BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138E03
Chromosome3 (Build37)
Map Location 24,651,884 - 24,764,864
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG635702
Upstream geneEG665189
Downstream geneLOC100039592, Nlgn1, LOC621017
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138E03.bB6Ng01-138E03.g
ACCDH937569DH937570
length1,1871,122
definitionDH937569|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138E03, 5' end.DH937570|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138E03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,763,643 - 24,764,864)(24,651,884 - 24,653,037)
sequence
gaattccctgaaacaagggcttaaagaaacacaatttctgccttcctaat
gaatgactgtgtgtgtcatctcttctttctcatttctggtctatggtggt
agtcagtgcttacactaatttgggattatcccatctgtgagttggattgc
tgctgttcagtctatccttacagctgccagcattgttgacctccatttag
tctgggatcctttagaatcatctctttctttagtagtccttatactcttg
tggggtgaaatcgtgatgagcaagggtgtcatctgggagcagtacttaca
atgaagtcagctgtggcttcaaacagtattttttaattgaagatggatgc
acaccttcttcaaagtagtcttaccaagcatgtttcacttagcccactgc
tgccatgaccactattggtatgttttagttgaattattattttctatgag
cactgcttaattcagattttctcaatatgctgagttctcctttagaacta
tctgtttagcaactatttatttggtgtctgcttttcaataatctctgttc
ttggcatgcatcaggaaattagactggtaacaatctatattctgagtgag
tacattctaggaagatttacatgtgttgaaataataccacagactaaatc
cctccctttgtggggcttggcagaacttgcatgggaagctgcatgttttg
tatgctgcccaactcttcaaaaagccagtctcctttgtatctacgctctt
ggtgctcaggaggatggtgggctagaaacttcagcatccttagacaaagc
cctcatggaagtcatgtagaaaaaagcaatatcttagtgttcatacaata
ccattgtgctacatgcagtacccaactagggtcagttagagaaactcttg
acaccagatgccactgatgctatgatgcccactgaagaacttctcacaga
tttgcgtgtggttcaaggatctaccaagctgatttgtcacctgctactat
atcaattagagaagacacctaactcttggaacatgttcatttacatttca
gggtcagttagccctgtagcattaactggtgctacatgatggattgtcca
aaatggaatttaggaattctcactgagatgaagcatttaatttcatctag
ttcgtttattggactattgtacaaaaaaaaaggaaaa
gaattcttcacttttgccctagaaagctgattacatacagatatgtattg
ttagtagcttattgtcacattcccactacattgcattaacttgcaaagcc
ataagatactaaccttttcctcactttatgcatctgcacaacaaatatgg
tgtccagaaaacagttaggagaatgaatatagaaatcacagtgtttttgt
tttttcttttaaattaaactggcttcttcctctggtctccacatgcatgt
gcacacacacaagtatgtagaactgaaagcaaacacacacatacacacac
acacacacacacacacacacacacaaacacagagagagagagagagagct
gttattatttagctaagcaataactcatcacacaattcacaaagatttca
aaatcacatttcattgatcttgtattcttcagtgttatgcagcagctaaa
tagaaaaataattttctgcaatagatatgtagcattcaatcaatgacatt
taaatcacagtaacagtgaaatttgggctatggagaattcaggcaaaatg
tcatcagaatctagatattaattaaagaccagtggtggaataagcatgaa
ggaatgactcaaagacctctgtgttggtccattgtttacatagatgttgg
tttatttctttgaatatatgagacagaatgagagcaggccaatggtccac
agcaatgcaatgacaatatataatgtggacatttatcagggtcagctgaa
gagcaagtgaggctcctatttggaataacagagtaattttccaccactta
ttttggctgtcatcaacagcatttagaaacatttgcctaaacagtccctc
caatacatatttaagaaacaaattcagcttcaaatcaaagtcggaggggc
aagagtgttgctatttcaccagatatagttataaagtaatatccttatgt
cttcccttctcacattaaataccttgacacataaaaacataaagtagcat
cattttcttttatacttcttcagatagagtgtagaaaaatatggtgtcag
ttccatgacagtcatgtatcctctttataatttcatttccagatttgttt
tataaggacctctccatggaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_24763643_24764864
seq2: B6Ng01-138E03.b_42_1228 (reverse)

