BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-119G08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 121,923,510 - 122,067,670
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC626807, LOC100043724, Gclm, Ppia-ps3_1245.1, Dnttip2, LOC675117
Upstream geneTmem56, LOC668778, LOC668780, Alg14, Ppia-ps3_1234.1, Cnn3, Slc44a3, A730020M07Rik, 4930432M17Rik, F3, Abcd3, LOC100043298, Arhgap29, Abca4, EG668788
Downstream geneLOC100043726, Bcar3, Fnbp1l, Ppia-ps3_2252.1, Pde5a, LOC668792, Fabp2, 1810037I17Rik, Usp53, Myoz2, Synpo2, Sec24d
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-119G08.bB6Ng01-119G08.g
ACCDH923620DH923621
length1,173486
definitionDH923620|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119G08, 5' end.DH923621|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119G08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,923,510 - 121,924,694)(122,067,179 - 122,067,670)
sequence
gaattcctggaagcctttaaaggtagaatggagttttctacgtctgagtg
gagtggaagagaattttgtgggaattactccatagaattatcctttgacc
tccatgtatgcatggaggcatggattttcccaccctcccacccgcacact
acaatgaggtaaaatgaatagagaaggaaggtcccaggcacataggcaaa
attaggcagtgttcttcaaaaaacaaagtaaagccatgtagtttctcaga
gagggcactaattggagtttaagtaggggaagttcttcactgaacactgt
aaggaagtcaggagatccatctgcccaacataaataataaccttcattag
aaacggtaaaaccagaggaattatatgtatatgaggaattagcttcattt
atgatcattgaatgaatatttaagtggttgaagaatttgttagtttatga
gggttaagataacatgatctgtttttacaaagctaagctagacacatgca
ttttgaaggaacacctcgcatatgggcacagcttaaggctacagctgtgg
tgtgcacccagtggtccacagagaggagctggagccacagtgtacagctg
actcaggactcacctcccttgcaggccttggctcatggtataaatgaagt
ggctaagtctcctaacagctgacaatccattgccaccaatagcttggcca
gcacagctcccaatgttcagcaatctcttaatttcatgtcaagactcgca
ttatctagagtcttcttgaaaatcggattgtggtgtggagcaatggctca
gcagtcaagagcaccagctgttctttcagagggagatttccagcactgat
aacatagcttataactatgactccaatgtcatatgactggatatcctttt
ctgtcctctgtgtatctaggcactcaagtggtgacatgtagacaaaacat
ccacatacattataataaatgagcacaaaaactttttaaaaatcagttgc
ttgcttagaagctgagaagcttaggcagaagtacttaattcatttctttc
tacttcttaatatgggaggcatgcccttgctgagtattcttcaacttaaa
ggcctaaacctttgaagattcacaatggttaccttcgtgtccctgtttct
gttactttcaagatttgtgagcc
acgtctgtctagaacttgagaatgcaggcttctgtggccacgggcttgtg
cggatgttaacatgaggtcacagtgcattagggcaagcttaatagtgtct
ttgtggcagagacaaggaaatgtggatggaagcagacactgagagatgta
tagaaaaggagtcatgtgccaaaataaagcagaataaaacaaaaagtcca
caaaaatgccactggggtcctttgtgtcgcccaacaactcttgggcatgg
ggcctgacctgaagtgtgattgatataccagtgaagttttgaggttttgt
tttgcttttttcttttttaaattgtggttgggggttgttttggttttgtg
tctgtgtctgtggtgtgtgtgtgtgtgtgtctgtctgtctgtctgtctgt
ctgttttacctccttttttgtgtgtgtcttattttttaaaagaaaaagaa
cataaagctgcttgggtagggaggtgggaggacccg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_121923510_121924694
seq2: B6Ng01-119G08.b_49_1221

