BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-130F11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 98,061,595 - 98,189,029
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHmgcs2, Phgdh, Zfp697
Upstream geneOlfr1402, Chd1l, Fmo5, Prkab2, Pde4dip, Sec22b, EG433632, LOC100042975, Notch2, Adam30, LOC622561, Reg4
Downstream geneLOC100043461, Hsd3b4, LOC100043456, EG545555, LOC676433, Hsd3b5, LOC668543, Hsd3b2, Hsd3b3, Hsd3b6, LOC545556, Hsd3b1, Hao3, LOC668557, Wars2, Tbx15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-130F11.bB6Ng01-130F11.g
ACCDH931681DH931682
length1,147397
definitionDH931681|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-130F11, 5' end.DH931682|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-130F11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,187,872 - 98,189,029)(98,061,595 - 98,061,997)
sequence
gaattctttatttattttacaaatatgagcacagtgttgctgctttcaga
cacaccagaagagggcactgaatcccattacagatggttgtgagccacca
agtagttgctgggaattgaactcaggacctctagaagagcagtcagtgct
cttaaccactgagccatctccccagtcccactagaaattcttgaaaggtt
cctatgagggagttagggattgggacaaaaatgagaggcagcatgggaat
gtgctacaggggtgtggtttgacctgagtaaccaatgctcaagaacgtgt
gttgcatcttgggatgaaagctgtttggtgcaaggaccagtaaagaacgg
agatacaaaggagaagtgggcaagcactggctatgtgcagaactctcaat
gccaaactaagttattaacctttgccaattacattaaccctaaatagcat
gtggtatacccagaaacccaccaagacgtagagaagaaaggaaaagcagt
agcttagagagaatgtttcaaatggcactcggggcacccacacagggctg
cgaccgggactcctgcacgatgctgtggctttctgtcccttgggaagcag
acaagccctttgcttgtcttactgtgtcctccttgaaaccaacttccaca
agttctccttcctttcccaggacactaaaaattaggcagtcgagtaagta
gattctggagaaatccaaagagctcttggcaggaggagagggaaatgcta
tgcaaatctatcagcctcagacatacagcctccagtgaggtcacccggtc
ccttcaatttagctgcgccctttgagttttctgacttcttgtcactcact
ccttaattccagtaggttttgaatgccatcatgttttttttttttttctc
ctgagtgacctggaaggcagcttgactttcactgtatggtcttggtcaat
cctcaggtcattgtctctgactgtcaatttctccccttaagatcctacct
cctccaagcacagccagtgtgtacaaccgggaactttttccgatgcagac
actctttcttcatttatctaacatgcctgctgtacattccagttagttca
ttccacctaggtccaatgtcttatctacagtgccatgaagcttccac
aacttactaccaaaggaacaagctgctaaagcttcttcaagcaacgatct
cctccacagatcctgcccaagttattttaaaaccatctattcattattgt
ttaaattaatccagagatggaaatggatgaaatatctgctgtagaaaagc
accgagaaaggaatctgtgaagctaaaattaatcacaggaacctcattcg
ttaatgatttatcagctctcgtgtaagccgtaaggagattgagaatggat
agttaactggggttatgatgagttggtctggcacatggtatggataactg
gggttataatgagttgatctggtacatggtatggataactggggttatga
tgagttggtctggtacatggtatgggtaactggggttatgatgagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_98187872_98189029
seq2: B6Ng01-130F11.b_46_1192 (reverse)

seq1  GTGGAAGGCTTTTCACTGGCACTGTTAGATAAGACATGTGAACTAAGTTG  50
      |||||||    |||| |||||||| |||||||||||| || ||  || ||
seq2  GTGGAAG---CTTCA-TGGCACTG-TAGATAAGACAT-TGGACCTAGGTG  44

seq1  GAATGAACTAACTGGAATTGTACAGGCAGCCAATGTTAGATAAAATGAAG  100
      ||||||||||||||||| |||||| |||| | ||||||||| ||||||||
seq2  GAATGAACTAACTGGAA-TGTACA-GCAGGC-ATGTTAGAT-AAATGAAG  90

seq1  AAAGAGTGTCTGCATCGGAAAAAGTTCCCGGTTGTACACACTGGCTGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGTGTCTGCATCGGAAAAAGTTCCCGGTTGTACACACTGGCTGTGC  140

seq1  TTGGAGGAGGTAGGATCTTTAGGGGAGAAATTGACAGTCCAAGAGACAAT  200
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  TTGGAGGAGGTAGGATCTTAAGGGGAGAAATTGACAGTC--AGAGACAAT  188

seq1  GACCTGA-GATTGAACCAAGACCATACAGTGAAAGTCAAGCTGCCTTCCA  249
      ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGAGGATTG-ACCAAGACCATACAGTGAAAGTCAAGCTGCCTTCCA  237

seq1  GGTCACTCAGGAG-AAAAAAAAAAAAACATGATGGCATTCAAAACCTACT  298
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACTCAGGAGAAAAAAAAAAAAAACATGATGGCATTCAAAACCTACT  287

seq1  GGAATTAAGGAGTGAGTGACAAGAAGTCAGAAAACTCAAAGGGCGCAGCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTAAGGAGTGAGTGACAAGAAGTCAGAAAACTCAAAGGGCGCAGCT  337

