BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-133I13
Chromosome3 (Build37)
Map Location 150,314,472 - 150,457,252
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040620, LOC100040633, LOC100040455, LOC100040463, LOC623554
Downstream geneEltd1, Ifi44, H28
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-133I13.bB6Ng01-133I13.g
ACCDH934054DH934055
length1,1251,141
definitionDH934054|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133I13, 5' end.DH934055|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133I13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(150,314,472 - 150,315,606)(150,456,088 - 150,457,252)
sequence
gaatgctatttgcccactgtcttctttccacttgtctttccacttaacta
tcaaattattagttataaattattacacatttaagctagtttgcctaaaa
acatgaatatgtacaacacaatacaaacagtcatgtttaattttcttcta
ttaataacatgtgtatttaatagctttagatttctttgaacattaattat
attcaagctagaggaaacatggttttgggggtttgtacaaatgcttgaag
ataaattgtggagtttcttaaggcctgtttcacaagtgtgtcaaacgtgc
ctgcagcatgatgtttctgagaaaccaactcctgtgcatttaaagcaaat
atgctgatcagatgtttctagaaaatagaggcaactgatgcttcagaacc
tagaaatcatgctattcaacttcatttgccagtgaagaaacctgaccctt
gacatttatcttctcttcatatacctagcgtcaattaggatccccttttg
tttaaaattaaaactctctttactaaccctatttaataaaatcacattca
ttttgtaacaaaaaccattttcctaagttcctatgtctccaccttggaat
gtggacagaaggaaactgagacctaaaataatcataagcatgcatcacca
atgactagtgttttatgtggcctatattatgtgattaataacagtaattg
ctgtatcggagcatggcagtgagacatggtggtcatgactgtcagggact
aatctagccgttgtcttctccaagtgccctttaatttttctctctctgaa
aacacttcacagtcacattgaagagctatcaaaggttattttcatttagc
agtactgtggcctaactcttaacacactttattattaatctccatatatt
aaatgcacatgaaataaaaattacaaaagcaatatgatgaaatcatgatc
tctatctcaagcacagaaacttgaggagcttatttacaatccccagaacg
agatgctgagctaagtatgaaaaagctgaaattgtttgtttcattttagt
tagttcccagagcattgtccatgaagcttctctgaattccacgtgcagtc
tcatgatgcacggaggacacagagc
gaattctaaacccttgatcttggtcaaggatgcccttggactgttggaac
actggcggaaggctctagccatgtcagagcacttataataggaaaatact
gaaagagagcacgtggatccatactctagactagcacggtaatggaactc
gggaatgaaaaattaatgtatgggtagagaacactagactccaggaagag
agcttccttgaaactcttttgcctcatgagtgacttttaagccttttggc
ttgtccagttgactcgaccggagagcgtagcaatatttatatcaggttaa
acatgataagtagatactatttaatgatcttatttatatattcacttgtt
tattcgttcattcattcattcattttcccttggttagacacagagtcttg
ctatgtagttctggctgtcattgaacttataaaaatcttgactttgtaat
tgatgtttatattcacctttaactccttctcagatgtatggaacataggg
gttcaatcttctctgcagtgtcttttcactctgctcattattctttgttg
taggtaagtacattgtaatttggtacaatcgcatttcctatctttattta
atttcctgtgctgttgggatatctgtagatacactgcctaaaaattatct
gtcctgttttcagcccactcccaactttacagtgctgagggtgcaagtac
acaacaccactaacagtttatttgggtcccaggatcctccatgtttggca
agcagcactctaccaaggagtggcacctcagtccacctcgtcaccccacg
accttcaatgtccatgcagttttcctcactttctttgtttgtcttccacc
tcctgtgtttgaggatgggctttgtgctaaaatcagtattgactctaaga
tttacttaagacagaaaagaagagacatgtttcacttgtcattttataaa
atatatatgtcatgcatgtgtgcatagtgaagtgcacaatagaaagacgg
tgccctacaaatcctttatgtgagtgtatttaatacacatcaacatctga
gcaggaacactgtaatattataacatgagtgaatacactataatgctgta
cattttcaaataaagaaataaattcaattaatttggaattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_150314472_150315606
seq2: B6Ng01-133I13.b_58_1182

seq1  GAATGCTATTTGCCCACTGTCTTCTTTCCACTTGTCTTTCCACTTAACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCTATTTGCCCACTGTCTTCTTTCCACTTGTCTTTCCACTTAACTA  50

seq1  TCAAATTATTAGTTATAAATTATTACACATTTAAGCTAGTTTGCCTAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTATTAGTTATAAATTATTACACATTTAAGCTAGTTTGCCTAAAA  100

seq1  ACATGAATATGTACAACACAATACAAACAGTCATGTTTAATTTTCTTCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAATATGTACAACACAATACAAACAGTCATGTTTAATTTTCTTCTA  150

seq1  TTAATAACATGTGTATTTAATAGCTTTAGATTTCTTTGAACATTAATTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAACATGTGTATTTAATAGCTTTAGATTTCTTTGAACATTAATTAT  200

