BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139A14
Chromosome3 (Build37)
Map Location 64,706,999 - 64,826,441
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040836, E130311K13Rik, Slc33a1, Gmps, LOC670032, EG56544, 4930518C23Rik, LOC380739, EG637004, EG667031, EG637053, LOC672951, EG639869, EG667060, EG667069, LOC100040918, 4933425M15Rik, LOC670110
Downstream geneKcnab1, Ssr3, EG433604, EG667093, LOC100041083, 4931440P22Rik, Tiparp, LOC545530, LOC100040978, EG624866, Ccnl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139A14.bB6Ng01-139A14.g
ACCDH938124DH938125
length1,1441,140
definitionDH938124|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139A14, 5' end.DH938125|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139A14, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,706,999 - 64,708,150)(64,825,288 - 64,826,441)
sequence
gaattctaggttattatgaacataatgagaccctgtgtagaaaaacaaac
actttttgggttttagatctattttcctgtcataattctttttcaaatgc
tgttttggatgtctcctgtcttgaggggattttaaggaagggataggtat
aagatatggttcctgttactgtttcttaatgagtgcagcttgccctaaca
ccagtcccttgtgacttctagcttttattttgtggcttcatacacagtgg
cttgtgaaacaaccatacattttctcagttaaggtgccctgttcccagat
gactttagcttatgccaagttgacataaataaacaaacaaacaaataaat
aaataaataaataacctacttggaatacatccccaagatggcaatgttga
tttctagcttttattttgtggctttcctctgtgactccagtatttgtgcc
tgctactttacacattcacaagagttccttaaggtacaacattcatttct
ttatcaggctcttaaagtaaattattccatggtgtttaaatattgatcag
gagactagtatccttagccatgttcttaactggagagaccaagacatatt
gtttgctttggtgtcttagtcttaggtctgagtcttaggacaaagcatgc
tggctaaaaatgagttcagaaaatatgctgtgagatcagtagtttctttc
cttgttgtgaaatgctacatccatggctttagctctctgaatatgaatct
agtaaatactcaacattcaataattaactgttagttaattatactaatat
tttacaatagaaagaatttaacagctattctgattattagaagatagttg
catcctagacccatgagttccaggtatttgaaattccagttgggatagtg
agctctcctgtttcctggtggttacctgtgcttctgatccacataatcag
tgaaatcaggattccaggaaacaccatttgcctttctcacaccccaggcc
cctacacatatagtcactagagagtcaccactccagtatggctctttcac
agtcttttctcatattcaccagttagcttccaaccgcagaactgtcactc
accctacttcctctttgatctaatatctactccaaactgatttt
gaattcactgatggacagtagtagggcctcattggaactattagtctgct
agagtcatacatttggccccacccttcctctgtgtttctgtgtttctctc
tacttcctaactacaatgagatgagcttggctgttctgtgttctttttgc
cctgatgtactcatctcatagcccaggaacaactgacctgctgaccatca
actgaaatccttgaaatcagaagacaaagtgagtctttttctctttaacc
tatttctcttcaatgtttatcacaacaatgaagcaatagggcaactagaa
atctagtgtcagtggagaaggggaaaaaagcaattagaaggagaagaagc
aattcatgagccaggaaatcatgagagctttccctttccaacattcactt
aagaaaatattgtttggttctgtgacctagcacataccaaggacaggaac
agtgttgtgtctttgattgaggtttgttgtgtctggagatggttgtttac
ttgtacacattctctgtgatatgaagtaggatggagtaaggctatgtgtc
tcctttggtcgcctagatcaaatagatagctctcaacatgaaacaggctt
tacaaactacataagacttcacatagctcttgactctttagccctatgat
ctctctagctgaataccaataatttcactcttgaccaaaattgaggttta
gatattcataagtcatattcagaaactcaagctgagaatgtgatatataa
acttggccatgagagcacagatctgcactgagaaggacctcactgcaggt
aatgtcatagtggtgggatcttgtgtaagaggaggcaatcgtgtcacaag
acaaagaactaaaaagactagagttccttaagtactatgttaatccctcc
aaaatgatgttcatgtgacccaagagcaaccatgagctgtgtctcttaaa
ggtccatcgctgtcatactagtgagcacatttgtatcacatgaatctttt
ggaagtaaccacaagcagacatagcagtcatactcccctcgacatgcaag
gagctcttctgcaagtcacagttatctgacgttccaaactctcttaagaa
tagaaattagctatccgaagtcaaagccttgtctcaggca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_64706999_64708150
seq2: B6Ng01-139A14.b_46_1189

