BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-123O02
Chromosome3 (Build37)
Map Location 28,462,973 - 28,582,041
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTnik
Upstream geneFndc3b, E030011K20Rik, Pld1
Downstream geneSlc2a2, EG624446, Eif5a2, Rpl22l1, Gm1527, 6130401L20Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-123O02.bB6Ng01-123O02.g
ACCDH926930DH926931
length1,156897
definitionDH926930|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123O02, 5' end.DH926931|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-123O02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,580,869 - 28,582,041)(28,462,973 - 28,463,867)
sequence
gaattcacactcacaagacttaggagcactagagacctggctttgttctc
tgtctgcaagggttgaatccttgagcatgggcaagtcttgcttcatgttt
ttttttgatacagtttgtaaggcaaggcagatgagctcttattatctcct
gcaagatgggaagagcattagttttagggattactgtagaacaaaatgac
ctagtctggaggtggtgctcagaacaaagcagaacacacatgatccgaac
acaccgtgatcacttgctggtgttggctggcaatgtttctatgctctcag
tttctgtaactctctcttctcaacaaacgtgctgtccaacagctaacatg
gattccttgggacctttgagctggctagctagagaagctatgctcggttt
tcccatctacagtttgtgatatttggccatcatggaatttttaattggaa
gagcaaggggccatttactgagtgggtatcccccagatttgtattgttca
taccccagaggtgtgacagtctgtggcaaattggtttgacagatgtgtat
tgatggcaatttctcggtgagcactgtcctaaattaattaatcaccaggc
aatttaatctaaattgaatgctagtgctgcaaacagaaaattttgtttat
aatccttgaatcatcccagtttaaatgaagtcaattaaaatgctctgttc
ctaaccactttttccaattgaatatacctaaatggacacagtactctgca
gggcatctttctcttatgagttggtctctctttaatgtccttgggttaat
cattttcagatactcttttgagctattttctgccattgctttgaaaagca
tttgcaggtcatttgcaggctgctgagggaagctgatgaggtggacataa
aatacgggagcgaagatcatgagtccttgttgagagttacaaacaatgtt
gctctgtgttatgatcacagggtcaccagtgaaaggagcagtgtcaaggt
caaaggagtcgaatgtcagctgtttatgaaaatagagctcaggatgcatg
gaaacaagcgatgtgcaaccccagtggacagttgtttgacccaagtcctt
ttgcctcgtgatcctggaaggtgcccactattagtcccgcctcctcctgg
gaggct
gaattcatctcttttgtctggcaggtcaaaaaaattccagtcatttatcg
agagctgcttggtaaagaatcacagccagcggccagccacggagcagttg
atgaagcacccattcatacgagaccaacctaatgagaggcaggtccgcat
ccagctgaaggaccacattgatcgaacaaagaagaagcgaggagaaaaag
gttagttgcctgtttgtatttcagagcaagaaacaaaaggcagttcactg
tgggctcttggtatatttggaggtgactggagagttcctcataggctgca
ttattctttcgtgtgaaatctgcctgttaggtcagagccgggggaatgag
tgaaaagaaattaccaatctccttggaaaaattcgacctgtgagccatat
ttcttttaggcaccaaacaaagccatgatgggtgatactatgaagcactg
tagacgacaagtgacttcaaatgaatattcatgttccaaagagtgacatc
tacacatgtcagccaacctaaagacatcatctgattggcatcccctgcat
tgattggcatctcctgcattgacgttctatgctccaagactttgatcctg
ttgttttagaagtcagaaaagaatttcttacagcgttagtagatgtaaaa
aggtccctgggtttgccaagctagcagtgtggcatcagagtttcagtctg
aaggtccctgaatgcacttcctcatttaatagatgtacacattcctctcc
tgtacactcttccctgtgtcatggaaagcacgggagcacagatgtgacac
gttggactgtgcccaagctgttggaatggaaggctacaatcctccttgtc
cctgacttaagtgaaagcttgcatgtctgctgcaggcttatggccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_28580869_28582041
seq2: B6Ng01-123O02.b_48_1203 (reverse)

seq1  AGCCTCCCAGGGAGGAAGGCGGGGCTAATAAAGTTGGGCACTTTTCAGAG  50
      ||||||||| ||||| ||||||| ||||||    ||||||| || ||| |
seq2  AGCCTCCCA-GGAGG-AGGCGGGACTAATA---GTGGGCACCTTCCAG-G  44

seq1  ATCCACGAGGCAAAGGAGCCTTTGGGTC-AACAACTTGTCCACATGGGGT  99
      || |||||||||||  ||   ||||||| |||||| ||||||| ||||||
seq2  AT-CACGAGGCAAA--AGGACTTGGGTCAAACAAC-TGTCCAC-TGGGGT  89

