BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-127G13
Chromosome3 (Build37)
Map Location 117,630,103 - 117,681,910
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePalmd, EG668749, 1700061I17Rik, LOC674908, D3Bwg0562e, 4833424O15Rik, EG668759, Snx7, LOC100043260
Downstream geneDpyd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-127G13.bB6Ng01-127G13.g
ACCDH929534DH929535
length1,1501,032
definitionDH929534|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127G13, 5' end.DH929535|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127G13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,630,103 - 117,631,267)(117,680,875 - 117,681,910)
sequence
gaattcccctccaagtctcttccttaatggctccacattctatgtctagt
tcacccttgagttctgcttggtttgctgtcctgtaatgtcgtaggacaag
aagatataaaaatgttctcgtactctgttgatgcacaataggaagagtga
taaaacagacacactcaaactgatactaagtatcacattttttgtttttt
gtttacctatgtgtgcatctctagttttaaattaaggaatgttaattaaa
cattaaaaaagctgaacttctaaaagctttttattatcatatattaagtt
catttaatgggtttcattttgacatttttatatgtgcatgtaatgtattt
tgatcatacttaacctgctagcctttcttggcccctcccacactctctga
tccctttcctcctcctccccccaatttgtctcccttcaagcctcctgttt
tgttttttgtaaactaatgagtttcattgtggttgcttccaggagcatgg
ctaattcattcatcagtacctataccactaaagaaatgtgacactcttcc
ccagcaaccttgaacaatgtatagattccccagggtggggcctcatgaga
gaatcagacttttttgttctttatcttagcacaagattattccctatggg
gattgcaaatacaatttgatgcttgtagttggttccattttctgtgtttc
aaatagtgtcctgtgcgggatactaaactgtcattgatttttgaacagag
caatcaagtatgccagtaggatgataaataagcctccaggaagccaaccc
cttccaaaaattaccccaaagaaggatcagtgccaattggtattaggaac
tcattcagcttgtattatttagaaaaccatatctattgctttatttattc
tctagtgtgcaaagaaaatgccctggtaaataatagcctccctcctttct
gacctaagcagtcctaccatgggcatgcctgtttctatggtaccatttta
aatgatatttgattctgtcactccttttaaatcatacttagagcattcct
tcctatttcttctccttccttctttccctttccccttaattcccattcct
ttgttctcccaccatcttagtttgaatgtctgacaaaggctgagcctaaa

tgctacatgtatgtgtgcctaggcatatatgtgaatccctgagaattaga
gacttctgttgaaacacaaactcagtgtgcatcatgcagggcccttcaca
tcccaaacaactcataggcgacagaacatagaagctgctgaaccttctcg
aaatcttttaagggtaccatctcaactccttcttctcatgtattaagtcc
attcacctgatgggaatacatgtggcatcctcctgcttcagcacagtgga
actacattagaattctaaatcagaaccaagggtctaatcatatggatact
acttcaaaggactacagaacctaggtagctctgttttgagttaaaaccac
tttgataggtaagcttgaaccaccagctatagggccatagtggcccaggg
ttacagaggaaggatccatggagcttcaaccccagaaacttcaaatatga
ggctatcaggagttggctctttcctccctcccaacctggtaccataaatc
gactcccctatcaactccaggaggaattgattaccatgagagtatgaggc
ttcactccatatttgatcttataagactcactgccaagctcactcctgac
cttataacccctgagtatgtagattaagtatcttccaatatccctaccat
gggcaatggtatgtgggcatgcaaaccttgccccagagaccatggctacc
tccacagatgcaggaattcctccctgtccctcaatcaaccgaaccaattc
tccaaagttgttcgcaggtgtgttgattgggcagcaactagccaacagta
aatactatcttattggggaaaaattcattctgggtgttgaaggagattcc
cagcacatctatcagtgctcatcaaagccatacaaacaggaatcctgcct
cctctgcctgtaacgtgatgagccagaagcagttgaatggcattgggaaa
atactttagacccaaccagatttaccatccagttgctctgagccataggc
ttgatacttggattctggagagcctccaggtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_117630103_117631267
seq2: B6Ng01-127G13.b_51_1200

seq1  GAATTCCCCTCCAAGTCTCTTCCTTAATGGCTCCACATTCTATGTCTAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCTCCAAGTCTCTTCCTTAATGGCTCCACATTCTATGTCTAGT  50

seq1  TCACCCTTGAGTTCTGCTTGGTTTGCTGTCCTGTAATGTCGTAGGACAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCTTGAGTTCTGCTTGGTTTGCTGTCCTGTAATGTCGTAGGACAAG  100

seq1  AAGATATAAAAATGTTCTCGTACTCTGTTGATGCACAATAGGAAGAGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATAAAAATGTTCTCGTACTCTGTTGATGCACAATAGGAAGAGTGA  150

