BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-134K17
Chromosome3 (Build37)
Map Location 21,375,459 - 21,551,180
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040325
Upstream geneEG665094
Downstream gene7530428D23Rik, LOC100039465, LOC100040353, Tbl1xr1, LOC545506, LOC675593
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-134K17.bB6Ng01-134K17.g
ACCDH934908DH934909
length892944
definitionDH934908|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134K17, 5' end.DH934909|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-134K17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,375,459 - 21,376,351)(21,550,242 - 21,551,180)
sequence
gaattccaatttaacaaaagggtcttctgccagctttagagatgttagca
aatatttcctacacaagataagtctcagattttctttcatcagaaagaac
cattagatgattcctcagggttactaaggaaatggagttttgatattggc
ttaggaaacatcatactctccccaaacctttggctccatccacacaagca
gtgatagaagtccacggtgctcacacagagttgtattcttctccttggaa
ttttacactttttttttaattaggtattttcctcatttacatttccaatg
ctatcccaaaagtcccctataccctcccccccacccacccacccactccc
actttttggccctggagttcccctgtactggggcatataaagtttgcaag
tccaatgggcctctctttccagtgatggccgactaggccatcttttgata
catatgcagctagagacaagagctccggggtactggttagttcataatgt
tgttccaccgatagggttgcagatccctttagctcctttaaacatacaca
gtgtttcgtggacaatctctgtcatcctggtcatcttttgtcgttctgtc
ttttccatttaaaccaccccactgaccttcagacctcatccagacctcat
gggtgtcccaaagaagacaacacacggatcctttaagagccagacatttt
ctatacgtccacctccccttggtgggggtaactgaataaaggctgctatc
ttctctgggtcccgcttcaaggatttattttaaaacctgtatcatcaaat
aataaatgctttaagctgaagcgaatgcctaaaatgaaaacagagacacc
ttaagatgcttcataatctaaccaccattccctggtagacag
gaattctgatataagatagctgatgagtttagagaaatagattcttagct
ctgactgtctagttttaaaatattaaggctgtctgatgttaacctctgca
gctaaggtgggcaggaggagaaagagggcagctggaggaatgggcatgaa
ggaacaggcagcattcttgggacaaacatgagctggcagcttggcagagc
taagtgagcctggagtggcttggtaaagctagctgtggaggctaagtgag
acagcctttagtggaagctgatctttgagcatagcttggagcatggtttt
ataaaactacatgcaacaactgaagatcagctaaaacatcagccttgtgg
actgaatgaacatctatgggattcttgagcactccattgatctcaccaat
cttatccacacattgttggagtagctgaacctgttagtcattgtagtaaa
tcctcatttatgtattttatctccatataatatatccctctatgtagcag
gaacggtagggtcacctctatgtaagcactggaggctgtgcagctgcaaa
agcatctcctcctggaggacctaattgaggactgtctaagagacgaagca
ttcctggtgcaaacaatgccagccaatcaggaattgctgtttagaagaga
tgctttcttggaaccaatgggggtgagggtgaagggtattaaaggggctt
gcagcagtgttcagatgaacttgctgtggcgtttctcaccctgctcctgg
gattctgtgtcgttgactttgcaccatcttacccctaaccaacaagagca
gttagtgtttggcagaaagtgtctcagtacacggcaatacctttatatat
taaatatatgatatatatattacatatggttaaataccctattatcagat
acattataacatgtttcaccccacatgctacactattatatata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_21375459_21376351
seq2: B6Ng01-134K17.b_46_937

seq1  GAATTCCAATTTAACAAAAGGGTCTTCTGCCAGCTTTAGAGATGTTAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATTTAACAAAAGGGTCTTCTGCCAGCTTTAGAGATGTTAGCA  50

seq1  AATATTTCCTACACAAGATAAGTCTCAGATTTTCTTTCATCAGAAAGAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTCCTACACAAGATAAGTCTCAGATTTTCTTTCATCAGAAAGAAC  100

