BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-128K08
Chromosome3 (Build37)
Map Location 25,611,493 - 25,612,678
singlet/doubletsinglet
Overlap geneNlgn1
Upstream geneEG635702, LOC100039592
Downstream geneLOC621017, LOC229152, Spata16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-128K08.b
ACCDH930443
length1,175
definitionDH930443|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-128K08, 5' end.
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattccttccatcccatgtagtcgaattatcaccactgggttccagggt
tccacacctcagctggaatggaaaccagacagactgtgcatagcccagtg
ccccacagtaaagaaatatgatagaatctgactgaggaagacactcaatg
ttgacctctgagctcttcatggatacacacatacacaaatgcacatgggt
gtacaattatacacacacacacacacacacacacacaagagagagagaga
cagagagagagagagaaagagagagagagagagagagagagagagagaga
gagagagagagagagagagagagagagatgcacatatgtgggccagtgga
ctatgagaggaagcctggtaagactgagctaggaattgaagccccggagg
gacaataggagctttgactactctggacttcaggcccttgttatgagcca
taccttcccatagagagaatagtggccatcagtcacataggagaagcgcc
cacaagtcctttctcatgtagcaaaactgtatataagatcctatccggaa
gcaataaaaatgtgtgagacgaactctgttctctgagagcatctgtcaca
agagctgtaacactgtctgggaggagaatgctctcctgaagctttcacca
ccagaatatcagaagctcccctgcactggctagccagccctccctgacca
gctcagctgagctgtgctaagcccagacagtgcatcctctcagaacaaca
gctgggcggcagcagaggcgacagaggcacttcctcaaccctgctcatga
ccttttaccttcctttgaaccctcccactgggccaggccagagatatcta
cacatatccctccagtacacagacaacacgcacaggcacacacacagatg
tactcacaggcacaccacaaaacagaccaagtttataaaacctgttatta
cattcaggttgaaatgaccatcaacattatgaaacatttgaaacatttat
tctctctttcataagggactgtctagaaactgtttcttggtttgtcttct
cctgtgttcttgtaaggcataatggcagaccgtagtcaagagtgaggacc
agtaattttaacccatgccggtcatgtttgtcctaaagtgcacttctgta
aagaccacgggtccaattggcctga
quality valuesOpen.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_25611493_25612678
seq2: B6Ng01-128K08.b_49_1223

seq1  GAATTCCTTCCATCCCATGTAGTCGAATTATCACCACTGGGTTCCAGGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTCCATCCCATGTAGTCGAATTATCACCACTGGGTTCCAGGGT  50

seq1  TCCACACCTCAGCTGGAATGGAAACCAGACAGACTGTGCATAGCCCAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACACCTCAGCTGGAATGGAAACCAGACAGACTGTGCATAGCCCAGTG  100

seq1  CCCCACAGTAAAGAAATATGATAGAATCTGACTGAGGAAGACACTCAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACAGTAAAGAAATATGATAGAATCTGACTGAGGAAGACACTCAATG  150

seq1  TTGACCTCTGAGCTCTTCATGGATACACACATACACAAATGCACATGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCTCTGAGCTCTTCATGGATACACACATACACAAATGCACATGGGT  200

seq1  GTACAATTATACACACACACACACACACACACACACAAGAGAGAGAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAATTATACACACACACACACACACACACACACAAGAGAGAGAGAGA  250

seq1  CAGAGAGAGAGAGAGAA--AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  298
      |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  300