seq1  TAAAACAGACACACTCAAACTGATACTAAGTATCACATTTTTTGTTTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAGACACACTCAAACTGATACTAAGTATCACATTTTTTGTTTTTT  200

seq1  GTTTACCTATGTGTGCATCTCTAGTTTTAAATTAAGGAATGTTAATTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTACCTATGTGTGCATCTCTAGTTTTAAATTAAGGAATGTTAATTAAA  250

seq1  CATTAAAAAAGCTGAACTTCTAAAAGCTTTTTATTATCATATATTAAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAAAAAGCTGAACTTCTAAAAGCTTTTTATTATCATATATTAAGTT  300

seq1  CATTTAATGGGTTTCATTTTGACATTTTTATATGTGCATGTAATGTATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAATGGGTTTCATTTTGACATTTTTATATGTGCATGTAATGTATTT  350

seq1  TGATCATACTTAACCTGCTAGCCTTTCTTGGCCCCTCCCACACTCTCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCATACTTAACCTGCTAGCCTTTCTTGGCCCCTCCCACACTCTCTGA  400

seq1  TCCCTTTCCTCCTCCTCCCCCCAATTTGTCTCCCTTCAAGCCTCCTGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTCCTCCTCCTCCCCCCAATTTGTCTCCCTTCAAGCCTCCTGTTT  450

seq1  TGTTTTTTGTAAACTAATGAGTTTCATTGTGGTTGCTTCCAGGAGCATGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTTGTAAACTAATGAGTTTCATTGTGGTTGCTTCCAGGAGCATGG  500

seq1  CTAATTCATTCATCAGTACCTATACCACTAAAGAAATGTGACACTCTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTCATTCATCAGTACCTATACCACTAAAGAAATGTGACACTCTTCC  550

seq1  CCAGCAACCTTGAACAATGTATAGATTCCCCAGGGTGGGGCCTCATGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAACCTTGAACAATGTATAGATTCCCCAGGGTGGGGCCTCATGAGA  600

seq1  GAATCAGACTTTTTTGTTCTTTATCTTAGCACAAGATTATTCCCTATGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCAGACTTTTTTGTTCTTTATCTTAGCACAAGATTATTCCCTATGGG  650

seq1  GATTGCAAATACAATTTGATGCTTGTAGTTGGTTCCATTTTCTGTGTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCAAATACAATTTGATGCTTGTAGTTGGTTCCATTTTCTGTGTTTC  700

seq1  AAATAGTGTCCTGTGCGGGATACTAAACTGTCATTGATTTTTGAACAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGTGTCCTGTGCGGGATACTAAACTGTCATTGATTTTTGAACAGAG  750

seq1  CAATCAAGTATGCCAGTAGGATGATAAATAAGCCTCCAGGAAGCCAACCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAAGTATGCCAGTAGGATGATAAATAAGCCTCCAGGAAGCCAACCC  800

seq1  CTTCCAAAAATTACCCCAAAGAAGGATCAGTGCCAATTGGTATTAGGAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAAAAATTACCCCAAAGAAGGATCAGTGCCAATTGGTATTAGGAAC  850

seq1  TCATTCAGCTTGTATTATTTAGAAAACCATATCTATTGCTTTATTTATTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCAGCTTGTATTATTTAGAAAACCATATCTATTGCTTTATTTATTC  900

seq1  TCTAGTGTGCAAAGAAAATGCCCTGGTAAATAATAGCCTCCCTCCTTTCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTGTGCAAAGAAAATGCCCTGGTAAATAATAGCCTCCCTCCTTTCT  950

seq1  GACCTAAGCAGTCCTACCATGGGCATGCCTGTTTCTATGGTTACCATTTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GACCTAAGCAGTCCTACCATGGGCATGCCTGTTTCTATGG-TACCATTTT  999

seq1  AAATGATATTTTGATTCTGTCACTCCTTTTAAATCAATACTTAGAGCTAT  1050
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  AAATGATA-TTTGATTCTGTCACTCCTTTTAAATC-ATACTTAGAGC-AT  1046

seq1  TCCTTCCTTATTTCTT-TCCTTCCTTCTTTCTTTCTCTTTTCCTCCTTAT  1099
      ||||||| |||||||| ||||||||||||||     | ||||| ||||| 
seq2  TCCTTCC-TATTTCTTCTCCTTCCTTCTTTC-----CCTTTCC-CCTTAA  1089

seq1  TTCTCTATTTCTTTTGTTTCTTCCCAACATCTTAAGTTTGAATGTCTGAC  1149
      ||| |   ||| ||||||   ||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  TTCCC--ATTCCTTTGTT--CTCCCACCATCTT-AGTTTGAATGTCTGAC  1134

seq1  AAATGCTGAGCCTAAA  1165
      ||| ||||||||||||
seq2  AAAGGCTGAGCCTAAA  1150

seq1: chr3_117680875_117681910
seq2: B6Ng01-127G13.g_77_1108 (reverse)

