BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-131I05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 149,178,572 - 149,283,419
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040354, Lphn2, LOC100040368, LOC668893, EG381483
Downstream geneLOC100040620, LOC100040633, LOC100040455, LOC100040463, LOC623554
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-131I05.bB6Ng01-131I05.g
ACCDH932552DH932553
length8811,023
definitionDH932552|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131I05, 5' end.DH932553|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-131I05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(149,178,572 - 149,179,452)(149,282,403 - 149,283,419)
sequence
gaattcccccccccccccactccccatcggagccttagtgtttgatcaac
tatttgctaatcaccatctagaatccaattagttgcttgcattccctcct
ttctgagaagtgacctttattggcctttttgttttctgcagggcttccct
gtgtcttcctctactccgctggaagcttgacttcagcagatctcagggca
agcttccctactggaataaggcttgaaactgaactaaaagttgggccgtt
ttttccataacctgaagaacagaagaattaaacaactgatacttccctgt
tttcatgaatacaaaagggaattgcaaccatatttccaatttatccagag
aatgtgaagctaggtgtgtgcacaagtggatggtttacaggacctctcta
tactttctgcttagttttgctgttttctgtattaacaataaaatatttaa
agtatatacagaataaatatctatataaatggggacaattttccaatata
tcagcttccaaatcctgacaccactgcatacactagcaagattttgctga
aaggacccagatatagctgtctcttgtgagacaatgccagggcctagcaa
acacagaagtggatgctcacagtcagctattggatggagcacagggcccc
caatggaggagctagagaaagtacccaaggagctaaagggatctgcaacc
ctatacgtggaacaacattatgaactaaccagtaccccggagctcttgcc
tctagctgcatatgcatcaaaagatggcctagtcagccatcactggaaag
agaggcccattggacttgcaaactttatatgccccagtacaggggaacgc
cagggccaaaagtgggggtggggtggggggg
gaattcccttttccccttcccagacatcatgttaattccttggatttctc
acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacgttaatcc
tctcagctacactcatcctctgctcagcagacatccatgtactcttcagg
ttacaaacatgtgttcgctgctacttaggatctagatgaacccttttttg
ccctgcctttgttgaacagaatgttgagccttttacatataattatgtat
gtgtgcattacacatgactgcagcacactattccaggtgaccaacttata
caacatcaccaaagcatcagcactgagagaatcgatccacacatcaaact
caagtgggtcctagtgctgacccactttcttttatataaagttgatattt
ggcatttgtttatactcctgaagtatagttggataaatcagtgtacattt
ccgtgagtaatgataactatcgagatgaatcacgtgtccatgtcaacctg
ctttccctcccatgcacaggatctttgggcgtcttcctttgttgatattt
ggaaatacacagtaaatgattgtagatgatggctcctctggcacaccaca
ctttagctgactctgtctcctgtcagtgatggctgcttactctttttaca
agtccatctctcctatctactttccttagcctctaaatgctactattccg
ttttcttgtatgagatacatgttgcagctccaacacgtgagtgaggattt
ggagtgctgacttttcctgtttctgtcttatcgtagcatgatctcctgct
atgatagaggcttgcatcattggatacattgaccactgcaaactatttgc
agaaacatgagagtagatgtctcttcagcatactgacttcaattccttgc
actatacctatttataggaccaaattgcttgtggtagtttagctctttgc
tctctgagaactcacactggtttccttcatgggctatgtggagaagatct
tttgaaatcctggttctgggccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_149178572_149179452
seq2: B6Ng01-131I05.b_44_924

seq1  GAATTCCCCCCCCCCCCCACTCCCCATCGGAGCCTTAGTGTTTGATCAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCCCCCCCCCCACTCCCCATCGGAGCCTTAGTGTTTGATCAAC  50

seq1  TATTTGCTAATCACCATCTAGAATCCAATTAGTTGCTTGCATTCCCTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGCTAATCACCATCTAGAATCCAATTAGTTGCTTGCATTCCCTCCT  100

seq1  TTCTGAGAAGTGACCTTTATTGGCCTTTTTGTTTTCTGCAGGGCTTCCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGAAGTGACCTTTATTGGCCTTTTTGTTTTCTGCAGGGCTTCCCT  150

seq1  GTGTCTTCCTCTACTCCGCTGGAAGCTTGACTTCAGCAGATCTCAGGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTTCCTCTACTCCGCTGGAAGCTTGACTTCAGCAGATCTCAGGGCA  200

seq1  AGCTTCCCTACTGGAATAAGGCTTGAAACTGAACTAAAAGTTGGGCCGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCCCTACTGGAATAAGGCTTGAAACTGAACTAAAAGTTGGGCCGTT  250

seq1  TTTTCCATAACCTGAAGAACAGAAGAATTAAACAACTGATACTTCCCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCATAACCTGAAGAACAGAAGAATTAAACAACTGATACTTCCCTGT  300

seq1  TTTCATGAATACAAAAGGGAATTGCAACCATATTTCCAATTTATCCAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGAATACAAAAGGGAATTGCAACCATATTTCCAATTTATCCAGAG  350

seq1  AATGTGAAGCTAGGTGTGTGCACAAGTGGATGGTTTACAGGACCTCTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGAAGCTAGGTGTGTGCACAAGTGGATGGTTTACAGGACCTCTCTA  400

seq1  TACTTTCTGCTTAGTTTTGCTGTTTTCTGTATTAACAATAAAATATTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTCTGCTTAGTTTTGCTGTTTTCTGTATTAACAATAAAATATTTAA  450

seq1  AGTATATACAGAATAAATATCTATATAAATGGGGACAATTTTCCAATATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATACAGAATAAATATCTATATAAATGGGGACAATTTTCCAATATA  500

