BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-127N05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 70,790,585 - 70,815,176
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneGm414, LOC100041384, LOC625868, LOC670542, EG625901
Downstream geneEG667377, LOC667385
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-127N05.bB6Ng01-127N05.g
ACCDH929840DH929841
length7171,019
definitionDH929840|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127N05, 5' end.DH929841|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127N05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,814,625 - 70,815,176)(70,790,585 - 70,791,619)
sequence
gaattcaatgacttaatgaataaactatggtgtatagacataagcaagtt
ctgtttagacacaacagggatggaattctacagttagataacatgactag
aacaaagatcaatctataaattgatgcaagccaaaaacacaaagaacagt
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tttattaatatgaataatatttctattaatatgaataataatgcagaaca
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gaacatgaaacatttgtgggcttgcagctataaaactgggtggagaaatg
aggatactcaaataaatagaagaagtactagtattgcatttggtaatata
ctggtagaatgtcatatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_70814625_70815176
seq2: B6Ng01-127N05.b_213_766 (reverse)

seq1  TCTGTAG-AAATGTAATCTTACAT-GAAATTTATATAAGTAAAAACTAAG  48
      ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAGAAAATGTAATCTTACATGGAAATTTATATAAGTAAAAACTAAG  50

seq1  ATTTATGTTTTGTATAGCCAATTCTTTAGTGTTAATGGGTTCTATTTTTT  98
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATTTATGTTTTGTATAGCCATTTCTTTAGTGTTAATGGGTACTATTTTTT  100

seq1  GTCTAATTTTATTAATTTATTTGTTTGCATACTTGTTTATCCTAACCTCA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAATTTTATTAATTTATTTGTTTGCATACTTGTTTATCCTAACCTCA  150

seq1  TCTTTATTAATGTGTTTATGATATATTTTAGATATTCATTGCATATATAT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATTAATGTGTTTATGATATATTTTAGATATTCATTGCATATATAT  200

seq1  ATGTGTGTGTATATACTTATACACATATATGTATATATAGTCTTGACATA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGTATATACTTATACACATATATGTATATATAGTCTTGACATA  250

seq1  TATTTCAAAATAAAATTAAGATTAATACAAATATTCTCTCAAATTTCTTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCAAAATAAAATTAAGATTAATACAAATATTCTCTCAAATTTCTTA  300

seq1  AAATAATAAAAATATTACAATAGGAAAGTGATTAATAAACATTTTACTAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATAAAAATATTACAATAGGAAAGTGATTAATAAACATTTTACTAT  350

seq1  AGTTTTATGATGTATAGTTCAATATATCTATATGAAGTAATCTTATTTTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTATGATGTATAGTTCAATATATCTATATGAAGTAATCTTATTTTC  400

seq1  AACAAAATATCAGGAAGTGTTGTTCTTATCTAACTCCAAATTAATCCCAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAATATCAGGAAGTGTTGTTCTTATCTAACTCCAAATTAATCCCAC  450

seq1  TTATATTGTTCCCCTCTCTCCCTCCCCTACATGCTACTCAGCCTTTGGTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATTGTTCCCCTCTCTCCCTCCCCTACATGCTACTCAGCCTTTGGTA  500

seq1  ACCACCACACACTCACCTTTTACATTTATAATTTACTTAAATTTTGCTAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCACACACTCACCTTTTACATTTATAATTTACTTAAATTTTGCTAA  550

seq1  TGAT  552
      ||||
seq2  TGAT  554

seq1: chr3_70790585_70791619
seq2: B6Ng01-127N05.g_67_1085

seq1  GAATTCACAACAGAGGAATCTTGAATGGCTGAGAAGCACTTAAAGAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAACAGAGGAATCTTGAATGGCTGAGAAGCACTTAAAGAAATG  50

seq1  TTCACACTCCTTAGTCATCAGATGAAAGCAATTCAAAATGACCCCAAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACACTCCTTAGTCATCAGATGAAAGCAATTCAAAATGACCCCAAGTT  100

seq1  TCTGTCCTCAAACTAATAAGAATGGCTAAGATCAAAAACTCGGGTGACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCTCAAACTAATAAGAATGGCTAAGATCAAAAACTCGGGTGACAG  150

