BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-127C15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 37,868,634 - 38,003,052
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG665821
Upstream gene4932438A13Rik, Tenr, LOC652987, Il2, Il21, Cetn4, Bbs12, LOC100041328, Fgf2, LOC100040649, Nudt6, Spata5, LOC665778, Spry1, EG381438, LOC100038875, LOC100041338, EG626367, 4930556A17Rik, LOC665811
Downstream geneLOC100041366, LOC100040785, LOC665838, Ankrd50, LOC100041378, LOC665855, LOC100040824, Fat4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-127C15.bB6Ng01-127C15.g
ACCDH929353DH929354
length9611,043
definitionDH929353|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127C15, 5' end.DH929354|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127C15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,868,634 - 37,869,594)(38,002,001 - 38,003,052)
sequence
gaattcagtgctggagaagaccagaaaggttataggataccctaaagctg
gagttacaggcagatgtgacccaccctatgtgaatgctgggaattgaact
ccaaaatagtatgaagcacttcttatccacaaaactgtctcccagtctta
caatttctattaaaattatatttgtgtgtgtgtgtgtatacattatatat
atacatatatgtgtgtgtgtgtatacatatatatgtgtgtgtgtgtgtgt
atacatatatatgtgtgtgtgtttattcaacaacatgaagcactgacacc
tgtgcaaagtgaacatcttatctatctttgagctaatggtttcaaaatga
gtgtgagactgccattgtgggagttctctggggatagcctcagctacata
gtgagctcaaggaagaggagagaaaaagatgggaccattagtcaagtttt
gaagccttaaagaatcaattaaaattaagcactgtgggaaaaccctgcta
attaaggtagacatctaccattgtccagatagtttctgggcttggcacaa
aatggaggtctcactttactagcaaggattccccttctctgactttaacc
tccacacaccctgttacctgcagtatgtctcaaagtcttgtagccttagt
tagactgcaggttcaacttccttttctcctgataggaaccaggtgagcta
gcacctgagattcctggaatgactgcccatgctgatgaagcatcttggta
acttaagcctttcagccaataacctttgtccatcctggattccctacccc
gcccctcctcgaaactatataattcttgaatcatcccaattaaagtcgat
ctgtctccctgaatttggtcccgaatgccatcatttactcactcgaggct
tctgaacctcatagtctgtgccctattgctgactgatatttgccaaaatt
cctggggctgg
gaattctcttctatggatggacatcaaatccaaataaaaagccataggtt
agtcccataacagacatgctttgattgcactgataggtttgctttgctgg
cccgtcagtatcactatgcacagggtccaccttaggaaaactgctggtga
cagattctcccccagacacctacttgcactataactgctttccagcagga
aggaatgttccagaccattttcattttaatttcaaatctaacttaatatt
caaggtaacaaattgcatatgtttcttctttgaaaattcctgagttggaa
ggaaatgagaatggaagactcaagggaaagaaaaataatccagtcatttt
attctcccatagaagcaatagagttatatcttaataaatatattgataga
ctccatatgttaagaatctaggagttgggattactcaagattaactgtga
atcccaggtgtgacccctactgtctacataagccagaagaagttaaattc
tgcacattatttggtttctttatctataacaaccaatggtgaaaatacag
gaagtcaaagaagagaaagacaagagtgatgtttggttttagttaacttg
agatgaagtgttagcatcctgacaatgaaggaaaaaaaaacaacaacaac
attaacaccactgtccttttattagctgacaaaccttcatcagactagca
acagagttccctttaccactaaaatccaaagactgggtatctgtctctaa
gttccctgaagtcatatttgaagtggtgatgtgtcctgacacagccaact
tggaatgttgcatttcaattttacatcttaagtcagttactcaagtcaac
atagtagatgatttttagatccgttttgttcccaagttcttggaatgaat
atgcttagaagctgttgccccactcttgagagtgtaaatactttacagag
tgctaccctggatgtttgtacttgagcattagtgattgcttggaaaggta
gagatgattacacaaactagagctttgcctggcctggcctcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_37868634_37869594
seq2: B6Ng01-127C15.b_46_1006

seq1  GAATTCAGTGCTGGAGAAGACCAGAAAGGTTATAGGATACCCTAAAGCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGCTGGAGAAGACCAGAAAGGTTATAGGATACCCTAAAGCTG  50

seq1  GAGTTACAGGCAGATGTGACCCACCCTATGTGAATGCTGGGAATTGAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTACAGGCAGATGTGACCCACCCTATGTGAATGCTGGGAATTGAACT  100