seq1  TCAGCTTCCAAATCCTGACACCACTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTTCCAAATCCTGACACCACTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGA  550

seq1  AAGGACCCAGATATAGCTGTCTCTTGTGAGACAATGCCAGGGCCTAGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACCCAGATATAGCTGTCTCTTGTGAGACAATGCCAGGGCCTAGCAA  600

seq1  ACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGAGCACAGGGCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGAGCACAGGGCCCC  650

seq1  CAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACC  700

seq1  CTATACGTGGAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACGTGGAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGCC  750

seq1  TCTAGCTGCATATGCATCAAAAGATGGCCTAGTCAGCCATCACTGGAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTGCATATGCATCAAAAGATGGCCTAGTCAGCCATCACTGGAAAG  800

seq1  AGAGGCCCATTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCCATTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGC  850

seq1  CAGGGCCAAAAAGTGGGGGT-GGGTGGGGGGG  881
      ||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  CAGGGCC-AAAAGTGGGGGTGGGGTGGGGGGG  881

seq1: chr3_149282403_149283419
seq2: B6Ng01-131I05.g_69_1078 (reverse)

seq1  GGATTTCAAAATGATACCTCT-CACATAGCCATTGAAGGAAA-CAGTGTG  48
      ||||||||||| ||| | ||| |||||||||  ||||||||| |||||||
seq2  GGATTTCAAAA-GAT-CTTCTCCACATAGCCCATGAAGGAAACCAGTGTG  48

seq1  GAGGTTCTGCAGAGAGCTAAGAGCTAAACTACCACAAGCAATTTTGGTCC  98
         ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  --AGTTCT-CAGAGAGCAAAGAGCTAAACTACCACAAGCAA-TTTGGTCC  94

seq1  TATAAATAGGTATATGTGCAAAGGAATTGAAGTTAGTATGCTGAAGAGAC  148
      |||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TATAAATAGGTATA-GTGC-AAGGAATTGAAGTCAGTATGCTGAAGAGAC  142

seq1  ATCTACTCTCATGTTTACTGCAAATAGTTTGCAGTGGTCAATGTATCCAA  198
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACTCTCATGTTT-CTGCAAATAGTTTGCAGTGGTCAATGTATCCAA  191

seq1  TGATGCAAGCCTCTATCATAGCAGGAGATCATGCTACGATAAGACAGAAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCAAGCCTCTATCATAGCAGGAGATCATGCTACGATAAGACAGAAA  241

seq1  CAGGAAAAGTCAGCACTCCAAATCCTCACTCACGTGTTGGAGCTGCAACA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAAGTCAGCACTCCAAATCCTCACTCACGTGTTGGAGCTGCAACA  291

seq1  TGTATCTCATACAAGAAAACGGAATAGTAGCATTTAGAGGCTAAGGAAAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTCATACAAGAAAACGGAATAGTAGCATTTAGAGGCTAAGGAAAG  341

seq1  TAGATAGGAGAGATGGACTTGTAAAAAGAGTAAGCAGCCATCACTGACAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGGAGAGATGGACTTGTAAAAAGAGTAAGCAGCCATCACTGACAG  391

seq1  GAGACAGAGTCAGCTAAAGTGTGGTGTGCCAGAGGAGCCATCATCTACAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGAGTCAGCTAAAGTGTGGTGTGCCAGAGGAGCCATCATCTACAA  441

seq1  TCATTTACTGTGTATTTCCAAATATCAACAAAGGAAGACGCCCAAAGATC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTACTGTGTATTTCCAAATATCAACAAAGGAAGACGCCCAAAGATC  491

seq1  CTGTGCATGGGAGGGAAAGCAGGTTGACATGGACACGTGATTCATCTCGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCATGGGAGGGAAAGCAGGTTGACATGGACACGTGATTCATCTCGA  541

seq1  TAGTTATCATTACTCACGGAAATGTACACTGATTTATCCAACTATACTTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTATCATTACTCACGGAAATGTACACTGATTTATCCAACTATACTTC  591

seq1  AGGAGTATAAACAAATGCCAAATATCAACTTTATATAAAAGAAAGTGGGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTATAAACAAATGCCAAATATCAACTTTATATAAAAGAAAGTGGGT  641

seq1  CAGCACTAGGACCCACTTGAGTTTGATGTGTGGATCGATTCTCTCAGTGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTAGGACCCACTTGAGTTTGATGTGTGGATCGATTCTCTCAGTGC  691

seq1  TGATGCTTTGGTGATGTTGTATAAGTTGGTCACCTGGAATAGTGTGCTGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTTTGGTGATGTTGTATAAGTTGGTCACCTGGAATAGTGTGCTGC  741

seq1  AGTCATGTGTAATGCACACATACATAATTATATGTAAAAGGCTCAACATT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGTGTAATGCACACATACATAATTATATGTAAAAGGCTCAACATT  791

seq1  CTGTTCAACAAAGGCAGGGCAAAAAAGGGTTCATCTAGATCCTAAGTAGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCAACAAAGGCAGGGCAAAAAAGGGTTCATCTAGATCCTAAGTAGC  841

seq1  AGCGAACACATGTTTGTAACCTGAAGAGTACATGGATGTCTGCTGAGCAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAACACATGTTTGTAACCTGAAGAGTACATGGATGTCTGCTGAGCAG  891

seq1  AGGATGAGTGTAGCTGAGAGGATTAACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGAGTGTAGCTGAGAGGATTAACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  941

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAAATCCAAGGAATTAACATGATGTCTGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAAATCCAAGGAATTAACATGATGTCTGG  991

seq1  GAAGGGGAAAAGGGAATTC  1017
      |||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGGAAAAGGGAATTC  1010