BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140F05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 117,247,095 - 117,348,990
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4833424O15Rik
Upstream geneDbt, LOC100043705, Lrrc39, A930028L21Rik, Sass6, Hiat1, Slc35a3, Agl, LOC100043710, LOC100043250, Frrs1, Palmd, EG668749, 1700061I17Rik, LOC674908, D3Bwg0562e
Downstream geneEG668759, Snx7, LOC100043260, Dpyd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140F05.bB6Ng01-140F05.g
ACCDH939087DH939088
length1,1201,084
definitionDH939087|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140F05, 5' end.DH939088|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140F05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,347,851 - 117,348,990)(117,247,095 - 117,248,181)
sequence
gaattcaatttaataaatgactgtagttaattgagaaaaaatgtgtctgc
attatggaataggatatgatattttgatttatgtatatatgaataaattt
atgtttgtatacattagagaaaatgtgtacatatgtatactttatagaaa
atgtatacttatgtatatattaaagaaaattatacaatgtatacattata
gaaaatgtatacaattgtatacatcaccaaaaatacacacattataaaat
gtatacatatgtatattttataaaatgtataacatataaacatataaata
tgtatacattagagtaaagttcaaggttaataattatcatatcaataatt
tcatcagtttatctttctgtgtgagtgtaagtatgtgtatgtgcatggct
gtggtttacaaagaacaaagtgctctgccactgagctacatacccagcct
tttttctgtttttcattttaatacagtctcattaattcattatgctgcct
ttgaactcactctgtagctcattcaaaatacaaaattgctgccttcctaa
aagttcccccacccccactgctgagcagttagggttacagggcaaggcct
gcagaatacttgagatttcaaatttctactttggctgaagagatttcaaa
tgttagattgtcatactctgaatatggttaagaacagaacaaatgtttag
gagcttggctaaatgagatgttttatatttaaataggatgtgtgcttgtg
cccgtaagcatggctgaggagaagatcactggtgagcagtgaggcagggg
taagcatcaccaatctcacctctattctaacacaaggtctgctgagtgaa
gcccacagacatactagtccagaagtctctattcctattcagagggataa
ttacatccaaaaatcaaaccatttggtgtccctatccatgcacttcatgt
aatactaatatggccactatagtaaaaaaaaatacataatggataagcaa
atagcatttgagattagcccagtgagcaagcattgttcatactacattta
aatagctcagtgaacactgactatcctcaggacatgggagataatatttg
ccccctactctgcacagcca
gaattcacgtagggctcagatctatgttattaaaattcagatcttttgtg
aggtaatctttcttcccttttcttttatttcatcataactcatttattct
cacccggttaaaatatccctatgtaacatattgactaatagcaccattgt
atttatgaccgtcaaattccttaatccattacaacttttattttattttg
attattcaaagtctttccaaatgtgagatccaccacaaatatgattccga
tcaagaaattcccttttattcttcctactagacttgcagtctttccatta
acaccaatgtcaaaacctcagtcttaggttaattaaatgctttatgctat
tttcttcactagcaagcaactacacaagcctaagggagacaagagaacca
cggtcattccaaatttaccaatacccatccaaacctaacacattcctttc
gttaattcactttcttactcacttgaataacagtccatattttctctaaa
ctcacaaaactctaatatctatttctgttttctctgatctcctttatttc
ttttctatcatggagaaaaaaaaaacataagagcacacttcttcatgcat
gcactgccaaatttttgaactcatgtgaactggtattgcttggccttagt
gtacctagctgtttctcctattatgatggaaaattgatagtgtggagctc
tgtggaacagcaaaccatactttcctaaacaaagctttgttgattttttc
ctggtaccacccctgcagttgttcacatttgttgttcacatcactgattg
tctttcttgcttattggatatttttatcagtatgcaaatatactatgcta
tttccccctatgaatactctgctttcacatcctgtcttgtgataagcacc
atttcattgcttcctggccatcttcatagcaaagtcctaagctgggcttt
catatttaataatcgccacccaactccttctactgtctttaatccagaga
ttcaacagaaagtggttgttttatctatgtcacagtcagcttgggatgga
tccaggctcccaatggaggagctagagaaagtac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_117347851_117348990
seq2: B6Ng01-140F05.b_47_1166 (reverse)

seq1  TGGCTGATGCCAGAGTAGGGGGCAAAATAATTATCT-CCATGTCCTTGAG  49
      |||||| || ||||||||||||||||   ||||||| |||||||| ||||
seq2  TGGCTG-TG-CAGAGTAGGGGGCAAA--TATTATCTCCCATGTCC-TGAG  45

seq1  GAATAGTCAGTTGTTTTAACTGAGCTATTTAAAATTGTTAGTATGAAACA  99
      | |||||||   || || |||||||||||||||  || ||||||| ||||
seq2  G-ATAGTCA---GTGTTCACTGAGCTATTTAAA--TG-TAGTATG-AACA  87

