BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-116J05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 20,189,465 - 20,333,465
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAgtr1b
Upstream geneDnajc5b, EG620290, Trim55, Crh, LOC665002, LOC100039304, LOC100040237, 4632415L05Rik, Cp, Hps3, Hltf, Gyg, Cpa3, EG664965, LOC100040283, Cpb1
Downstream geneEG665094
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-116J05.bB6Ng01-116J05.g
ACCDH921539DH921540
length1,168890
definitionDH921539|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116J05, 5' end.DH921540|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-116J05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,189,465 - 20,190,653)(20,332,575 - 20,333,465)
sequence
gaattctatttcttcattgggaatttgatctcactgttagaattttatgg
gatatgaatatgatgctaggtccccactgttaccctcaacagcctaagta
gttcctagagaaacctagacttttaggggtctcaagtttgttaggacaca
aagaatgtccctaagatggtagaacatctactaatactctagaatggcta
cttgagcttagctaggacagatgaccatgaggaaaaaggaagttatcctc
accaatcataagaaactccataactcaggaccattgttttatcagaaata
tctgcagttttctcgttccttcctaaagagtcatctataggcaagagtac
caataaaatggccagattgcagctatacacccacttctgatgggcacaac
ctggggaccttgttctaccaagattgggaaaaaaaattcccaagtggaag
ggatcagccctaaagggttatgaaacactatgaaacgtacttatttcccc
aggcatggtgctgttctctaccttgggcaacagttcaacagtttgtttcc
tcaataaattgtctttttgcctattgaaacagtctagcttagtggttcta
gtgagcttcacttaagctcaactcaaggtcaacttgtttttatggactca
gtatagaaaaaactttcagtgaagtgagttggggtataataaaaacactt
taacaaaaacatgaggattaagtgtagctgcctgcggccacacgaactgg
gttcctgagtggggagagagaagaaaagaaaccaagacagatttctgatc
aaggaccaatgtttactaagagtctgtgcttataaagggggaaagcccat
ctcctgccatgccatgccaggcttcttgatgctttgttgctaagttgtta
gcactagtctgtcagagctgttagcattaggtcaccaattccacagattt
tcagctatctcaggaatatcccaggaagacaagttcaggctctcagcagg
tagccttggagagagctgcagcagcaagtgacagaacaataaagtcatct
agtggagctccccccaggttgtctcattcacagtgcagcagtctggatca
gcttgcttcaagctgaggagcttagttagtatgctagagaatctacaggt
ggatagatctagctagaa
gaattctcggtttagttctatacaccatgttttgattgggttgtctatag
agtgctcacaaaaagggatctatcatggcagccctccaaaagacccaaca
agcaactgaaagagtcagatgcagatatttgcatccaaccaatagacaga
agcagctgatccctgttgttgaattagggaaggctgaaagaagctgggga
gaagggcaacacttttcagatattcagcaaaatatcagaactttactctt
ctttaattttattatgctcactgtgtgtatgtgtgtgtgactgtgtatgt
gtgtgagtatgtggtgttcaattttgtacacatttttcaaagtgccatgt
tgaagtacaaaggaaacccacagatgttgtctaatatctggtcagagatt
gttaactccatattctgaacaaaaccacacattggttctttcctatttat
attacaaccacatgctccataatattcatagtggccttaattataagagc
cagaagctggtaacaacccatatgtccctcaacagaagaatggatacaga
atatgtggtatatttacacaatggattagtattcagctattaaaagcaat
gacttcttcaaattcacaggcaaatggatagaactagaaaatatcattct
gagtgaggttctctagacacacaagaatacacatggtatgtactcactga
taagtgggtattagtccaaaatctcagaatacccacaatacaacccacaa
atcatatggagtttaaaaagaaagaaggccaaagtatggatgcttcaatc
ctacatagaatggggaacaaaataatcacaggagatagagggagttaggg
accttggaggaagaaaggagggggaggaaaaagggggagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_20189465_20190653
seq2: B6Ng01-116J05.b_45_1212

seq1  GAATTCTATTTCTTCATTGGGAATTTGATCTCACTGTTAGAATTTTATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTTCTTCATTGGGAATTTGATCTCACTGTTAGAATTTTATGG  50

seq1  GATATGAATATGATGCTAGGTCCCCACTGTTACCCTCAACAGCCTAAGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGAATATGATGCTAGGTCCCCACTGTTACCCTCAACAGCCTAAGTA  100

seq1  GTTCCTAGAGAAACCTAGACTTTTAGGGGTCTCAAGTTTGTTAGGACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTAGAGAAACCTAGACTTTTAGGGGTCTCAAGTTTGTTAGGACACA  150