seq1  CCAAAATAGTATGAAGCACTTCTTATCCACAAAACTGTCTCCCAGTCTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATAGTATGAAGCACTTCTTATCCACAAAACTGTCTCCCAGTCTTA  150

seq1  CAATTTCTATTAAAATTATATTTGTGTGTGTGTGTGTATACATTATATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTCTATTAAAATTATATTTGTGTGTGTGTGTGTATACATTATATAT  200

seq1  ATACATATATGTGTGTGTGTGTATACATATATATGTGTGTGTGTGTGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATATGTGTGTGTGTGTATACATATATATGTGTGTGTGTGTGTGT  250

seq1  ATACATATATATGTGTGTGTGTTTATTCAACAACATGAAGCACTGACACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATATATATGTGTGTGTGTTTATTCAACAACATGAAGCACTGACACC  300

seq1  TGTGCAAAGTGAACATCTTATCTATCTTTGAGCTAATGGTTTCAAAATGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAAAGTGAACATCTTATCTATCTTTGAGCTAATGGTTTCAAAATGA  350

seq1  GTGTGAGACTGCCATTGTGGGAGTTCTCTGGGGATAGCCTCAGCTACATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGACTGCCATTGTGGGAGTTCTCTGGGGATAGCCTCAGCTACATA  400

seq1  GTGAGCTCAAGGAAGAGGAGAGAAAAAGATGGGACCATTAGTCAAGTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCTCAAGGAAGAGGAGAGAAAAAGATGGGACCATTAGTCAAGTTTT  450

seq1  GAAGCCTTAAAGAATCAATTAAAATTAAGCACTGTGGGAAAACCCTGCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCTTAAAGAATCAATTAAAATTAAGCACTGTGGGAAAACCCTGCTA  500

seq1  ATTAAGGTAGACATCTACCATTGTCCAGATAGTTTCTGGGCTTGGCACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGGTAGACATCTACCATTGTCCAGATAGTTTCTGGGCTTGGCACAA  550

seq1  AATGGAGGTCTCACTTTACTAGCAAGGATTCCCCTTCTCTGACTTTAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGGTCTCACTTTACTAGCAAGGATTCCCCTTCTCTGACTTTAACC  600

seq1  TCCACACACCCTGTTACCTGCAGTATGTCTCAAAGTCTTGTAGCCTTAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACACACCCTGTTACCTGCAGTATGTCTCAAAGTCTTGTAGCCTTAGT  650

seq1  TAGACTGCAGGTTCAACTTCC-TTTCTCCTGATAGGAACCAGGTGAGCTA  699
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTGCAGGTTCAACTTCCTTTTCTCCTGATAGGAACCAGGTGAGCTA  700

seq1  GCACCTGAGATTCCTGGAATGACTGCCCATGCTGATGAAGCATCTTGGTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTGAGATTCCTGGAATGACTGCCCATGCTGATGAAGCATCTTGGTA  750

seq1  ACTTAAGCC-TTCAGCCAATAACCTTTGTCCATCCTGGATT-CCTACCCC  797
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACTTAAGCCTTTCAGCCAATAACCTTTGTCCATCCTGGATTCCCTACCCC  800

seq1  GCCCCTCCTCGAAACTATATAATTCTTGAATCATCCCAATTAAAGTCGAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTCCTCGAAACTATATAATTCTTGAATCATCCCAATTAAAGTCGAT  850

seq1  CTGTCTCCCTGAAGTTGGTCCCG-ATGCCATCA-TTACTCACTCGAGGCC  895
      ||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |
seq2  CTGTCTCCCTGAATTTGGTCCCGAATGCCATCATTTACTCACTCGAGG-C  899

seq1  TTCTGAACCCTCATAGTCTGTGCCCTATTTGCTGACTGATATTTGCCAAA  945
      ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  TTCTGAA-CCTCATAGTCTGTGCCCTA-TTGCTGACTGATATTTGCC-AA  946

seq1  AATTCCTTGGGGCTGG  961
      |||||| |||||||||
seq2  AATTCC-TGGGGCTGG  961

seq1: chr3_38002001_38003052
seq2: B6Ng01-127C15.g_71_1113 (reverse)

seq1  CTGAGGCC-TGCCAGGCAAAAGCTCTAGTTCTGTGTTAATCATCTTCTAC  49
      ||||||||  ||||||| |||||||||||| |||| |||||||| |||||
seq2  CTGAGGCCAGGCCAGGC-AAAGCTCTAGTT-TGTG-TAATCATC-TCTAC  46