seq1  CATTAGATGATTCCTCAGGGTTACTAAGGAAATGGAGTTTTGATATTGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGATGATTCCTCAGGGTTACTAAGGAAATGGAGTTTTGATATTGGC  150

seq1  TTAGGAAACATCATACTCTCCCCAAACCTTTGGCTCCATCCACACAAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAAACATCATACTCTCCCCAAACCTTTGGCTCCATCCACACAAGCA  200

seq1  GTGATAGAAGTCCACGGTGCTCACACAGAGTTGTATTCTTCTCCTTGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAGAAGTCCACGGTGCTCACACAGAGTTGTATTCTTCTCCTTGGAA  250

seq1  TTTTACACTTTTTTTTTAATTAGGTATTTTCCTCATTTACATTTCCAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACACTTTTTTTTTAATTAGGTATTTTCCTCATTTACATTTCCAATG  300

seq1  CTATCCCAAAAGTCCCCTATACCCTCCCCCCCACCCACCCACCCACTCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCCAAAAGTCCCCTATACCCTCCCCCCCACCCACCCACCCACTCCC  350

seq1  ACTTTTTGGCCCTGGAGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTGGCCCTGGAGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAG  400

seq1  TCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTTGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTTGATA  450

seq1  CATATGCAGCTAGAGACAAGAGCTCCGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGCAGCTAGAGACAAGAGCTCCGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGT  500

seq1  TGTTCCACCGATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTTAAACATACACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCACCGATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTTAAACATACACA  550

seq1  GTGTTTCGTGGACAATCTCTGTCATCCTGGTCATCTTTTGTCGTTCTGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCGTGGACAATCTCTGTCATCCTGGTCATCTTTTGTCGTTCTGTC  600

seq1  TTTTCCATTTAAACCACCCCACTGACCTTCAGACCTCATCCAGACCTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCATTTAAACCACCCCACTGACCTTCAGACCTCATCCAGACCTCAT  650

seq1  GGGTGTCCCAAAGAAGACAACACACGGATCCTTTAAGAGCCAGACATTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTCCCAAAGAAGACAACACACGGATCCTTTAAGAGCCAGACATTTT  700

seq1  CTATACGTCCACCTCCCCTTGGTGGGGGTAACTGAATAAAGGCTGCTATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACGTCCACCTCCCCTTGGTGGGGGTAACTGAATAAAGGCTGCTATC  750

seq1  TTCTCTGGGTCCCGCTTCAAGGATTTATTTTAAAACCTGTATCATCAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGGGTCCCGCTTCAAGGATTTATTTTAAAACCTGTATCATCAAAT  800

seq1  AATAAATGCTTTAAGCTGAAGCGAATGCCTAAAATGAAAACAGAGACACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATGCTTTAAGCTGAAGCGAATGCCTAAAATGAAAACAGAGACACC  850

seq1  TTAAGATGCTTCATAATCTAACCAACCATTCCCTGGTAGACAG  893
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTAAGATGCTTCATAATCTAACC-ACCATTCCCTGGTAGACAG  892

seq1: chr3_21550242_21551180
seq2: B6Ng01-134K17.g_70_1013 (reverse)

seq1  TATATATATGTGTGT-GCATGT-GGGTG-TACATGTTTATATGTATCTGA  47
      ||||||||   |||| |||||| |||||  |||||||   ||||||||||
seq2  TATATATAATAGTGTAGCATGTGGGGTGAAACATGTTATAATGTATCTGA  50

seq1  TATATGGGTATTTAA-CATATGTTAATATATTATATCATATATTTAATAT  96
      ||   |||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TAATAGGGTATTTAACCATATG-TAATATA-TATATCATATATTTAATAT  98

