BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139J16
Chromosome3 (Build37)
Map Location 144,846,865 - 145,018,467
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol24a1
Upstream geneLmo4, LOC545572, Hs2st1, Sep15, LOC435761, Sh3glb1, LOC668890, Clca1, Clca2, Clca4, EG622139, AI747448, Clca6, Clca3, Clca5, Odf2l
Downstream gene2410019A14Rik, Cyr61, Ddah1, LOC100040331, Bcl10, 2410004B18Rik, Syde2, Wdr63, Mcoln3, Mcoln2, Edg7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139J16.bB6Ng01-139J16.g
ACCDH938546DH938547
length9551,024
definitionDH938546|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139J16, 5' end.DH938547|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139J16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(145,017,515 - 145,018,467)(144,846,865 - 144,847,893)
sequence
gaattccacaccgtgaagcttttccagcataaatcccattacaggaaaat
ttaatgctcagctctttgtgcttaatgttgtatatgaaggcttttctata
atgacgtaccactgatgttcctaaagtttacaatctctttgtcatcacca
tcaccatcagcagcagcagcagcagcagcagcaacagcagcattatttgg
gtccatgcatgtgtttacataatatatgtgaaaagtggcagggcacacat
gccgtgatgcacttatggggggcagaggattagtgtgtgggattggcact
ctccctctgtctttatgtgggttccaggaatcgaacgtgggtcaccacac
ttgctgagcaaatgctgttccccactgaaccagccacgaggttcacactt
tgtaaacactacatgaacagcttatgctatttactattgccagtattcat
tttaaaattcacgttaaacaatcacccttggaaggagttacagagacaaa
gtttggagctgagacaaaaggatggtccatctagagactgccatatccag
ggatccatcccataattagcctccaaacgatgacaccatttgcatacact
agcaagcctttgttgcaaggacggtgatatagctgtcccttgtgagacta
ggccggggcctagcaaacacagaagtggatgctcacaatcaactattgga
tggatcacagggcccccaatggaggagctagagaaagtatccaaggagct
aaagagatctgcaaccctatcggtggaacaacattatgaactaaccagta
ccccagagctcttgactctagctgcatatgtatcaaaagatgacctagtc
ggccatcactggaaagagaggcccattggtcaggcaaactttatattgcc
ccagtacaggggaacgccagggccaaaaaatgggaatgggtgggtagggg
gagtg
gaattccaccaaaattgctctcatttagggttaggccaagtcaatgtatt
gttttgttgtttttcaaggcaactccaagcacacgggtttacaagcttta
gaaacttatttatgcctcatctaactgttcaaaggtagatattggggtca
ttcttcacaaagacatccaaagactgaggttggtggggaatcttggccac
ctccttcacatggcctttgtctctgtgtcgaaggacttgctgtggctgtt
ttcaactgccttgtatccaccttccaggccacagaatacacgcagcatag
aagcaacttcttcacgagaaacatgaaatagaagctgtggcatctgtttt
tgagccactagaagcctcttgcctgtggtccagtggttctcaaccttcct
aatcctgcgactcttaaatatactctttcatgttgtgttggccccaacca
taaaatagcttgcattgctaattcatagctgttatcatgctactgttatg
agttgtaatgtaaatatctgtgttttcagatgttaggtggtgcctgttaa
aggggcatttgacactagggagttgcgacccactggttgagaaccacggc
tgcagcctatcatcagacagccaatgtctaaaaataagtatatgtgaggg
gtaggtggcatctgtgtgaagatcagagagtgtggttttcagtctctcct
tctaagtagcaatgtggcaggaagagggacagagctattttgaccctctt
ggtagaaaagaaatacctagatattaaaatatagcaacatctccattcac
tgtggtgaatactgcttagtacagacacacttatggaagtaaagatagag
atagagggcctgcctgtctgctgtttcttccaggatgcatggacacagac
acaacatcaggagtgattatataattgataacttctcaaggaagtagaga
gtagatttgtactatggacacagcaaggactttgaccatgcttgcagaga
acaggaatgcctttcttctaaagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_145017515_145018467
seq2: B6Ng01-139J16.b_46_1000 (reverse)