seq1  CCTTTCCCAAGCAATCACTATTGCTCAAGTACAAACATCCAGAGATAGCA  99
      |  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||
seq2  C--TTTCCAAGCAATCACTAATGCTCAAGTACAAACATCCAG-GGTAGCA  93

seq1  CTCTGTAAAGTATTTTACACTCTTCAAGAGTGGGGCAACAGCTTCTAAGC  149
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTAAAGTA-TTTACACTC-TCAAGAGTGGGGCAACAGCTTCTAAGC  141

seq1  ATATTCATTCCAAGAACTTGGGAACAAAAACGGATCTTAAAAATCATCTA  199
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  ATATTCATTCCAAGAACTTGGGAAC-AAAACGGATC-TAAAAATCATCTA  189

seq1  CTATGTTGACTTGAGTAACTGACTTAAGATGTAAAATTG-AATGCAACAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CTATGTTGACTTGAGTAACTGACTTAAGATGTAAAATTGAAATGCAACAT  239

seq1  TCCAAGTTGGCTGTGTCAGGACACATCACCACTTCAAATATGACTTCAGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGTTGGCTGTGTCAGGACACATCACCACTTCAAATATGACTTCAGG  289

seq1  GAACTTAGAGACAGATACCCAGTCTTTGGATTTTAGTGGTAAAGGGAACT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTAGAGACAGATACCCAGTCTTTGGATTTTAGTGGTAAAGGGAACT  339

seq1  CTGTTGCTAGTCTGATGAAGGTTTGTCAGCTAATAAAAGGACAGTGGTGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGCTAGTCTGATGAAGGTTTGTCAGCTAATAAAAGGACAGTGGTGT  389

seq1  TAATGTTGTTGTTGTTTTTTTTTCCTTCATTGTCAGGATGCTAACACTTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTGTTGTTGTTTTTTTTTCCTTCATTGTCAGGATGCTAACACTTC  439

seq1  ATCTCAAGTTAACTAAAACCAAACATCACTCTTGTCTTTCTCTTCTTTGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAAGTTAACTAAAACCAAACATCACTCTTGTCTTTCTCTTCTTTGA  489

seq1  CTTCCTGTATTTTCACCATTGGTTGTTATAGATAAAGAAACCAAATAATG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGTATTTTCACCATTGGTTGTTATAGATAAAGAAACCAAATAATG  539

seq1  TGCAGAATTTAACTTCTTCTGGCTTATGTAGACAGTAGGGGTCACACCTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAATTTAACTTCTTCTGGCTTATGTAGACAGTAGGGGTCACACCTG  589

seq1  GGATTCACAGTTAATCTTGAGTAATCCCAACTCCTAGATTCTTAACATAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCACAGTTAATCTTGAGTAATCCCAACTCCTAGATTCTTAACATAT  639

seq1  GGAGTCTATCAATATATTTATTAAGATATAACTCTATTGCTTCTATGGGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTATCAATATATTTATTAAGATATAACTCTATTGCTTCTATGGGA  689

seq1  GAATAAAATGACTGGATTATTTTTCTTTCCCTTGAGTCTTCCATTCTCAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAAATGACTGGATTATTTTTCTTTCCCTTGAGTCTTCCATTCTCAT  739

seq1  TTCCTTCCAACTCAGGAATTTTCAAAGAAGAAACATATGCAATTTGTTAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCAACTCAGGAATTTTCAAAGAAGAAACATATGCAATTTGTTAC  789

seq1  CTTGAATATTAAGTTAGATTTGAAATTAAAATGAAAATGGTCTGGAACAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAATATTAAGTTAGATTTGAAATTAAAATGAAAATGGTCTGGAACAT  839

seq1  TCCTTCCTGCTGGAAAGCAGTTATAGTGCAAGTAGGTGTCTGGGGGAGAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCCTGCTGGAAAGCAGTTATAGTGCAAGTAGGTGTCTGGGGGAGAA  889

seq1  TCTGTCACCAGCAGTTTTCCTAAGGTGGACCCTGTGCATAGTGATACTGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCACCAGCAGTTTTCCTAAGGTGGACCCTGTGCATAGTGATACTGA  939

seq1  CGGGCCAGCAAAGCAAACCTATCAGTGCAATCAAAGCATGTCTGTTATGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCCAGCAAAGCAAACCTATCAGTGCAATCAAAGCATGTCTGTTATGG  989

seq1  GACTAACCTATGGCTTTTTATTTGGATTTGATGTCCATCCATAGAAGAGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAACCTATGGCTTTTTATTTGGATTTGATGTCCATCCATAGAAGAGA  1039

seq1  ATTC  1052
      ||||
seq2  ATTC  1043