BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-132A24
Chromosome3 (Build37)
Map Location 21,153,506 - 21,295,037
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCpb1, Agtr1b, EG665094
Downstream geneLOC100040325, 7530428D23Rik, LOC100039465, LOC100040353, Tbl1xr1, LOC545506
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-132A24.bB6Ng01-132A24.g
ACCDH932965DH932966
length3531,136
definitionDH932965|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132A24, 5' end.DH932966|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132A24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,294,685 - 21,295,037)(21,153,506 - 21,154,637)
sequence
acctctagttatagaccaaattgttgaaattgaatagcattgcattttct
cactccaatcctggtaatcaaatccttttcaaagtctcattgcataaagg
tggctgcttggctagttctgttaattgcacttccaagggtggcctgccct
aaggaacctccatcttttgcattgaacccaaggcattttctcaacatatt
gttagaaaagtcaatattttaagtaatgagacttgctgtgcccttgaagt
actgctgggtgctaaaatagctttatataaaattttgtttctctgaatga
attattgattgcttcctgagtgattacttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgt
gaattctttgaaagagagggaggaaggattgtgtgcatcagaggattcaa
agacaccacaagaaaccctacatcatcaactaacttaggttgatagggcc
tcacagagagcaaaccaccaactaggaaagatgtgtgggactgatctata
agtcctttgctcatatgtttcaattgtattgcttggtcttcctgtgggat
tccgaatgctgggaggaggggctgtctctgattccattgcttgcattttg
gacccttcgccctactgggctgcctcatttagcctcaataggagaatatg
tgcctagagtcttactgcaacttgatatgacagggctggttgataaccat
gggatacctccccttttctaaagagaaaggcagggttaagtttgaggagg
gaagacatcagtggaggactagaggagaggagggagagaaaactgtggtc
aagatatataagttaattgattaaatttaaatgattaatcattaataaaa
ataattaaaaatcagaaaaaaatgttgtgggtacaatattaacaagataa
aacaatcatttccttataagaggatactgtttagacaaaaacaaacacaa
acacaaacaaaacaaaacataaacaacaacagcagcagcaacagaagacc
tcagaccacaactatgaaatgtgtgctcttctcttaagcaggagcagtgt
gaattcatatgcagaacctgagtataaatacaaaccaaaataaacagacc
tctaagggattcaggatagctaccactggccaatgtatttttaagtatgt
ttttttctcccccccccccccccgctttctccttatctatttgtctctcc
ttgtctctgctggcagacattttttttcaatgttggaataagttaaagac
ttcccttaccaatggcctgcaacatgcgtagagggacattacaacacatg
gctgcagagtgagggtatcacatggagagcttaaattgactgcttatcaa
catgatgtctcattatatcatcctatgtgttgtgttttactggtgtttta
tagagccagtaattgttctatagagggcgtatgataagttggggccttag
actctatgctcagtaggaggattcccttccccctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_21294685_21295037
seq2: B6Ng01-132A24.b_52_404 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACAAGTAATCACTCAGGAAGCAATCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACAAGTAATCACTCAGGAAGCAATCAAT  50

seq1  AATTCATTCAGAGAAACAAAATTTTATATAAAGCTATTTTAGCACCCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATTCAGAGAAACAAAATTTTATATAAAGCTATTTTAGCACCCAGC  100

seq1  AGTACTTCAAGGGCACAGCAAGTCTCATTACTTAAAATATTGACTTTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTTCAAGGGCACAGCAAGTCTCATTACTTAAAATATTGACTTTTCT  150

seq1  AACAATATGTTGAGAAAATGCCTTGGGTTCAATGCAAAAGATGGAGGTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATATGTTGAGAAAATGCCTTGGGTTCAATGCAAAAGATGGAGGTTC  200

seq1  CTTAGGGCAGGCCACCCTTGGAAGTGCAATTAACAGAACTAGCCAAGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGGCAGGCCACCCTTGGAAGTGCAATTAACAGAACTAGCCAAGCAG  250

seq1  CCACCTTTATGCAATGAGACTTTGAAAAGGATTTGATTACCAGGATTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTTATGCAATGAGACTTTGAAAAGGATTTGATTACCAGGATTGGA  300

seq1  GTGAGAAAATGCAATGCTATTCAATTTCAACAATTTGGTCTATAACTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAAAATGCAATGCTATTCAATTTCAACAATTTGGTCTATAACTAGA  350

seq1  GGT  353
      |||
seq2  GGT  353

seq1: chr3_21153506_21154637
seq2: B6Ng01-132A24.g_77_1200

seq1  AGAGAGGGAGGAAGGATTGTGTGCATCAGAGGATTCAAAGACACCACAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGGAGGAAGGATTGTGTGCATCAGAGGATTCAAAGACACCACAAG  50

seq1  AAACCCTACATCATCAACTAACTTAGGTTGATAGGGCCTCACAGAGAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCTACATCATCAACTAACTTAGGTTGATAGGGCCTCACAGAGAGCA  100

