BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-137H01
Chromosome3 (Build37)
Map Location 122,107,620 - 122,257,445
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBcar3, Fnbp1l
Upstream geneCnn3, Slc44a3, A730020M07Rik, 4930432M17Rik, F3, Abcd3, LOC100043298, Arhgap29, Abca4, EG668788, LOC626807, LOC100043724, Gclm, Ppia-ps3_1245.1, Dnttip2, LOC675117, LOC100043726
Downstream genePpia-ps3_2252.1, Pde5a, LOC668792, Fabp2, 1810037I17Rik, Usp53, Myoz2, Synpo2, Sec24d, G430022H21Rik, Prss12, EG668804, Ndst3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-137H01.bB6Ng01-137H01.g
ACCDH936957DH936958
length934980
definitionDH936957|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-137H01, 5' end.DH936958|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-137H01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,107,620 - 122,108,554)(122,256,471 - 122,257,445)
sequence
gaattcattgcccctgacccctctgatgcctttcctatctgcaaggtcag
ctttaaagttggcaaagatggctcaacatagtttgtttccaagtccactt
ttgaagtggctgatgacctattccaggtgttggccatctatagagcccca
cagaatgtagctcagtagctcaacaaaatctttctaacagataaaggtct
acttggtctcccataggaagacatttacaagagtcccctctcttacccag
agactgagggcagcatctcaattgtaggtagagggtgcagcccagagtca
tggaggtgttgctatccaccctgggctgttcatcttttcacctagaggag
ctctttaggtggtttgtaacttgtcctcttgaagccctgttgggatgccc
cagcgttcccaaggtgggtggctaagcagattactgcccaacctcccacc
caagctgtccccccactgatgatgacctggcttctggggcacagggtggt
ctgaaaacgtggcgtttgtgtgattctatctcttccccttttgaagctca
cagttcctgtcagagtctctggaccacctgtttagacgtgaatgatttga
agccaagtttctggtagctttgccaataaccaggagggccactcccccaa
ggaacatagttggagcggggctgattcctgggtggtcctaaggcttcact
gtgagaggcccagggagggggtggttggtgtcagaccccatcttcctagg
agcaaggaggagccagctctagacactgataacaaccaggactgggggag
gctataacaatgaaaagaattccacaaacattcagttcatgcttacgttc
acccctagaacccagtcattgaagttagttacaaaacacctttgaggagc
acaacttagtagatggagccagagaaggactggt
gaattccacaaagaaagtaggccttaataaactgttttcttaacatatat
ttacatggatttttttagtccactaagcttacagtgtaggtctttggaca
gcttctagctgctgagttgtactttcagttcagatgctattttctgtctt
gttggatattatgtttcctaagtagcttctctaaaacacatacatataat
aaacatatacatatgtttacttttaaagaaaaactggtatatgcagtctt
ataattacggatttgaaaagtgttccatcagaaggatgagtttgagtttg
acagctgtgcccctagacctgttccaaggggaaggttctatagttgccct
ctgagctcaacttctaagtgggggtgtgggaaatacacccaaacttgact
gcttaatacacaaattagcctttttctaatctctataactactttctttt
gttttcgtagccattcctttttaaagtaatagaattacctagcttataat
aggagtccatatttgtgtcttaattatacataatcctacagagttcagaa
tacagctcccggggttttggcctttgttaagatgacacaacctgagtgtt
ttcattcctttacttaatgttagttctcctgtattttgcacgaccttaag
atgtaatggttatatgaagtttttctaatttgtaaactatttctataaga
aagtctgatacttttacattgaacatgtattaaaaccagatttatgttgt
tcttcttatagagaaactttttcagtgaatttaaaatttatttctacttt
agtaaaactagataagctaaaatagaaacatattgctatttcagctataa
ctaccctattttctctaaaagatttaaaattcaaattaggaaagtaatta
tatcactcagtagtgaaaattatgggaaaagaaaaggccacttcgttaac
tattttattccttgtcaaattcagttttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_122107620_122108554
seq2: B6Ng01-137H01.b_49_982

seq1  GAATTCATTGCCCCTGACCCCTCTGATGCCTTTCCTATCTGCAAGGTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGCCCCTGACCCCTCTGATGCCTTTCCTATCTGCAAGGTCAG  50

