BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117B14
Chromosome3 (Build37)
Map Location 19,789,422 - 19,876,394
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040237, 4632415L05Rik, Cp
Upstream geneArmc1, Mtfr1, Pde7a, Dnajc5b, EG620290, Trim55, Crh, LOC665002, LOC100039304
Downstream geneHps3, Hltf, Gyg, Cpa3, EG664965, LOC100040283, Cpb1, Agtr1b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117B14.bB6Ng01-117B14.g
ACCDH921927DH921928
length1,1241,150
definitionDH921927|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117B14, 5' end.DH921928|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117B14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(19,875,256 - 19,876,394)(19,789,422 - 19,790,589)
sequence
gaattcctataggccacacagatcatcttcagggaggaaatggcatgccc
aggagctagaagatggattcatacaaatactctctagtttagaaaatggt
ctattcattcagaagatagtccatggaaccaaagcaaataagctctcagg
gaagagaatcctgaagccttgtttgtctttctcttatgagtcattcaagt
gaaaagtgattgtcaaagtgaaaacggctaactaatgtgcagagttgaca
gatccttcacaaaattgcatcagtgatgagggttgcttagtctgagttta
ttggtgatttagatacatttaagctattcatgctcctgtaaataaagtca
gtaaagtcactagtgcactgagctagacgtgggtaggatcattcctttgg
gccagcgatggcctgtctcgggtgaagggatacttatttcaactccatgg
gaaggttcttactactggtctcaaatatggttgcccagcccacccccttt
ctggtttttgttttgtttttttgagacaggtttacaagttcctctgtgta
gtcctgtctgtcttagaacttggatctatagatcagactggcctcaaccc
tacatagatccacctgcctctgtacctaagtgctgagattaaagatgagt
gccactgctcctggctaaatgtggtccttttgtctcaagcactagagctg
cagggcctacgtctctgtgcccagtttagaagaccatatctgtataattt
tgtttggtttgtttgtttgaaacagggtctcatgtggcccagaattgcct
caccctctaggtagctggggatagccttgagctctttattttcgtccttc
cacttcccaaatgctgggactacaggtatacggatcacatgacaggatct
cttatctccagagatacatcataaactacttatttatagatttaaaaatg
atgggatcctggtggtaagtcagaggtgtttttattgctatttatcacaa
aacagtatgatttcatatataatgcattcctgatgcacttgagatatttc
tatgagaaaataaatgcataatactttaaactgtatgatcttactatgaa
gacaaatgtctatacttttgatct
gaattcagctgctttttgctttttgtgatatttggtgaagaattcaggag
aagaatattgtgatattttggtgaagaattcagctgctttttgcccttca
gaagagtgcttgctaaagagataaaaaaatagcaagctgggcatgggaaa
atacaaaatatacagattgaggagtaaaggggactcaaaaagtggcatgt
agttaagtcctatattcaaggagatacacagattaagaaatggaacaaag
attgagctgacctcagtgatagaccccacctagctaagtccccaactggt
gaaaaggaattaaagaaaattttaggtccaggcatggtggcatgcccctt
caattccagtactcaagagacaaaggcactaaaatctctgagttcaaagt
tagccaagtctacagagctagtttcgtgagagccaggcttaagcagtaaa
ggagttcaaggtcagtctaaggagttccacgtccgcctagtttattcatc
aagttacaaccgagccagggctagtcaatgggatcctacccccaaccccc
ataatttaaaggtatttattttaagacaactggtatcaaatttagaatcc
tcctccatgccaattacaatcatatattaccataaccagttatgatttct
tgctcattgaaatcttgctttcataaatttaaatgtaattttaaaataat
aatttaataagtagacctaaatattctaattggatatgctgaacacaaat
acttataaaattccataactatagctctcctttatacatgaatctctcat
ttatgaattaacctccttctcatagtaacatttcaaagccaaaacaaatc
tcattcttttggatatatattttatgaataaaaaatatcatcttaaaggt
ggtgatagattgtgggcaagtaacaaaaaatggcactgataaattgttag
gaaacgaaggttattagtctttccaggcagcaaaacagttgattcagttt
tgggttaaaaccaaaggttccatgtagacatggtacagtgttgtagctat
gctggctgctctccactactaccatcttagtagctatgccttcatgttct
ttaacaatgattttagttaggatttctgacttagctgaggcaatttgtct

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_19875256_19876394
seq2: B6Ng01-117B14.b_44_1167 (reverse)

seq1  AGATCAAAAGTATAGAACCATTCTGGTCTTCATAGTAAGATCATACAGTT  50
      ||||||||||||||||  |||  | |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAAAAGTATAGA--CAT--TTGTCTTCATAGTAAGATCATACAGTT  46

seq1  TTTAAAAGTATTATGCATTTATTTTCTCATAGAAATATCTCAAGTGCATC  100
      |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T---AAAGTATTATGCATTTATTTTCTCATAGAAATATCTCAAGTGCATC  93

seq1  AGGAATTGCATTATATATGAAATTCATACTGTTTTGTGATAAAATTAGCA  150
      ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||
seq2  AGGAA-TGCATTATATATGAAA-TCATACTGTTTTGTGATAAA--TAGCA  139