seq1  AACCACCAACTAGGAAAGATGTGTGGGACTGATCTATAAGTCCTTTGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACCAACTAGGAAAGATGTGTGGGACTGATCTATAAGTCCTTTGCTC  150

seq1  ATATGTTTCAATTGTATTGCTTGGTCTTCCTGTGGGATTCCGAATGCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTTCAATTGTATTGCTTGGTCTTCCTGTGGGATTCCGAATGCTGG  200

seq1  GAGGAGGGGCTGTCTCTGATTCCATTGCTTGCATTTTGGACCCTTCGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGGGCTGTCTCTGATTCCATTGCTTGCATTTTGGACCCTTCGCCC  250

seq1  TACTGGGCTGCCTCATTTAGCCTCAATAGGAGAATATGTGCCTAGAGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGGCTGCCTCATTTAGCCTCAATAGGAGAATATGTGCCTAGAGTCT  300

seq1  TACTGCAACTTGATATGACAGGGCTGGTTGATAACCATGGGATACCTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCAACTTGATATGACAGGGCTGGTTGATAACCATGGGATACCTCCC  350

seq1  CTTTTCTAAAGAGAAAGGCAGGGTTAAGTTTGAGGAGGGAAGACATCAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTAAAGAGAAAGGCAGGGTTAAGTTTGAGGAGGGAAGACATCAGT  400

seq1  GGAGGACTAGAGGAGAGGAGGGAGAGAAAACTGTGGTCAAGATATATAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGACTAGAGGAGAGGAGGGAGAGAAAACTGTGGTCAAGATATATAAG  450

seq1  TTAATTGATTAAATTTAAATGATTAATCATTAATAAAAATAATTAAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTGATTAAATTTAAATGATTAATCATTAATAAAAATAATTAAAAAT  500

seq1  CAGAAAAAAATGTTGTGGGTACAATATTAACAAGATAAAACAATCATTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAAAATGTTGTGGGTACAATATTAACAAGATAAAACAATCATTTC  550

seq1  CTTATAAGAGGATACTGTTTAGACAAAAACAAACACAAACACAAACAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAAGAGGATACTGTTTAGACAAAAACAAACACAAACACAAACAAAA  600

seq1  CAAAACATAAACAACAACAGCAGCAGCAACAGAAGACCTCAGACCACAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACATAAACAACAACAGCAGCAGCAACAGAAGACCTCAGACCACAAC  650

seq1  TATGAAATGTGTGCTCTTCTCTTAAGCAGGAGCAGTGTGAATTCATATGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAATGTGTGCTCTTCTCTTAAGCAGGAGCAGTGTGAATTCATATGC  700

seq1  AGAACCTGAGTATAAATACAAACCAAAATAAACAGACCTCTAAGGGATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCTGAGTATAAATACAAACCAAAATAAACAGACCTCTAAGGGATTC  750

seq1  AGGATAGCTACCACTGGCCAATGTA-TTTTAAGTATGTTTTTTTCT-CCC  798
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
seq2  AGGATAGCTACCACTGGCCAATGTATTTTTAAGTATGTTTTTTTCTCCCC  800

seq1  CCCCCCCCCCCGCTTTCTCCTTATCTATTTGTCTCTCCTTGTCTCTGCTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCCCCCCGCTTTCTCCTTATCTATTTGTCTCTCCTTGTCTCTGCTG  850

seq1  GCAGACA-TTTTTTTCAATGTT-GAATAAGTTAAAGACTTCCCTAACCAA  896
      ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCAGACATTTTTTTTCAATGTTGGAATAAGTTAAAGACTTCCCTTACCAA  900

seq1  TGGCCTGCAACATGCGTAGAGGGAACATTACAAACACATGGCTGCAGAAG  946
      ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  TGGCCTGCAACATGCGTAGAGGG-ACATTAC-AACACATGGCTGCAG-AG  947

seq1  TGAAGGGTAACACATGGAGAGCTAAAATTGACTGCTTAGCAAACATGATG  996
      || |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||
seq2  TG-AGGGTATCACATGGAGAGCTTAAATTGACTGCTTATC-AACATGATG  995

seq1  TCTCATTATATCAATCCTATGTGTTGTGTTTTATCTGTGTTTTATAAAGA  1046
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||  |||
seq2  TCTCATTATATC-ATCCTATGTGTTGTGTTTTACTGGTGTTTTAT--AGA  1042

seq1  GCCAAGTATATGTTCTATAGAGTGCAGTATGATAAAGTGGGAGGGGTTCT  1096
      ||| ||||  |||||||||||| || |||||||||  ||||       | 
seq2  GCC-AGTAATTGTTCTATAGAGGGC-GTATGATAAGTTGGG------GCC  1084

seq1  TTAGTCGGTCCATG------AGGAGGGATTCCTTCCCCCTGA  1132
      |||| |  || |||      ||||||  | ||||||||||||
seq2  TTAGAC--TCTATGCTCAGTAGGAGGATTCCCTTCCCCCTGA  1124