BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-138P10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 53,224,810 - 53,402,569
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666413, 8030451K01Rik, 2810046L04Rik, Stoml3, Frem2
Upstream geneLOC100039762, LOC100039832, Cog6, Lhfp, LOC100039808
Downstream genePpia-ps3_416.1, LOC621155, Ufm1, EG666444, LOC100039937, Trpc4, Postn, LOC100039951, LOC434807
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-138P10.bB6Ng01-138P10.g
ACCDH938075DH938076
length924369
definitionDH938075|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138P10, 5' end.DH938076|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-138P10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,224,810 - 53,225,729)(53,402,195 - 53,402,569)
sequence
gaattccacaggagagagcaagaggacatgtgtgaaactaataaaattat
aataggatgtgagtgagattatggggctgttgaggtggctcctgcagtaa
agggactgacttgctgctaagcccgatgacctgaattcaggtcatcactg
ggtcagattccctgggtctctgttggtggaagacatgaatttgcttccac
aaaattgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcaccttgttggtg
tgtccatgtgaacatgcacgcgtgtgtacctatggagactcaaggtcaac
ttaggttatctttcttcaattgctttccacctttttatttcaagacagga
tctctcattggctatgctggctatccaatgagcttcagggattggcctgt
ctctgtttcccacgccttcctcatgctgggcatcacagcacagtctgtgc
ccgtttttttgtgggttctagggatgcaagcttatatcctcatgcttgtg
agacttaacagctgagccatctctcttgtcactagttgatatttgtggtc
actgacatgatttttttttttccatctcatggtataaactcactttctag
gccctaaaagcttgtactcatggaatcggtgcacctttttagctattaga
accacagagaaagattgatgtcctcggaagatcaaaggaaacacagcttg
cccaactgcagtgcttccggtaatcaaacacgggttcccccgtcttccat
tttcttttcctggggctcgttccttaacccagtccaaagttaccttcccc
agtccaggtctctgatctctaaagtaaaacagcatattttcaatctggga
gagacctaagagagtagtcttctttccctctgtgggctctggggaaggct
tgcgcatacaacctctaatgtcag
ctcatcctgggagtgcattccagcggggtgggggtggggggactcagttc
cactcaggaggtgacatgtgacacagccggtcaggcttgatttacaaaga
ctctcgaagcctagggcagacgtaaactggggctcttccttctgttgttg
ttgcaagggtggaaataagcacgttccttttcattttcattccttgtttg
tttggggggctgaggcttgggggaaggggctgtgcttatagactggatgg
agccctgcaggctcaaacttgaaggtcccacccagcagtagcctggtggt
tccctgcattgaaggcaattacctcccagcccccttagctttgagcagtc
tccaaatcccttcctgaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_53224810_53225729
seq2: B6Ng01-138P10.b_49_971

seq1  GAATTCCACAGGAGAGAGCAAGAGGACATGTGTGAAACTAATAAAATTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAGGAGAGAGCAAGAGGACATGTGTGAAACTAATAAAATTAT  50

seq1  AATAGGATGTGAGTGAGATTATGGGGCTGTTGAGGTGGCTCCTGCAGTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGATGTGAGTGAGATTATGGGGCTGTTGAGGTGGCTCCTGCAGTAA  100

seq1  AGGGACTGACTTGCTGCTAAGCCCGATGACCTGAATTCAGGTCATCACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTGACTTGCTGCTAAGCCCGATGACCTGAATTCAGGTCATCACTG  150

seq1  GGTCAGATTCCCTGGGTCTCTGTTGGTGGAAGACATGAATTTGCTTCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGATTCCCTGGGTCTCTGTTGGTGGAAGACATGAATTTGCTTCCAC  200

seq1  AAAATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACCTTGTTGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACCTTGTTGGTG  250

seq1  TGTCCATGTGAACATGCACGCGTGTGTACCTATGGAGACTCAAGGTCAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATGTGAACATGCACGCGTGTGTACCTATGGAGACTCAAGGTCAAC  300

seq1  TTAGGTTATCTTTCTTCAATTGCTTTCCACCTTTTTATTTCAAGACAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTTATCTTTCTTCAATTGCTTTCCACCTTTTTATTTCAAGACAGGA  350

seq1  TCTCTCATTGGCTATGCTGGCTATCCAATGAGCTTCAGGGATTGGCCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCATTGGCTATGCTGGCTATCCAATGAGCTTCAGGGATTGGCCTGT  400