seq1  CTTTAAAGTTGGCAAAGATGGCTCAACATAGTTTGTTTCCAAGTCCACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAAGTTGGCAAAGATGGCTCAACATAGTTTGTTTCCAAGTCCACTT  100

seq1  TTGAAGTGGCTGATGACCTATTCCAGGTGTTGGCCATCTATAGAGCCCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTGGCTGATGACCTATTCCAGGTGTTGGCCATCTATAGAGCCCCA  150

seq1  CAGAATGTAGCTCAGTAGCTCAACAAAATCTTTCTAACAGATAAAGGTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGTAGCTCAGTAGCTCAACAAAATCTTTCTAACAGATAAAGGTCT  200

seq1  ACTTGGTCTCCCATAGGAAGACATTTACAAGAGTCCCCTCTCTTACCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGTCTCCCATAGGAAGACATTTACAAGAGTCCCCTCTCTTACCCAG  250

seq1  AGACTGAGGGCAGCATCTCAATTGTAGGTAGAGGGTGCAGCCCAGAGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGAGGGCAGCATCTCAATTGTAGGTAGAGGGTGCAGCCCAGAGTCA  300

seq1  TGGAGGTGTTGCTATCCACCCTGGGCTGTTCATCTTTTCACCTAGAGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGTGTTGCTATCCACCCTGGGCTGTTCATCTTTTCACCTAGAGGAG  350

seq1  CTCTTTAGGTGGTTTGTAACTTGTCCTCTTGAAGCCCTGTTGGGATGCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTAGGTGGTTTGTAACTTGTCCTCTTGAAGCCCTGTTGGGATGCCC  400

seq1  CAGCGTTCCCAAGGTGGGTGGCTAAGCAGATTACTGCCCAACCTCCCACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGTTCCCAAGGTGGGTGGCTAAGCAGATTACTGCCCAACCTCCCACC  450

seq1  CAAGCTGTCCCCCCACTGATGATGACCTGGCTTCTGGGGCACAGGGTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGTCCCCCCACTGATGATGACCTGGCTTCTGGGGCACAGGGTGGT  500

seq1  CTGAAAACGTGGCGTTTGTGTGATTCTATCTCTTCCCCTTTTGAAGCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAACGTGGCGTTTGTGTGATTCTATCTCTTCCCCTTTTGAAGCTCA  550

seq1  CAGTTCCTGTCAGAGTCTCTGGACCACCTGTTTAGACGTGAATGATTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCCTGTCAGAGTCTCTGGACCACCTGTTTAGACGTGAATGATTTGA  600

seq1  AGCCAAGTTTCTGGTAGCTTTGCCAATAACCAGGAGGGCCACTCCCCCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGTTTCTGGTAGCTTTGCCAATAACCAGGAGGGCCACTCCCCCAA  650

seq1  GGAACATAGTTGGAGCGGGGCTGATTCCTGGGTGGTCCTAAGGCTTCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATAGTTGGAGCGGGGCTGATTCCTGGGTGGTCCTAAGGCTTCACT  700

seq1  GTGAGAGGCCCAGGGAGGGGGTGGTTGGTGTCAGACCCCATCTTCCTAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAGGCCCAGGGAGGGGGTGGTTGGTGTCAGACCCCATCTTCCTAGG  750

seq1  AGCAAGGAGGAGCCAGCTCTAGACACTGATAACAACCAGGACTGGGGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGGAGGAGCCAGCTCTAGACACTGATAACAACCAGGACTGGGGGAG  800

seq1  GCTATAACAATGAAAAGAATTCCACAAACATTCAGTTCATGC-TACGTTC  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCTATAACAATGAAAAGAATTCCACAAACATTCAGTTCATGCTTACGTTC  850

seq1  ACCCCTAGAACCCAGTCATTGAAGGTAGTTACAAAACACCTTTGAGGAGC  899
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTAGAACCCAGTCATTGAAGTTAGTTACAAAACACCTTTGAGGAGC  900

seq1  ACAAACTTAGGTAGATGGAGCCAGAGAAGGACTGGT  935
      || |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AC-AACTTA-GTAGATGGAGCCAGAGAAGGACTGGT  934

seq1: chr3_122256471_122257445
seq2: B6Ng01-137H01.g_67_1046 (reverse)

seq1  ACAAAACTGAATATGACAAGGAATAAAATAGTTAACTGAGTTGCCTTATC  50
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||
seq2  ACAAAACTGAATTTGACAAGGAATAAAATAGTTAACGAAGTGGCCTTTTC  50

