BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-122E09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 86,325,485 - 86,448,005
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrba, Mab21l2, EG667024
Upstream geneLOC100042237, LOC100042125, Pet112l, 9930021J17Rik, Glt28d2, LOC100042265, Gm1019, Sh3d19, Rps3a, LOC634201
Downstream geneLOC100042319, Dclk2, EG625055, Cd1d2, Cd1d1, LOC667897, Kirrel1, LOC100042355, Msr2, Cd5l, Fcrl1, Fcrl5, Etv3, EG546801, Arhgef11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-122E09.bB6Ng01-122E09.g
ACCDH925741DH925742
length1,1831,164
definitionDH925741|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122E09, 5' end.DH925742|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122E09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,325,485 - 86,326,675)(86,446,827 - 86,448,005)
sequence
gaattccaaaaatataattgataaagcacccagttaaataatgggcaata
gatatataaataggcacattgcccaatggagacattgagatggacagcaa
tattgagagtgatagcacttctgtaatctgagaactccagaggtaaagtc
agggcgctcaccaatctgagagtagcttagctatatagatagcatgaggt
tagccacttgtacataatttgactcctcccctcccaaaaaatcaaacata
aatgcaaacagaacagtaaataagtggatagtctctatgacaaaaacata
caatatcattaatcaccaggaaatgtaaatctaagcaataatatggtatc
acctcaccctgttaagattaacagttaccagaaaagtcaagttaacctaa
gctgagaagaaacagagggaaagatacccgtgggtctggttggctggaac
atagcatagtctttaagggggaagatatcaaaaagttgaaaataaaatat
atgtattttttccctggaattttacccctgattacttttcagcatgaaat
gaaatcattgcttcaaagatatatacatttgtatgtttattgagacactg
tttacaatacacaagaaaagagaagcagcctaaatgtacataaagtaagg
agtggacgatgtaaacatgacatacatacagagtagatatttagtcatgg
aaaagttgggtaacctgtagtttatgacaatgacgatggaactggaggtc
attattttaagtgaaataagctaggcacagtagggcaagtatctcatccc
aatcaattgatatctcatctcaatcaattgatatctcatatcaattaatt
tccatctcaaatggctaatctcagagaaattgaagatagattattgggta
ccaaatgttcagagttttaaccacagacaaatggtgtttttctaggtagc
tactttttaacctggtttaaatatatacatattatttatctgtattgaac
attatacagtatccctataatatgctcagttttgtgttttatataatata
tggcatgatgtataattatatatgcagcatgtatccctgcaacacagtga
ttttttaaataaatgaatgtatcatttaataaattagttcattattttgt
gacttacacgaagagccagttacacaagcaaga
gaattcaaagtaaaaagaaaatcctaacatctttatttgggcaacaaaaa
aagtcaggttcatcaatttttttttcatgtatctacccatatctcttata
gcttcctgacagttaagtatgaaataagtgctggtaatagaggaataggg
aataggtttcaacagcagtcattaactctcttaactatttccatcaaatg
tacctcaccatcaatagaaacttatctagagattcttttgaaaaggattt
cattattgttgtttctgcatgatgcgtgtgtagatgcatacatgccaaca
catgagtgtggagtttggaggacgactctggagcttggtgtatccttcca
tctttacctgggtccgcaacctaagtcaggttgtctaacttatacaacaa
gcactctaactgctgagccatctaagtgacccactgctgacaacagtgct
tctccagagaatcttatgagataaaaaaaaaatcttgacagattttccaa
taggagagattacttttgcatataataggatcttcaacagagtatctcta
atatagcaatattgtaatctataatgtcaaataaaatagaagaatataat
taatcttgtaaagtagcatatctcagtgtggcagggcatcatcaccccag
cacaaactttgtacgtgttctatagtaatacatgcatagtaatataactt
ttctcctgtcaaatgcctgtttcttatgtggtacttctctccccacatgg
tgctattatttatgtataagttatattattttataagactataaggggcc
taaaaacaataggttcatctcattatgctttaacagcacccaacacagtt
ccttattggacttctgaggatagaagtggaagtctggcaaggattatagt
acctacatagtgattattttaaaatagacctttgagagatacaataatat
gcctgagattttcctgtttcatgctgtggtaatttcttcactatgttgga
agtgtgtcagcatggtgcttctagaacatacattcaacgatgttgtgaag
aaggaacaataattctataataaaaatttccactaatgaaatgaaagaat
atccagccaggcgaacgaacgaatgccatccaaagaagaaaacaatctga
caaggttcttggcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_86325485_86326675
seq2: B6Ng01-122E09.b_47_1229

