BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-123G11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 17,300,338 - 17,409,484
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040034, LOC100040059, EG383936, LOC622737
Downstream geneENSMUSG00000074674, LOC100040120, Cypt12, LOC545508, Bhlhb5, Cyp7b1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-123G11.bB6Ng01-123G11.g
ACCDH926576DH926577
length1,1521,029
definitionDH926576|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123G11, 5' end.DH926577|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123G11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,408,333 - 17,409,484)(17,300,338 - 17,301,366)
sequence
gaattcttaactctgaatattacaaaataattaggtttgggttggtgaat
caccgtctagaatgacaactagatatagagttgatttaaatgcactatat
agcatcccataaatgatagatgaaggttttgaggtcatttccaattttct
ttcattagaagctgctatgaaatattcctctaccaagcacaggtatgagt
tatatacttgttcttttgcagacctcttttctcaagttcatgtccagcag
taaaactttctgtatcattctgcctagccactctgcactggtcactttcc
cccctttcatcattgagtatgcccttgctttctcattaattgtggaattc
tgcaaagctcatcttagtggaaaatgttactgcagacctctattccattc
ttcaaagtacttacatttgtgtgcttactattgaataacagtttacattt
agattgtgtgaccttgagctttaatttctgcctttgttttttcctaatct
gatttggtcacttgtgagatggtgacaaaaaatttaattttattcagtta
tttatttttaagacaggattgaactatatatctctagatgccctgtaact
cattatgtagatcaaggtggcttcaaactcacatagctctgtctgcctct
gactcctgggtgctggaattaagggcttatatcactgtacctacaaagga
atgcttttaatctaatcaattttgtgggaagaataaattactaaaggaga
tccacaatgaaacagatctctcttggagaaagttgagcccacacttgtat
attcatataataagagctttaatgttctataagcatttgagcttaattgt
tatatgtcatatgtgataaaattaagcaccattcctggcttccattgttt
tgggatgcttctttttccacttgaggaccaaagtcttgcaggctaattgt
acacttcaaaagttcataaataacttccttcttgcaggcagtatttcagt
tctcttatcactttttatagatagaagcgtatttataatttttggaatct
taaattcttgctgtaaaggaacatttgtcattccagcttgttcatatgca
aattggcaggatctggagttctaataaaggacctcacgagattttttctt
gt
gaattcacaaaacccgtgaaagccaaagtcagccctaattccagaataga
gagaggagttgggtaccctaaccaggaacagattgataattattatatac
tggaaaaggatggttcatctttgagtgattagctgatcaacatcacaagt
ttgtcttgaaatgtttaaaggaaatgagcatagagttcagtggattgaga
agtggggacaaaaaagtgggacaggctgaatctgatcaaataatattata
tgaaactttcaaagaacaataagagaaatgtattctcttaaacaatatta
aattcctatttttctgtgaattctgtgaaacatgagacatatattagcgt
ttactttttgcaaacaattcaccataaaaaaagaggactaaaacaccaat
tgcttatgaaatcagtattactctcaacggaaagcaccatagcaattgaa
aactaccagctaatcctctacttatatgtgcttctaccttccaaacatac
cactgattttaatgagaaattaatataaaatataaagtgactaagaaagc
tgattcagtgaggacagaattattgctcctgggaaaaatacagcattgta
ttcccatggtcacattttcatcagctgatcgatacatagccttattttat
gtctcttgacttaaagatcactcactatattgatttattatcattgaatt
catggccaacagctccatagctcatgtctaaatgaagtttatgtagcaca
tgaattttccatataagaacactgcacatagaagcatagtattgctttcc
tgaggtaattctgagggccattttcaatagcaaatcattcaaatgaaatg
tgaaaatagttgactggtgtaaatatttattacatgaattcttaaacaag
aagggacatcactatcttatcaaacttcaggtgattgttgcatattttgg
tggacccaacacctcatgttctttacacatgcctggtatgataatagatt
taatacctaccttgtgaacatgttttata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_17408333_17409484
seq2: B6Ng01-123G11.b_44_1195 (reverse)

seq1  ACAAGATAGAATCTC-TGAGGTCTTTTAATTAGAACTCAGAACCCTGGCA  49
      |||||| | |||||| ||||||| ||| ||||||||||   | ||| || 
seq2  ACAAGAAAAAATCTCGTGAGGTCCTTT-ATTAGAACTCCAGATCCT-GCC  48

seq1  AATTTGC-TATGCACAAGCTGGATTGACAAATGTTCCTTTACAGCAAGGA  98
      ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  
seq2  AATTTGCATATGAACAAGCTGGAATGACAAATGTTCCTTTACAGCAAG--  96