seq1  CACT-CCCCTACCCACCCATTCCCATTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGT  49
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCCCCTACCCACCCATTCCCATTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGT  50

seq1  ACTGGGGC-ATATAAAGTTTGCCTGACCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGA  98
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGGCAATATAAAGTTTGCCTGACCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGA  100

seq1  TGGCCGACTAGGTCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCGACTAGGTCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTC  150

seq1  TGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCCACCGATAGGGTTGCAGATC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCCACCGATAGGGTTGCAGATC  200

seq1  TCTTTAGCTCCTTGGATACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGCCCTGTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAGCTCCTTGGATACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGCCCTGTG  250

seq1  ATCCATCCAATAGTTGATTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATCCAATAGTTGATTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCC  300

seq1  CGGCCTAGTCTCACAAGGGACAGCTATATCACCGTCCTTGCAACAAAGGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCTAGTCTCACAAGGGACAGCTATATCACCGTCCTTGCAACAAAGGC  350

seq1  TTGCTAGTGTATGCAAATGGTGTCATCGTTTGGAGGCTAATTATGGGATG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAGTGTATGCAAATGGTGTCATCGTTTGGAGGCTAATTATGGGATG  400

seq1  GATCCCTGGATATGGCAGTCTCTAGATGGACCATCCTTTTGTCTCAGCTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCTGGATATGGCAGTCTCTAGATGGACCATCCTTTTGTCTCAGCTC  450

seq1  CAAACTTTGTCTCTGTAACTCCTTCCAAGGGTGATTGTTTAACGTGAATT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTTGTCTCTGTAACTCCTTCCAAGGGTGATTGTTTAACGTGAATT  500

seq1  TTAAAATGAATACTGGCAATAGTAAATAGCATAAGCTGTTCATGTAGTGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGAATACTGGCAATAGTAAATAGCATAAGCTGTTCATGTAGTGT  550

seq1  TTACAAAGTGTGAACCTCGTGGCTGGTTCAGTGGGGAACAGCATTTGCTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAAGTGTGAACCTCGTGGCTGGTTCAGTGGGGAACAGCATTTGCTC  600

seq1  AGCAAGTGTGGTGACCCACGTTCGATTCCTGGAACCCACATAAAGACAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGTGTGGTGACCCACGTTCGATTCCTGGAACCCACATAAAGACAGA  650

seq1  GGGAGAGTGCCAATCCCACACACTAATCCTCTGCCCCCCATAAGTGCATC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGTGCCAATCCCACACACTAATCCTCTGCCCCCCATAAGTGCATC  700

seq1  ACGGCATGTGTGCCCTGCCACTTTTCACATATATTATGTAAACACATGCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCATGTGTGCCCTGCCACTTTTCACATATATTATGTAAACACATGCA  750

seq1  TGGACCCAAATAATGCTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCCAAATAATGCTGCTGTTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGAT  800

seq1  GGTGATGGTGATGACAAAGAGATTGTAAACTTTAGGAACATCAGTGGTAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATGGTGATGACAAAGAGATTGTAAACTTTAGGAACATCAGTGGTAC  850

seq1  GTCATTATAGAAAAGCCTTCATATACAACATTAAGCACAAAGAGCTGAGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTATAGAAAAGCCTTCATATACAACATTAAGCACAAAGAGCTGAGC  900

seq1  ATTAAATTTTCCTGTAATGGGATTTATGCTGGAAAAGCTTCACGGTGTGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATTTTCCTGTAATGGGATTTATGCTGGAAAAGCTTCACGGTGTGG  950

seq1  AATTC  953
      |||||
seq2  AATTC  955

seq1: chr3_144846865_144847893
seq2: B6Ng01-139J16.g_69_1092

seq1  GAATTCCACCAAAATTGCTCTCATTTAGGGTTAGGCCAAGTCAATGTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCAAAATTGCTCTCATTTAGGGTTAGGCCAAGTCAATGTATT  50

seq1  GTTTTGTTGTTTTTCAAGGCAACTCCAAGCACACGGGTTTACAAGCTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTGTTTTTCAAGGCAACTCCAAGCACACGGGTTTACAAGCTTTA  100

seq1  GAAACTTATTTATGCCTCATCTAACTGTTCAAAGGTAGATATTGGGGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTTATTTATGCCTCATCTAACTGTTCAAAGGTAGATATTGGGGTCA  150

