BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-127A15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 118,802,556 - 118,961,741
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpyd
Upstream genenone
Downstream geneLOC100043275, LOC100043278, Ptbp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-127A15.bB6Ng01-127A15.g
ACCDH929260DH929261
length1,1051,052
definitionDH929260|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127A15, 5' end.DH929261|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127A15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,802,556 - 118,803,559)(118,960,668 - 118,961,741)
sequence
gaattctttgttcagctctgagccccatttttaatggggttatttgattt
tctggagtccaccttcttgagttctttatatatgtcggatattagtcccc
tatctgatttaggagaggtaaagatcctttcccaatctgttggtggcctt
tttgtcttattgacggtgtcttttgccttacagaagctttgcaactttat
gaggtcccatttgtcgattctcgatcttacagcacaagccattgctcttc
tattcaggaatttttcccctgtatccatatctttgagggttttccctact
ttctcctctataagtttcagaaacaattatgggtcagaggtgtgactgtg
ggatgtcaaccccacccctcacttgatggcctgtcttcctgctggaggtg
ggttctatgggcctttcatcaaaggtctctccctatgagtcctgggagtc
tctcacctccgaggtctctgttgcattctgggggggtggtcgccccaaag
tttctaaggttgcctgtttacattctttctggtggccctcagggcttctt
ttgtcatgcagatctttcatttgcttagttagagtcacaccaaggtattt
tatattggcttggtgcttcttgactataaaacacaaatggaagactggca
agcacagtgcgcgggatgatcccccagacacatgaggccagttataaaga
actacttacattgggatcacagtgtcaactttggtctggagagaaagaga
tctactgagaggtctcattcatggatgtacatatgatcccacctgtatgc
tgcaaatgcttcaaaggatgggtgctgcagaacgtggtagaagggaaagc
aagaacaggcatacctaaagatattgacaatggaaaatataacaaaaagc
agggtgacaggtacagtgctcatagcatctacatgttcacatgcacttga
tgtctactatgaaacttacatatgcactggatcttttcaatttattgtcc
tggtccactctcttctcttacatgccctgttctgtgactgatctatgttc
tttgtatggagcatacttatgggaaaaggctcccttcatgtagatatgct
gtaga
gaattcaacctcagcaatcattagtctgagctagattatttaatagaatc
gtgatgctgaacaatctgcatagcctgcttaaatataagccttttctatc
tggagggaaggacaccaataataataataataataataataataataata
ataataataataataatacagaatgttaaggaaccttaagtgatacagtt
catagaaatatggtgtctagtatagtatgtaaaaactaatattactgtca
atgcaagagaaaattcaacttaaagaaactattcatctatgaaaatatga
aaataaccacttaatattaatggggttgattaagaacttttggggatttt
gtgccagtacaaggcccacaaaattatgaatattcatagcttgattcttc
cattcaaatgtgaatcttgtgagtatctatttcaaaagtaatttataata
tctataaacatatgtcttttcatctacaacttacattttaagaagtctat
cacattggtatatgcatacaaagttaaatatgcaaacatgtctcccaaag
tcaccttcttcctcctcctccttcttccccattctcctctttctcctctt
tctcctcctcctcctccttcttcctctctctctctctcttttgtttttta
gcaaaccagcaaaaaataattaaatgctcatggagtgctgggctacttaa
aaatatatttcatctacactagaaaaccgttcatactaacatgccacaat
ctcaaatatgtagtggtaacaattaggcactagcagcagaagaaaatcac
attattcttattccattattacccaaacttctatatgtggtacttgtgta
tgttggatgttctctcttttcttttttttatacaactccagaggagtctc
gaccacaagttgagaatcactgtataatgttttgctttcagagattaaaa
aagacttttaaaataaaagaagcttattgtatgcttgctgttgaattgac
tggtaacatgccattgaatcaacatgacctatgctctactactctcttat
ct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_118802556_118803559
seq2: B6Ng01-127A15.b_156_1152

seq1  TTAGGAGAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGCCTTTTTGTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAGAGGTAAAGATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGCCTTTTTGTCTT  50

seq1  ATTGACGGTGTCTTTTGCCTTACAGAAGCTTTGCAACTTTATGAGGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACGGTGTCTTTTGCCTTACAGAAGCTTTGCAACTTTATGAGGTCCC  100

seq1  ATTTGTCGATTCTCGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTCTTCTATTCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTCGATTCTCGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTCTTCTATTCAGG  150

seq1  AATTTTTCCCCTGTATCCATATCTTTGAGGGTTTTCCCTACTTTCTCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTCCCCTGTATCCATATCTTTGAGGGTTTTCCCTACTTTCTCCTC  200