seq1  GAATTCCTGGAAGCCTTTAAAGGTAGAATGGAGTTTTCTACGTCTGAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGAAGCCTTTAAAGGTAGAATGGAGTTTTCTACGTCTGAGTG  50

seq1  GAGTGGAAGAGAATTTTGTGGGAATTACTCCATAGAATTATCCTTTGACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGAAGAGAATTTTGTGGGAATTACTCCATAGAATTATCCTTTGACC  100

seq1  TCCATGTATGCATGGAGGCATGGATTTTCCCACCCTCCCACCCGCACACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTATGCATGGAGGCATGGATTTTCCCACCCTCCCACCCGCACACT  150

seq1  ACAATGAGGTAAAATGAATAGAGAAGGAAGGTCCCAGGCACATAGGCAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGAGGTAAAATGAATAGAGAAGGAAGGTCCCAGGCACATAGGCAAA  200

seq1  ATTAGGCAGTGTTCTTCAAAAAACAAAGTAAAGCCATGTAGTTTCTCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGCAGTGTTCTTCAAAAAACAAAGTAAAGCCATGTAGTTTCTCAGA  250

seq1  GAGGGCACTAATTGGAGTTTAAGTAGGGGAAGTTCTTCACTGAACACTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCACTAATTGGAGTTTAAGTAGGGGAAGTTCTTCACTGAACACTGT  300

seq1  AAGGAAGTCAGGAGATCCATCTGCCCAACATAAATAATAACCTTCATTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGTCAGGAGATCCATCTGCCCAACATAAATAATAACCTTCATTAG  350

seq1  AAACGGTAAAACCAGAGGAATTATATGTATATGAGGAATTAGCTTCATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGGTAAAACCAGAGGAATTATATGTATATGAGGAATTAGCTTCATTT  400

seq1  ATGATCATTGAATGAATATTTAAGTGGTTGAAGAATTTGTTAGTTTATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCATTGAATGAATATTTAAGTGGTTGAAGAATTTGTTAGTTTATGA  450

seq1  GGGTTAAGATAACATGATCTGTTTTTACAAAGCTAAGCTAGACACATGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAAGATAACATGATCTGTTTTTACAAAGCTAAGCTAGACACATGCA  500

seq1  TTTTGAAGGAACACCTCGCATATGGGCACAGCTTAAGGCTACAGCTGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAAGGAACACCTCGCATATGGGCACAGCTTAAGGCTACAGCTGTGG  550

seq1  TGTGCACCCAGTGGTCCACAGAGAGGAGCTGGAGCCACAGTGTACAGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACCCAGTGGTCCACAGAGAGGAGCTGGAGCCACAGTGTACAGCTG  600

seq1  ACTCAGGACTCACCTCCCTTGCAGGCCTTGGCTCATGGTATAAATGAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGGACTCACCTCCCTTGCAGGCCTTGGCTCATGGTATAAATGAAGT  650

seq1  GGCTAAGTCTCCTAACAGCTGACAATCCATTGCCACCAATAGCTTGGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAAGTCTCCTAACAGCTGACAATCCATTGCCACCAATAGCTTGGCCA  700

seq1  GCACAGCTCCCAATGTTCAGCAATCTCTTAATTTCATGTCAAGACTCGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGCTCCCAATGTTCAGCAATCTCTTAATTTCATGTCAAGACTCGCA  750

seq1  TTATCTAGAGTCTTCTTGAAAATCGGATTGTGGTGTGGAGCAATGGCTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTAGAGTCTTCTTGAAAATCGGATTGTGGTGTGGAGCAATGGCTCA  800

seq1  GCAGTCAAGAGCACCAGCTGTTCTTCCAGAGGGAGATTTCCAGCACTGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCAAGAGCACCAGCTGTTCTTTCAGAGGGAGATTTCCAGCACTGAT  850

seq1  AACATAGCTTATAACTATGACTCCAATGTCATATGACTGGATATCCTTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGCTTATAACTATGACTCCAATGTCATATGACTGGATATCCTTTT  900