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGCACATATGTGGGCCAGTGGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGCACATATGTGGGCCAGTGGA  350

seq1  CTATGAGAGGAAGCCTGGTAAGACTGAGCTAGGAATTGAAGCCCCGGAGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGAGAGGAAGCCTGGTAAGACTGAGCTAGGAATTGAAGCCCCGGAGG  400

seq1  GACAATAGGAGCTTTGACTACTCTGGACTTCAGGCCCTTGTTATGAGCCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATAGGAGCTTTGACTACTCTGGACTTCAGGCCCTTGTTATGAGCCA  450

seq1  TACCTTCCCATAGAGAGAATAGTGGCCATCAGTCACATAGGAGAAGCGCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTCCCATAGAGAGAATAGTGGCCATCAGTCACATAGGAGAAGCGCC  500

seq1  CACAAGTCCTTTCTCATGTAGCAAAACTGTATATAAGATCCTATCCGGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGTCCTTTCTCATGTAGCAAAACTGTATATAAGATCCTATCCGGAA  550

seq1  GCAATAAAAATGTGTGAGACGAACTCTGTTCTCTGAGAGCATCTGTCACA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAAAAATGTGTGAGACGAACTCTGTTCTCTGAGAGCATCTGTCACA  600

seq1  AGAGCTGTAACACTGTCTGGGAGGAGAATGCTCTCCTGAAGCTTTCACCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGTAACACTGTCTGGGAGGAGAATGCTCTCCTGAAGCTTTCACCA  650

seq1  CCAGAATATCAGAAGCTCCCCTGCACTGGCTAGCCAGCCCTCCCTGACCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAATATCAGAAGCTCCCCTGCACTGGCTAGCCAGCCCTCCCTGACCA  700

seq1  GCTCAGCTGAGCTGTGCTAAGCCCAGACAGTGCATCCTCTCAGAACAACA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGCTGAGCTGTGCTAAGCCCAGACAGTGCATCCTCTCAGAACAACA  750

seq1  GCTGGGCGGCAGCAGAGGCGACAGAGGCACTTCCTCAACCCTGCTCATGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGCGGCAGCAGAGGCGACAGAGGCACTTCCTCAACCCTGCTCATGA  800

seq1  CCTTTTACCTTCCTTTGAACCCTCCCACTGGGCCAGGCCAGAGATATCTA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTACCTTCCTTTGAACCCTCCCACTGGGCCAGGCCAGAGATATCTA  850

seq1  CACATAT-CCTCCAGTACACAGACCAACACGCACAGGCACACACACAGAT  897
      ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATCCCTCCAGTACACAGA-CAACACGCACAGGCACACACACAGAT  899

seq1  GTACTCACAGGCACACCACAAAACAGACCAAGTTTAATAAAACCTGTTAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTACTCACAGGCACACCACAAAACAGACCAAGTTT-ATAAAACCTGTTAT  948

seq1  TACATTCAAGGTTGAAATGACCATCAACATTATGAAACATTTGAAACATT  997
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTC-AGGTTGAAATGACCATCAACATTATGAAACATTTGAAACATT  997

seq1  TATTCTCTCTTTTCATAGGGGACTGTCTAGAAAACTGTTTCTTGGTTTTT  1047
      ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  
seq2  TATTCTCTC-TTTCATAAGGGACTGTCTAG-AAACTGTTTCTTGGTTT--  1043

seq1  GTTCTTCTCCTGTGTATCCTTGTAAGGCCATATGGCAAGACCTGTAGTTC  1097
        ||||||||||||  | ||||||||||   ||||| ||||| |||||  
seq2  -GTCTTCTCCTGTG--TTCTTGTAAGGCATAATGGC-AGACC-GTAGTCA  1088

seq1  AGAGTGAAGACCAGT-ATTTAAACACATGCCGGTCATGTTTTGCTCTAGA  1146
      ||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||  ||| |
seq2  AGAGTGAGGACCAGTAATTTTAACCCATGCCGGTCATG-TTTGTCCTA-A  1136

seq1  AGTGCACTTCTTGTAAAGACAAGCGGTCACAATGGCCTGA  1186
      |||||||||| ||||||||| |  ||||  | ||||||||
seq2  AGTGCACTTC-TGTAAAGACCACGGGTCCAATTGGCCTGA  1175