seq1  TTTTCACTTTTTTTTTGTTCATTTGTATCAATAAGTTCAAATTAAAAACA  50
      ||||| |||||||||||| || | ||  ||||||   | || ||      
seq2  TTTTC-CTTTTTTTTTGTACAATAGT-CCAATAA--ACGAACTA------  40

seq1  GAAACATTAGGATGAAATATAATAGCTCATCTCATGGTAGATATTCCTAA  100
                ||||||||  |||   |||||||| |  ||| |||||| |
seq2  ----------GATGAAATTAAATGCTTCATCTCA-GTGAGA-ATTCCT-A  77

seq1  AATACCATTTTTTGACAAATCCATCATGTAAAAACAACAAGTAAAAGCTA  150
      ||| ||| |||| ||| ||||||||||||    |  || ||| || ||||
seq2  AATTCCA-TTTTGGAC-AATCCATCATGT----AGCACCAGTTAATGCTA  121

seq1  CAAGGCTAACTGAACCCTGAATATGTAAATGAACATGTT-CAAGAGTTAG  199
      || ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAGGGCTAACTG-ACCCTGAA-ATGTAAATGAACATGTTCCAAGAGTTAG  169

seq1  GTGTGCTCTCTAATATGGATATAGTAAGCA-GTGACAAAATCAGCTTGGT  248
      ||||  ||||||  || |||||||| |||| ||||| |||||||||||||
seq2  GTGTCTTCTCTA--ATTGATATAGT-AGCAGGTGAC-AAATCAGCTTGGT  215

seq1  AGATCCTTGAACCACACGCAAATCTGTGAGAAGTTCTTCAGTGGGCATCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTTGAACCACACGCAAATCTGTGAGAAGTTCTTCAGTGGGCATCA  265

seq1  TAGCATCAGTGGCATCTGGTTGTCAAGAGTTTCTCTAACTGACCCTAGTT  348
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATCAGTGGCATCTGG-TGTCAAGAGTTTCTCTAACTGACCCTAGTT  314

seq1  GGGTACTGCATGTAGCACAATGGTATTGTATGAACACTAAGATATTGCTT  398
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGGTACTGCATGTAGCACAATGGTATTGTATGAACACTAAGATATTGC-T  363

seq1  TTTTTCTACATGACTTCCATGAGGGCTTTGTCTAAGGATGCTGAAGTTTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTACATGACTTCCATGAGGGCTTTGTCTAAGGATGCTGAAGTTTC  413

seq1  TAGCCCACCATCCTCCTGAGCACCAAGAGCGTAGATACAAAGGAGACTGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCACCATCCTCCTGAGCACCAAGAGCGTAGATACAAAGGAGACTGG  463

seq1  CTTTTTGAAGAGTTGGGCAGCATACAAAACATGCAGCTTCCCATGCAAGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGAAGAGTTGGGCAGCATACAAAACATGCAGCTTCCCATGCAAGT  513

seq1  TCTGCCAAGCCCCACAAAGGGAGGGATTTAGTCTGTGGTATTATTTCAAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCAAGCCCCACAAAGGGAGGGATTTAGTCTGTGGTATTATTTCAAC  563

seq1  ACATGTAAATCTTCCTAGAATGTACTCACTCAGAATATAGATTGTTACCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTAAATCTTCCTAGAATGTACTCACTCAGAATATAGATTGTTACCA  613

seq1  GTCTAATTTCCTGATGCATGCCAAGAACAGAGATTATTGAAAAGCAGACA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAATTTCCTGATGCATGCCAAGAACAGAGATTATTGAAAAGCAGACA  663