seq1  AAATTGAAGGGACCGGGTGACCTCACTGGAGGCTGTATGTCTGAGGCTGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGAAGGGACCGGGTGACCTCACTGGAGGCTGTATGTCTGAGGCTGA  387

seq1  TAGATTTGCATAGCATTTCCCTCTCCTCCTGCCAAGAGCTCTTTGGATTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTTGCATAGCATTTCCCTCTCCTCCTGCCAAGAGCTCTTTGGATTT  437

seq1  CTCCAGAATCTACTTACTCGACTGCCTAATTTTTAGTGTCCTGGGAAAGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGAATCTACTTACTCGACTGCCTAATTTTTAGTGTCCTGGGAAAGG  487

seq1  AAGGAGAACTTGTGGAAGTTGGTTTCAAGGAGGACACAGTAAGACAAGCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAACTTGTGGAAGTTGGTTTCAAGGAGGACACAGTAAGACAAGCA  537

seq1  AAGGGCTTGTCTGCTTCCCAAGGGACAGAAAGCCACAGCATCGTGCAGGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCTTGTCTGCTTCCCAAGGGACAGAAAGCCACAGCATCGTGCAGGA  587

seq1  GTCCCGGTCGCAGCCCTGTGTGGGTGCCCCGAGTGCCATTTGAAACATTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCGGTCGCAGCCCTGTGTGGGTGCCCCGAGTGCCATTTGAAACATTC  637

seq1  TCTCTAAGCTACTGCTTTTCCTTTCTTCTCTACGTCTTGGTGGGTTTCTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAAGCTACTGCTTTTCCTTTCTTCTCTACGTCTTGGTGGGTTTCTG  687

seq1  GGTATACCACATGCTATTTAGGGTTAATGTAATTGGCAAAGGTTAATAAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATACCACATGCTATTTAGGGTTAATGTAATTGGCAAAGGTTAATAAC  737

seq1  TTAGTTTGGCATTGAGAGTTCTGCACATAGCCAGTGCTTGCCCACTTCTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTGGCATTGAGAGTTCTGCACATAGCCAGTGCTTGCCCACTTCTC  787

seq1  CTTTGTATCTCCGTTCTTTACTGGTCCTTGCACCAAACAGCTTTCATCCC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTATCTCCGTTCTTTACTGGTCCTTGCACCAAACAGCTTTCATCCC  837

seq1  AAGATGCAACACACGTTCTTGAGCATTGGTTACTCAGGTCAAACCACACC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCAACACACGTTCTTGAGCATTGGTTACTCAGGTCAAACCACACC  887

seq1  CCTGTAGCACATTCCCATGCTGCCTCTCATTTTTGTCCCAATCCCTAACT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAGCACATTCCCATGCTGCCTCTCATTTTTGTCCCAATCCCTAACT  937

seq1  CCCTCATAGGAACCTTTCAAGAATTTCTAGTGGGACTGGGGAGATGGCTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCATAGGAACCTTTCAAGAATTTCTAGTGGGACTGGGGAGATGGCTC  987

seq1  AGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCTAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCTAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCC  1037

seq1  AGCAACTACTTGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATTCAGTGCCCTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACTACTTGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATTCAGTGCCCTC  1087

seq1  TTCTGGTGTGTCTGAAAGCAGCAACACTGTGCTCATATTTGTAAAATAAA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTGTGTCTGAAAGCAGCAACACTGTGCTCATATTTGTAAAATAAA  1137

seq1  TAAAGAATTC  1158
      ||||||||||
seq2  TAAAGAATTC  1147

seq1: chr3_98061595_98061997
seq2: B6Ng01-130F11.g_69_471

seq1  GAATTCAACTTACTACCAAAGGAACAAGCTGCTAAAGCTTCTTCAAGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTTACTACCAAAGGAACAAGCTGCTAAAGCTTCTTCAAGCAA  50

seq1  CGATCTCCTCCACAGATCCTGCCCAAGTTATTTTAAAACCATCTATTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCTCCTCCACAGATCCTGCCCAAGTTATTTTAAAACCATCTATTCAT  100

seq1  TATTGTTTAAATTAATCCAGAGATGGAAATGGATGAAATATCTGCTGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGTTTAAATTAATCCAGAGATGGAAATGGATGAAATATCTGCTGTAG  150

seq1  AAAAGCACCGAGAAAGGAATCTGTGAAGCTAAAATTAATCACAGGAACCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCACCGAGAAAGGAATCTGTGAAGCTAAAATTAATCACAGGAACCT  200

seq1  CATTCGTTAATGATTTATCAGCTCTCGTGTAAGCCGTAAGGAGATTGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCGTTAATGATTTATCAGCTCTCGTGTAAGCCGTAAGGAGATTGAGA  250

seq1  ATGGATAGTTAACTGGGGTTATGATGAGTTGGTCTGGCACATGGTATGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATAGTTAACTGGGGTTATGATGAGTTGGTCTGGCACATGGTATGGA  300

seq1  TAACTGGGGTTATAATGAGTTGATCTGGTACATGGTATGGATAACTGGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGGGGTTATAATGAGTTGATCTGGTACATGGTATGGATAACTGGGG  350

seq1  TTATGATGAGTTGGTCTGGTACATGGTATGGGTAACTGGGGTTATGATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATGAGTTGGTCTGGTACATGGTATGGGTAACTGGGGTTATGATGA  400

seq1  GTT  403
      |||
seq2  GTT  403