BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117B15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 41,083,670 - 41,223,238
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666004
Upstream geneLOC100040882, Intu, Slc25a31, Hspa4l, Plk4, Mfsd8, LOC100039027, LOC100039043, 3110057O12Rik, 1700034I23Rik, Larp2, Pgrmc2
Downstream genePpia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17, Sclt1, D3Ertd751e, LOC666031
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117B15.bB6Ng01-117B15.g
ACCDH921929DH921930
length1,057662
definitionDH921929|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117B15, 5' end.DH921930|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117B15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,222,182 - 41,223,238)(41,083,670 - 41,084,331)
sequence
gaattccaagcgataattactgatcaggccatggtggctccaggagacag
caaatggtcagttaccgagttgtcacccaggagagggggaaagcctgttg
ctatctctgaggagttctgctgtctccagcactggcttgcagaatcacag
ctcctcattctactgcaagcctcaagtgagtctttaacagccactggtca
ctaggaagacctgggaaccatgtccagatcctgacttgtgacaggctttt
gtgctttaatatcaagggattagcccccagatcagatgggagggaggtgc
ttccccactggagttcacaccctgctaagcaacatctctacctcttcagt
cttggaagaacagtaaaggagtcaactgaatacagaactaggctgctgtt
ttcagaggaacaagctatctctgtttgggaaaagaagagactgacatgcc
ctggtcaagtcctcctgtggaggtcctgttctgagttctgtgttagagga
gacattgtgcactgtggtgagactgatgcttcagaacccagacaacaaca
gtcagaaaacactgcccaggaatgtacacacattcctttcaaggagcttc
tgttcttcttggagacttacaatcctgggaagaagatacactgtgtattc
ccaaagagaatggtagacataacacacagaacttggtgacccagtggtca
gtgttgctcatggtatcgagaacctcagttgcccgaagatttttgcaact
ctgtgtgtcactgaggccaaggggaacatccatcctactgtcctgctgtg
gacacacaggcaaaagcccaggatttagagaccaaagcactcaaaggtca
atgctattgcctgaaatgtatgaggggtaagaccttggcaattaatactg
gctgcgtcctctgtaaagtagaggtaagaaatgtgtcagacatgctctga
gacatgctgttaaagtgtgtgtgttatacagggatgctctttcattccag
gtaactaaaccaccttggagagaaagagagatggcggtggtggtgacata
cacacac
gaattccaggtaagtctgtggattagaagcttcctctttatgaattaagg
gaggacaagtgtcaggatgaggaaagatagggttctatcctaaagacaga
gaacccacgatggagtggtgggccagctgaaaggtttagagaaataaaaa
tgattgatgaaaagaataaagccagcatttggaagctgattatgggatgg
atccctgcatatggcaatcactagatggtccatccttttgtcacagctcc
aaattttgtctctgtaactcctttcatgggtgttttgttctcatttctaa
gaaagggtaaagtgtccacactttggtcttcgttcttcttgaatttcatg
cgtttggcaagttgtatcttatatcttgggtatcctaagtttctgggcta
atatccacttatcagtgagtacatattgaaggacccagatatagctctct
cttgtgaaactatgccggggcctagcaaacacagaagtggatgatcacag
tcagctattggatggatcacacggcccccaatggaggagctagagaaatt
acccaaggagctaaagggatctgcaaccctataggtggaacaacattatg
aactaaccagtaccccggagctcttgactctagctgcatatgtatcaaaa
gatggcctagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_41222182_41223238
seq2: B6Ng01-117B15.b_46_1102 (reverse)

seq1  GTGTGTGTATGTCACCACCACCGCCATCTCTCTTTCTCTCCAAGGTTGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTGTGTGTATGTCACCACCACCGCCATCTCTCTTTCTCTCCAAGG-TGGT  49

seq1  TTATGTTACCTGGAATGAAAG-GCAT-CCTGTATAACACACACACTTTAA  98
      ||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTA-GTTACCTGGAATGAAAGAGCATCCCTGTATAACACACACACTTTAA  98

seq1  CAGCATGTCTCAGAGCATGTCTGACACATTTCTTACCTCTACTTTACAGA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGTCTCAGAGCATGTCTGACACATTTCTTACCTCTACTTTACAGA  148

seq1  GGACGCAGCCAGTATTAATTGCCAAGGTCTTACCCCTCATACATTTCAGG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGCAGCCAGTATTAATTGCCAAGGTCTTACCCCTCATACATTTCAGG  198

seq1  CAATAGCATTTGACC-TTGAGTGCTTTGGTCTCTAAATCCTGGGCTTTTG  247
      |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGCA-TTGACCTTTGAGTGCTTTGGTCTCTAAATCCTGGGCTTTTG  247

seq1  CCTGTGTGTCCACAGCAGGACAGTAGGATGGATGTTCCCCTTGGCCTCAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTGTCCACAGCAGGACAGTAGGATGGATGTTCCCCTTGGCCTCAG  297

seq1  TGACACACAGAGTTGCAAAAATCTTCGGGCAACTGAGGTTCTCGATACCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACACAGAGTTGCAAAAATCTTCGGGCAACTGAGGTTCTCGATACCA  347

seq1  TGAGCAACACTGACCACTGGGTCACCAAGTTCTGTGTGTTATGTCTACCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAACACTGACCACTGGGTCACCAAGTTCTGTGTGTTATGTCTACCA  397

seq1  TTCTCTTTGGGAATACACAGTGTATCTTCTTCCCAGGATTGTAAGTCTCC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTTGGGAATACACAGTGTATCTTCTTCCCAGGATTGTAAGTCTCC  447

