BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121H14
Chromosome3 (Build37)
Map Location 80,512,682 - 80,646,411
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGria2
Upstream geneRxfp1, Tmem144, 1110032E23Rik, EG626797
Downstream geneGlrb, EG626841, Pdgfc, LOC229443
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121H14.bB6Ng01-121H14.g
ACCDH925148DH925149
length1,144510
definitionDH925148|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121H14, 5' end.DH925149|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121H14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,645,252 - 80,646,411)(80,512,682 - 80,513,207)
sequence
gaattcctgtgcacccttgatctacagtccgcagacactcctcttttctc
agacgtgctttctttctcttccatcactctgtgtgcacaagaagctgctc
ttcaagattgtaaatggaagccatgatgtctttttacctatacaactcca
gcgtgtctttccaaattacaaggacctttcatttcatgaccacagcgata
gaatgggtcctcctcgggaaattggcactgagcgaattattaattctttt
ctattttctgtaactctccttcatagtacaagccaggatcatgagttttg
tttcattgttatgacatcaatttctttaacatgactggggctatgttgag
ttagagatggttagtggttaagaatgcttgcagaaggaccatgcctcagt
tcttagcatccatgtgcagcagctcacagctgcttataacctccattcca
aagaacctggcccctttctggcctctgcaggccccccacatgtggaactt
gggtaaacctatacatatataaagtatttttaaaatgtgattataccact
atccataaaggtatacttaatgtctcatgctgggcctcagtgaaccaaac
aaaacattcccttatcataaagttatttataccctaatatcccactaaat
tgacttcaaccaatttctctcatgtttagacttaagtaaagggctaaatt
ctggcatccccttttatagaaatggttagtgtaatgctttgtttcttctt
agtagaccaggcttgtgtgtcatgtctgtaaacactccttttaactcata
cgtatttcattcagaagtaggtgtgtttcagtcataggatttccctctct
ggtgactaatgaagttaaaatattttcctctgaaggtgaagtgctcaaat
taagctgctttaaaaccactcatttatcattatttataatactgaagatt
tccacttatgtgcatagtgaatgtgagatttagcacccggtctaaaatac
aaatagtttgctgtctattctatacctttactaacacattcatggtgagt
gtttacatgctaaagaaaaaagtattaagttatattatcaatgatgcata
tttattgcagatacattgttcagcactcactagctcactttgtt
gaattccaccttctctccctccattgctaagcatcctgtcctcatgattc
atacttttcccttcttcaatccacatcctagatgttccacactcaggtga
gctttgccttcctctttcaccattcaggtatatagaaccaggaatatagt
caccacaaagttcaaatgaagggtatgaagacaaacacctgtgcctttaa
ggggtctatctttgttatgaaggaagatggattggttatgaaggaagcac
tactagaccacaatatcaaatgggagggtggtgatgagccagagatgggt
tagttttgaaaggaagtgtgaagaacatatagaccttgttctgctgttct
cctgtgtcagcagcagggtaataattagctgtcaggctccacttcagcct
ccaagagaaattctgaatgttgaacttacccatgtggattcttccagtaa
catacagtaatgcaactgacaatttgagagtaaattgcagagaaataagc
tgtctgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_80645252_80646411
seq2: B6Ng01-121H14.b_45_1188 (reverse)

seq1  AACAAAGTGAGCTAGTGAGTGCTGAACCATTGTTATACTGC-ATAAATAT  49
      ||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| |||| ||||||||
seq2  AACAAAGTGAGCTAGTGAGTGCTGAACAAT--GTAT-CTGCAATAAATAT  47

seq1  GCAATCAATTTGATAATATAACTTTAATAACCTTATTTTCTATAGCATGG  99
      || ||||  ||||||||||||| ||||||  ||| |||||| ||||||| 
seq2  GC-ATCA--TTGATAATATAAC-TTAATA--CTT-TTTTCTTTAGCATGT  90

seq1  TAACACTCACCATGAATGTGTTAAGTAAAGGTTATAGAATAGACAGCAAA  149
       ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAACACTCACCATGAATGTGTT-AGTAAAGG-TATAGAATAGACAGCAAA  138

seq1  CTATTTGTTATTTTAGACCGGGTTGCTTAAATCTCACATTCACTATGCAC  199
      ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTG-TATTTTAGACCGGG-TGC-TAAATCTCACATTCACTATGCAC  185

seq1  ATAAGTGGAAATCTTCAGTATTATAAATAATGATAAATTGAGTGGTTTTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  ATAAGTGGAAATCTTCAGTATTATAAATAATGATAAA-TGAGTGG-TTTT  233

seq1  AAAGCAGCTTAATTTGAGCACTTCACCTTCAGAGGAAAATATTTTAACTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGCTTAATTTGAGCACTTCACCTTCAGAGGAAAATATTTTAACTT  283

seq1  CATTAGTCACCAGAGAGGGAAATCCTATGACTGAAACACACCTACTTCTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGTCACCAGAGAGGGAAATCCTATGACTGAAACACACCTACTTCTG  333

seq1  AATGAAATACGTATGAGTTAAAAGGAGTGTTTACAGACATGACACACAAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAATACGTATGAGTTAAAAGGAGTGTTTACAGACATGACACACAAG  383

seq1  CCTGGTCTACTAAGAAGAAACAAAGCATTACACTAACCATTTCTATAAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTCTACTAAGAAGAAACAAAGCATTACACTAACCATTTCTATAAAA  433

seq1  GGGGATGCCAGAATTTAGCCCTTTACTTAAGTCTAAACATGAGAGAAATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGCCAGAATTTAGCCCTTTACTTAAGTCTAAACATGAGAGAAATT  483