seq1  ATTTTAAGATTCCAAAATTTATAAATACGCTTCTATCTAT-AAAAGTGAT  147
      | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AATTTAAGATTCCAAAAATTATAAATACGCTTCTATCTATAAAAAGTGAT  146

seq1  -AGAGAACTGAAATACTGCCTGCAAGAAGGAAGTTATTTATGAACTTTTG  196
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAACTGAAATACTGCCTGCAAGAAGGAAGTTATTTATGAACTTTTG  196

seq1  AAGTGTACAATTAGCCTGCAAGACTTTGGTCCTCAAGTGGAAAAAGAAGC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTACAATTAGCCTGCAAGACTTTGGTCCTCAAGTGGAAAAAGAAGC  246

seq1  ATCCCAAAACAATGGAAGCCAGGAATGGTGCTTAATTTTATCACATATGA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAAAACAATGGAAGCCAGGAATGGTGCTTAATTTTATCACATATGA  296

seq1  CATATAACAATTAAGCTCAAATGCTTATAGAACATTAAAGCTCTTATTAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAACAATTAAGCTCAAATGCTTATAGAACATTAAAGCTCTTATTAT  346

seq1  ATGAATATACAAGTGTGGGCTCAACTTTCTCCAAGAGAGATCTGTTTCAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATATACAAGTGTGGGCTCAACTTTCTCCAAGAGAGATCTGTTTCAT  396

seq1  TGTGGATCTCCTTTAGTAATTTATTCTTCCCACAAAATTGATTAGATTAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATCTCCTTTAGTAATTTATTCTTCCCACAAAATTGATTAGATTAA  446

seq1  AAGCATTCCTTTGTAGGTACAGTGATATAAGCCCTTAATTCCAGCACCCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTCCTTTGTAGGTACAGTGATATAAGCCCTTAATTCCAGCACCCA  496

seq1  GGAGTCAGAGGCAGACAGAGCTATGTGAGTTTGAAGCCACCTTGATCTAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCAGAGGCAGACAGAGCTATGTGAGTTTGAAGCCACCTTGATCTAC  546

seq1  ATAATGAGTTACAGGGCATCTAGAGATATATAGTTCAATCCTGTCTTAAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGAGTTACAGGGCATCTAGAGATATATAGTTCAATCCTGTCTTAAA  596

seq1  AATAAATAACTGAATAAAATTAAATTTTTTGTCACCATCTCACAAGTGAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATAACTGAATAAAATTAAATTTTTTGTCACCATCTCACAAGTGAC  646

seq1  CAAATCAGATTAGGAAAAAACAAAGGCAGAAATTAAAGCTCAAGGTCACA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCAGATTAGGAAAAAACAAAGGCAGAAATTAAAGCTCAAGGTCACA  696

seq1  CAATCTAAATGTAAACTGTTATTCAATAGTAAGCACACAAATGTAAGTAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTAAATGTAAACTGTTATTCAATAGTAAGCACACAAATGTAAGTAC  746

seq1  TTTGAAGAATGGAATAGAGGTCTGCAGTAACATTTTCCACTAAGATGAGC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAGAATGGAATAGAGGTCTGCAGTAACATTTTCCACTAAGATGAGC  796

seq1  TTTGCAGAATTCCACAATTAATGAGAAAGCAAGGGCATACTCAATGATGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGAATTCCACAATTAATGAGAAAGCAAGGGCATACTCAATGATGA  846

seq1  AAGGGGGGAAAGTGACCAGTGCAGAGTGGCTAGGCAGAATGATACAGAAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGGGAAAGTGACCAGTGCAGAGTGGCTAGGCAGAATGATACAGAAA  896

seq1  GTTTTACTGCTGGACATGAACTTGAGAAAAGAGGTCTGCAAAAGAACAAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTACTGCTGGACATGAACTTGAGAAAAGAGGTCTGCAAAAGAACAAG  946

seq1  TATATAACTCATACCTGTGCTTGGTAGAGGAATATTTCATAGCAGCTTCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAACTCATACCTGTGCTTGGTAGAGGAATATTTCATAGCAGCTTCT  996

seq1  AATGAAAGAAAATTGGAAATGACCTCAAAACCTTCATCTATCATTTATGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAGAAAATTGGAAATGACCTCAAAACCTTCATCTATCATTTATGG  1046

seq1  GATGCTATATAGTGCATTTAAATCAACTCTATATCTAGTTGTCATTCTAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTATATAGTGCATTTAAATCAACTCTATATCTAGTTGTCATTCTAG  1096

seq1  ACGGTGATTCACCAACCCAAACCTAATTATTTTGTAATATTCAGAGTTAA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTGATTCACCAACCCAAACCTAATTATTTTGTAATATTCAGAGTTAA  1146