seq1  TATAAGTTTCAGAAACAATTATGGGTCAGAGGTGTGACTGTGGGATGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGTTTCAGAAACAATTATGGGTCAGAGGTGTGACTGTGGGATGTCA  250

seq1  ACCCCACCCCTCACTTGATGGCCTGTCTTCCTGCTGGAGGTGGGTTCTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCACCCCTCACTTGATGGCCTGTCTTCCTGCTGGAGGTGGGTTCTAT  300

seq1  GGGCCTTTCATCAAAGGTCTCTCCCTATGAGTCCTGGGAGTCTCTCACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTTTCATCAAAGGTCTCTCCCTATGAGTCCTGGGAGTCTCTCACCT  350

seq1  CCGAGGTCTCTGTTGCATTCTGGGGGGGTGGTCGCCCCAAAGTTTCTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGGTCTCTGTTGCATTCTGGGGGGGTGGTCGCCCCAAAGTTTCTAAG  400

seq1  GTTGCCTGTTTACATTCTTTCTGGTGGCCCTCAGGGCTTCTTTTGTCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCTGTTTACATTCTTTCTGGTGGCCCTCAGGGCTTCTTTTGTCATG  450

seq1  CAGATCTTTCATTTGCTTAGTTAGAGTCACACCAAGGTATTTTATATTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTTTCATTTGCTTAGTTAGAGTCACACCAAGGTATTTTATATTGG  500

seq1  CTTGGTGCTTCTTGACTATAAAACACAAATGGAAGACTGGCAAGCACAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGCTTCTTGACTATAAAACACAAATGGAAGACTGGCAAGCACAGT  550

seq1  GCGCGGGATGATCCCCCAGACACATGAGGCCAGTTATAAAGAACTACTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCGGGATGATCCCCCAGACACATGAGGCCAGTTATAAAGAACTACTTA  600

seq1  CATTGGGATCACAGTGTCAACTTTGGTCTGGAGAGAAAGAGATCTACTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGGATCACAGTGTCAACTTTGGTCTGGAGAGAAAGAGATCTACTGA  650

seq1  GAGGTCTCATTCATGGATGTACATATGATCCCACCTGTATGCTGCAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCTCATTCATGGATGTACATATGATCCCACCTGTATGCTGCAAATG  700

seq1  CTTCAAAGGATGGGTGCTGCAGAACGTGGTAGAAGGGAAAGCAAGAACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAAGGATGGGTGCTGCAGAACGTGGTAGAAGGGAAAGCAAGAACAG  750

seq1  GCATACCTAAAGATATTGACAATGGAAAATATAACAAAAAGCAGGGTGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACCTAAAGATATTGACAATGGAAAATATAACAAAAAGCAGGGTGAC  800

seq1  AGGGTACAGTGCTCATAGCATCTACATGTTCACATGCACTTGATGTCTAC  850
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-GGTACAGTGCTCATAGCATCTACATGTTCACATGCACTTGATGTCTAC  849

seq1  TATGAAAACTTACAATATGCACTGGATCTTTTCAATTTATTGTCCTGGTC  900
      |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATG-AAACTTAC-ATATGCACTGGATCTTTTCAATTTATTGTCCTGGTC  897

seq1  CACTCTCTTCTCTTACATGCCCTG-TCTGTGACTGATCTATG-TCTTTGT  948
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  CACTCTCTTCTCTTACATGCCCTGTTCTGTGACTGATCTATGTTCTTTGT  947

seq1  ATGGAGCAATACTAATGGGAAAAGGGGCTTCCCTTCATGTAGAATATGGC  998
      ||||||| ||||| |||||||||||    ||||||||||||| |||| ||
seq2  ATGGAGC-ATACTTATGGGAAAAGG---CTCCCTTCATGTAG-ATAT-GC  991

seq1  TGTAGA  1004
      ||||||
seq2  TGTAGA  997

seq1: chr3_118960668_118961741
seq2: B6Ng01-127A15.g_68_1119 (reverse)

seq1  AGATAAGGAGAGTAGTAGAGCCAATAGTGCATGTTGATTCATTGGCATTG  50
      |||||| ||||||||||||||  ||||  |||||||||||| ||||| ||
seq2  AGATAA-GAGAGTAGTAGAGC--ATAGGTCATGTTGATTCAATGGCA-TG  46