seq1  ATGCTTTGCTTCACTGAGCTTAATCTTCAAATGCTTATTTTGCTTATCCA  149
      |||| |||| |||||| || ||||| |||||||||   ||||||||||||
seq2  ATGC-TTGC-TCACTGGGC-TAATC-TCAAATGCT--ATTTGCTTATCCA  131

seq1  TTATGTATTTTTTTTTACTATTAGTGGCCATATTAGTATTAACATGAAGT  199
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTATGTATTTTTTTTTACTA-TAGTGGCCATATTAGTATT-ACATGAAGT  179

seq1  GCATGGATAGGGACACCAAATGGTTTGATTTTTGGATGTAATTATCCCTC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGATAGGGACACCAAATGGTTTGATTTTTGGATGTAATTATCCCTC  229

seq1  TGAATAGGAATAGAGACTTCTGGACTAGTATGTCTGTTGGCTTCACTCAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGAATAGGAATAGAGACTTCTGGACTAGTATGTCTGTGGGCTTCACTCAG  279

seq1  CAGACCTTGTGTTAGAATAGAGGTGAGATTGGTGATGCTTACCCCTGCCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCTTGTGTTAGAATAGAGGTGAGATTGGTGATGCTTACCCCTGCCT  329

seq1  CACTGCTCACCAGTGATCTTCTCCTCAGCCATGCTTACGGGCACAAGCAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTCACCAGTGATCTTCTCCTCAGCCATGCTTACGGGCACAAGCAC  379

seq1  ACATCCTATTTAAATATAAAACATCTCATTTAGCCAAGCTCCTAAACATT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCTATTTAAATATAAAACATCTCATTTAGCCAAGCTCCTAAACATT  429

seq1  TGTTCTGTTCTTAACCATATTCAGAGTATGACAATCTAACATTTGAAATC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTGTTCTTAACCATATTCAGAGTATGACAATCTAACATTTGAAATC  479

seq1  TCTTCAGCCAAAGTAGAAATTTGAAATCTCAAGTATTCTGCAGGCCTTGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGCCAAAGTAGAAATTTGAAATCTCAAGTATTCTGCAGGCCTTGC  529

seq1  CCTGTAACCCTAACTGCTCAGCAGTGGGGGTGGGGGAACTTTTAGGAAGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAACCCTAACTGCTCAGCAGTGGGGGTGGGGGAACTTTTAGGAAGG  579

seq1  CAGCAATTTTGTATTTTGAATGAGCTACAGAGTGAGTTCAAAGGCAGCAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAATTTTGTATTTTGAATGAGCTACAGAGTGAGTTCAAAGGCAGCAT  629

seq1  AATGAATTAATGAGACTGTATTAAAATGAAAAACAGAAAAAAGGCTGGGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATTAATGAGACTGTATTAAAATGAAAAACAGAAAAAAGGCTGGGT  679

seq1  ATGTAGCTCAGTGGCAGAGCACTTTGTTCTTTGTAAACCACAGCCATGCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGCTCAGTGGCAGAGCACTTTGTTCTTTGTAAACCACAGCCATGCA  729

seq1  CATACACATACTTACACTCACACAGAAAGATAAACTGATGAAATTATTGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACATACTTACACTCACACAGAAAGATAAACTGATGAAATTATTGA  779

seq1  TATGATAATTATTAACCTTGAACTTTACTCTAATGTATACATATTTATAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATAATTATTAACCTTGAACTTTACTCTAATGTATACATATTTATAT  829

seq1  GTTTATATGTTATACATTTTATAAAATATACATATGTATACATTTTATAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATATGTTATACATTTTATAAAATATACATATGTATACATTTTATAA  879

seq1  TGTGTGTATTTTTGGTGATGTATACAATTGTATACATTTTCTATAATGTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATTTTTGGTGATGTATACAATTGTATACATTTTCTATAATGTA  929

seq1  TACATTGTATAATTTTCTTTAATATATACATAAGTATACATTTTCTATAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTGTATAATTTTCTTTAATATATACATAAGTATACATTTTCTATAA  979

seq1  AGTATACATATGTACACATTTTCTCTAATGTATACAAACATAAATTTATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATACATATGTACACATTTTCTCTAATGTATACAAACATAAATTTATT  1029

seq1  CATATATACATAAATCAAAATATCATATCCTATTCCATAATGCAGACACA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATATACATAAATCAAAATATCATATCCTATTCCATAATGCAGACACA  1079

seq1  TTTTTTCTCAATTAACTACAGTCATTTATTAAATTGAATTC  1140
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCTCAATTAACTACAGTCATTTATTAAATTGAATTC  1120