seq1  GAATTCCAAAAATATAATTGATAAAGCACCCAGTTAAATAATGGGCAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAAATATAATTGATAAAGCACCCAGTTAAATAATGGGCAATA  50

seq1  GATATATAAATAGGCACATTGCCCAATGGAGACATTGAGATGGACAGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATATAAATAGGCACATTGCCCAATGGAGACATTGAGATGGACAGCAA  100

seq1  TATTGAGAGTGATAGCACTTCTGTAATCTGAGAACTCCAGAGGTAAAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGAGAGTGATAGCACTTCTGTAATCTGAGAACTCCAGAGGTAAAGTC  150

seq1  AGGGCGCTCACCAATCTGAGAGTAGCTTAGCTATATAGATAGCATGAGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCGCTCACCAATCTGAGAGTAGCTTAGCTATATAGATAGCATGAGGT  200

seq1  TAGCCACTTGTACATAATTTGACTCCTCCCCTCCCAAAAAATCAAACATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCACTTGTACATAATTTGACTCCTCCCCTCCCAAAAAATCAAACATA  250

seq1  AATGCAAACAGAACAGTAAATAAGTGGATAGTCTCTATGACAAAAACATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAAACAGAACAGTAAATAAGTGGATAGTCTCTATGACAAAAACATA  300

seq1  CAATATCATTAATCACCAGGAAATGTAAATCTAAGCAATAATATGGTATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATCATTAATCACCAGGAAATGTAAATCTAAGCAATAATATGGTATC  350

seq1  ACCTCACCCTGTTAAGATTAACAGTTACCAGAAAAGTCAAGTTAACCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCACCCTGTTAAGATTAACAGTTACCAGAAAAGTCAAGTTAACCTAA  400

seq1  GCTGAGAAGAAACAGAGGGAAAGATACCCGTGGGTCTGGTTGGCTGGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGAAGAAACAGAGGGAAAGATACCCGTGGGTCTGGTTGGCTGGAAC  450

seq1  ATAGCATAGTCTTTAAGGGGGAAGATATCAAAAAGTTGAAAATAAAATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATAGTCTTTAAGGGGGAAGATATCAAAAAGTTGAAAATAAAATAT  500

seq1  ATGTATTTTTTCCCTGGAATTTTACCCCTGATTACTTTTCAGCATGAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTTTTTCCCTGGAATTTTACCCCTGATTACTTTTCAGCATGAAAT  550

seq1  GAAATCATTGCTTCAAAGATATATACATTTGTATGTTTATTGAGACACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCATTGCTTCAAAGATATATACATTTGTATGTTTATTGAGACACTG  600

seq1  TTTACAATACACAAGAAAAGAGAAGCAGCCTAAATGTACATAAAGTAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAATACACAAGAAAAGAGAAGCAGCCTAAATGTACATAAAGTAAGG  650

seq1  AGTGGACGATGTAAACATGACATACATACAGAGTAGATATTTAGTCATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGACGATGTAAACATGACATACATACAGAGTAGATATTTAGTCATGG  700

seq1  AAAAGTTGGGTAACCTGTAGTTTATGACAATGACGATGGAACTGGAGGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTGGGTAACCTGTAGTTTATGACAATGACGATGGAACTGGAGGTC  750