seq1  GAATTCTAGGTTATTATGAACATAATGAGACCCTGTGTAGAAAAACAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGTTATTATGAACATAATGAGACCCTGTGTAGAAAAACAAAC  50

seq1  ACTTTTTGGGTTTTAGATCTATTTTCCTGTCATAATTCTTTTTCAAATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTGGGTTTTAGATCTATTTTCCTGTCATAATTCTTTTTCAAATGC  100

seq1  TGTTTTGGATGTCTCCTGTCTTGAGGGGATTTTAAGGAAGGGATAGGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGGATGTCTCCTGTCTTGAGGGGATTTTAAGGAAGGGATAGGTAT  150

seq1  AAGATATGGTTCCTGTTACTGTTTCTTAATGAGTGCAGCTTGCCCTAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATGGTTCCTGTTACTGTTTCTTAATGAGTGCAGCTTGCCCTAACA  200

seq1  CCAGTCCCTTGTGACTTCTAGCTTTTATTTTGTGGCTTCATACACAGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCCCTTGTGACTTCTAGCTTTTATTTTGTGGCTTCATACACAGTGG  250

seq1  CTTGTGAAACAACCATACATTTTCTCAGTTAAGGTGCCCTGTTCCCAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGAAACAACCATACATTTTCTCAGTTAAGGTGCCCTGTTCCCAGAT  300

seq1  GACTTTAGCTTATGCCAAGTTGACATAAATAAACAAACAAACAAATAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTAGCTTATGCCAAGTTGACATAAATAAACAAACAAACAAATAAAT  350

seq1  AAATAAATAAATAACCTACTTGGAATACATCCCCAAGATGGCAATGTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATAAATAACCTACTTGGAATACATCCCCAAGATGGCAATGTTGA  400

seq1  TTTCTAGCTTTTATTTTGTGGCTTTCCTCTGTGACTCCAGTATTTGTGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGCTTTTATTTTGTGGCTTTCCTCTGTGACTCCAGTATTTGTGCC  450

seq1  TGCTACTTTACACATTCACAAGAGTTCCTTAAGGTACAACATTCATTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACTTTACACATTCACAAGAGTTCCTTAAGGTACAACATTCATTTCT  500

seq1  TTATCAGGCTCTTAAAGTAAATTATTCCATGGTGTTTAAATATTGATCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCAGGCTCTTAAAGTAAATTATTCCATGGTGTTTAAATATTGATCAG  550

seq1  GAGACTAGTATCCTTAGCCATGTTCTTAACTGGAGAGACCAAGACATATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACTAGTATCCTTAGCCATGTTCTTAACTGGAGAGACCAAGACATATT  600

seq1  GTTTGCTTTGGTGTCTTAGTCTTAGGTCTGAGTCTTAGGACAAAGCATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTTTGGTGTCTTAGTCTTAGGTCTGAGTCTTAGGACAAAGCATGC  650

seq1  TGGCTAAAAATGAGTTCAGAAAATATGCTGTGAGATCAGTAGTTTCTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAAAAATGAGTTCAGAAAATATGCTGTGAGATCAGTAGTTTCTTTC  700