seq1  CCAAATAAATAGTTGCTAAACAGATAGTTCTAAAGGAGAACTCAGCATAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATAAATAGTTGCTAAACAGATAGTTCTAAAGGAGAACTCAGCATAT  713

seq1  TGAGAAAATCTGAATTAAGCAGTGCTCATAGAAAATAATAATTCAACTAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAATCTGAATTAAGCAGTGCTCATAGAAAATAATAATTCAACTAA  763

seq1  AACATACCAATAGTGGTCATGGCAGCAGTGGGCTAAGTGAAACATGCTTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATACCAATAGTGGTCATGGCAGCAGTGGGCTAAGTGAAACATGCTTG  813

seq1  GTAAGACTACTTTGAAGAAGGTGTGCATCCATCTTCAATTAAAAAATACT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGACTACTTTGAAGAAGGTGTGCATCCATCTTCAATTAAAAAATACT  863

seq1  GTTTGAAGCCACAGCTGACTTCATTGTAAGTACTGCTCCCAGATGACACC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAAGCCACAGCTGACTTCATTGTAAGTACTGCTCCCAGATGACACC  913

seq1  CTTGCTCATCACGATTTCACCCCACAAGAGTATAAGGACTACTAAAGAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTCATCACGATTTCACCCCACAAGAGTATAAGGACTACTAAAGAAA  963

seq1  GAGATGATTCTAAAGGATCCCAGACTAAATGGAGGTCAACAATGCTGGCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGATTCTAAAGGATCCCAGACTAAATGGAGGTCAACAATGCTGGCA  1013

seq1  GCTGTAAGGATAGACTGAACAGCAGCAATCCAACTCACAGATGGGATAAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTAAGGATAGACTGAACAGCAGCAATCCAACTCACAGATGGGATAAT  1063

seq1  CCCAAATTAGTGTAAGCACTGACTACCACCATAGACCAGAAATGAGAAAG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATTAGTGTAAGCACTGACTACCACCATAGACCAGAAATGAGAAAG  1113

seq1  AAGAGATGACACACACAGTCATTCATTAGGAAGGCAGAAATTGTGTTTCT  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATGACACACACAGTCATTCATTAGGAAGGCAGAAATTGTGTTTCT  1163

seq1  TTAAGCCCTTGTTTCAGGGAATTC  1222
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCCCTTGTTTCAGGGAATTC  1187

seq1: chr3_24651884_24653037
seq2: B6Ng01-138E03.g_68_1189

seq1  GAATTCTTCACTTTTGCCCTAGAAAGCTGATTACATACAGATATGTATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCACTTTTGCCCTAGAAAGCTGATTACATACAGATATGTATTG  50

seq1  TTAGTAGCTTATTGTCACATTCCCACTACATTGCATTAACTTGCAAAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAGCTTATTGTCACATTCCCACTACATTGCATTAACTTGCAAAGCC  100

seq1  ATAAGATACTAACCTTTTCCTCACTTTATGCATCTGCACAACAAATATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATACTAACCTTTTCCTCACTTTATGCATCTGCACAACAAATATGG  150

seq1  TGTCCAGAAAACAGTTAGGAGAATGAATATAGAAATCACAGTGTTTTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAGAAAACAGTTAGGAGAATGAATATAGAAATCACAGTGTTTTTGT  200

seq1  TTTTTCTTTTAAATTAAACTGGCTTCTTCCTCTGGTCTCCACATGCATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTTTAAATTAAACTGGCTTCTTCCTCTGGTCTCCACATGCATGT  250

seq1  GCACACACACAAGTATGTAGAACTGAAAGCAAACACACACATACACACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACACACAAGTATGTAGAACTGAAAGCAAACACACACATACACACAC  300

seq1  ACACACACACACACACACACACACAAACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACAAACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGCT  350