seq1  TTCTTCACAAAGACATCCAAAGACTGAGGTTGGTGGGGAATCTTGGCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCACAAAGACATCCAAAGACTGAGGTTGGTGGGGAATCTTGGCCAC  200

seq1  CTCCTTCACATGGCCTTTGTCTCTGTGTCGAAGGACTTGCTGTGGCTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTCACATGGCCTTTGTCTCTGTGTCGAAGGACTTGCTGTGGCTGTT  250

seq1  TTCAACTGCCTTGTATCCACCTTCCAGGCCACAGAATACACGCAGCATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACTGCCTTGTATCCACCTTCCAGGCCACAGAATACACGCAGCATAG  300

seq1  AAGCAACTTCTTCACGAGAAACATGAAATAGAAGCTGTGGCATCTGTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAACTTCTTCACGAGAAACATGAAATAGAAGCTGTGGCATCTGTTTT  350

seq1  TGAGCCACTAGAAGCCTCTTGCCTGTGGTCCAGTGGTTCTCAACCTTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCACTAGAAGCCTCTTGCCTGTGGTCCAGTGGTTCTCAACCTTCCT  400

seq1  AATCCTGCGACTCTTAAATATACTCTTTCATGTTGTGTTGGCCCCAACCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTGCGACTCTTAAATATACTCTTTCATGTTGTGTTGGCCCCAACCA  450

seq1  TAAAATAGCTTGCATTGCTAATTCATAGCTGTTATCATGCTACTGTTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAGCTTGCATTGCTAATTCATAGCTGTTATCATGCTACTGTTATG  500

seq1  AGTTGTAATGTAAATATCTGTGTTTTCAGATGTTAGGTGGTGCCTGTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTAATGTAAATATCTGTGTTTTCAGATGTTAGGTGGTGCCTGTTAA  550

seq1  AGGGGCATTTGACACTAGGGAGTTGCGACCCACTGGTTGAGAACCACGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCATTTGACACTAGGGAGTTGCGACCCACTGGTTGAGAACCACGGC  600

seq1  TGCAGCCTATCATCAGACAGCCAATGTCTAAAAATAAGTATATGTGAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCCTATCATCAGACAGCCAATGTCTAAAAATAAGTATATGTGAGGG  650

seq1  GTAGGTGGCATCTGTGTGAAGATCAGAGAGTGTGGTTTTCAGTCTCTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTGGCATCTGTGTGAAGATCAGAGAGTGTGGTTTTCAGTCTCTCCT  700

seq1  TCTAAGTAGCAATGTGGCAGGAAGAGGGACAGAGCTATTTTGACCCTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTAGCAATGTGGCAGGAAGAGGGACAGAGCTATTTTGACCCTCTT  750

seq1  GGTAGAAAAGAAATACCTAGATATTAAAATATAGCAACATCTCCATTCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAAAAGAAATACCTAGATATTAAAATATAGCAACATCTCCATTCAC  800

seq1  TGTGGTGAATACTGCTTAGTACAGACACACTTATGGAAGTAAAGATAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGAATACTGCTTAGTACAGACACACTTATGGAAGTAAAGATAGAG  850

seq1  ATAGAGGGCCTGCCTGTCTGCTG-TTCTTCCAGGATGCATGGACACAGAA  899
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATAGAGGGCCTGCCTGTCTGCTGTTTCTTCCAGGATGCATGGACACAG-A  899

seq1  CACAACATCAGGAGTGGATTATATAATTGATAACTTCTCCAAGGAAGTAG  949
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CACAACATCAGGAGT-GATTATATAATTGATAACTTCT-CAAGGAAGTAG  947

seq1  AGAGTAGATATGTAACTATGTACACAGCAAGGACTTTGACCAAGGCTGCA  999
      ||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||
seq2  AGAGTAGATTTGT-ACTATGGACACAGCAAGGACTTTGACCATGCTTGCA  996

seq1  GAGACCAGGAATGCCTTTTCTTCTTAAAGC  1029
      |||| |||||||||| ||||||| ||||||
seq2  GAGAACAGGAATGCC-TTTCTTC-TAAAGC  1024