seq1  CTTGTTGTGAAATGCTACATCCATGGCTTTAGCTCTCTGAATATGAATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGTGAAATGCTACATCCATGGCTTTAGCTCTCTGAATATGAATCT  750

seq1  AGTAAATACTCAACATTCAATAATTAACTGTTAGTTAATTATACTAATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAATACTCAACATTCAATAATTAACTGTTAGTTAATTATACTAATAT  800

seq1  TTTACAATAGAAAGAATTTAACAGCTATTCTGATTATTAGAAGATAGTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAATAGAAAGAATTTAACAGCTATTCTGATTATTAGAAGATAGTTG  850

seq1  CATCCTAGACCCATGAGTTCCAGGTATTTGAAATTCCAGTTGGGATAGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTAGACCCATGAGTTCCAGGTATTTGAAATTCCAGTTGGGATAGTG  900

seq1  AGCTCTCCTGTTTCCTGGTGGTTACCTGTGCTTCTGATCCACATAATCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTCCTGTTTCCTGGTGGTTACCTGTGCTTCTGATCCACATAATCAG  950

seq1  TGAAATCAGGATTCCAGGAAACACCATTTGCCTTTCTCACACCCCAGGCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCAGGATTCCAGGAAACACCATTTGCCTTTCTCACACCCCAGGCC  1000

seq1  CCTACACATATAGTCAACTAGAGAGTCAACCACTCCAGTATGGCTCTTTC  1050
      ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACACATATAGTC-ACTAGAGAGTC-ACCACTCCAGTATGGCTCTTTC  1048

seq1  ACCAGTCTTTCCTCATTATTCACCAGTTAGCTTCCAACCGCAGAACTTGT  1100
      | |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  A-CAGTCTTTTCTCA-TATTCACCAGTTAGCTTCCAACCGCAGAAC-TGT  1095

seq1  CACTCACCCTACCTTCCTCTTTGATCCTAATATCTACTCCACATCTGATT  1150
      ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||
seq2  CACTCACCCTA-CTTCCTCTTTGAT-CTAATATCTACTCCA-AACTGATT  1142

seq1  TT  1152
      ||
seq2  TT  1144

seq1: chr3_64825288_64826441
seq2: B6Ng01-139A14.g_68_1207 (reverse)

seq1  TGCCTGAGACAAGCTATTTGACTTCAGATAGGCTTAATTTTCTATTCTTA  50
      |||||||||||||   ||||||||| |||| |||  | ||||||||||||
seq2  TGCCTGAGACAAG-GCTTTGACTTCGGATA-GCT--AATTTCTATTCTTA  46

seq1  GAGA-AGTTATGGAACGTCAGATAGACTGTGACCTCTGCAG-AGAGCTCC  98
       ||| |||| |||||||||||||| ||||||||   ||||| ||||||||
seq2  -AGAGAGTT-TGGAACGTCAGATA-ACTGTGAC--TTGCAGAAGAGCTCC  91

seq1  TTGCATGTCGAGGGGGGTATGACTGCTATGTCTTGCCTGTGGTTTACTTC  148
      ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||
seq2  TTGCATGTCGAGGGGAGTATGACTGCTATGTC-TGCTTGTGG-TTACTTC  139

seq1  CAATAGATTCATGTGATACAAATGTGCTCACTAGTATGACAGCGATGGGA  198
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CAAAAGATTCATGTGATACAAATGTGCTCACTAGTATGACAGCGAT-GGA  188

seq1  CCTTTAAGAGACACAGCCTCATGGTTGCTCTTTGGGTCACATGGAACATC  248
      |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  CCTTTAAGAGACACAG-CTCATGGTTGCTC-TTGGGTCACAT-GAACATC  235

seq1  ATTTTTGGAGGGATTAACATAGTACTTAAGGAACTCTAGTCTTTTTAGTT  298
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TTTTGGAGGGATTAACATAGTACTTAAGGAACTCTAGTCTTTTTAGTT  284