seq1  ATAAAAACAACCTCTTGACTTACCACCAGGATCCCATCATTTTTTAAATC  200
      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATAAAAAC-ACCTC-TGACTTACCACCAGGATCCCATCA-TTTTTAAATC  186

seq1  TATAAAATAAGTAGTTTATGATGTATCTCTGGAGATAAGAGATCCTGTCA  250
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAT-AAATAAGTAGTTTATGATGTATCTCTGGAGATAAGAGATCCTGTCA  235

seq1  TGTGATCCGTATACCTGTAGTCCCAGCATTTGGGAAGTGGAAGGACGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCCGTATACCTGTAGTCCCAGCATTTGGGAAGTGGAAGGACGAAA  285

seq1  ATAAAGAGCTCAAGGCTATCCCCAGCTACCTAGAGGGTGAGGCAATTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGAGCTCAAGGCTATCCCCAGCTACCTAGAGGGTGAGGCAATTCTG  335

seq1  GGCCACATGAGACCCTGTTTCAAACAAACAAACCAAACAAAATTATACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACATGAGACCCTGTTTCAAACAAACAAACCAAACAAAATTATACAG  385

seq1  ATATGGTCTTCTAAACTGGGCACAGAGACGTAGGCCCTGCAGCTCTAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTCTTCTAAACTGGGCACAGAGACGTAGGCCCTGCAGCTCTAGTG  435

seq1  CTTGAGACAAAAGGACCACATTTAGCCAGGAGCAGTGGCACTCATCTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGACAAAAGGACCACATTTAGCCAGGAGCAGTGGCACTCATCTTTA  485

seq1  ATCTCAGCACTTAGGTACAGAGGCAGGTGGATCTATGTAGGGTTGAGGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAGCACTTAGGTACAGAGGCAGGTGGATCTATGTAGGGTTGAGGCC  535

seq1  AGTCTGATCTATAGATCCAAGTTCTAAGACAGACAGGACTACACAGAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGATCTATAGATCCAAGTTCTAAGACAGACAGGACTACACAGAGGA  585

seq1  ACTTGTAAACCTGTCTCAAAAAAACAAAACAAAAACCAGAAAGGGGGTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTAAACCTGTCTCAAAAAAACAAAACAAAAACCAGAAAGGGGGTGG  635

seq1  GCTGGGCAACCATATTTGAGACCAGTAGTAAGAACCTTCCCATGGAGTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGCAACCATATTTGAGACCAGTAGTAAGAACCTTCCCATGGAGTTG  685

seq1  AAATAAGTATCCCTTCACCCGAGACAGGCCATCGCTGGCCCAAAGGAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGTATCCCTTCACCCGAGACAGGCCATCGCTGGCCCAAAGGAATG  735

seq1  ATCCTACCCACGTCTAGCTCAGTGCACTAGTGACTTTACTGACTTTATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTACCCACGTCTAGCTCAGTGCACTAGTGACTTTACTGACTTTATTT  785

seq1  ACAGGAGCATGAATAGCTTAAATGTATCTAAATCACCAATAAACTCAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGCATGAATAGCTTAAATGTATCTAAATCACCAATAAACTCAGAC  835

seq1  TAAGCAACCCTCATCACTGATGCAATTTTGTGAAGGATCTGTCAACTCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAACCCTCATCACTGATGCAATTTTGTGAAGGATCTGTCAACTCTG  885

seq1  CACATTAGTTAGCCGTTTTCACTTTGACAATCACTTTTCACTTGAATGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTAGTTAGCCGTTTTCACTTTGACAATCACTTTTCACTTGAATGAC  935

seq1  TCATAAGAGAAAGACAAACAAGGCTTCAGGATTCTCTTCCCTGAGAGCTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAGAGAAAGACAAACAAGGCTTCAGGATTCTCTTCCCTGAGAGCTT  985

seq1  ATTTGCTTTGGTTCCATGGACTATCTTCTGAATGAATAGACCATTTTCTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTTTGGTTCCATGGACTATCTTCTGAATGAATAGACCATTTTCTA  1035

seq1  AACTAGAGAGTATTTGTATGAATCCATCTTCTAGCTCCTGGGCATGCCAT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGAGAGTATTTGTATGAATCCATCTTCTAGCTCCTGGGCATGCCAT  1085

seq1  TTCCTCCCTGAAGATGATCTGTGTGGCCTATAGGAATTC  1139
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCCCTGAAGATGATCTGTGTGGCCTATAGGAATTC  1124

seq1: chr3_19789422_19790589
seq2: B6Ng01-117B14.g_67_1216

seq1  GAATTCAGCTGCTTTTTGCTTTTTGTGATATTTGGTGAAGAATTCAGGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTGCTTTTTGCTTTTTGTGATATTTGGTGAAGAATTCAGGAG  50

seq1  AAGAATATTGTGATATTTTGGTGAAGAATTCAGCTGCTTTTTGCCCTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATATTGTGATATTTTGGTGAAGAATTCAGCTGCTTTTTGCCCTTCA  100

