BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-129E06
Chromosome3 (Build37)
Map Location 117,916,126 - 118,030,999
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneD3Bwg0562e, 4833424O15Rik, EG668759, Snx7, LOC100043260
Downstream geneDpyd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-129E06.bB6Ng01-129E06.g
ACCDH930898DH930899
length1,0061,055
definitionDH930898|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129E06, 5' end.DH930899|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-129E06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,029,992 - 118,030,999)(117,916,126 - 117,917,130)
sequence
gaattcattaggaagcatattttgattatgaatctcataggaaattacaa
atggtagaagtgaaaattgttgatgtgggaaagataaaaagttactccag
tgatttttgtctgtctgggaatcaattaaagaaatggaactttgaacaaa
gaaacttcataaatagacaccaatgacaggagatgagtctctttagaggc
ttaaatgttagcaatacttagagttagacttggcagtttcactgagaggc
aagactatttaatgtaccagctgctaataatgatagatactcattcaagt
tatagaaatcttcagagttataacttttcacaattaagctaaattttgag
ttttaggttataaagtacaataacctattgtacttgtctattctgcccta
tgcttgcatacaggcaggagttagtctggtatatattttccaagtagact
gaaccctgtagaacatagtttcttaatgactcagggaaaccatggtgggt
accttctaactgtgtctaagtgtgccagaaggcatggcccagcatgtgtc
cattgtggaagtacatttgagaagaaaggaaggaccactatggttttcct
ttgaaggtggatcaatagctagagaaaatccagcctttctgaaggagggc
actgtgtgactctactgtcctgatctacactgcatctccataagcctagt
ctatttcctggtaaaacaggttatgtgatatgttgaataaatgtccagtt
ccaacaagtgaaagatggaaaactgactgatagatcacttgatctgcagc
aagttttaaagaattcatgacagaacagctataattttgaacttatgtgt
tattacatggtactgactgttttacaaacatctatttgatcttttgagat
cacgcaaacttccgcttgttactgtgtaacccctgaattactgatcctag
agagactcagtgttgtatacagtttgtctctgtgttccctgtcccctctc
ccaccc
gaattccatatgaattaatcttttgtaggcatccatatttaacagccaca
gacattgtgagtgctcaatagatatgtcatatctggcaaaaaaaaggttt
actctgtgtgatggtttgtgtatgtttgacccagggaacagcactattag
aaggtgtagccctgttggagtagcgatgaactttttagagtaggagtgtc
actgtgggtgtgggctttaagaccctcatcctagctgtctgaaaaccagt
attctgctagcagccttcagatgaagatgtagaactctcagctcctcctg
cacatgctgccatgttcccgcctttatcataatggattgaacctctgaac
ctgtaagccagccccagttaaatgttgttctttacaagagttgccttggt
catggtatctgttcacagcaataaaaccttaattaagacattctagatat
ctactatctctggatttttcaacttgtctagccactgctttgcagtgatc
tctgagccttgagatgaggaagtatacaaatgcctcattaagaacttagt
atcttttattctgtaaacattttatttattgtgtttgtgactatatatat
atatatatatacatatatatatatatatatgtatatatatatatatgcat
gcacacacaggtgtgtatgcatatatattcacagcatcacttttatgata
tgtaaaagtcgaatcaactctttatcaataggactaagtacattttaaca
catatatagcttattttaattataacaaaccaaatttacattaaacatca
ttaacatcacaaaacattcatcttaataaaatagtcacaaaaatctataa
caaaaggattcattgattccgtttaaagctcaaaataagaaatctattta
atatatagtttaaggaaacacttaacttaatttactttgcaagtaaaatg
gttcttaaacaaaggaaaagaaaccaacacaaatcaggtggccagaggag
ttaactactgaaagggtggagcagaaatatctgaactaggtgcactcttt
catgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_118029992_118030999
seq2: B6Ng01-129E06.b_49_1054 (reverse)

seq1  GGGTGGGAGAGGGGACAGGGAACACAGAGACAAACTGTATACAACACTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GGGTGGGAGAGGGGACAGGGAACACAGAGACAAACTGTATACAACACTG-  49

seq1  AGTCTCTCTAGGATCAGTAATTCAGGGGTTACAACAGTAACAAGCGGAAG  100
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGTCTCTCTAGGATCAGTAATTCAGGGGTTAC-ACAGTAACAAGCGGAAG  98

