BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-127N10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 83,731,603 - 83,829,758
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD930015E06Rik
Upstream geneFgg, Fga, Fgb, Plrg1, EG627094, Dchs2, 1700028M03Rik, LOC100042007, LOC100042091, Sfrp2, LOC633522, Tlr2
Downstream geneMnd1, Trim2, EG624713, 6330505N24Rik, Arfip1, EG667788, EG627369, Tigd4, Tmem154, LOC624889, Fbxw7, Dear1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-127N10.bB6Ng01-127N10.g
ACCDH929850DH929851
length1,147972
definitionDH929850|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127N10, 5' end.DH929851|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127N10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,731,603 - 83,732,760)(83,828,769 - 83,829,758)
sequence
gaattccagcaccacgatggcaatgccacagaagcagagggaagttacta
atacatcgaattatgcaaaatgctctgaaatatgtttatatctctgaagt
ttggttagcaacataaaagcctttataagtggctgatttataggaaatac
tctatcaataaagaaaccatcaaaagtaaatgaagcactataaaaacctt
aacattaaagtctaggtacataaagtttactcatatgctgactgaaccca
tttttcagaaataggttttaaatgaagcatgcgactccacaggaagttgg
ggagtctcttgggtcagagcttatgagcaaaatgctctggtctttacttt
agcatactttctttttaacctcattcagctgcagaattttcactggtata
ttaaaggaagcctccagtaaactttgggcaattggtgtgatcctagaaaa
gtcattgaaaagtaactagagtgttacttatccaaagttacatttgggtt
aagctcaccactacagagaccttcaattcaggtctacactgtaacctttg
caagactctcataaagaccacctaggatggaaaagtaagaatgaatgcag
ttgtcctgcttaaggcagcaggtagtaactgtcatccaagaaagaaccga
gccagtacgcccgcccagtgaggcactttttccactgtgcttggggctac
agagcctagaggcaggtggtccaaatctactcatgggagagtctacagca
gtgttgcaattatctttattgctaaagacaaataagtaaatgtgtgtgtg
cctgtgggtgggactcttctgggaatatatcagactaggggctgagtgaa
atatgctctcttttggagacactagcttactagggagggattaaatgagg
gtccctctctcagcccccacctctttctaacctacacacagtcccatcac
tacactcagagaagtatcaatgcttcagtgagaaagagaaacacctacct
gatcaggatgaggggagggtgactttgcatagtctgctggtgtggaaaca
cacaacctttctcgtttcaaagctgcaggtgcacatgaagagcttcaaac
tggactcctcgaagttgccctgcagtcacagaggacgcattaagcat
gaattctgacatggtcttcatggctttaacatgagggttttctttgtaat
cagtcttatagttcatgttttcttaatatacaatataggcttaacacgct
tcgtggtatatattagaactgttctctaaccacaaaacctttaaaaatat
ttttaaaattcatgttgtgaaatttttagcgaagttttactcatttatat
agttattatctttaattgaaattaaaaatcatatcaactggaattaacct
ttcacttgctgtttctagctatttaaatacatctttctacagactgttgc
agtggctagttctgtgtttatttgtgagtttatactgagtagttgaacct
tcagtagtgccatatctcataattttttaatccttcaagaattgtcaagt
gttattctgtaataaaaatagacaagccccttcattagtgtcagtggccc
ctgaaggagcagcagaagagtttggcattgtatgaaggtggtgagtggtc
agtcgggtcccgtgggagccatgctgccctgcctccaggtgggctacctt
taaagcagtgatttagctcagaactaaaaggctccgcttgcgcctctgag
gctggctggttatttattgctacaggatgtagctagcgttcagttgcaga
atctcttcatggggcccagttagtagaagagtcttctgcaacgagagcca
ggcagaggcgcagcccaggcagacaaacccttgggacggaagcctacata
ggaaagctctgagaagagaactgagcaagagctaaggggcagccgtgagg
aggcagacaagggttatgggtaagccgtgaaacccagatctcattgtctc
tggaaacaccacagctctacagaggctgactgatgacgctttgaaggggg
agtcgtgtagcgtgggtactgtgattgactgctccacatggttacagcgg
tcccactgacatcccagcgcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_83731603_83732760
seq2: B6Ng01-127N10.b_49_1195

seq1  GAATTCCAGCACCACGATGGCAATGCCACAGAAGCAGAGGGAAGTTACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCACCACGATGGCAATGCCACAGAAGCAGAGGGAAGTTACTA  50

seq1  ATACATCGAATTATGCAAAATGCTCTGAAATATGTTTATATCTCTGAAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCGAATTATGCAAAATGCTCTGAAATATGTTTATATCTCTGAAGT  100

seq1  TTGGTTAGCAACATAAAAGCCTTTATAAGTGGCTGATTTATAGGAAATAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTAGCAACATAAAAGCCTTTATAAGTGGCTGATTTATAGGAAATAC  150