seq1  GAATTC  1152
      ||||||
seq2  GAATTC  1152

seq1: chr3_17300338_17301366
seq2: B6Ng01-123G11.g_68_1096

seq1  GAATTCACAAAACCCGTGAAAGCCAAAGTCAGCCCTAATTCCAGAATAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAAAACCCGTGAAAGCCAAAGTCAGCCCTAATTCCAGAATAGA  50

seq1  GAGAGGAGTTGGGTACCCTAACCAGGAACAGATTGATAATTATTATATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGAGTTGGGTACCCTAACCAGGAACAGATTGATAATTATTATATAC  100

seq1  TGGAAAAGGATGGTTCATCTTTGAGTGATTAGCTGATCAACATCACAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAAGGATGGTTCATCTTTGAGTGATTAGCTGATCAACATCACAAGT  150

seq1  TTGTCTTGAAATGTTTAAAGGAAATGAGCATAGAGTTCAGTGGATTGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTGAAATGTTTAAAGGAAATGAGCATAGAGTTCAGTGGATTGAGA  200

seq1  AGTGGGGACAAAAAAGTGGGACAGGCTGAATCTGATCAAATAATATTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGGACAAAAAAGTGGGACAGGCTGAATCTGATCAAATAATATTATA  250

seq1  TGAAACTTTCAAAGAACAATAAGAGAAATGTATTCTCTTAAACAATATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTTTCAAAGAACAATAAGAGAAATGTATTCTCTTAAACAATATTA  300

seq1  AATTCCTATTTTTCTGTGAATTCTGTGAAACATGAGACATATATTAGCGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTATTTTTCTGTGAATTCTGTGAAACATGAGACATATATTAGCGT  350

seq1  TTACTTTTTGCAAACAATTCACCATAAAAAAAGAGGACTAAAACACCAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTTTGCAAACAATTCACCATAAAAAAAGAGGACTAAAACACCAAT  400

seq1  TGCTTATGAAATCAGTATTACTCTCAACGGAAAGCACCATAGCAATTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTATGAAATCAGTATTACTCTCAACGGAAAGCACCATAGCAATTGAA  450

seq1  AACTACCAGCTAATCCTCTACTTATATGTGCTTCTACCTTCCAAACATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACCAGCTAATCCTCTACTTATATGTGCTTCTACCTTCCAAACATAC  500

seq1  CACTGATTTTAATGAGAAATTAATATAAAATATAAAGTGACTAAGAAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGATTTTAATGAGAAATTAATATAAAATATAAAGTGACTAAGAAAGC  550

seq1  TGATTCAGTGAGGACAGAATTATTGCTCCTGGGAAAAATACAGCATTGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCAGTGAGGACAGAATTATTGCTCCTGGGAAAAATACAGCATTGTA  600

seq1  TTCCCATGGTCACATTTTCATCAGCTGATCGATACATAGCCTTATTTTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATGGTCACATTTTCATCAGCTGATCGATACATAGCCTTATTTTAT  650

seq1  GTCTCTTGACTTAAAGATCACTCACTATATTGATTTATTATCATTGAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTTGACTTAAAGATCACTCACTATATTGATTTATTATCATTGAATT  700

seq1  CATGGCCAACAGCTCCATAGCTCATGTCTAAATGAAGTTTATGTAGCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCCAACAGCTCCATAGCTCATGTCTAAATGAAGTTTATGTAGCACA  750

seq1  TGAATTTTCCATATAAGAACACTGCACATAGAAGCATAGTATTGCTTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTTCCATATAAGAACACTGCACATAGAAGCATAGTATTGCTTTCC  800

seq1  TGAGGTAATTCTGAGGGCCATTTTCAATAGCAAAATCATTCAAATGAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTAATTCTGAGGGCCATTTTCAATAGC-AAATCATTCAAATGAAAT  849

seq1  GTGAAAATAGTTGACTGGTGTAAATATTTATTACATGAATTCTTAAACAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAATAGTTGACTGGTGTAAATATTTATTACATGAATTCTTAAACAA  899

seq1  GAAGGGACATCACTATCTTATCAAACTTCAGGTGATTGTTGCATA-TTTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GAAGGGACATCACTATCTTATCAAACTTCAGGTGATTGTTGCATATTTTG  949

seq1  GT-GACCCAAACACTCATGTTCTTTACACATGCCTGTAATGATAATAAGA  998
      || |||||||   |||||||||||||||||||||||  |||||||| |||
seq2  GTGGACCCAACACCTCATGTTCTTTACACATGCCTGGTATGATAAT-AGA  998

seq1  TTTAAATACTTA-CTTGTAGACATGTTTTATA  1029
      ||| ||||| || |||||  ||||||||||||
seq2  TTT-AATACCTACCTTGTGAACATGTTTTATA  1029