seq1  ATAAAGGTATTGCCGTGTCCTG-GACACTTTCTGCCAAACACTAACTGCT  145
      |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGGTATTGCCGTGTACTGAGACACTTTCTGCCAAACACTAACTGCT  148

seq1  CTTGTTGGTTAGGGGTAAGATGGTGCAAAGTCAACGACACAG-ATTCCAG  194
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
seq2  CTTGTTGGTTAGGGGTAAGATGGTGCAAAGTCAACGACACAGAATCCCAG  198

seq1  GAGCA-GGTGAGAAACGCCACAGCAAGTTCATCTGAACACTGCTGCAAGC  243
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGGTGAGAAACGCCACAGCAAGTTCATCTGAACACTGCTGCAAGC  248

seq1  CCCTTTAATACCCTTCACCCTCACCCCCATTGGTTCCAAGAAAGCATCTC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTAATACCCTTCACCCTCACCCCCATTGGTTCCAAGAAAGCATCTC  298

seq1  TTCTAAACAGCAATTCCTGATTGGCTGGCATTGTTTGCACCAGGAATGCT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAACAGCAATTCCTGATTGGCTGGCATTGTTTGCACCAGGAATGCT  348

seq1  TCGTCTCTTAGACAGTCCTCAATTAGGTCCTCCAGGAGGAGATGCTTTTG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCTCTTAGACAGTCCTCAATTAGGTCCTCCAGGAGGAGATGCTTTTG  398

seq1  CAGCTGCACAGCCTCCAGTGCTTACATAGAGGTGACCCTACCGTTCCTGC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCACAGCCTCCAGTGCTTACATAGAGGTGACCCTACCGTTCCTGC  448

seq1  TACATAGAGGGATATATTATATGGAGATAAAATACATAAATGAGGATTTA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAGAGGGATATATTATATGGAGATAAAATACATAAATGAGGATTTA  498

seq1  CTACAATGACTAACAGGTTCAGCTACTCCAACAATGTGTGGATAAGATTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAATGACTAACAGGTTCAGCTACTCCAACAATGTGTGGATAAGATTG  548

seq1  GTGAGATCAATGGAGTGCTCAAGAATCCCATAGATGTTCATTCAGTCCAC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGATCAATGGAGTGCTCAAGAATCCCATAGATGTTCATTCAGTCCAC  598

seq1  AAGGCTGATGTTTTAGCTGATCTTCAGTTGTTGCATGTAGTTTTATAAAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTGATGTTTTAGCTGATCTTCAGTTGTTGCATGTAGTTTTATAAAA  648

seq1  CCATGCTCCAAGCTATGCTCAAAGATCAGCTTCCACTAAAGGCTGTCTCA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTCCAAGCTATGCTCAAAGATCAGCTTCCACTAAAGGCTGTCTCA  698

seq1  CTTAGCCTCCACAGCTAGCTTTACCAAGCCACTCCAGGCTCACTTAGCTC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCCTCCACAGCTAGCTTTACCAAGCCACTCCAGGCTCACTTAGCTC  748

seq1  TGCCAAGCTGCCAGCTCATGTTTGTCCCAAGAATGCTGCCTGTTCCTTCA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAGCTGCCAGCTCATGTTTGTCCCAAGAATGCTGCCTGTTCCTTCA  798

seq1  TGCCCATTCCTCCAGCTGCCCTCTTTCTCCTCCTGCCCACCTTAGCTGCA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCATTCCTCCAGCTGCCCTCTTTCTCCTCCTGCCCACCTTAGCTGCA  848

seq1  GAGGTTAACATCAGACAGCCTTAATATTTTAAAACTAGACAGTCAGAGCT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTAACATCAGACAGCCTTAATATTTTAAAACTAGACAGTCAGAGCT  898

seq1  AAGAATCTATTTCTCTAAACTCATCAGCTATCTTATATCAGAATTC  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATCTATTTCTCTAAACTCATCAGCTATCTTATATCAGAATTC  944