seq1  TTTTACACTAATTTTCACTACTGAGTGATATAATTACTTTCCTAATTTGT  100
      |||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTTCCCATAATTTTCACTACTGAGTGATATAATTACTTTCCTAATTTGA  100

seq1  ATTTT-AATCTTTTAGAGAAAATAGGGTAGTTATAGCTGAAATAGC-ATA  148
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATTTTAAATCTTTTAGAGAAAATAGGGTAGTTATAGCTGAAATAGCAATA  150

seq1  TGTTTCTATTTTAGCTTATCTAGTTTTACT-AAGTAGAAAATAAATTTAA  197
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  || |||||
seq2  TGTTTCTATTTTAGCTTATCTAGTTTTACTAAAGTAGAAATAAATTTTAA  200

seq1  ATTCACTGAAAAAG-TTCTCTATAAGAAGAACAACATAAATCTGGTTTTA  246
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACTGAAAAAGTTTCTCTATAAGAAGAACAACATAAATCTGGTTTTA  250

seq1  ATACATGTTCAATGTAAAAGTATCAGACTTTCTTATAGAAATAGTTTACA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTTCAATGTAAAAGTATCAGACTTTCTTATAGAAATAGTTTACA  300

seq1  AATTAG-AAAACTTCATATAACCATTACATCTTAAGGTCGTGCAAAATAC  345
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGAAAAACTTCATATAACCATTACATCTTAAGGTCGTGCAAAATAC  350

seq1  AGGAGAACTAACATTAAGTAAAGGAATGAAAACACTCAGGTTGTGTCATC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAACTAACATTAAGTAAAGGAATGAAAACACTCAGGTTGTGTCATC  400

seq1  TTAACAAAGGCCAAAACCCCGGGAGCTGTATTCTGAACTCTGTAGGATTA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAAAGGCCAAAACCCCGGGAGCTGTATTCTGAACTCTGTAGGATTA  450

seq1  TGTATAATTAAGACACAAATATGGACTCCTATTATAAGCTAGGTAATTCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAATTAAGACACAAATATGGACTCCTATTATAAGCTAGGTAATTCT  500

seq1  ATTACTTTAAAAAGGAATGGCTACGAAAACAAAAGAAAGTAGTTATAGAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTTTAAAAAGGAATGGCTACGAAAACAAAAGAAAGTAGTTATAGAG  550

seq1  ATTAGAAAAAGGCTAATTTGTGTATTAAGCAGTCAAGTTTGGGTGTATTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAAAAAGGCTAATTTGTGTATTAAGCAGTCAAGTTTGGGTGTATTT  600

seq1  CCCACACCCCCACTTAGAAGTTGAGCTCAGAGGGCAACTATAGAACCTTC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACACCCCCACTTAGAAGTTGAGCTCAGAGGGCAACTATAGAACCTTC  650

seq1  CCCTTGGAACAGGTCTAGGGGCACAGCTGTCAAACTCAAACTCATCCTTC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGGAACAGGTCTAGGGGCACAGCTGTCAAACTCAAACTCATCCTTC  700

seq1  TGATGGAACACTTTTCAAATCCGTAATTATAAGACTGCATATACCAGTTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGAACACTTTTCAAATCCGTAATTATAAGACTGCATATACCAGTTT  750

seq1  TTCTTTAAAAGTAAACATATGTATATGTTTATTATATGTATGTGTTTTAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTAAAAGTAAACATATGTATATGTTTATTATATGTATGTGTTTTAG  800

seq1  AGAAGCTACTTAGGAAACATAATATCCAACAAGACAGAAAATAGCATCTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCTACTTAGGAAACATAATATCCAACAAGACAGAAAATAGCATCTG  850

seq1  AACTGAAAGTACAACTCAGCAGCTAGAAGCTGTCCAAAGACCTACACTGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAAGTACAACTCAGCAGCTAGAAGCTGTCCAAAGACCTACACTGT  900

seq1  AAGCTTAGTGGACTAAAAAAATCCATGTAAATATATGTTAAGAAAACAGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTAGTGGACTAAAAAAATCCATGTAAATATATGTTAAGAAAACAGT  950

seq1  TTATTAAGGCCTACTTTCTTTGTGGAATTC  975
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAAGGCCTACTTTCTTTGTGGAATTC  980