seq1  AAGAAGAACAGAAGCTCCTTGAAAGGAATGTGTGTACATTCCTGGGCAGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGAACAGAAGCTCCTTGAAAGGAATGTGTGTACATTCCTGGGCAGT  497

seq1  GTTTTCTGACTGTTGTTGTCTGGGTTCTGAAGCATCAGTCTCACCACAGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTGACTGTTGTTGTCTGGGTTCTGAAGCATCAGTCTCACCACAGT  547

seq1  GCACAATGTCTCCTCTAACACAGAACTCAGAACAGGACCTCCACAGGAGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAATGTCTCCTCTAACACAGAACTCAGAACAGGACCTCCACAGGAGG  597

seq1  ACTTGACCAGGGCATGTCAGTCTCTTCTTTTCCCAAACAGAGATAGCTTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGACCAGGGCATGTCAGTCTCTTCTTTTCCCAAACAGAGATAGCTTG  647

seq1  TTCCTCTGAAAACAGCAGCCTAGTTCTGTATTCAGTTGACTCCTTTACTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTGAAAACAGCAGCCTAGTTCTGTATTCAGTTGACTCCTTTACTG  697

seq1  TTCTTCCAAGACTGAAGAGGTAGAGATGTTGCTTAGCAGGGTGTGAACTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCAAGACTGAAGAGGTAGAGATGTTGCTTAGCAGGGTGTGAACTC  747

seq1  CAGTGGGGAAGCACCTCCCTCCCATCTGATCTGGGGGCTAATCCCTTGAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGGGAAGCACCTCCCTCCCATCTGATCTGGGGGCTAATCCCTTGAT  797

seq1  ATTAAAGCACAAAAGCCTGTCACAAGTCAGGATCTGGACATGGTTCCCAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGCACAAAAGCCTGTCACAAGTCAGGATCTGGACATGGTTCCCAG  847

seq1  GTCTTCCTAGTGACCAGTGGCTGTTAAAGACTCACTTGAGGCTTGCAGTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCCTAGTGACCAGTGGCTGTTAAAGACTCACTTGAGGCTTGCAGTA  897

seq1  GAATGAGGAGCTGTGATTCTGCAAGCCAGTGCTGGAGACAGCAGAACTCC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAGGAGCTGTGATTCTGCAAGCCAGTGCTGGAGACAGCAGAACTCC  947

seq1  TCAGAGATAGCAACAGGCTTTCCCCCTCTCCTGGGTGACAACTCGGTAAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGATAGCAACAGGCTTTCCCCCTCTCCTGGGTGACAACTCGGTAAC  997

seq1  TGACCATTTGCTGTCTCCTGGAGCCACCATGGCCTGATCAGTAATTATCG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATTTGCTGTCTCCTGGAGCCACCATGGCCTGATCAGTAATTATCG  1047

seq1  CTTGGAATTC  1057
      ||||||||||
seq2  CTTGGAATTC  1057

seq1: chr3_41083670_41084331
seq2: B6Ng01-117B15.g_69_730

seq1  GAATTCCAGGTAAGTCTGTGGATTAGAAGCTTCCTCTTTATGAATTAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTAAGTCTGTGGATTAGAAGCTTCCTCTTTATGAATTAAGG  50

seq1  GAGGACAAGTGTCAGGATGAGGAAAGATAGGGTTCTATCCTAAAGACAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACAAGTGTCAGGATGAGGAAAGATAGGGTTCTATCCTAAAGACAGA  100

seq1  GAACCCACGATGGAGTGGTGGGCCAGCTGAAAGGTTTAGAGAAATAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCACGATGGAGTGGTGGGCCAGCTGAAAGGTTTAGAGAAATAAAAA  150

seq1  TGATTGATGAAAAGAATAAAGCCAGCATTTGGAAGCTGATTATGGGATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGATGAAAAGAATAAAGCCAGCATTTGGAAGCTGATTATGGGATGG  200

seq1  ATCCCTGCATATGGCAATCACTAGATGGTCCATCCTTTTGTCACAGCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGCATATGGCAATCACTAGATGGTCCATCCTTTTGTCACAGCTCC  250

seq1  AAATTTTGTCTCTGTAACTCCTTTCATGGGTGTTTTGTTCTCATTTCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTGTCTCTGTAACTCCTTTCATGGGTGTTTTGTTCTCATTTCTAA  300

seq1  GAAAGGGTAAAGTGTCCACACTTTGGTCTTCGTTCTTCTTGAATTTCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGTAAAGTGTCCACACTTTGGTCTTCGTTCTTCTTGAATTTCATG  350

seq1  CGTTTGGCAAGTTGTATCTTATATCTTGGGTATCCTAAGTTTCTGGGCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTGGCAAGTTGTATCTTATATCTTGGGTATCCTAAGTTTCTGGGCTA  400

seq1  ATATCCACTTATCAGTGAGTACATATTGAAGGACCCAGATATAGCTCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCACTTATCAGTGAGTACATATTGAAGGACCCAGATATAGCTCTCT  450

seq1  CTTGTGAAACTATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGATCACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGAAACTATGCCGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGATCACAG  500

seq1  TCAGCTATTGGATGGATCACACGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTATTGGATGGATCACACGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAATT  550

seq1  ACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACATTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACATTATG  600

seq1  AACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAA  650

seq1  GATGGCCTAGTC  662
      ||||||||||||
seq2  GATGGCCTAGTC  662