seq1  CTGTCCTCTGTGTATCTAGGCACTCAAGTGGTGACATGTAGACAAAACAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTCTGTGTATCTAGGCACTCAAGTGGTGACATGTAGACAAAACAT  950

seq1  CCACATACATTATAATAAATGAGCACAAAAAACTTTTTAAAAAATCAGGT  1000
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||
seq2  CCACATACATTATAATAAATGAGCAC-AAAAACTTTTT-AAAAATCA-GT  997

seq1  TGCTTGCTAAGAAGCTGAGAAGCCTAGGCAGAAGTACATAATTTCATTTC  1050
      |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||
seq2  TGCTTGCTTAGAAGCTGAGAAGCTTAGGCAGAAGTACTTAA-TTCATTTC  1046

seq1  TTTTCTACTTCTTAAATATGGGAGGCAATGCCC-TGCTGAGTATTCTTCA  1099
       |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  -TTTCTACTTCTT-AATATGGGAGGC-ATGCCCTTGCTGAGTATTCTTCA  1093

seq1  ACTTAGAGGGCTAAAACCTTTGAAGGATTCACAAATGGTTACCTTTCTGT  1149
      ||||| ||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||
seq2  ACTTAAAGGCCT-AAACCTTTGAA-GATTCAC-AATGGTTACCTTCGTGT  1140

seq1  CCCCGTGTCTCTGTTACTTTCTAGAATTTGTGAGCC  1185
      |||  ||| |||||||||||| || |||||||||||
seq2  CCC--TGTTTCTGTTACTTTCAAG-ATTTGTGAGCC  1173

seq1: chr3_122067179_122067670
seq2: B6Ng01-119G08.g_70_561 (reverse)

seq1  CGGGTCCTCCCACCTCCCTACCCAAGCAGCTTTATGTTCTTTTTCTTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTCCTCCCACCTCCCTACCCAAGCAGCTTTATGTTCTTTTTCTTTTA  50

seq1  AAAAATAAGACACACACAAAAAAGGAGGTAAAACAGACAGACAGACAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAGACACACACAAAAAAGGAGGTAAAACAGACAGACAGACAGAC  100

seq1  AGACAGACACACACACACACACACCACAGACACAGACACAAAACCAAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGACACACACACACACACACCACAGACACAGACACAAAACCAAAAC  150

seq1  AACCCCCAACCACAATTTAAAAAAGAAAAAAGCAAAACAAAACCTCAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCCAACCACAATTTAAAAAAGAAAAAAGCAAAACAAAACCTCAAAA  200

seq1  CTTCACTGGTATATCAATCACACTTCAGGTCAGGCCCCATGCCCAAGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACTGGTATATCAATCACACTTCAGGTCAGGCCCCATGCCCAAGAGT  250

seq1  TGTTGGGCGACACAAAGGACCCCAGTGGCATTTTTGTGGACTTTTTGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGGCGACACAAAGGACCCCAGTGGCATTTTTGTGGACTTTTTGTTT  300

seq1  TATTCTGCTTTATTTTGGCACATGACTCCTTTTCTATACATCTCTCAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTGCTTTATTTTGGCACATGACTCCTTTTCTATACATCTCTCAGTG  350

seq1  TCTGCTTCCATCCACATTTCCTTGTCTCTGCCACAAAGACACTATTAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTTCCATCCACATTTCCTTGTCTCTGCCACAAAGACACTATTAAGC  400

seq1  TTGCCCTAATGCACTGTGACCTCATGTTAACATCCGCACAAGCCCGTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTAATGCACTGTGACCTCATGTTAACATCCGCACAAGCCCGTGGC  450

seq1  CACAGAAGCCTGCATTCTCAAGTTCTAGACAGACGTGAATTC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAGCCTGCATTCTCAAGTTCTAGACAGACGTGAATTC  492