seq1  ATTCAAGCTAGAGGAAACATGGTTTTGGGGGTTTGTACAAATGCTTGAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGCTAGAGGAAACATGGTTTTGGGGGTTTGTACAAATGCTTGAAG  250

seq1  ATAAATTGTGGAGTTTCTTAAGGCCTGTTTCACAAGTGTGTCAAACGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTGTGGAGTTTCTTAAGGCCTGTTTCACAAGTGTGTCAAACGTGC  300

seq1  CTGCAGCATGATGTTTCTGAGAAACCAACTCCTGTGCATTTAAAGCAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGCATGATGTTTCTGAGAAACCAACTCCTGTGCATTTAAAGCAAAT  350

seq1  ATGCTGATCAGATGTTTCTAGAAAATAGAGGCAACTGATGCTTCAGAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGATCAGATGTTTCTAGAAAATAGAGGCAACTGATGCTTCAGAACC  400

seq1  TAGAAATCATGCTATTCAACTTCATTTGCCAGTGAAGAAACCTGACCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATCATGCTATTCAACTTCATTTGCCAGTGAAGAAACCTGACCCTT  450

seq1  GACATTTATCTTCTCTTCATATACCTAGCGTCAATTAGGATCCCCTTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTATCTTCTCTTCATATACCTAGCGTCAATTAGGATCCCCTTTTG  500

seq1  TTTAAAATTAAAACTCTCTTTACTAACCCTATTTAATAAAATCACATTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATTAAAACTCTCTTTACTAACCCTATTTAATAAAATCACATTCA  550

seq1  TTTTGTAACAAAAACCATTTTCCTAAGTTCCTATGTCTCCACCTTGGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTAACAAAAACCATTTTCCTAAGTTCCTATGTCTCCACCTTGGAAT  600

seq1  GTGGACAGAAGGAAACTGAGACCTAAAATAATCATAAGCATGCATCACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACAGAAGGAAACTGAGACCTAAAATAATCATAAGCATGCATCACCA  650

seq1  ATGACTAGTGTTTTATGTGGCCTATATTATGTGATTAATAACAGTAATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTAGTGTTTTATGTGGCCTATATTATGTGATTAATAACAGTAATTG  700

seq1  CTGTATCGGAGCATGGCAGTGAGACATGGTGGTCATGACTGTCAGGGACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATCGGAGCATGGCAGTGAGACATGGTGGTCATGACTGTCAGGGACT  750

seq1  AATCTAGCCGTTGTCTTCTCCAAGTGCCCTTTAATTTTTCTCTCTCTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAGCCGTTGTCTTCTCCAAGTGCCCTTTAATTTTTCTCTCTCTGAA  800

seq1  AACACTTCACAGTCACATTGAAGAGCTATCAAAGGTTATTTTCATTTAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTTCACAGTCACATTGAAGAGCTATCAAAGGTTATTTTCATTTAGC  850

seq1  AGTACTGTGGCCTAACTCTTAACACAC-TTATTATTAATCTCCATATATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTGTGGCCTAACTCTTAACACACTTTATTATTAATCTCCATATATT  900

seq1  AAATGCACATGAAATAAAAATTACAAAAGCAATATGATGAAATCATGATC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCACATGAAATAAAAATTACAAAAGCAATATGATGAAATCATGATC  950

seq1  TCTATCTCAAGCACAGAAACTTGAAGGAGCTTATTTACAATCACCCAGAA  999
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||
seq2  TCTATCTCAAGCACAGAAACTTG-AGGAGCTTATTTACAATC-CCCAGAA  998

seq1  CGAAGATGCTGAGCTAAGTATGAAAGAAGCTGAAATTGTTATGTCTCATT  1049
      || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||
seq2  CG-AGATGCTGAGCTAAGTATGAAA-AAGCTGAAATTGTT-TGTTTCATT  1045

seq1  ATTAGTTAGTTTCCCAGAGGCATTGTCTCAGAAGCTTCTCTGGAGTCACA  1099
       |||||||| |||||||| ||||||||   |||||||||||| | || ||
seq2  -TTAGTTAG-TTCCCAGA-GCATTGTCCATGAAGCTTCTCTGAATTC-CA  1091

seq1  CGTGCAGTCTCATGATGCACTGAAGGAGCACAGAGC  1135
      |||||||||||||||||||| | |||| ||||||||
seq2  CGTGCAGTCTCATGATGCAC-GGAGGA-CACAGAGC  1125

seq1: chr3_150456088_150457252
seq2: B6Ng01-133I13.g_68_1208 (reverse)

seq1  AAATTCCAAATTAATTTGGAATTTTATTTCCTTTTATTTTGAAAAATTGT  50
      ||||||||||||||||  ||| ||||||||  |||| ||||||||  || 
seq2  AAATTCCAAATTAATT--GAA-TTTATTTC--TTTA-TTTGAAAA--TG-  41