seq1  TGCACCATCTGCTTGTTTCCATGCATTCCTGGAGCTCCTATCTCATAAAC  149
      |||| |||| ||||||||||||||| |||| ||||||   | ||||||||
seq2  TGCA-CATC-GCTTGTTTCCATGCA-TCCT-GAGCTCTATTTTCATAAAC  135

seq1  AGCTGACATTCGACTCCTTTGGCCCTGACACTGCTCCTTTCACTGGTGAC  199
      ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGACATTCGACTCCTTTGACCTTGACACTGCTCCTTTCACTGGTGAC  185

seq1  CCTGTTGATCAATAACACAGAGCAACATTGTTTGTTAACTCTCAACAAGG  249
      |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CCTG-TGATC-ATAACACAGAGCAACATTGTTTG-TAACTCTCAACAAGG  232

seq1  ACCTCATGATCTTCGCTCCCGTATTTTATGTCCACCTCATCAGCTTCCCT  299
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CTCATGATCTTCGCTCCCGTATTTTATGTCCACCTCATCAGCTTCCCT  281

seq1  CAGCAGCCTGCAAATGACCTGCAAATGCTTTTCAAAGCAATGGCAGAAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCCTGCAAATGACCTGCAAATGCTTTTCAAAGCAATGGCAGAAAA  331

seq1  TAGCTC-AAAGAGTATCTGAAAATGATTAACCCAAGGACATTAAAGAGAG  398
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCAAAAGAGTATCTGAAAATGATTAACCCAAGGACATTAAAGAGAG  381

seq1  ACCAACTCATAAGAGAAAGATGCCCTGCAGAGTACTGTGTCCATTTAGGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACTCATAAGAGAAAGATGCCCTGCAGAGTACTGTGTCCATTTAGGT  431

seq1  ATATTCAATTGGAAAAAGTGGTTAGGAACAGAGCATTTTAATTGACTTCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCAATTGGAAAAAGTGGTTAGGAACAGAGCATTTTAATTGACTTCA  481

seq1  TTTAAACTGGGATGATTCAAGGATTATAAACAAAATTTTCTGTTTGCAGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACTGGGATGATTCAAGGATTATAAACAAAATTTTCTGTTTGCAGC  531

seq1  ACTAGCATTCAATTTAGATTAAATTGCCTGGTGATTAATTAATTTAGGAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCATTCAATTTAGATTAAATTGCCTGGTGATTAATTAATTTAGGAC  581

seq1  AGTGCTCACCGAGAAATTGCCATCAATACACATCTGTCAAACCAATTTGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTCACCGAGAAATTGCCATCAATACACATCTGTCAAACCAATTTGC  631

seq1  CACAGACTGTCACACCTCTGGGGTATGAACAATACAAATCTGGGGGATAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACTGTCACACCTCTGGGGTATGAACAATACAAATCTGGGGGATAC  681

seq1  CCACTCAGTAAATGGCCCCTTGCTCTTCCAATTAAAAATTCCATGATGGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCAGTAAATGGCCCCTTGCTCTTCCAATTAAAAATTCCATGATGGC  731

seq1  CAAATATCACAAACTGTAGATGGGAAAACCGAGCATAGCTTCTCTAGCTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATCACAAACTGTAGATGGGAAAACCGAGCATAGCTTCTCTAGCTA  781

seq1  GCCAGCTCAAAGGTCCCAAGGAATCCATGTTAGCTGTTGGACAGCACGTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCTCAAAGGTCCCAAGGAATCCATGTTAGCTGTTGGACAGCACGTT  831

seq1  TGTTGAGAAGAGAGAGTTACAGAAACTGAGAGCATAGAAACATTGCCAGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAGAAGAGAGAGTTACAGAAACTGAGAGCATAGAAACATTGCCAGC  881

seq1  CAACACCAGCAAGTGATCACGGTGTGTTCGGATCATGTGTGTTCTGCTTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACCAGCAAGTGATCACGGTGTGTTCGGATCATGTGTGTTCTGCTTT  931

seq1  GTTCTGAGCACCACCTCCAGACTAGGTCATTTTGTTCTACAGTAATCCCT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGAGCACCACCTCCAGACTAGGTCATTTTGTTCTACAGTAATCCCT  981

seq1  AAAACTAATGCTCTTCCCATCTTGCAGGAGATAATAAGAGCTCATCTGCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTAATGCTCTTCCCATCTTGCAGGAGATAATAAGAGCTCATCTGCC  1031

seq1  TTGCCTTACAAACTGTATCAAAAAAAAACATGAAGCAAGACTTGCCCATG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTACAAACTGTATCAAAAAAAAACATGAAGCAAGACTTGCCCATG  1081