seq1  TCTATCAATAAAGAAACCATCAAAAGTAAATGAAGCACTATAAAAACCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCAATAAAGAAACCATCAAAAGTAAATGAAGCACTATAAAAACCTT  200

seq1  AACATTAAAGTCTAGGTACATAAAGTTTACTCATATGCTGACTGAACCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTAAAGTCTAGGTACATAAAGTTTACTCATATGCTGACTGAACCCA  250

seq1  TTTTTCAGAAATAGGTTTTAAATGAAGCATGCGACTCCACAGGAAGTTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAGAAATAGGTTTTAAATGAAGCATGCGACTCCACAGGAAGTTGG  300

seq1  GGAGTCTCTTGGGTCAGAGCTTATGAGCAAAATGCTCTGGTCTTTACTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCTCTTGGGTCAGAGCTTATGAGCAAAATGCTCTGGTCTTTACTTT  350

seq1  AGCATACTTTCTTTTTAACCTCATTCAGCTGCAGAATTTTCACTGGTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATACTTTCTTTTTAACCTCATTCAGCTGCAGAATTTTCACTGGTATA  400

seq1  TTAAAGGAAGCCTCCAGTAAACTTTGGGCAATTGGTGTGATCCTAGAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGAAGCCTCCAGTAAACTTTGGGCAATTGGTGTGATCCTAGAAAA  450

seq1  GTCATTGAAAAGTAACTAGAGTGTTACTTATCCAAAGTTACATTTGGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTGAAAAGTAACTAGAGTGTTACTTATCCAAAGTTACATTTGGGTT  500

seq1  AAGCTCACCACTACAGAGACCTTCAATTCAGGTCTACACTGTAACCTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCACCACTACAGAGACCTTCAATTCAGGTCTACACTGTAACCTTTG  550

seq1  CAAGACTCTCATAAAGACCACCTAGGATGGAAAAGTAAGAATGAATGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACTCTCATAAAGACCACCTAGGATGGAAAAGTAAGAATGAATGCAG  600

seq1  TTGTCCTGCTTAAGGCAGCAGGTAGTAACTGTCATCCAAGAAAGAACCGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCTGCTTAAGGCAGCAGGTAGTAACTGTCATCCAAGAAAGAACCGA  650

seq1  GCCAGTACGCCCGCCCAGTGAGGCACTTTTTCCACTGTGCTTGGGGCTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTACGCCCGCCCAGTGAGGCACTTTTTCCACTGTGCTTGGGGCTAC  700

seq1  AGAGCCTAGAGGCAGGTGGTCCAAATCTACTCATGGGAGAGTCTACAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCTAGAGGCAGGTGGTCCAAATCTACTCATGGGAGAGTCTACAGCA  750

seq1  GTGTTGCAATTATCTTTATTGCTAAAGACAAATAAGTAAATGTGTGTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGCAATTATCTTTATTGCTAAAGACAAATAAGTAAATGTGTGTGTG  800

seq1  CCTGTGGGTGGGACTCTTCTGGGAATATATCAGACTAGGGGCTGAGTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGGTGGGACTCTTCTGGGAATATATCAGACTAGGGGCTGAGTGAA  850

seq1  ATATGCTCCCTTTTGGAGACACTAGCTTACTAGGGGAGGGATTAAATGAG  900
      |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATATGCTCTCTTTTGGAGACACTAGCTTACTA-GGGAGGGATTAAATGAG  899

seq1  GGTCCCTCTCTCCAGCCCCCACCTCTTCCTAACCTACCACACAGTCCCAT  950
      ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  GGTCCCTCTCT-CAGCCCCCACCTCTTTCTAACCTA-CACACAGTCCCAT  947

seq1  CACTACACTCAGAGAAGTATCAATGC-TCAGTGAGAAAGAGACACACCTA  999
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  CACTACACTCAGAGAAGTATCAATGCTTCAGTGAGAAAGAGAAACACCTA  997

seq1  CCTGATCAGGATGAGGG--AGGTGACTTTGCCATAGTCTGCTGGTGTGAA  1047
      |||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||| |
seq2  CCTGATCAGGATGAGGGGAGGGTGACTTTG-CATAGTCTGCTGGTGTGGA  1046

seq1  CACAACAC-CAACCCTTCTCGTTTCCAAAGCCTGCAAGTGCACATGAAGA  1096
         ||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||
seq2  ---AACACACAACCTTTCTCGTTT-CAAAG-CTGCAGGTGCACATGAAGA  1091

seq1  GCTCCCAAACTGGACTCCTCAGAAGGTTCGCCCTGCAAGTCACAGAGGAC  1146
      |||  ||||||||||||||| ||||  | ||||||| |||||||||||||
seq2  GCT-TCAAACTGGACTCCTC-GAAG--TTGCCCTGC-AGTCACAGAGGAC  1136