seq1  ATTATTTTAAGTGAAATAAGCTAGGCACAGTAGGGCAAGTATCTCATCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTTAAGTGAAATAAGCTAGGCACAGTAGGGCAAGTATCTCATCCC  800

seq1  AATCAATTGATATCTCATCTCAATCAATTGATATCTCATATCAATTAATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATTGATATCTCATCTCAATCAATTGATATCTCATATCAATTAATT  850

seq1  TCCATCTCAAATGGCTAATCTCAGAGAAATTGAAGATAGATTATTGGGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTCAAATGGCTAATCTCAGAGAAATTGAAGATAGATTATTGGGTA  900

seq1  CCAAATGTTCAGAGTTTTAACCACAGACAAATGGTGTTTTTCTAGGTAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATGTTCAGAGTTTTAACCACAGACAAATGGTGTTTTTCTAGGTAGC  950

seq1  TACTTTTTAACCTGGTTTAAATATTATACAATATTATTTATCTGTATTGA  1000
      ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  TACTTTTTAACCTGGTTTAAATA-TATAC-ATATTATTTATCTGTATTG-  997

seq1  AACATTATACAGTATCCCTATAATATGCTCAGTTTTGTGTTTTTATAATA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
seq2  AACATTATACAGTATCCCTATAATATGCTCAGTTTTGTG-TTTTAT-ATA  1045

seq1  ATATATGGCAATGATGTAATTAATTATATATGCAAGCATGTATCCCTGCA  1100
      ||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATATATGGC-ATGATGTA--TAATTATATATGC-AGCATGTATCCCTGCA  1091

seq1  ACACAGTGATTTTTTTAAATAAATGAATGTATCATTT-ATAAATTAGTTC  1149
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACACAGTGA-TTTTTTAAATAAATGAATGTATCATTTAATAAATTAGTTC  1140

seq1  ATTA-TTTGTGACTATCACGAAGAG-CAGTTACACAAACCAAGA  1191
      |||| |||||||||  ||||||||| ||||||||| || |||||
seq2  ATTATTTTGTGACTTACACGAAGAGCCAGTTACAC-AAGCAAGA  1183

seq1: chr3_86446827_86448005
seq2: B6Ng01-122E09.g_68_1231 (reverse)

seq1  GGCCAAGAACCATTGTCCATGATTTTTGTTTTCTTCTTTGTAT-GCATCT  49
      ||||||||||| |||||   ||   ||||||||||||||| || ||||  
seq2  GGCCAAGAACC-TTGTC--AGA---TTGTTTTCTTCTTTGGATGGCATTC  44

seq1  GTCTGTCTGCCTGGCCTGAATA-TCTTTCATTTCACTAGTTGGAAATTTC  98
      ||  ||  |||||| ||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||| 
seq2  GTTCGTTCGCCTGG-CTGGATATTCTTTCATTTCATTAG-TGGAAATTT-  91

seq1  TAATTATAGAA-TATTGTTCC-TCTTCCACACATCGTTTGAATTGTATG-  145
      | ||||||||| ||||||||| |||||   |||||| ||||| |||||| 
seq2  TTATTATAGAATTATTGTTCCTTCTTCACAACATCG-TTGAA-TGTATGT  139

seq1  TCTAGAAGCACCATGCTGAACACACTTCCAAACATAGTGAAGAAAATTAC  195
      |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  TCTAGAAGCACCATGCTG-ACACACTTCC-AACATAGTGAAG-AAATTAC  186

seq1  CACAGCATGAAAACAGGAAAAATCTCAGGCATATTTATTTGTATCTCTCA  245
      ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  CACAGCATG-AAACAGG-AAAATCTCAGGCATATT--ATTGTATCTCTCA  232

seq1  AAGGTCTATTTTTAAAATAATCACTATTGTAGGTACTATAATCCTTGCCA  295
      |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTA-TTTTAAAATAATCACTA-TGTAGGTACTATAATCCTTGCCA  280