seq1  CTCAAGGATTCAACCCTTGCAGACAGAGAACAAAGCCAGGTCTCTAGTGC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGGATTCAACCCTTGCAGACAGAGAACAAAGCCAGGTCTCTAGTGC  1131

seq1  TCCTAAGTCTTGTGAGTGTGAATTC  1173
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAGTCTTGTGAGTGTGAATTC  1156

seq1: chr3_28462973_28463867
seq2: B6Ng01-123O02.g_69_965

seq1  GAATTCATCTCTTTTGTCTGGCAGGTCAAAAAAATTCCAGTCATTTATCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTCTTTTGTCTGGCAGGTCAAAAAAATTCCAGTCATTTATCG  50

seq1  AGAGCTGCTTGGTAAAGAATCACAGCCAGCGGCCAGCCACGGAGCAGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGCTTGGTAAAGAATCACAGCCAGCGGCCAGCCACGGAGCAGTTG  100

seq1  ATGAAGCACCCATTCATACGAGACCAACCTAATGAGAGGCAGGTCCGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGCACCCATTCATACGAGACCAACCTAATGAGAGGCAGGTCCGCAT  150

seq1  CCAGCTGAAGGACCACATTGATCGAACAAAGAAGAAGCGAGGAGAAAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGAAGGACCACATTGATCGAACAAAGAAGAAGCGAGGAGAAAAAG  200

seq1  GTTAGTTGCCTGTTTGTATTTCAGAGCAAGAAACAAAAGGCAGTTCACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTTGCCTGTTTGTATTTCAGAGCAAGAAACAAAAGGCAGTTCACTG  250

seq1  TGGGCTCTTGGTATATTTGGAGGTGACTGGAGAGTTCCTCATAGGCTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCTTGGTATATTTGGAGGTGACTGGAGAGTTCCTCATAGGCTGCA  300

seq1  TTATTCTTTCGTGTGAAATCTGCCTGTTAGGTCAGAGCCGGGGGAATGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTTTCGTGTGAAATCTGCCTGTTAGGTCAGAGCCGGGGGAATGAG  350

seq1  TGAAAAGAAATTACCAATCTCCTTGGAAAAATTCGACCTGTGAGCCATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGAAATTACCAATCTCCTTGGAAAAATTCGACCTGTGAGCCATAT  400

seq1  TTCTTTTAGGCACCAAACAAAGCCATGATGGGTGATACTATGAAGCACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTAGGCACCAAACAAAGCCATGATGGGTGATACTATGAAGCACTG  450

seq1  TAGACGACAAGTGACTTCAAATGAATATTCATGTTCCAAAGAGTGACATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACGACAAGTGACTTCAAATGAATATTCATGTTCCAAAGAGTGACATC  500

seq1  TACACATGTCAGCCAACCTAAAGACATCATCTGATTGGCATCCCCTGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATGTCAGCCAACCTAAAGACATCATCTGATTGGCATCCCCTGCAT  550

seq1  TGATTGGCATCTCCTGCATTGACGTTCTATGCTCCAAGAC-TTGATCCTG  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGATTGGCATCTCCTGCATTGACGTTCTATGCTCCAAGACTTTGATCCTG  600

seq1  TTG-TTTAGAAGTCAGAAAAGAATTTCTTACAGCGTTAGTAGATGTAAAA  648
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTAGAAGTCAGAAAAGAATTTCTTACAGCGTTAGTAGATGTAAAA  650

seq1  AGGTCCCTGGG-TTGCCAAGCTAGCAGTGTGGCATCAGAG-TTCAGTCTG  696
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGGTCCCTGGGTTTGCCAAGCTAGCAGTGTGGCATCAGAGTTTCAGTCTG  700

seq1  AAGGTCCCTGAATGCACTTCCTCATTTAATAGATGTACACATTCCTCTCC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCCCTGAATGCACTTCCTCATTTAATAGATGTACACATTCCTCTCC  750

seq1  TGTACACTCTTCCCTGTGTCATGGAAAGCACGGGAGCACAGATGTGACAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACACTCTTCCCTGTGTCATGGAAAGCACGGGAGCACAGATGTGACAC  800

seq1  GTTGGGACTGTGCCCAAGCTGTTGGAATGGAGGCTTACAATCCTCCTTGT  846
      ||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||
seq2  GTT-GGACTGTGCCCAAGCTGTTGGAATGGAAGGCTACAATCCTCCTTGT  849

seq1  CCCTGACTTAAGTGAAAGCTTGCATGTCTGCTGCAGGGCTTATGGCCAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCCTGACTTAAGTGAAAGCTTGCATGTCTGCTGCA-GGCTTATGGCCAG  897