seq1  TACAGCATTATAGTGTATTCCACTCAATTGTTATAATATTACAGTGTTCC  100
      ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| |
seq2  TACAGCATTATAGTGTATT-CACTCA--TGTTATAATATTACAGTGTT-C  87

seq1  CTGCTCAGAATTGTTGATGTTGTATTTAAATACACTCAACATAAAGGATT  150
      |||||||||  |||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTGCTCAGA--TGTTGATG-TGTA-TTAAATACACTC-ACATAAAGGATT  132

seq1  TGTAGGGCACCCGTCTTTCTATTGTGCACTTCACTATGCACACATGCATG  200
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGGCA-CCGTCTTTCTATTGTGCACTTCACTATGCACACATGCATG  181

seq1  ACATATATATTTTATAAAAATGACAAGTGGAAACATTGTCTCTTCTTTTC  250
      ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||
seq2  ACATATATATTTTAT-AAAATGACAAGT-GAAACA-TGTCTCTTCTTTTC  228

seq1  TGTCTTAAGTAAATACTTAGAGTCAATACTGATTTTAGCACAAAGCCCAT  300
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTAAGTAAAT-CTTAGAGTCAATACTGATTTTAGCACAAAGCCCAT  277

seq1  CCTCAAACACAGGAGGTGGAAGACAAACAAAGAAAGTGAGGGAAAACTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCTCAAACACAGGAGGTGGAAGACAAACAAAGAAAGTGA-GGAAAACTGC  326

seq1  ATGGACATTGAAGGTCGTGGGGTGACGAGGTGGACTGAGGTGCCACTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACATTGAAGGTCGTGGGGTGACGAGGTGGACTGAGGTGCCACTCCT  376

seq1  TGGTAGAGTGCTGCTTGCCAAACATGGAGGATCCTGGGACCCAAATAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGAGTGCTGCTTGCCAAACATGGAGGATCCTGGGACCCAAATAAAC  426

seq1  TGTTAGTGGTGTTGTGTACTTGCACCCTCAGCACTGTAAAGTTGGGAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGTGGTGTTGTGTACTTGCACCCTCAGCACTGTAAAGTTGGGAGTG  476

seq1  GGCTGAAAACAGGACAGATAATTTTTAGGCAGTGTATCTACAGATATCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAAAACAGGACAGATAATTTTTAGGCAGTGTATCTACAGATATCCC  526

seq1  AACAGCACAGGAAATTAAATAAAGATAGGAAATGCGATTGTACCAAATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCACAGGAAATTAAATAAAGATAGGAAATGCGATTGTACCAAATTA  576

seq1  CAATGTACTTACCTACAACAAAGAATAATGAGCAGAGTGAAAAGACACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTACTTACCTACAACAAAGAATAATGAGCAGAGTGAAAAGACACTG  626

seq1  CAGAGAAGATTGAACCCCTATGTTCCATACATCTGAGAAGGAGTTAAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAAGATTGAACCCCTATGTTCCATACATCTGAGAAGGAGTTAAAGG  676

seq1  TGAATATAAACATCAATTACAAAGTCAAGATTTTTATAAGTTCAATGACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATAAACATCAATTACAAAGTCAAGATTTTTATAAGTTCAATGACA  726

seq1  GCCAGAACTACATAGCAAGACTCTGTGTCTAACCAAGGGAAAATGAATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAACTACATAGCAAGACTCTGTGTCTAACCAAGGGAAAATGAATGA  776

seq1  ATGAATGAACGAATAAACAAGTGAATATATAAATAAGATCATTAAATAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGAACGAATAAACAAGTGAATATATAAATAAGATCATTAAATAGT  826

seq1  ATCTACTTATCATGTTTAACCTGATATAAATATTGCTACGCTCTCCGGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACTTATCATGTTTAACCTGATATAAATATTGCTACGCTCTCCGGTC  876

seq1  GAGTCAACTGGACAAGCCAAAAGGCTTAAAAGTCACTCATGAGGCAAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAACTGGACAAGCCAAAAGGCTTAAAAGTCACTCATGAGGCAAAAG  926

seq1  AGTTTCAAGGAAGCTCTCTTCCTGGAGTCTAGTGTTCTCTACCCATACAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCAAGGAAGCTCTCTTCCTGGAGTCTAGTGTTCTCTACCCATACAT  976

seq1  TAATTTTTCATTCCCGAGTTCCATTACCGTGCTAGTCTAGAGTATGGATC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTTCATTCCCGAGTTCCATTACCGTGCTAGTCTAGAGTATGGATC  1026

seq1  CACGTGCTCTCTTTCAGTATTTTCCTATTATAAGTGCTCTGACATGGCTA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGCTCTCTTTCAGTATTTTCCTATTATAAGTGCTCTGACATGGCTA  1076

seq1  GAGCCTTCCGCCAGTGTTCCAACAGTCCAAGGGCATCCTTGACCAAGATC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTTCCGCCAGTGTTCCAACAGTCCAAGGGCATCCTTGACCAAGATC  1126

seq1  AAGGGTTTAGAATTC  1165
      |||||||||||||||
seq2  AAGGGTTTAGAATTC  1141