seq1  GTTATTATTTAGCTAAGCAATAACTCATCACACAATTCACAAAGATTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTATTTAGCTAAGCAATAACTCATCACACAATTCACAAAGATTTCA  400

seq1  AAATCACATTTCATTGATCTTGTATTCTTCAGTGTTATGCAGCAGCTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCACATTTCATTGATCTTGTATTCTTCAGTGTTATGCAGCAGCTAAA  450

seq1  TAGAAAAATAATTTTCTGCAATAGATATGTAGCATTCAATCAATGACATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAATAATTTTCTGCAATAGATATGTAGCATTCAATCAATGACATT  500

seq1  TAAATCACAGTAACAGTGAAATTTGGGCTATGGAGAATTCAGGCAAAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCACAGTAACAGTGAAATTTGGGCTATGGAGAATTCAGGCAAAATG  550

seq1  TCATCAGAATCTAGATATTAATTAAAGACCAGTGGTGGAATAAGCATGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAGAATCTAGATATTAATTAAAGACCAGTGGTGGAATAAGCATGAA  600

seq1  GGAATGACTCAAAGACCTCTGTGTTGGTCCATTGTTTACATAGATGTTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGACTCAAAGACCTCTGTGTTGGTCCATTGTTTACATAGATGTTGG  650

seq1  TTTATTTCTTTGAATATATGAGACAGAATGAGAGCAGGCCAATGGTCCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTCTTTGAATATATGAGACAGAATGAGAGCAGGCCAATGGTCCAC  700

seq1  AGCAATGCAATGACAATATATAATGTGGACATTTATCAGGGTCAGCTGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGCAATGACAATATATAATGTGGACATTTATCAGGGTCAGCTGAA  750

seq1  GAGCAAGTGAGGCTCCTATTTGGAATAACAGAGTAATTTTCCACCACTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGTGAGGCTCCTATTTGGAATAACAGAGTAATTTTCCACCACTTA  800

seq1  TTTTGGCTGTCATCAACAGCATTTAGAAACATTTGCCTAAACAGTCCCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGCTGTCATCAACAGCATTTAGAAACATTTGCCTAAACAGTCCCTC  850

seq1  CAATACATATTTAAGAAACAAATTCAGCTTTCAAATCAAAGTCGGGAGGG  900
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  CAATACATATTTAAGAAACAAATTCAGC-TTCAAATCAAAGTC-GGAGGG  898

seq1  GCAAAGAGTGTTGCTATTTCACCAGATAATAGTTATAAAGTAATAATCCT  950
      || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  GC-AAGAGTGTTGCTATTTCACCAGAT-ATAGTTATAAAGTAAT-ATCCT  945

seq1  TAATGTCCTTCCCTTCTTCAACATTAAATACCTTTGACACATTAAAAACA  1000
      | |||| ||||||||||   |||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  T-ATGT-CTTCCCTTCT--CACATTAAATACC-TTGACACA-TAAAAACA  989

seq1  TTAAAGTAAGCCATCATTTTCTTTTTAATACTTCTTCAAGGATAGAGTGT  1050
       |||||||   ||||||||||||||  |||||||||||  ||||||||| 
seq2  -TAAAGTA--GCATCATTTTCTTTT--ATACTTCTTCA--GATAGAGTG-  1031

seq1  TAGAAAAATAATTGTGTCAGTCCCATGACAGTCATGATACCTCTTTTATA  1100
      ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||   |||| ||||| 
seq2  TAGAAAAAT-ATGGTGTCAGTTCCATGACAGTCATGTATCCTC-TTTAT-  1078

seq1  AATTTCTATTTTCAAGATTTTGTTTTTATTAAGGACCCTCTCCCCATATG  1150
      ||||||   |||| ||| ||||||||   |||||| |||||||    |||
seq2  AATTTC--ATTTCCAGA-TTTGTTTT--ATAAGGA-CCTCTCC----ATG  1118

seq1  GAAG  1154
      ||||
seq2  GAAG  1122