seq1  AAGATACTGGAGAGGATGTGGGAGAAAAAGAAACATTCCTCCATTTCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATACTGGAGAGGATGTGGGAGAAAAAGAAACATTCCTCCATTTCTGG  200

seq1  TAGGATTGCAAACTGATATAACCACACTGGTAATCAATCTGTAGGTTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATTGCAAACTGATATAACCACACTGGTAATCAATCTGTAGGTTCCT  250

seq1  CAGAAAATTGGAAATAGATCTACCTAAAGACCACTCCACTTTTGAGTCTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAATTGGAAATAGATCTACCTAAAGACCACTCCACTTTTGAGTCTA  300

seq1  TGTTTTAATTGTACCTCTTAATACTTACACCACCAGTCTGTGCACACTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTAATTGTACCTCTTAATACTTACACCACCAGTCTGTGCACACTGC  350

seq1  CTCATTGATCAGCACACAGGTTCATTGGTGTCTCAGATTTAGAGTGATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGATCAGCACACAGGTTCATTGGTGTCTCAGATTTAGAGTGATTA  400

seq1  TCTATCTTGACATTCTGTCTCACATGACTGGACTTTATGTATATGTAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTTGACATTCTGTCTCACATGACTGGACTTTATGTATATGTAGAT  450

seq1  TTGTGTACTTCAAACAATCGAATTGCAGGATTTTCAAAGCAGTCTTGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTACTTCAAACAATCGAATTGCAGGATTTTCAAAGCAGTCTTGATA  500

seq1  TTCCTTAAATCCGTTATTTCATGAAGATTTGTGTACTTCAAACAATCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTAAATCCGTTATTTCATGAAGATTTGTGTACTTCAAACAATCCAA  550

seq1  TCACAGGATTTTCAAAGCAGTCTTGATATTCCTTAAATCCGTTATTTGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGATTTTCAAAGCAGTCTTGATATTCCTTAAATCCGTTATTTGAT  600

seq1  GAAATAATTGAAAATATTTTTATTAATATGAATAATATATTTATTATATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAATTGAAAATATTTTTATTAATATGAATAATATATTTATTATATA  650

seq1  TTTATATTTATAAAATACAAATATTTATTATATATTTATTTATAAAATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATTTATAAAATACAAATATTTATTATATATTTATTTATAAAATAT  700

seq1  TTTATTAATATGAATAATATTTCTATTAATATGAATAATAATGCAGAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAATATGAATAATATTTCTATTAATATGAATAATAATGCAGAACA  750

seq1  AATTCAGTAATCTTGGAGAAAAGGAAATGAGCATATAGAAAACATATAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGTAATCTTGGAGAAAAGGAAATGAGCATATAGAAAACATATAGA  800

seq1  AAACAGTAATTTGTCTATACAAGATATATCTAGCAAAGCAATAAAGAAAA  850
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAACAGTAATTTGTCTATAC-AGATATATCTAGC-AAGCAATAAAGAAAA  848

seq1  CAATCAATACATAGAAGTATCAGTAAATAAGATATGTTCAAGTAAATCAA  900
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  C-ATCAATACATAGAAGTATCAGTAAATAAGATATG-TCAAGTAAATCAA  896

seq1  CACAGAACATGAAACATTTGTGGGCTTGCCAGCTATAAAACTGGGTGGAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
seq2  CACAGAACATGAAACATTTGTGGGCTTG-CAGCTATAAAACTGGGTGG-A  944

seq1  GATATTGAGGATAACTCAAATAAATAGAAGAAAGTTACTAGTATTTGCAT  1000
      || | ||||||| |||||||||||||||||||   |||||||| ||||  
seq2  GA-AATGAGGAT-ACTCAAATAAATAGAAGAA--GTACTAGTA-TTGC--  987

seq1  ATTGGGTAATTAATACT-GTAGAAATGTCCATATGA  1035
      ||| ||||||  ||||| |||| ||||| |||||||
seq2  ATTTGGTAAT--ATACTGGTAG-AATGT-CATATGA  1019