seq1  GCCATTAAGCAT  1158
      | ||||||||||
seq2  G-CATTAAGCAT  1147

seq1: chr3_83828769_83829758
seq2: B6Ng01-127N10.g_69_1040 (reverse)

seq1  CTGCGGCTGTGATGTCAGTGGGGCCCGCTGGTACACCATGTGGAGCAGTT  50
      |||| |||| ||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||||||| 
seq2  CTGC-GCTGGGATGTCAGT-GGGACCGCT-GTA-ACCATGTGGAGCAGT-  45

seq1  CAAATCACAGTACCCACCGCCTAACAGCGACCTCCCACCTCCAAAGCGTC  100
        |||||||||||||| |||   ||| ||| ||||| ||| |||||||| 
seq2  -CAATCACAGTACCCA-CGC--TACA-CGA-CTCCC-CCTTCAAAGCGT-  87

seq1  CATCAGTTCAGCCCTCTGTAGAGCTGTGGTGTTTCCAGAGACATTGAGAT  150
      |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CATCAG-TCAG-CCTCTGTAGAGCTGTGGTGTTTCCAGAGACAATGAGAT  135

seq1  CTGGGTTTCCACGGCTTACCCATAACCCTTGTCTGCCTCCCTCACGGCTG  200
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTGGGTTT-CACGGCTTACCCATAACCCTTGTCTGCCT-CCTCACGGCTG  183

seq1  CCCCTTAGCTCTTGCCTCAGTTCTCTTCTCAGAGCTTTCCTATGTAGGCT  250
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTAGCTCTTG-CTCAGTTCTCTTCTCAGAGCTTTCCTATGTAGGCT  232

seq1  TCCGTCCCAAGGGTTTGTCTGCCTGGGCTGCGCCTCTGCCTGGCTCTCGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTCCCAAGGGTTTGTCTGCCTGGGCTGCGCCTCTGCCTGGCTCTCGT  282

seq1  TGCAGAAGACTCTTCTACTAACTGGGCCCCATGAAGAGATTCTGCAACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAAGACTCTTCTACTAACTGGGCCCCATGAAGAGATTCTGCAACTG  332

seq1  AACGCTAGCTACATCCTGTAGCAATAAATAACCAGCCAGCCTCAGAGGCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCTAGCTACATCCTGTAGCAATAAATAACCAGCCAGCCTCAGAGGCG  382

seq1  CAAGCGGAGCCTTTTAGTTCTGAGCTAAATCACTGCTTTAAAGGTAGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCGGAGCCTTTTAGTTCTGAGCTAAATCACTGCTTTAAAGGTAGCCC  432

seq1  ACCTGGAGGCAGGGCAGCATGGCTCCCACGGGACCCGACTGACCACTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGAGGCAGGGCAGCATGGCTCCCACGGGACCCGACTGACCACTCAC  482

seq1  CACCTTCATACAATGCCAAACTCTTCTGCTGCTCCTTCAGGGGCCACTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTCATACAATGCCAAACTCTTCTGCTGCTCCTTCAGGGGCCACTGA  532

seq1  CACTAATGAAGGGGCTTGTCTATTTTTATTACAGAATAACACTTGACAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAATGAAGGGGCTTGTCTATTTTTATTACAGAATAACACTTGACAAT  582

seq1  TCTTGAAGGATTAAAAAATTATGAGATATGGCACTACTGAAGGTTCAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAGGATTAAAAAATTATGAGATATGGCACTACTGAAGGTTCAACT  632

seq1  ACTCAGTATAAACTCACAAATAAACACAGAACTAGCCACTGCAACAGTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTATAAACTCACAAATAAACACAGAACTAGCCACTGCAACAGTCT  682

seq1  GTAGAAAGATGTATTTAAATAGCTAGAAACAGCAAGTGAAAGGTTAATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAAGATGTATTTAAATAGCTAGAAACAGCAAGTGAAAGGTTAATTC  732

seq1  CAGTTGATATGATTTTTAATTTCAATTAAAGATAATAACTATATAAATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGATATGATTTTTAATTTCAATTAAAGATAATAACTATATAAATGA  782

seq1  GTAAAACTTCGCTAAAAATTTCACAACATGAATTTTAAAAATATTTTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAACTTCGCTAAAAATTTCACAACATGAATTTTAAAAATATTTTTAA  832

seq1  AGGTTTTGTGGTTAGAGAACAGTTCTAATATATACCACGAAGCGTGTTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTTGTGGTTAGAGAACAGTTCTAATATATACCACGAAGCGTGTTAA  882

seq1  GCCTATATTGTATATTAAGAAAACATGAACTATAAGACTGATTACAAAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATATTGTATATTAAGAAAACATGAACTATAAGACTGATTACAAAGA  932

seq1  AAACCCTCATGTTAAAGCCATGAAGACCATGTCAGAATTC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTCATGTTAAAGCCATGAAGACCATGTCAGAATTC  972