seq1  GAAGAGTGCTTGCTAAAGAGATAAAAAAATAGCAAGCTGGGCATGGGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGTGCTTGCTAAAGAGATAAAAAAATAGCAAGCTGGGCATGGGAAA  150

seq1  ATACAAAATATACAGATTGAGGAGTAAAGGGGACTCAAAAAGTGGCATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAAATATACAGATTGAGGAGTAAAGGGGACTCAAAAAGTGGCATGT  200

seq1  AGTTAAGTCCTATATTCAAGGAGATACACAGATTAAGAAATGGAACAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAGTCCTATATTCAAGGAGATACACAGATTAAGAAATGGAACAAAG  250

seq1  ATTGAGCTGACCTCAGTGATAGACCCCACCTAGCTAAGTCCCCAACTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGCTGACCTCAGTGATAGACCCCACCTAGCTAAGTCCCCAACTGGT  300

seq1  GAAAAGGAATTAAAGAAAATTTTAGGTCCAGGCATGGTGGCATGCCCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGAATTAAAGAAAATTTTAGGTCCAGGCATGGTGGCATGCCCCTT  350

seq1  CAATTCCAGTACTCAAGAGACAAAGGCACTAAAATCTCTGAGTTCAAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCCAGTACTCAAGAGACAAAGGCACTAAAATCTCTGAGTTCAAAGT  400

seq1  TAGCCAAGTCTACAGAGCTAGTTTCGTGAGAGCCAGGCTTAAGCAGTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAAGTCTACAGAGCTAGTTTCGTGAGAGCCAGGCTTAAGCAGTAAA  450

seq1  GGAGTTCAAGGTCAGTCTAAGGAGTTCCACGTCCGCCTAGTTTATTCATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTCAAGGTCAGTCTAAGGAGTTCCACGTCCGCCTAGTTTATTCATC  500

seq1  AAGTTACAACCGAGCCAGGGCTAGTCAATGGGATCCTACCCCCAACCCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTACAACCGAGCCAGGGCTAGTCAATGGGATCCTACCCCCAACCCCC  550

seq1  ATAATTTAAAGGTATTTATTTTAAGACAACTGGTATCAAATTTAGAATCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTAAAGGTATTTATTTTAAGACAACTGGTATCAAATTTAGAATCC  600

seq1  TCCTCCATGCCAATTACAATCATATATTACCATAACCAGTTATGATTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCATGCCAATTACAATCATATATTACCATAACCAGTTATGATTTCT  650

seq1  TGCTCATTGAAATCTTGCTTTCATAAATTTAAATGTAATTTTAAAATAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATTGAAATCTTGCTTTCATAAATTTAAATGTAATTTTAAAATAAT  700

seq1  AATTTAATAAGTAGACCTAAATATTCTAATTGGATATGCTGAACACAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAATAAGTAGACCTAAATATTCTAATTGGATATGCTGAACACAAAT  750

seq1  ACTTATAAAATTCCATAACTATAGCTCTCCTTTATACATGAATCTCTCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATAAAATTCCATAACTATAGCTCTCCTTTATACATGAATCTCTCAT  800

seq1  TTATGAATTAACCTCCTTCTCAAAGTAACATTTCAAAGCCAAAACAAATC  850
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAATTAACCTCCTTCTCATAGTAACATTTCAAAGCCAAAACAAATC  850

seq1  TCATTCTTTTGGATATATATTTTATGAATAAAAAATATCATCTTAAAGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTTTTGGATATATATTTTATGAATAAAAAATATCATCTTAAAGGT  900

seq1  GGTGATAAGATTGT-GGCAAGTAAC-AAAAATGGCACTGATAAATTGTTA  948
      |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAT-AGATTGTGGGCAAGTAACAAAAAATGGCACTGATAAATTGTTA  949

seq1  GGAAACGAAGGTTATTAAGCCTTTCCAGGCAGCAAAACAAGTTGATTCAG  998
      |||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGAAACGAAGGTTATT-AGTCTTTCCAGGCAGCAAAAC-AGTTGATTCAG  997

seq1  TTTTTGGGTTAAAACACAAAGTTCCATGTAGACAATGGTACAGTGTTTGT  1048
       ||||||||||||||  || ||||||||||||| |||||||||||||   
seq2  -TTTTGGGTTAAAACCAAAGGTTCCATGTAGAC-ATGGTACAGTGTT--G  1043

seq1  TAGCTATGCTGCCTGCTTCTCCACTAACTACACATC-TAGTAGCTATGCC  1097
      ||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||||
seq2  TAGCTATGCTGGCTGC-TCTCCACT-ACTAC-CATCTTAGTAGCTATGCC  1090

seq1  TTCATTGTTTCTTTTTAAAACAATGGATTTTTAGTATAGATTTCTGACTA  1147
      |||||   ||||||    |||||||   |||||||   ||||||||||| 
seq2  TTCAT--GTTCTTT----AACAATG--ATTTTAGTTAGGATTTCTGACT-  1131

seq1  AAGCTGAAGCAAATTTTGTCT  1168
       |||||| ||||  |||||||
seq2  TAGCTGAGGCAA--TTTGTCT  1150