BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-123I13
Chromosome3 (Build37)
Map Location 143,326,467 - 143,419,723
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG621809
Upstream geneEG621605, Ccbl2, Gtf2b, Pkn2, LOC100040053, LOC100039883, 1700001N15Rik, EG668889
Downstream geneLOC100039938, LOC100039952, Lmo4, LOC545572, Hs2st1, Sep15, LOC435761, Sh3glb1, LOC668890, Clca1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-123I13.bB6Ng01-123I13.g
ACCDH926674DH926675
length1,0691,018
definitionDH926674|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123I13, 5' end.DH926675|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123I13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,418,653 - 143,419,723)(143,326,467 - 143,327,498)
sequence
gaattcagtagaaaaccctaattgcgtatggagcgtcttcagagcaagcc
agagcagccactgtctgtgtgtgagagacctttgtgtggaagacttcaca
ttcttgcaccattctcattctacttggctttctgggccaagtgggttata
cgctgttttcagtcagtgggttgggatgagtaaggagtagtgtttcatat
aattccttgaaatagcttcagagtttctgcgctggtgtcttgagacatgg
ctggtttgggatatctagtttagtacttggaaaagatgtgaccaaacatc
tgtggtgaacccagagaagtcttcagatttttgagggagtttttctgagc
tttacaatagaccagaatttggtttcaagttagaacaagaaggctatgta
ggaacaatatttcttttaaattactccacactatgagattacacggggag
cagatgaaagtggaataatagagttcaatacattgtaactcaagaacaag
aaattgtgtttggcaggacttttgaacattttgaacatgtcttaaagcca
gaaacaagtgcctggcctaaacattaaacattaggggttagttatttgtt
caggtcctgcttcatgctgtgcaaaggatccacaaacaagggtggtggtt
tgttatacggaatgcattcagtgctatgaatctagttgcgaatgcatggt
gctgatcatgagtgtttactattttcatcattatgatataggccatagct
tggaggcaaactacctttagaaaaataggtctttccacatctctactacc
tacaggaggaaacaaagaaaaagccaagccttttcatgggtgtttttagc
atgacccatcaatagcacagccttcagcagacaagggtcctaagcaaatt
catcaggttctggcactgtgacctcagccataatagcgatgctgttgagg
gaagatggctgtgtgctactcacgttccatttatgtggatccattgtgac
ccactgaggacatgagctgggcctttggaatgtcctatttactccagagc
aaacggggccctggagaac
gaattctctgaagggaactctaataaatgtagtagcatgctgtaataaag
agcactagaaaatggatgaggtctaacaaaattattcataaagagaaatg
gaaagggatgccatgctgagcggtcccatgcagttatatagacactaaca
aggttatccctggaagctgagtgctagtacattcacatatgttttctaac
tagcacaaagagagactgtttttatctcgaagaacaggagagcctggagt
tagaggtgtgctaaatcttgctcctgatttttaataattcagagccaaat
agcaataatggctcacgtagggtcggtttaatgaacaaagcaacctcact
tcaggttgttcgatgctaaggctctctgccgagttgctaactggtgtact
ttacagctatctccagggttctttttgatatgatattatcctcctcacac
actgtgttttctatacaccaaaatataatgtgaaaccatgagcgaggatg
gaaaaccctgaaagaatgttcaaatgagcctgtgagttcctgctttggag
gtacagcgatgtcagaaaaacaggcagacgccctgcttacgcactcctca
gagtccttaggactcactctcattcacggagcttggtacggagctgggag
catctttggagctaacgagagaattcacccataacatttctattatctcc
cgctgatcatcaacccttggcctgcgaaacacacatagcctgactgcaac
caattcaatgactgcattggtgagtgttatgtctctgacatacaggtcct
ctatttctgtaatttacttcttatgataaatttaaaggatgcttttatga
caccaatgagttaaactcagcccatggaaaggaactttatgggggaggat
ttgaactttttctgttgttgtaatactcaaattttaagttagacatgcct
atgaggacgagtgaccaaatctaagccattcaagtcatcaagtcaattga
caagagggattttgcttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_143418653_143419723
seq2: B6Ng01-123I13.b_48_1116 (reverse)

seq1  GTTCT-CAGGGCCCCGTTTGCTCTGGAGTAAAATATGTACATTCCAAAGG  49
      ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||
seq2  GTTCTCCAGGGCCCCGTTTGCTCTGGAGT-AAATA-GGACATTCCAAAGG  48

seq1  CCCAGCTCCTGTTCCTCAGTGGGTCACAATGGATCCACTATAAATGGAAC  99
      |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCCAGCTCATG-TCCTCAGTGGGTCACAATGGATCCAC-ATAAATGGAAC  96