seq1  AAGAATGTCCCTAAGATGGTAGAACATCTACTAATACTCTAGAATGGCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGTCCCTAAGATGGTAGAACATCTACTAATACTCTAGAATGGCTA  200

seq1  CTTGAGCTTAGCTAGGACAGATGACCATGAGGAAAAAGGAAGTTATCCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGCTTAGCTAGGACAGATGACCATGAGGAAAAAGGAAGTTATCCTC  250

seq1  ACCAATCATAAGAAACTCCATAACTCAGGACCATTGTTTTATCAGAAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATCATAAGAAACTCCATAACTCAGGACCATTGTTTTATCAGAAATA  300

seq1  TCTGCAGTTTTCTCGTTCCTTCCTAAAGAGTCATCTATAGGCAAGAGTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGTTTTCTCGTTCCTTCCTAAAGAGTCATCTATAGGCAAGAGTAC  350

seq1  CAATAAAATGGCCAGATTGCAGCTATACACCCACTTCTGATGGGCACAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAAATGGCCAGATTGCAGCTATACACCCACTTCTGATGGGCACAAC  400

seq1  CTGGGGACCTTGTTCTACCAAGATTGGGAAAAAAAATTCCCAAGTGGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGACCTTGTTCTACCAAGATTGGGAAAAAAAATTCCCAAGTGGAAG  450

seq1  GGATCAGCCCTAAAGGGTTATGAAACACTATGAAACGTACTTATTTCCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCAGCCCTAAAGGGTTATGAAACACTATGAAACGTACTTATTTCCCC  500

seq1  AGGCATGGTGCTGTTCTCTACCTTGGGCAACAGTTCAACAGTTTGTTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCATGGTGCTGTTCTCTACCTTGGGCAACAGTTCAACAGTTTGTTTCC  550

seq1  TCAATAAATTGTCTTTTTGCCTATTGAAACAGTCTAGCTTAGTGGTTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAAATTGTCTTTTTGCCTATTGAAACAGTCTAGCTTAGTGGTTCTA  600

seq1  GTGAGCTTCACTTAAGCTCAACTCAAGGTCAACTTGTTTTTATGGACTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCTTCACTTAAGCTCAACTCAAGGTCAACTTGTTTTTATGGACTCA  650

seq1  GTATAGAAAAAACTTTCAGTGAAGTGAGTTGGGGTATAATAAAAACACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGAAAAAACTTTCAGTGAAGTGAGTTGGGGTATAATAAAAACACTT  700

seq1  TAACAAAAACATGAGGATTAAGTGTAGCTGCCTGCGGCCACACGAACTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAAAACATGAGGATTAAGTGTAGCTGCCTGCGGCCACACGAACTGG  750

seq1  GTTCCTGAGTGGGGAGAGAGAAGAAAAGAAACCAAGACAGATTTCTGATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGAGTGGGGAGAGAGAAGAAAAGAAACCAAGACAGATTTCTGATC  800

seq1  AAGGACCAATGTTTACTAAGAGTCTGTGCTTATAAAGGGGGAAAGCCCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACCAATGTTTACTAAGAGTCTGTGCTTATAAAGGGGGAAAGCCCAT  850

seq1  CTCCTGCCATGCCATGCCAGGCTTCTTGATGCTTTGTTGCTAAGTTGTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCCATGCCATGCCAGGCTTCTTGATGCTTTGTTGCTAAGTTGTTA  900

seq1  GCACTAGTCTGTCAGAGCTGTTAGCATTAGGTCACCAATTCCACAGATTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTAGTCTGTCAGAGCTGTTAGCATTAGGTCACCAATTCCACAGATTT  950

seq1  TCAGCTATCTCAGGAATATCCCAGGAAGACAAGTTCAGCCTCTCAGCAGG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCAGCTATCTCAGGAATATCCCAGGAAGACAAGTTCAGGCTCTCAGCAGG  1000

seq1  TAGCCTTGGAGAAGAGCTGCAGCAGCAAGTGACAGAACAATAAAGCCATC  1050
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TAGCCTTGGAG-AGAGCTGCAGCAGCAAGTGACAGAACAATAAAGTCATC  1049

seq1  TAGGTTGGAAGGCTCCCCCCCAGGTGGTCTCATTCACAGTGGCAGCAAGG  1100
      |||  ||||  ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||  |
seq2  TAG--TGGA--GCT-CCCCCCAGGTTGTCTCATTCACAGT-GCAGCA--G  1091