seq1  TTTGCGTGATCTCAAAAGATCAAATAGATGTTTGTAAAACAGTCAGTACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCGTGATCTCAAAAGATCAAATAGATGTTTGTAAAACAGTCAGTACC  148

seq1  ATGTAATAACACATAAGTTCAAAATTATAGCTGTTCTGTCATGAATTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAATAACACATAAGTTCAAAATTATAGCTGTTCTGTCATGAATTCTT  198

seq1  TAAAACTTGCTGCAGATCAAGTGATCTATCAGTCAGTTTTCCATCTTTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTTGCTGCAGATCAAGTGATCTATCAGTCAGTTTTCCATCTTTCA  248

seq1  CTTGTTGGAACTGGACATTTATTCAACATATCACATAACCTGTTTTACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGGAACTGGACATTTATTCAACATATCACATAACCTGTTTTACCA  298

seq1  GGAAATAGACTAGGCTTATGGAGATGCAGTGTAGATCAGGACAGTAGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATAGACTAGGCTTATGGAGATGCAGTGTAGATCAGGACAGTAGAGT  348

seq1  CACACAGTGCCCTCCTTCAGAAAGGCTGGATTTTCTCTAGCTATTGATCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGTGCCCTCCTTCAGAAAGGCTGGATTTTCTCTAGCTATTGATCC  398

seq1  ACCTTCAAAGGAAAACCATAGTGGTCCTTCCTTTCTTCTCAAATGTACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCAAAGGAAAACCATAGTGGTCCTTCCTTTCTTCTCAAATGTACTT  448

seq1  CCACAATGGACACATGCTGGGCCATGCCTTCTGGCACACTTAGACACAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAATGGACACATGCTGGGCCATGCCTTCTGGCACACTTAGACACAGT  498

seq1  TAGAAGGTACCCACCATGGTTTCCCTGAGTCATTAAGAAACTATGTTCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGGTACCCACCATGGTTTCCCTGAGTCATTAAGAAACTATGTTCTA  548

seq1  CAGGGTTCAGTCTACTTGGAAAATATATACCAGACTAACTCCTGCCTGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTCAGTCTACTTGGAAAATATATACCAGACTAACTCCTGCCTGTA  598

seq1  TGCAAGCATAGGGCAGAATAGACAAGTACAATAGGTTATTGTACTTTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGCATAGGGCAGAATAGACAAGTACAATAGGTTATTGTACTTTATA  648

seq1  ACCTAAAACTCAAAATTTAGCTTAATTGTGAAAAGTTATAACTCTGAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAAAACTCAAAATTTAGCTTAATTGTGAAAAGTTATAACTCTGAAGA  698

seq1  TTTCTATAACTTGAATGAGTATCTATCATTATTAGCAGCTGGTACATTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATAACTTGAATGAGTATCTATCATTATTAGCAGCTGGTACATTAA  748

seq1  ATAGTCTTGCCTCTCAGTGAAACTGCCAAGTCTAACTCTAAGTATTGCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTTGCCTCTCAGTGAAACTGCCAAGTCTAACTCTAAGTATTGCTA  798

seq1  ACATTTAAGCCTCTAAAGAGACTCATCTCCTGTCATTGGTGTCTATTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTAAGCCTCTAAAGAGACTCATCTCCTGTCATTGGTGTCTATTTAT  848

seq1  GAAGTTTCTTTGTTCAAAGTTCCATTTCTTTAATTGATTCCCAGACAGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTTCTTTGTTCAAAGTTCCATTTCTTTAATTGATTCCCAGACAGAC  898

seq1  AAAAATCACTGGAGTAACTTTTTATCTTTCCCACATCAACAATTTTCACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCACTGGAGTAACTTTTTATCTTTCCCACATCAACAATTTTCACT  948

seq1  TCTACCATTTGTAATTTCCTATGAGATTCATAATCAAAATATGCTTCCTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCATTTGTAATTTCCTATGAGATTCATAATCAAAATATGCTTCCTA  998

seq1  ATGAATTC  1008
      ||||||||
seq2  ATGAATTC  1006

seq1: chr3_117916126_117917130
seq2: B6Ng01-129E06.g_140_1123

seq1  ATATGTCATATCTGGCAAAAAAAAGGTTTACTCTGTGTGATGGTTTGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTCATATCTGGCAAAAAAAAGGTTTACTCTGTGTGATGGTTTGTGT  50

