BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-127C06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 146,526,549 - 146,700,384
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTtll7
Upstream geneDdah1, LOC100040331, Bcl10, 2410004B18Rik, Syde2, Wdr63, Mcoln3, Mcoln2, Edg7, Ssx2ip, Ctbs, Spata1, Gng5, Bxdc5, LOC100040473, Dnase2b, Uox, 4930503B20Rik, Gm1652, LOC670100, Prkacb, LOC100040540
Downstream genePpia-ps3_1528.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-127C06.bB6Ng01-127C06.g
ACCDH929335DH929336
length1,041965
definitionDH929335|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127C06, 5' end.DH929336|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127C06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(146,526,549 - 146,527,598)(146,699,391 - 146,700,384)
sequence
gaattcacggtcttatgttatcccagcttagcctctgaatggcttgagct
gcaggtgcaggctgtgatgcctgcttgagaagagactgacttctccgaga
taggaggtttggctgtgttggtttcttgcttacttctactgattgtggtt
taaattattcaaatttgtctaaaggctcaccttggtttgtaagccttctt
gtgctttatggatgaagatctagtatgtgtaaacgcttgatgagtacttg
agataatgtgtattctcctggttctgagtaggatatatatcccaaagttg
tccagatcctatcagccaatgccctgctcagctctgctttctgaacgcag
ctctgtcaactgttatgtatatgtagggtccatcaatatttgcttttctg
tgactagtatttcaatatccttcagattcaccctccttatcacagataac
atgattgtctcttgtctctttaagactgagtaatatcccacactaaaact
acatgctacatatattaaacttacttgtttgtctgttaaccagcatgggg
ctggagtcacccctctgtcccatttgaggactcccaaaggatacactgga
ttctccttgtccaaactaaccccatcgaaaggttattgtcataagctctg
agactgttagtgattgttgacacgctgaccttgtgagtgaaccagagtca
ggtttatctcttacccctcgtaagcattctgaaatgaaaagcaaccagtc
tgataacagccaaaaagtgtttcacatagatatcttcattctgggctggt
gagatggctcaatgggaagagtacccgactgctcttccagaggtcctgag
ttcaaatcccagcaaccacatgggtggctcacaaccatcgttaacgagac
tgacgcccttcttctgttgtgtctgaagacagctacagtgtacttaccta
taataataatttaaaaaaaaaaacaagaaaaagaaagaaacttcattctg
acatctcttttttgggggatgggggttcgagacagggtttc
gaattcctggggtcctggaagcaacagaaaatacctcctctgttaaagtc
taaggctagggagtagagcacagaagctatgcaataaatggggaacctga
acggtgataaatggtagtcttccaaacaaaacttccattgtgaaagtcaa
ctgccttgggcctaaagagaagacttggtcagtaaagtatttgaaacata
aacatgaggatctaagtttgattccaatatcccacataaaaagctgtgca
tggtggaacatagttgtcattctacggccaagaatagaaaggcagtcagc
tccctcatgctccctggccagccaaattccacatgaactggtgagtccag
gcagtagtgggataccccgcctcaaacatgaaaaggatacctgagctgat
gatctctggcctctacatgtgtgtgcacacatatgcacatataagccccc
acagaaatacctagctaattgcacaagacactttgctgttcaaataagcc
acgttgctttttatcaactcactgaggtgtatgggctcttacgcatgggg
tactaaagaggaagactagaggagctcacaaagaactacagctacatgaa
ttatcttactagactgtgaataattcaatgactgttaagtagacctaatc
catctttgttaccctaggtcccagtgtgaggcctaacaagttgcttaacc
aatgtatagtgaccaaagaataactggtctcgttgatcacacaactggga
tgattctttttctttgggtctagctcagacactcgagagataagactatg
aatatatgatataaatcatctttaacttcctccaaaggtagaaagctttt
cgtcatgggtagatgatcttacagcagtttgcttgtctgcatgaaatgac
tagtaatgagtttggttctgcctactagcagttgatctgagatggttgtg
tggtggtgacatttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_146526549_146527598
seq2: B6Ng01-127C06.b_43_1083

seq1  GAATTCACGGTCTTATGTTATCCCAGCTTAGCCTCTGAATGGCTTGAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACGGTCTTATGTTATCCCAGCTTAGCCTCTGAATGGCTTGAGCT  50

seq1  GCAGGTGCAGGCTGTGATGCCTGCTTGAGAAGAGACTGACTTCTCCGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTGCAGGCTGTGATGCCTGCTTGAGAAGAGACTGACTTCTCCGAGA  100