seq1  TCTGAATCAGCCTGCTCAAGGCTGGAGGAGGCTACAGTTAAGTATGCTAA  1150
      |||| |||||| ||||  | ||| ||||||  |  |||| |||||||| |
seq2  TCTGGATCAGCTTGCTTCAAGCT-GAGGAGCTT--AGTT-AGTATGCT-A  1136

seq1  GAGATATCTACAAGTGTGGATATGATTTCTAGCTTAGAA  1189
      |||| |||||||   ||||||| ||  |||||| |||||
seq2  GAGA-ATCTACA--GGTGGATA-GA--TCTAGC-TAGAA  1168

seq1: chr3_20332575_20333465
seq2: B6Ng01-116J05.g_70_959 (reverse)

seq1  GCTCCCCCTTTTTTCCTCCCCCTCCTTTCTTCCTCCAAGGTCCCTAACTC  50
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCCC-TTTTTCCTCCCCCTCCTTTCTTCCTCCAAGGTCCCTAACTC  49

seq1  CCTCTATCTCCTGTGATTATTTTGTTCCCCATTCTATGTAGGATTGAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTATCTCCTGTGATTATTTTGTTCCCCATTCTATGTAGGATTGAAGC  99

seq1  ATCCATACTTTGGCCTTCCTTCTTTTTAAACTCCATATGATTTGTGGGTT  150
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATACTTTGGCCTTCTTTCTTTTTAAACTCCATATGATTTGTGGGTT  149

seq1  GTATTGTGGGTATTCTGAGATTTTGGACTAATACCCACTTATCAGTGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGTGGGTATTCTGAGATTTTGGACTAATACCCACTTATCAGTGAGT  199

seq1  ACATACCATGTGTATTCTTGTGTGTCTAGAGAACCTCACTCAGAATGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACCATGTGTATTCTTGTGTGTCTAGAGAACCTCACTCAGAATGATA  249

seq1  TTTTCTAGTTCTATCCATTTGCCTGTGAATTTGAAGAAGTCATTGCTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAGTTCTATCCATTTGCCTGTGAATTTGAAGAAGTCATTGCTTTT  299

seq1  AATAGCTGAATACTAATCCATTGTGTAAATATACCACATATTCTGTATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCTGAATACTAATCCATTGTGTAAATATACCACATATTCTGTATCC  349

seq1  ATTCTTCTGTTGAGGGACATATGGGTTGTTACCAGCTTCTGGCTCTTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCTGTTGAGGGACATATGGGTTGTTACCAGCTTCTGGCTCTTATA  399

seq1  ATTAAGGCCACTATGAATATTATGGAGCATGTGGTTGTAATATAAATAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGGCCACTATGAATATTATGGAGCATGTGGTTGTAATATAAATAGG  449

seq1  AAAGAACCAATGTGTGGTTTTGTTCAGAATATGGAGTTAACAATCTCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACCAATGTGTGGTTTTGTTCAGAATATGGAGTTAACAATCTCTGA  499

seq1  CCAGATATTAGACAACATCTGTGGGTTTCCTTTGTACTTCAACATGGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATATTAGACAACATCTGTGGGTTTCCTTTGTACTTCAACATGGCAC  549

seq1  TTTGAAAAATGTGTACAAAATTGAACACCACATACTCACACACATACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAAATGTGTACAAAATTGAACACCACATACTCACACACATACACA  599

seq1  GTCACACACACATACACACAGTGAGCATAATAAAATTAAAGAAGAGTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACACACACATACACACAGTGAGCATAATAAAATTAAAGAAGAGTAAA  649

seq1  GTTCTGATATTTTGCTGAATATCTGAAAAGTGTTGCCCTTCTCCCCAGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGATATTTTGCTGAATATCTGAAAAGTGTTGCCCTTCTCCCCAGCT  699

seq1  TCTTTCAGCCTTCCCTAATTCAACAACAGGGATCAGCTGCTTCTGTCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCAGCCTTCCCTAATTCAACAACAGGGATCAGCTGCTTCTGTCTAT  749

seq1  TGGTTGGATGCAAATATCTGCATCTGACTCTTTCAGTTGCTTGTTGGGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGATGCAAATATCTGCATCTGACTCTTTCAGTTGCTTGTTGGGTC  799

seq1  TTTTGGAGGGCTGCCATGATAGATCCCTTTTTGTGAGCACTCTATAGACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAGGGCTGCCATGATAGATCCCTTTTTGTGAGCACTCTATAGACA  849

seq1  ACCCAATCAAAACATGGTGTATAGAACTAAACCGAGAATTC  891
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAATCAAAACATGGTGTATAGAACTAAACCGAGAATTC  890