seq1  ATGTTTGACCCAGGGAACAGCACTATTAGAAGGTGTAGCCCTGTTGGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGACCCAGGGAACAGCACTATTAGAAGGTGTAGCCCTGTTGGAGT  100

seq1  AGCGATGAACTTTTTAGAGTAGGAGTGTCACTGTGGGTGTGGGCTTTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGATGAACTTTTTAGAGTAGGAGTGTCACTGTGGGTGTGGGCTTTAAG  150

seq1  ACCCTCATCCTAGCTGTCTGAAAACCAGTATTCTGCTAGCAGCCTTCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCATCCTAGCTGTCTGAAAACCAGTATTCTGCTAGCAGCCTTCAGA  200

seq1  TGAAGATGTAGAACTCTCAGCTCCTCCTGCACATGCTGCCATGTTCCCGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATGTAGAACTCTCAGCTCCTCCTGCACATGCTGCCATGTTCCCGC  250

seq1  CTTTATCATAATGGATTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAGTTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCATAATGGATTGAACCTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAGTTAA  300

seq1  ATGTTGTTCTTTACAAGAGTTGCCTTGGTCATGGTATCTGTTCACAGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTTCTTTACAAGAGTTGCCTTGGTCATGGTATCTGTTCACAGCAA  350

seq1  TAAAACCTTAATTAAGACATTCTAGATATCTACTATCTCTGGATTTTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACCTTAATTAAGACATTCTAGATATCTACTATCTCTGGATTTTTCA  400

seq1  ACTTGTCTAGCCACTGCTTTGCAGTGATCTCTGAGCCTTGAGATGAGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTCTAGCCACTGCTTTGCAGTGATCTCTGAGCCTTGAGATGAGGAA  450

seq1  GTATACAAATGCCTCATTAAGAACTTAGTATCTTTTATTCTGTAAACATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACAAATGCCTCATTAAGAACTTAGTATCTTTTATTCTGTAAACATT  500

seq1  TTATTTATTGTGTTTGTGACTATATATATATATATATATACATATATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATTGTGTTTGTGACTATATATATATATATATATACATATATATA  550

seq1  TATATATATGTATATATATATATATGCATGCACACACAGGTGTGTATGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATGTATATATATATATATGCATGCACACACAGGTGTGTATGCA  600

seq1  TATATATTCACAGCATCACTTTTATGATATGTAAAAGTCGAATCAACTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TATATATTCACAGCATCACTTTTATGATATGTAAAAGTCGAATCAACTC-  649

seq1  TTTATCAATAGGACTAAGTACATTTTAACACATATATAGCTTATTTTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCAATAGGACTAAGTACATTTTAACACATATATAGCTTATTTTAAT  699

seq1  TATAACAAACCAAATTTACATTAAACATCATTAACATCACAAAACATTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACAAACCAAATTTACATTAAACATCATTAACATCACAAAACATTCA  749

seq1  TCTTAATAAAAATAGTCACAAAAATTCTATAACAAAATGATTCATTTGAT  800
      ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||
seq2  TCTTAAT-AAAATAGTCACAAAAA-TCTATAACAAAAGGATTCA-TTGAT  796

seq1  ATCCGTTTAAAGCTCAAAAATAAGGAAATCTATATAATATATAGTTTAAG  850
       |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||
seq2  -TCCGTTTAAAGCTC-AAAATAA-GAAATCTATTTAATATATAGTTTAAG  843

seq1  GAAACACTTAACTTTAATTTACTTTGCATGTAAAATTGTTCTTAAAACAA  900
      |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||
seq2  GAAACACTTAAC-TTAATTTACTTTGCAAGTAAAATGGTTCTT-AAACAA  891

seq1  AGGAAAAAGAAACAAACACAAAATCCAGGATGTCCAGAAGGAGTTAAACT  950
      ||| ||||||||| ||||||||   |||| || |||| ||||||| ||||
seq2  AGG-AAAAGAAACCAACACAAA--TCAGG-TGGCCAG-AGGAGTT-AACT  935

seq1  ACATGAAAGGGTGGAGCAGAAATATACTTGAACTTAGGTTGCAGCTATTT  1000
      || ||||||||||||||||||||||   ||||| |||| |||| || |||
seq2  AC-TGAAAGGGTGGAGCAGAAATAT--CTGAAC-TAGG-TGCA-CTCTTT  979

seq1  CATGT  1005
      |||||
seq2  CATGT  984