seq1  GTGAGTAGCACACAGCCATC-TCCCTCAAACAGCATCGCTATTATGGCTG  148
      |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTAGCACACAGCCATCTTCCCTC-AACAGCATCGCTATTATGGCTG  145

seq1  AGGTCTACAGTGCCAGAACCTGATGAATTTGCTTGGGGACCCTTGTCTGC  198
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||
seq2  AGGTC-ACAGTGCCAGAACCTGATGAATTTGCTT-AGGACCCTTGTCTGC  193

seq1  TGAAGGCTGTGCTATTGAT-GGTCATGCTAAAAACACCCATGAAAAGGCT  247
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGCTGTGCTATTGATGGGTCATGCTAAAAACACCCATGAAAAGGCT  243

seq1  TGGCTTTTTCTTTGTTTCCTCCTGTAGGTAGTAGAGATGTGGAAAGACCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTTTTCTTTGTTTCCTCCTGTAGGTAGTAGAGATGTGGAAAGACCT  293

seq1  ATTTTTCT-AAGGTAGTTTGCCTCCAAGCTATGGCCTATATCATAATGAT  346
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCTAAAGGTAGTTTGCCTCCAAGCTATGGCCTATATCATAATGAT  343

seq1  G-AAATAGTAAACACTCATGATCAGCACCATGCATTCGCAACTAGATTCA  395
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATAGTAAACACTCATGATCAGCACCATGCATTCGCAACTAGATTCA  393

seq1  TAGCACTGAATGCATTCCGTATAACAAACCACCACCCTTGTTTGTGGATC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTGAATGCATTCCGTATAACAAACCACCACCCTTGTTTGTGGATC  443

seq1  CTTTGCACAGCATGAAGCAGGACCTGAACAAATAACTAACCCCTAATGTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCACAGCATGAAGCAGGACCTGAACAAATAACTAACCCCTAATGTT  493

seq1  TAATGTTTAGGCCAGGCACTTGTTTCTGGCTTTAAGACATGTTCAAAATG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTTAGGCCAGGCACTTGTTTCTGGCTTTAAGACATGTTCAAAATG  543

seq1  TTCAAAAGTCCTGCCAAACACAATTTCTTGTTCTTGAGTTACAATGTATT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAGTCCTGCCAAACACAATTTCTTGTTCTTGAGTTACAATGTATT  593

seq1  GAACTCTATTATTCCACTTTCATCTGCTCCCCGTGTAATCTCATAGTGTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTATTATTCCACTTTCATCTGCTCCCCGTGTAATCTCATAGTGTG  643

seq1  GAGTAATTTAAAAGAAATATTGTTCCTACATAGCCTTCTTGTTCTAACTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAATTTAAAAGAAATATTGTTCCTACATAGCCTTCTTGTTCTAACTT  693

seq1  GAAACCAAATTCTGGTCTATTGTAAAGCTCAGAAAAACTCCCTCAAAAAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCAAATTCTGGTCTATTGTAAAGCTCAGAAAAACTCCCTCAAAAAT  743

seq1  CTGAAGACTTCTCTGGGTTCACCACAGATGTTTGGTCACATCTTTTCCAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGACTTCTCTGGGTTCACCACAGATGTTTGGTCACATCTTTTCCAA  793

seq1  GTACTAAACTAGATATCCCAAACCAGCCATGTCTCAAGACACCAGCGCAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTAAACTAGATATCCCAAACCAGCCATGTCTCAAGACACCAGCGCAG  843

seq1  AAACTCTGAAGCTATTTCAAGGAATTATATGAAACACTACTCCTTACTCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCTGAAGCTATTTCAAGGAATTATATGAAACACTACTCCTTACTCA  893

seq1  TCCCAACCCACTGACTGAAAACAGCGTATAACCCACTTGGCCCAGAAAGC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAACCCACTGACTGAAAACAGCGTATAACCCACTTGGCCCAGAAAGC  943

seq1  CAAGTAGAATGAGAATGGTGCAAGAATGTGAAGTCTTCCACACAAAGGTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAGAATGAGAATGGTGCAAGAATGTGAAGTCTTCCACACAAAGGTC  993

seq1  TCTCACACACAGACAGTGGCTGCTCTGGCTTGCTCTGAAGACGCTCCATA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACACACAGACAGTGGCTGCTCTGGCTTGCTCTGAAGACGCTCCATA  1043

seq1  CGCAATTAGGGTTTTCTACTGAATTC  1071
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCAATTAGGGTTTTCTACTGAATTC  1069

seq1: chr3_143326467_143327498
seq2: B6Ng01-123I13.g_70_1087

seq1  GAATTCTCTGATGGGAACTCTAATAAATGTAGTAGCATGCTGTAATAAAG  50
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGAAGGGAACTCTAATAAATGTAGTAGCATGCTGTAATAAAG  50

