTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAAATAAACAGCATCATTCTTCAGGGACTCCCTCTCTGCTTGTTGA  750

seq1  AGACACGGCTAGAGACTGGTCTTCACACTGAAGTTGCATGAAGTTGTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACGGCTAGAGACTGGTCTTCACACTGAAGTTGCATGAAGTTGTTCT  800

seq1  AGACTGCAGTTTTCATAATGGCAATCTTCTGACAGG-TGGCAGCATAATG  849
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  AGACTGCAGTTTTCATAATGGCAATTTTCTGACAGGTTGGCAGCATAATG  850

seq1  TCTACCTGTGGCCTGTTCAGTGGGGTGAGGCAACTTTCCAGCAAGCAGGG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  TCTACCTGTGGCCTGTTCAGTGGGGTGAGGCAACTTTCCAGC-AGCATGG  899

seq1  TAAAAGCT-GTCTTAAGCAAGGGGCACTAATACTTGCCAAGACTACTGTC  948
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||
seq2  TAAAAGCTGGTCTTAAGCAAGGGGCACTAATACTTTGCCAGACTACTGTC  949

seq1  AGCTAAT-GACTTACTGACTTCCTTCATACTGCACAGTT-GGGGAGTCGT  996
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGCTAATGGACTTACTGACTTCCTTCATACTGCACAGTTGGGGGAGTCGT  999

seq1  CACACCATCAACTCTGCCTGGGTAGATGTTGCTACAAAAGGAG-AAAAAA  1045
      |||| |||| ||||   ||||||||||||||||||  |||||| ||||||
seq2  CACA-CATC-ACTCCTGCTGGGTAGATGTTGCTAC--AAGGAGAAAAAAA  1045

seq1  TAGGTATGCACACGTGCATGGGAGTGCATACACGACA-TTCCTGTCACAA  1094
      |||||| ||| || ||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  TAGGTA-GCA-ACTTGCAT-GGAGTGCAT-CACGACATTTCCTGTCACAA  1091

seq1  ATATGAAAGCTATAGGCTCTCTAAAATAGACCTTCTATGTATTCCAAACA  1144
      | ||| ||||| ||||| ||||||    |||  || ||| ||| ||||| 
seq2  A-ATG-AAGCT-TAGGC-CTCTAA---TGACTCTC-ATG-ATT-CAAAC-  1130

seq1  CTTAAAACCTTCAGGAATATTTATTTATTTCAATCTGGAATACAACTATA  1194
      ||| || |||   ||||| |||||| |       |||    |  ||| ||
seq2  CTT-AAGCCT--CGGAATTTTTATTCA-------CTG----ATCACT-TA  1165

seq1  ATATATCTCCCTACACCCTGTTTCTCACCTTCTCTTTCCA  1234
      ||   |||||    | ||||||||| ||||||||||||||
seq2  AT---TCTCC---TAACCTGTTTCT-ACCTTCTCTTTCCA  1198