seq1  TAGGAGGTTTGGCTGTGTTGGTTTCTTGCTTACTTCTACTGATTGTGGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGGTTTGGCTGTGTTGGTTTCTTGCTTACTTCTACTGATTGTGGTT  150

seq1  TAAATTATTCAAATTTGTCTAAAGGCTCACCTTGGTTTGTAAGCCTTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTATTCAAATTTGTCTAAAGGCTCACCTTGGTTTGTAAGCCTTCTT  200

seq1  GTGCTTTATGGATGAAGATCTAGTATGTGTAAACGCTTGATGAGTACTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTATGGATGAAGATCTAGTATGTGTAAACGCTTGATGAGTACTTG  250

seq1  AGATAATGTGTATTCTCCTGGTTCTGAGTAGGATATATATCCCAAAGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAATGTGTATTCTCCTGGTTCTGAGTAGGATATATATCCCAAAGTTG  300

seq1  TCCAGATCCTATCAGCCAATGCCCTGCTCAGCTCTGCTTTCTGAACGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGATCCTATCAGCCAATGCCCTGCTCAGCTCTGCTTTCTGAACGCAG  350

seq1  CTCTGTCAACTGTTATGTATATGTAGGGTCCATCAATATTTGCTTTTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCAACTGTTATGTATATGTAGGGTCCATCAATATTTGCTTTTCTG  400

seq1  TGACTAGTATTTCAATATCCTTCAGATTCACCCTCCTTATCACAGATAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAGTATTTCAATATCCTTCAGATTCACCCTCCTTATCACAGATAAC  450

seq1  ATGATTGTCTCTTGTCTCTTTAAGACTGAGTAATATCCCACACTAAAACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTGTCTCTTGTCTCTTTAAGACTGAGTAATATCCCACACTAAAACT  500

seq1  ACATGCTACATATATTAAACTTACTTGTTTGTCTGTTAACCAGCATGGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTACATATATTAAACTTACTTGTTTGTCTGTTAACCAGCATGGGG  550

seq1  CTGGAGTCACCCCTCTGTCCCATTTGAGGACTCCCAAAGGATACACTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGTCACCCCTCTGTCCCATTTGAGGACTCCCAAAGGATACACTGGA  600

seq1  TTCTCCTTGTCCAAACTAACCCCATCGAAAGGTTATTGTCATAAGCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTTGTCCAAACTAACCCCATCGAAAGGTTATTGTCATAAGCTCTG  650

seq1  AGACTGTTAGTGATTGTTGACACGCTGACCTTGTGAGTGAACCAGAGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTTAGTGATTGTTGACACGCTGACCTTGTGAGTGAACCAGAGTCA  700

seq1  GGTTTATCTCTTACCCCTCGTAAGCATTCTGAAATGAAAAGCAACCAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTATCTCTTACCCCTCGTAAGCATTCTGAAATGAAAAGCAACCAGTC  750

seq1  TGATAACAGCCAAAAAGTGTTTCACATAAGAAATCTTCATTCTGGGCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  TGATAACAGCCAAAAAGTGTTTCACAT-AGATATCTTCATTCTGGGCTGG  799

seq1  TGAGATGGCTCAGTGGGAAGAGTACCCGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGA  850
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGGCTCAATGGGAAGAGTACCCGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGA  849

seq1  GTTCAAATCCCAGCAACCACAT-GGTGGCTCACAACCATCCGTAACGAGA  899
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||
seq2  GTTCAAATCCCAGCAACCACATGGGTGGCTCACAACCATCGTTAACGAGA  899

seq1  TCTGACGCCC-TCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACA  948
       ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  -CTGACGCCCTTCTTCTGTTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACC  948

seq1  TATAATAAATAAATCTAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAGAAAGAAATC  998
      ||||||||   ||| |||||||||||    | || ||||||||||||| |
seq2  TATAATAA--TAATTTAAAAAAAAAA----ACAAGAAAAAGAAAGAAA-C  991

seq1  TTCATTCTGACCATCTCTTTTTTTGGGGGATGGGGGTTCGAGACAGGGTT  1048
      |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTCTGA-CATCTC-TTTTTTGGGGGATGGGGGTTCGAGACAGGGTT  1039

seq1  TC  1050
      ||
seq2  TC  1041

seq1: chr3_146699391_146700384
seq2: B6Ng01-127C06.g_68_1032 (reverse)

seq1  AAAATGTCACCACACACACACACATTCTCAGATCAACTTGCTATGTAGGG  50
      ||||||||||||| |||||| ||  |||||||||||| ||||| ||| ||
seq2  AAAATGTCACCAC-CACACA-ACCATCTCAGATCAAC-TGCTA-GTA-GG  45