seq1  AGCACTAGAAAATGGATGAGGTCTAACAAAATTATTCATAAAGAGAAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTAGAAAATGGATGAGGTCTAACAAAATTATTCATAAAGAGAAATG  100

seq1  GAAAGGGATGCCATGCTGAGCGGTCCCATGCAGTTATATAGACACTAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGATGCCATGCTGAGCGGTCCCATGCAGTTATATAGACACTAACA  150

seq1  AGGTTATCCCTGGAAGCTGAGTGCTAGTACATTCACATATGTTTTCTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTATCCCTGGAAGCTGAGTGCTAGTACATTCACATATGTTTTCTAAC  200

seq1  TAGCACAAAGAGAGACTGTTTTTATCTCGAAGAACAGGAGAGCCTGGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACAAAGAGAGACTGTTTTTATCTCGAAGAACAGGAGAGCCTGGAGT  250

seq1  TAGAGGTGTGCTAAATCTTGCTCCTGATTTTTAATAATTCAGAGCCAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGTGTGCTAAATCTTGCTCCTGATTTTTAATAATTCAGAGCCAAAT  300

seq1  AGCAATAATGGCTCACGTAGGGTCGGTTTAATGAACAAAGCAACCTCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATAATGGCTCACGTAGGGTCGGTTTAATGAACAAAGCAACCTCACT  350

seq1  TCAGGTTGTTCGATGCTAAGGCTCTCTGCCGAGTTGCTAACTGGTGTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTTGTTCGATGCTAAGGCTCTCTGCCGAGTTGCTAACTGGTGTACT  400

seq1  TTACAGCTATCTCCAGGGTTCTTTTTGATATGATATTATCCTCCTCACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGCTATCTCCAGGGTTCTTTTTGATATGATATTATCCTCCTCACAC  450

seq1  ACTGTGTTTTCTATACACCAAAATATAATGTGAAACCATGAGCGAGGATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTTTTCTATACACCAAAATATAATGTGAAACCATGAGCGAGGATG  500

seq1  GAAAACCCTGAAAGAATGTTCAAATGAGCCTGTGAGTTCCTGCTTTGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAACCCTGAAAGAATGTTCAAATGAGCCTGTGAGTTCCTGCTTTGGAG  550

seq1  GTACAGCGATGTCAGAAAAACAGGCAGACGCCCTGCTTACGCACTCCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGCGATGTCAGAAAAACAGGCAGACGCCCTGCTTACGCACTCCTCA  600

seq1  GAGTCCTTAGGACTCACTCTCATTCACGGAGCTTGGTACGGAGCTGGGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCTTAGGACTCACTCTCATTCACGGAGCTTGGTACGGAGCTGGGAG  650

seq1  CATCTTTGGAGCTAACGAGAGAAATTCACCCATAACATTTCTATTATCTC  700
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTGGAGCTAACGAGAG-AATTCACCCATAACATTTCTATTATCTC  699

seq1  CCGCTGATCATCAACCCTTGGCCTGCGAAACACACATAGCCTGACTTGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCGCTGATCATCAACCCTTGGCCTGCGAAACACACATAGCCTGAC-TGCA  748

seq1  ACCAATTCAATGACTGCATTGGTGAGTTGTTATGTCTCTGACATACCAGG  800
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCAATTCAATGACTGCATTGGTGAG-TGTTATGTCTCTGACATA-CAGG  796

seq1  TCCTCTATTTCTGTAAATTTACTTCTTATGATAAATTTAAAGGATGCTTT  850
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTATTTCTGT-AATTTACTTCTTATGATAAATTTAAAGGATGCTTT  845

seq1  TATGACACCAATGAGTTTAAACCTCAGCCCATGGAAAGGAACTTTATGGT  900
      |||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TATGACACCAATGAGTT--AAACTCAGCCCATGGAAAGGAACTTTATGGG  893

seq1  GGAGGATTTGAACTTTTTCTGTTGTTGTTAATACTCAAATTTTAAGTTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  GGAGGATTTGAACTTTTTCTGTTGTTG-TAATACTCAAATTTTAAGTT-A  941

seq1  GACATGGCTATGAGGACGAGTGACCAAATCTTAAGCCAATCAAAGTCATT  1000
      |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| 
seq2  GACATGCCTATGAGGACGAGTGACCAAATC-TAAGCCATTC-AAGTCAT-  988

seq1  CAAAGTCAATTGACAAAGAGGGATTTTGCTTC  1032
        |||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  -CAAGTCAATTGAC-AAGAGGGATTTTGCTTC  1018