seq1  CTTTGTCTTGTGACACGATTGCCTCCTCTTACACAAGATCCCACCACTAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCTTGTGACACGATTGCCTCCTCTTACACAAGATCCCACCACTAT  334

seq1  GACATTACCTGCAGTGAGGTCCTTCTCAGTGCAGATCTGTGCTCTCATGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTACCTGCAGTGAGGTCCTTCTCAGTGCAGATCTGTGCTCTCATGG  384

seq1  CCAAGTTTATATATCACATTCTCAGCTTGAGTTTCTGAATATGACTTATG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTTATATATCACATTCTCAGCTTGAGTTTCTGAATATGACTTATG  434

seq1  AATATCTAAACCTCAATTTTGGTCAAGAGTGAAATTATTGGTATTCAGCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCTAAACCTCAATTTTGGTCAAGAGTGAAATTATTGGTATTCAGCT  484

seq1  AGAGAGATCATAGGGCTAAAGAGTCAAGAGCTATGTGAAGTCTTATGTAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGATCATAGGGCTAAAGAGTCAAGAGCTATGTGAAGTCTTATGTAG  534

seq1  TTTGTAAAGCCTGTTTCATGTTGAGAGCTATCTATTTGATCTAGGCGACC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAAAGCCTGTTTCATGTTGAGAGCTATCTATTTGATCTAGGCGACC  584

seq1  AAAGGAGACACATAGCCTTACTCCATCCTACTTCATATCACAGAGAATGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAGACACATAGCCTTACTCCATCCTACTTCATATCACAGAGAATGT  634

seq1  GTACAAGTAAACAACCATCTCCAGACACAACAAACCTCAATCAAAGACAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAAGTAAACAACCATCTCCAGACACAACAAACCTCAATCAAAGACAC  684

seq1  AACACTGTTCCTGTCCTTGGTATGTGCTAGGTCACAGAACCAAACAATAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGTTCCTGTCCTTGGTATGTGCTAGGTCACAGAACCAAACAATAT  734

seq1  TTTCTTAAGTGAATGTTGGAAAGGGAAAGCTCTCATGATTTCCTGGCTCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTAAGTGAATGTTGGAAAGGGAAAGCTCTCATGATTTCCTGGCTCA  784

seq1  TGAATTGCTTCTTCTCCTTCTAATTGCTTTTTTCCCCTTCTCCACTGACA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGCTTCTTCTCCTTCTAATTGCTTTTTTCCCCTTCTCCACTGACA  834

seq1  CTAGATTTCTAGTTGCCCTATTGCTTCATTGTTGTGATAAACATTGAAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATTTCTAGTTGCCCTATTGCTTCATTGTTGTGATAAACATTGAAGA  884

seq1  GAAATAGGTTAAAGAGAAAAAGACTCACTTTGTCTTCTGATTTCAAGGAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGGTTAAAGAGAAAAAGACTCACTTTGTCTTCTGATTTCAAGGAT  934

seq1  TTCAGTTGATGGTCAGCAGGTCAGTTGTTCCTGGGCTATGAGATGAGTAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTGATGGTCAGCAGGTCAGTTGTTCCTGGGCTATGAGATGAGTAC  984

seq1  ATCAGGGCAAAAAGAACACAGAACAGCCAAGCTCATCTCATTGTAGTTAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGGCAAAAAGAACACAGAACAGCCAAGCTCATCTCATTGTAGTTAG  1034

seq1  GAAGTAGAGAGAAACACAGAAACACAGAGGAAGGGTGGGGCCAAATGTAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAGAGAGAAACACAGAAACACAGAGGAAGGGTGGGGCCAAATGTAT  1084

seq1  GACTCTAGCAGACTAATAGTTCCAATGAGGCCCTACTACTGTCCATCAGT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTAGCAGACTAATAGTTCCAATGAGGCCCTACTACTGTCCATCAGT  1134

seq1  GAATTC  1154
      ||||||
seq2  GAATTC  1140