seq1  CAGGAAACCAAAACCCTCATTTACTTAGGTCAATTTTCATGGCAGACAAG  100
      |||  |||||||   |||| |||||   ||||  |||||| |||||||||
seq2  CAG--AACCAAA---CTCA-TTACT--AGTCA--TTTCAT-GCAGACAAG  84

seq1  CAAAACTGCTTGTAAGAATCATCTAACACATGACGAAAAGCTCTCCTTAC  150
      | ||||||| |||||| ||||||| || |||||||||||||| ||  |||
seq2  C-AAACTGC-TGTAAG-ATCATCT-ACCCATGACGAAAAGCTTTC--TAC  128

seq1  CTCTGTGAGGAAGTTAAAGATGATTTATTATCATATATTCATTGGTCTTT  200
      || || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||| ||
seq2  CTTTG-GAGGAAGTTAAAGATGATTTA-TATCATATATTCA-TAGTC-TT  174

seq1  ATCTCTTCGAGTGTCTGAGCTAGACCCCAAAGTAAAAGAATCATCCCAGT  250
      ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATCTC-TCGAGTGTCTGAGCTAGA-CCCAAAGAAAAAGAATCATCCCAGT  222

seq1  TGTGTTGATCAACGAGACCAGTTATTCTTTGGTCACTATACATTGGTTAA  300
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTG-TGATCAACGAGACCAGTTATTCTTTGGTCACTATACATTGGTTAA  271

seq1  GCAACTTGTTAGGCCTCACACTGGGACCTAGGGTAACAAAGATGGATTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTTGTTAGGCCTCACACTGGGACCTAGGGTAACAAAGATGGATTAG  321

seq1  GTCTACTTAACAGTCATTGAATTATTCACAGTCTAGTAAGATAATTCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACTTAACAGTCATTGAATTATTCACAGTCTAGTAAGATAATTCATG  371

seq1  TAGCTGTAGTTCTTTGTGAGCTCCTCTAGTCTTCCTCTTTAGTACCCCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGTAGTTCTTTGTGAGCTCCTCTAGTCTTCCTCTTTAGTACCCCAT  421

seq1  GCGTAAGAGCCCATACACCTCAGTGAGTTGATAAAAAGCAACGTGGCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTAAGAGCCCATACACCTCAGTGAGTTGATAAAAAGCAACGTGGCTTA  471

seq1  TTTGAACAGCAAAGTGTCTTGTGCAATTAGCTAGGTATTTCTGTGGGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAACAGCAAAGTGTCTTGTGCAATTAGCTAGGTATTTCTGTGGGGGC  521

seq1  TTATATGTGCATATGTGTGCACACACATGTAGAGGCCAGAGATCATCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGTGCATATGTGTGCACACACATGTAGAGGCCAGAGATCATCAGC  571

seq1  TCAGGTATCCTTTTCATGTTTGAGGCGGGGTATCCCACTACTGCCTGGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTATCCTTTTCATGTTTGAGGCGGGGTATCCCACTACTGCCTGGAC  621

seq1  TCACCAGTTCATGTGGAATTTGGCTGGCCAGGGAGCATGAGGGAGCTGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAGTTCATGTGGAATTTGGCTGGCCAGGGAGCATGAGGGAGCTGAC  671

seq1  TGCCTTTCTATTCTTGGCCGTAGAATGACAACTATGTTCCACCATGCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTCTATTCTTGGCCGTAGAATGACAACTATGTTCCACCATGCACA  721

seq1  GCTTTTTATGTGGGATATTGGAATCAAACTTAGATCCTCATGTTTATGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTTATGTGGGATATTGGAATCAAACTTAGATCCTCATGTTTATGTT  771

seq1  TCAAATACTTTACTGACCAAGTCTTCTCTTTAGGCCCAAGGCAGTTGACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATACTTTACTGACCAAGTCTTCTCTTTAGGCCCAAGGCAGTTGACT  821

seq1  TTCACAATGGAAGTTTTGTTTGGAAGACTACCATTTATCACCGTTCAGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAATGGAAGTTTTGTTTGGAAGACTACCATTTATCACCGTTCAGGT  871

seq1  TCCCCATTTATTGCATAGCTTCTGTGCTCTACTCCCTAGCCTTAGACTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCATTTATTGCATAGCTTCTGTGCTCTACTCCCTAGCCTTAGACTTT  921

seq1  AACAGAGGAGGTATTTTCTGTTGCTTCCAGGACCCCAGGAATTC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGGAGGTATTTTCTGTTGCTTCCAGGACCCCAGGAATTC  965