seq1  GGTTGAAGTCAATTTAGTGGGATATTAGGGTATAAATAACTTTATGATAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAAGTCAATTTAGTGGGATATTAGGGTATAAATAACTTTATGATAA  533

seq1  GGGAATGTTTTGTTTGGTTCACTGAGGCCCAGCATGAGACATTAAGTATA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGTTTTGTTTGGTTCACTGAGGCCCAGCATGAGACATTAAGTATA  583

seq1  CCTTTATGGATAGTGGTATAATCACATTTTAAAAATACTTTATATATGTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTATGGATAGTGGTATAATCACATTTTAAAAATACTTTATATATGTA  633

seq1  TAGGTTTACCCAAGTTCCACATGTGGGGGGCCTGCAGAGGCCAGAAAGGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTTACCCAAGTTCCACATGTGGGGGGCCTGCAGAGGCCAGAAAGGG  683

seq1  GCCAGGTTCTTTGGAATGGAGGTTATAAGCAGCTGTGAGCTGCTGCACAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGTTCTTTGGAATGGAGGTTATAAGCAGCTGTGAGCTGCTGCACAT  733

seq1  GGATGCTAAGAACTGAGGCATGGTCCTTCTGCAAGCATTCTTAACCACTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCTAAGAACTGAGGCATGGTCCTTCTGCAAGCATTCTTAACCACTA  783

seq1  ACCATCTCTAACTCAACATAGCCCCAGTCATGTTAAAGAAATTGATGTCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCTCTAACTCAACATAGCCCCAGTCATGTTAAAGAAATTGATGTCA  833

seq1  TAACAATGAAACAAAACTCATGATCCTGGCTTGTACTATGAAGGAGAGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAATGAAACAAAACTCATGATCCTGGCTTGTACTATGAAGGAGAGTT  883

seq1  ACAGAAAATAGAAAAGAATTAATAATTCGCTCAGTGCCAATTTCCCGAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAATAGAAAAGAATTAATAATTCGCTCAGTGCCAATTTCCCGAGG  933

seq1  AGGACCCATTCTATCGCTGTGGTCATGAAATGAAAGGTCCTTGTAATTTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCCATTCTATCGCTGTGGTCATGAAATGAAAGGTCCTTGTAATTTG  983

seq1  GAAAGACACGCTGGAGTTGTATAGGTAAAAAGACATCATGGCTTCCATTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGACACGCTGGAGTTGTATAGGTAAAAAGACATCATGGCTTCCATTT  1033

seq1  ACAATCTTGAAGAGCAGCTTCTTGTGCACACAGAGTGATGGAAGAGAAAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCTTGAAGAGCAGCTTCTTGTGCACACAGAGTGATGGAAGAGAAAG  1083

seq1  AAAGCACGTCTGAGAAAAGAGGAGTGTCTGCGGACTGTAGATCAAGGGTG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCACGTCTGAGAAAAGAGGAGTGTCTGCGGACTGTAGATCAAGGGTG  1133

seq1  CACAGGAATTC  1160
      |||||||||||
seq2  CACAGGAATTC  1144

seq1: chr3_80512682_80513207
seq2: B6Ng01-121H14.g_67_576

seq1  GAATTCCACCTTCTCTCCCTCCATTGCTAAGCATCCTGTCCTCATGATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCTTCTCTCCCTCCATTGCTAAGCATCCTGTCCTCATGATTC  50

seq1  ATACTTTTCCCTTCTTCAATCCACATCCTAGATGTTCCACACTCAGGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTTCCCTTCTTCAATCCACATCCTAGATGTTCCACACTCAGGTGA  100

seq1  GCTTTGCCTTCCTCTTTCACCATTCAGGTATATAGAACCAGGAATATAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGCCTTCCTCTTTCACCATTCAGGTATATAGAACCAGGAATATAGT  150

seq1  CACCACAAAGTTCAAATGAAGGGTATGAAGACAAACACCTGTGCCTTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACAAAGTTCAAATGAAGGGTATGAAGACAAACACCTGTGCCTTTAA  200

seq1  GGGGTCTATCTTTGTTATGAAGGAAGATGGATTGGTTATGAAGGAAGCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCTATCTTTGTTATGAAGGAAGATGGATTGGTTATGAAGGAAGCAC  250

seq1  TACTAGACCACAATATCAAATGGGAGGGTGGTGATGAGCCAGAGATGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGACCACAATATCAAATGGGAGGGTGGTGATGAGCCAGAGATGGGT  300

seq1  TAGATTTGAAAGGAAGTGTGAAGAACATATAGACCTTGTTCTGCTGTTCT  350
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTGAAAGGAAGTGTGAAGAACATATAGACCTTGTTCTGCTGTTCT  350

seq1  CCTGTGTCAGCAGCAGGGTAATAATTAGCTGTCAGGCTCCACTTCAGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTCAGCAGCAGGGTAATAATTAGCTGTCAGGCTCCACTTCAGCCT  400

seq1  CCAAGAGGAAATTCTGAATGTTTGAACTTATCCCATGTGGAATTCTTTCC  450
      |||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||
seq2  CCAAGA-GAAATTCTGAATG-TTGAACTTA-CCCATGTGG-ATTC-TTCC  445

seq1  AGGTAAACATACAGTAAGTGACACACTGACAAATATGCAGAGTAAATATG  500
      ||   |||||||||||| || || |||||| ||| || ||||||||| ||
seq2  AG--TAACATACAGTAA-TG-CA-ACTGAC-AATTTG-AGAGTAAAT-TG  487

seq1  CAGAGTAAATAAAGCTGTCTGGTGTG  526
      ||||| |||| ||||||||| |||||
seq2  CAGAG-AAAT-AAGCTGTCT-GTGTG  510