seq1  GTAACAGTTCCAAAATCAACAGCAAAGCATACAATAAGCCTTTCTTTTTA  100
       || ||||    || |||||||| |||||||||||||||  ||| |||||
seq2  TTACCAGT---CAATTCAACAGC-AAGCATACAATAAGC--TTC-TTTTA  89

seq1  TTTTTAAAAAGTTCCTTTTTTTAATTCTCTGAAAAGCAATACA-TATACC  149
      ||||  ||||||  |||||||  | |||||| ||||||| ||| |||| |
seq2  TTTT--AAAAGT--CTTTTTT--AATCTCTG-AAAGCAAAACATTATA-C  131

seq1  AGTGATTCTCAACTTGTGGGTCGAGACTCCTCTGGAGTTGTATTAAAAAA  199
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||
seq2  AGTGATTCTCAACTTGT-GGTCGAGACTCCTCTGGAGTTGTAT--AAAAA  178

seq1  AAAGAAAAGAAGAAGAACATTCAACATACACAAGTACCACATATAGAAGT  249
      ||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAAGA--GAGAACATCCAACATACACAAGTACCACATATAGAAGT  226

seq1  TTGGGTAATAATGGAATAAGAAT-ATGTGA-TTTCTTCTGCTGCTAGTGC  297
      ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTAATAATGGAATAAGAATAATGTGATTTTCTTCTGCTGCTAGTGC  276

seq1  CTAATTGTTACCACTACATATTTGAGATTGTGGCATGTTAGTATGAACGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTGTTACCACTACATATTTGAGATTGTGGCATGTTAGTATGAACGG  326

seq1  TTTTCTAGTGTAGATGAAATATAATTTTTAAGTAGCCCAGCACTCCATGA  397
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAGTGTAGATGAAATAT-ATTTTTAAGTAGCCCAGCACTCCATGA  375

seq1  GCATTTAATTATTTTTTGCTGGTTTGCTAAAAAACAAAAGAGAGAGAGAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTAATTATTTTTTGCTGGTTTGCTAAAAAACAAAAGAGAGAGAGAG  425

seq1  AGAGGAAGAAGGAGGAGGAGGAGGAGAAAGAGGAGAAAGAGGAGAATGGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAGAAGGAGGAGGAGGAGGAGAAAGAGGAGAAAGAGGAGAATGGG  475

seq1  GAAGAAGGAGGAGGAGGAAGAAGGTGACTTTGGGAGACATGTTTGCATAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGGAGGAGGAGGAAGAAGGTGACTTTGGGAGACATGTTTGCATAT  525

seq1  TTAACTTTGTATGCATATACCAATGTGATAGACTTCTTAAAATGTAAGTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTTTGTATGCATATACCAATGTGATAGACTTCTTAAAATGTAAGTT  575

seq1  GTAGATGAAAAGACATATGTTTATAGATATTATAAATTACTTTTGAAATA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGATGAAAAGACATATGTTTATAGATATTATAAATTACTTTTGAAATA  625

seq1  GATACTCACAAGATTCACATTTGAATGGAAGAATCAAGCTATGAATATTC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTCACAAGATTCACATTTGAATGGAAGAATCAAGCTATGAATATTC  675

seq1  ATAATTTTGTGGGCCTTGTACTGGCACAAAATCCCCAAAAGTTCTTAATC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTTGTGGGCCTTGTACTGGCACAAAATCCCCAAAAGTTCTTAATC  725

seq1  AACCCCATTAATATTAAGTGGTTATTTTCATATTTTCATAGATGAATAGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCATTAATATTAAGTGGTTATTTTCATATTTTCATAGATGAATAGT  775

seq1  TTCTTTAAGTTGAATTTTCTCTTGCATTGACAGTAATATTAGTTTTTACA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTAAGTTGAATTTTCTCTTGCATTGACAGTAATATTAGTTTTTACA  825

seq1  TACTATACTAGACACCATATTTCTATGAACTGTATCACTTAAGGTTCCTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATACTAGACACCATATTTCTATGAACTGTATCACTTAAGGTTCCTT  875

seq1  AACATTCTGTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTCTGTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTA  925

seq1  TTATTATTATTGGTGTCCTTCCCTCCAGATAGAAAAGGCTTATATTTAAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTATTGGTGTCCTTCCCTCCAGATAGAAAAGGCTTATATTTAAG  975

seq1  CAGGCTATGCAGATTGTTCAGCATCACGATTCTATTAAATAATCTAGCTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTATGCAGATTGTTCAGCATCACGATTCTATTAAATAATCTAGCTC  1025

seq1  AGACTAATGATTGCTGAGGTTGAATTC  1074
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAATGATTGCTGAGGTTGAATTC  1052