seq1: chr3_117247095_117248181
seq2: B6Ng01-140F05.g_69_1152

seq1  GAATTCA-GTAGGGCTCAGATCTATGTTATTAAAATTCAGATCTTTTGTG  49
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACGTAGGGCTCAGATCTATGTTATTAAAATTCAGATCTTTTGTG  50

seq1  AGGTAATCTTTCTTCCCTTTTCTTTTATTTCATCATAACTCATTTATTCT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAATCTTTCTTCCCTTTTCTTTTATTTCATCATAACTCATTTATTCT  100

seq1  CACCCGGTTAAAATATCCCTATGTAACATATTGACTAATAGCACCATTGT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCGGTTAAAATATCCCTATGTAACATATTGACTAATAGCACCATTGT  150

seq1  ATTTATGACCGTCAAATTCCTTAATCCATTACAACTTTTATTTTATTTTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGACCGTCAAATTCCTTAATCCATTACAACTTTTATTTTATTTTG  200

seq1  ATTATTCAAAGTCTTTCCAAATGTGAGATCCACCACAAATATGATTCCGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTCAAAGTCTTTCCAAATGTGAGATCCACCACAAATATGATTCCGA  250

seq1  TCAAGAAATTCCCTTTTATTCTTCCTACTAGACTTGCAGTCTTTCCATTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAAATTCCCTTTTATTCTTCCTACTAGACTTGCAGTCTTTCCATTA  300

seq1  ACACCAATGTCAAAACCTCAGTCTTAGGTTAATTAAATGCTTTATGCTAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCAATGTCAAAACCTCAGTCTTAGGTTAATTAAATGCTTTATGCTAT  350

seq1  TTTCTTCACTAGCAAGCAACTACACAAGCCTAAGGGAGACAAGAGAACCA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCACTAGCAAGCAACTACACAAGCCTAAGGGAGACAAGAGAACCA  400

seq1  CGGTCATTCCAAATTTACCAATACCCATCCAAACCTAACACATTCCTTTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTCATTCCAAATTTACCAATACCCATCCAAACCTAACACATTCCTTTC  450

seq1  GTTAATTCACTTTCTTACTCACTTGAATAACAGTCCATATTTTCTCTAAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTCACTTTCTTACTCACTTGAATAACAGTCCATATTTTCTCTAAA  500

seq1  CTCACAAAACTCTAATATCTATTTCTGTTTTCTCTGATCTCCTTTATTTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAAAACTCTAATATCTATTTCTGTTTTCTCTGATCTCCTTTATTTC  550

seq1  TTTTCTATCATGGAGAAAAAAAAAACATAAGAGCACACTTCTTCATGCAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTATCATGGAGAAAAAAAAAACATAAGAGCACACTTCTTCATGCAT  600

seq1  GCACTGCCAAATTTTTGAACTCATGTGAACTGGTATTGCTTGGCCTTAGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGCCAAATTTTTGAACTCATGTGAACTGGTATTGCTTGGCCTTAGT  650

seq1  GTACCTAGCTGTTTCTCCTATTATGATGGAAAATTGATAGTGTGGAGCTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTAGCTGTTTCTCCTATTATGATGGAAAATTGATAGTGTGGAGCTC  700

seq1  TGTGGAACAGCAAACCATACTTTCCTAAACAAAGCTTTGTTGATTTTTTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAACAGCAAACCATACTTTCCTAAACAAAGCTTTGTTGATTTTTTC  750

seq1  CTGGTACCACCCCTGCAGTTGTTCACATTTGTTGTTCACATCACTGATTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTACCACCCCTGCAGTTGTTCACATTTGTTGTTCACATCACTGATTG  800

seq1  TCTTTCTTGCTTATTGGATATTTTTATCAGTATGCAAATATACTATGCTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTGCTTATTGGATATTTTTATCAGTATGCAAATATACTATGCTA  850

seq1  TTTCCCCCTATGAATACTCTGCTTTCACATCCTGTCTTGTGATAAGCACC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCCTATGAATACTCTGCTTTCACATCCTGTCTTGTGATAAGCACC  900

seq1  ATTTCATTGCTTCCTGGCCATCTTCATAGCAAAGTCTTAAGCTGGGCTTC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| 
seq2  ATTTCATTGCTTCCTGGCCATCTTCATAGCAAAGTCCTAAGCTGGGCTTT  950

seq1  CATATTT-ATAATCGCCACCCAACTCCTTCTACTGTCTTTAATCCAAGAG  998
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CATATTTAATAATCGCCACCCAACTCCTTCTACTGTCTTTAATCC-AGAG  999

seq1  ATTCAACAGAAAGTTGGTTGTTTTATCTATGTCACAGTCAGCTATGGGAT  1048
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATTCAACAGAAAG-TGGTTGTTTTATCTATGTCACAGTCAGCT-TGGGAT  1047

seq1  GGATCACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTAC  1087
      ||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATC-CA-GGCTCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTAC  1084