seq1  AACCT-GAGGCTCTCC-GAATTCAAGTATCAAGCCTATGTGCTCAGAGCA  48
      ||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AACCTGGAGGCTCTCCAGAATCCAAGTATCAAGCCTATG-GCTCAGAGCA  49

seq1  ACTGGATGGTAAAATCTGTTTGGGTTCTAAAGTATTTTCCCAATGCCATT  98
      |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGATGGT-AAATCTGGTTGGG-TCTAAAGTATTTTCCCAATGCCATT  97

seq1  CAACTGCTTCTGGCTCATCACGTTACAGGCAGAGGAGGCAGGATTCCTGT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGCTTCTGGCTCATCACGTTACAGGCAGAGGAGGCAGGATTCCTGT  147

seq1  TTGTATGGCTTTGATTGAGCACTGATAGATGTGCTTGGGAATCTTCCTTC  198
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  TTGTATGGCTTTGA-TGAGCACTGATAGATGTGC-TGGGAATC-TCCTTC  194

seq1  AACACCCAGAATGAATTTTTCCCCAATAAGATAGTATTTACTGTTGGCTA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCCAGAATGAATTTTTCCCCAATAAGATAGTATTTACTGTTGGCTA  244

seq1  GTTGCTGCCCAATCAACACACCTGCGAACAACTTTGGAGAATTGGTTCGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTGCCCAATCAACACACCTGCGAACAACTTTGGAGAATTGGTTCGG  294

seq1  TTGATTGAGGGACAGGGAGGAATTCCTGCATCTGTGGAGGTAGCCATGGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTGAGGGACAGGGAGGAATTCCTGCATCTGTGGAGGTAGCCATGGT  344

seq1  CTCTGGGGCAAGGTTTGCATGCCCACATACCATTGCCCATGGTAGGGATA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGGCAAGGTTTGCATGCCCACATACCATTGCCCATGGTAGGGATA  394

seq1  TTGGAAGATACTTAATCTACATACTCAGGGGTTATAAGGTCAGGAGTGAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGATACTTAATCTACATACTCAGGGGTTATAAGGTCAGGAGTGAG  444

seq1  CTTGGCAGTGAGTCTTATAAGATCAAATATGGAGTGAAGCCTCATACTCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCAGTGAGTCTTATAAGATCAAATATGGAGTGAAGCCTCATACTCT  494

seq1  CATGGTAATCAATTCCTCCTGGAGTTGATAGGGGAGTCGATTTATGGTAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTAATCAATTCCTCCTGGAGTTGATAGGGGAGTCGATTTATGGTAC  544

seq1  CAGGTTGGGAGGGAGGAAAGAGCCAACTCCTGATAGCCTCATATTTGAAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTGGGAGGGAGGAAAGAGCCAACTCCTGATAGCCTCATATTTGAAG  594

seq1  TTTCTGGGGTTGAAGCTCCATGGATCCTTCCTCTGTAACCCTGGGCCACT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGGGTTGAAGCTCCATGGATCCTTCCTCTGTAACCCTGGGCCACT  644

seq1  ATGGCCCTATAGCTGGTGGTTCAAGCTTACCTATCAAAGTGGTTTTAACT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCCTATAGCTGGTGGTTCAAGCTTACCTATCAAAGTGGTTTTAACT  694

seq1  CAAAACAGAGCTACCTAGGTTCTGTAGTCCTTTGAAGTAGTATCCATATG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAGAGCTACCTAGGTTCTGTAGTCCTTTGAAGTAGTATCCATATG  744

seq1  ATTAGACCCTTGGTTCTGATTTAGAATTCTAATGTAGTTCCACTGTGCTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGACCCTTGGTTCTGATTTAGAATTCTAATGTAGTTCCACTGTGCTG  794

seq1  AAGCAGGAGGATGCCACATGTATTCCCATCAGGTGAATGGACTTAATACA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGGAGGATGCCACATGTATTCCCATCAGGTGAATGGACTTAATACA  844

seq1  TGAGAAGAAGGAGTTGAGATGGTACCCTTAAAAGATTTCGAGAAGGTTCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAGAAGGAGTTGAGATGGTACCCTTAAAAGATTTCGAGAAGGTTCA  894

seq1  GCAGCTTCTATGTTCTGTCGCCTATGAGTTGTTTGGGATGTGAAGGGCCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTTCTATGTTCTGTCGCCTATGAGTTGTTTGGGATGTGAAGGGCCC  944

seq1  TGCATGATGCACACTGAGTTTGTGTTTCAACAGAAGTCTCTAATTCTCAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGATGCACACTGAGTTTGTGTTTCAACAGAAGTCTCTAATTCTCAG  994

seq1  GGATTCACATATATGCCTAGGCACACATACATGAAGCA  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGATTCACATATATGCCTAGGCACACATACATGTAGCA  1032