seq1  GACTTCCACTTCTATCCTCAGAAGTCCAATAAGGAACTGTGTTGGGTGCT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCCACTTCTATCCTCAGAAGTCCAATAAGGAACTGTGTTGGGTGCT  330

seq1  GTTAAAGCATAATGAGATGAACCTATTGTTTTTAGGCCCCTTATAGTCTT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGCATAATGAGATGAACCTATTGTTTTTAGGCCCCTTATAGTCTT  380

seq1  ATAAAATAATATAACTTATACATAAATAATAGCACCATGTGGGGAGAGAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAATATAACTTATACATAAATAATAGCACCATGTGGGGAGAGAA  430

seq1  GTACCACATAAGAAACAGGCATTTGACAGGAGAAAAGTTATATTACTATG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCACATAAGAAACAGGCATTTGACAGGAGAAAAGTTATATTACTATG  480

seq1  CATGTATTACTATAGAACACGTACAAAGTTTGTGCTGGGGTGATGATGCC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATTACTATAGAACACGTACAAAGTTTGTGCTGGGGTGATGATGCC  530

seq1  CTGCCACACTGAGATATGCTACTTTACAAGATTAATTATATTCTTCTATT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCACACTGAGATATGCTACTTTACAAGATTAATTATATTCTTCTATT  580

seq1  TTATTTGACATTATAGATTACAATATTGCTATATTAGAGATACTCTGTTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGACATTATAGATTACAATATTGCTATATTAGAGATACTCTGTTG  630

seq1  AAGATCCTATTATATGCAAAAGTAATCTCTCCTATTGGAAAATCTGTCAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATCCTATTATATGCAAAAGTAATCTCTCCTATTGGAAAATCTGTCAA  680

seq1  GATTTTTTTTTTATCTCATAAGATTCTCTGGAGAAGCACTGTTGTCAGCA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTTTTTTATCTCATAAGATTCTCTGGAGAAGCACTGTTGTCAGCA  730

seq1  GTGGGTCACTTAGATGGCTCAGCAGTTAGAGTGCTTGTTGTATAAGTTAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTCACTTAGATGGCTCAGCAGTTAGAGTGCTTGTTGTATAAGTTAG  780

seq1  ACAACCTGACTTAGGTTGCGGACCCAGGTAAAGATGGAAGGATACACCAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCTGACTTAGGTTGCGGACCCAGGTAAAGATGGAAGGATACACCAA  830

seq1  GCTCCAGAGTCGTCCTCCAAACTCCACACTCATGTGTTGGCATGTATGCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGAGTCGTCCTCCAAACTCCACACTCATGTGTTGGCATGTATGCA  880

seq1  TCTACACACGCATCATGCAGAAACAACAATAATGAAATCCTTTTCAAAAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACACACGCATCATGCAGAAACAACAATAATGAAATCCTTTTCAAAAG  930

seq1  AATCTCTAGATAAGTTTCTATTGATGGTGAGGTACATTTGATGGAAATAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTAGATAAGTTTCTATTGATGGTGAGGTACATTTGATGGAAATAG  980

seq1  TTAAGAGAGTTAATGACTGCTGTTGAAACCTATTCCCTATTCCTCTATTA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGAGAGTTAATGACTGCTGTTGAAACCTATTCCCTATTCCTCTATTA  1030

seq1  CCAGCACTTATTTCATACTTAACTGTCAGGAAGCTATAAGAGATATGGGT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCACTTATTTCATACTTAACTGTCAGGAAGCTATAAGAGATATGGGT  1080

seq1  AGATACATGAAAAAAAAATTGATGAACCTGACTTTTTTTGTTGCCCAAAT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACATGAAAAAAAAATTGATGAACCTGACTTTTTTTGTTGCCCAAAT  1130

seq1  AAAGATGTTAGGATTTTCTTTTTACTTTGAATTC  1179
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGTTAGGATTTTCTTTTTACTTTGAATTC  1164