seq1  CTCTGTTTCCCACGCCTTCCTCATGCTGGGCATCACAGCACAGTCTGTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTTCCCACGCCTTCCTCATGCTGGGCATCACAGCACAGTCTGTGC  450

seq1  CCGTTTTTTTGTGGGTTCTAGGGATGCAAGCTTATATCCTCATGCTTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTTTTTTGTGGGTTCTAGGGATGCAAGCTTATATCCTCATGCTTGTG  500

seq1  AGACTTAACAGCTGAGCCATCTCTCTTGTCACTAGTTGATATTTGTGGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTAACAGCTGAGCCATCTCTCTTGTCACTAGTTGATATTTGTGGTC  550

seq1  ACTGACATGA-TTTTTTTTTTCCATCTCATGGTATAAACTCACTTTCTAG  599
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACATGATTTTTTTTTTTCCATCTCATGGTATAAACTCACTTTCTAG  600

seq1  GCCCTAAAAGCTTGTACTCATGGAATCGGTGCACCTTTTTAGCTATTAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAAAAGCTTGTACTCATGGAATCGGTGCACCTTTTTAGCTATTAGA  650

seq1  ACCACAGAGAAAGATTGATGTCCTCGGAAGATCAAAGGAAACACAGCTTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAGAGAAAGATTGATGTCCTCGGAAGATCAAAGGAAACACAGCTTG  700

seq1  CCCAACTGCAGTGCTTCCGGTAATCAAACACGGGTTCCCCCGTCTTCCA-  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CCCAACTGCAGTGCTTCCGGTAATCAAACACGGGTTCCCCCGTCTTCCAT  750

seq1  TTTCTTTTCCTGGTGCTCGTTCCTAAACCCAGTCCAAAGTTACCTTCCCC  798
      ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTCCTGGGGCTCGTTCCTTAACCCAGTCCAAAGTTACCTTCCCC  800

seq1  AGTCCAGGTCTCTGATCTCTAAAGTAGAAACAGCATA-TTTCAATCTGGG  847
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  AGTCCAGGTCTCTGATCTCTAAAGTA-AAACAGCATATTTTCAATCTGGG  849

seq1  AGAGACCTAAGAGAGTAGTCTTCTTTCCCTCTGT-GGCTCTGGGGAGGGC  896
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
seq2  AGAGACCTAAGAGAGTAGTCTTCTTTCCCTCTGTGGGCTCTGGGGAAGGC  899

seq1  TTGCGCATCACAA-CTCTAAAGTCA  920
      |||||||| |||| |||||| ||||
seq2  TTGCGCAT-ACAACCTCTAATGTCA  923

seq1: chr3_53402195_53402569
seq2: B6Ng01-138P10.g_70_444 (reverse)

seq1  TTTCAGGAAGGGATTTGGAGACTGCTCAAAGCTAAGGGGGCTGGGAGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGGAAGGGATTTGGAGACTGCTCAAAGCTAAGGGGGCTGGGAGGTA  50

seq1  ATTGCCTTCAATGCAGGGAACCACCAGGCTACTGCTGGGTGGGACCTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCTTCAATGCAGGGAACCACCAGGCTACTGCTGGGTGGGACCTTCA  100

seq1  AGTTTGAGCCTGCAGGGCTCCATCCAGTCTCTAAGCACAGCCCCTTCCCC  150
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGAGCCTGCAGGGCTCCATCCAGTCTATAAGCACAGCCCCTTCCCC  150

seq1  CAAGCCTCAGCCCCCCAAACAAACAAGGAATGAAAATGAAAAGGAACGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCTCAGCCCCCCAAACAAACAAGGAATGAAAATGAAAAGGAACGTG  200

seq1  CTTATTTCCACCCTTGCAACAACAACAGAAGGAAGAGCCCCAGTTTACGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTCCACCCTTGCAACAACAACAGAAGGAAGAGCCCCAGTTTACGT  250

seq1  CTGCCCTAGGCTTCGAGAGTCTTTGTAAATCAAGCCTGACCGGCTGTGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCTAGGCTTCGAGAGTCTTTGTAAATCAAGCCTGACCGGCTGTGTC  300

seq1  ACATGTCACCTCCTGAGTGGAACTGAGTCCCCCCACCCCCACCCCGCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTCACCTCCTGAGTGGAACTGAGTCCCCCCACCCCCACCCCGCTGG  350

seq1  AATGCACTCCCAGGATGAGGAATTC  375
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCACTCCCAGGATGAGGAATTC  375