BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-141G04
Chromosome3 (Build37)
Map Location 29,946,549 - 30,075,789
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene6130401L20Rik, LOC100040676, Evi1
Downstream geneMds1, LOC100040727, LOC100040734, LOC100040749, Arpm1, Mynn, Lrrc34, 4930558O21Rik, E230002P03Rik, Samd7, Tloc1, Gpr160, Phc3, LOC100040809, Prkci, Skil, Cldn11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-141G04.bB6Ng01-141G04.g
ACCDH939857DH939858
length1,1191,165
definitionDH939857|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-141G04, 5' end.DH939858|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-141G04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,946,549 - 29,947,683)(30,074,602 - 30,075,789)
sequence
gaattcatgcagagacatttgtggctatagcctaaatgggtgtgtaacag
tcatgtctgggcttttaacatgatatcaaggtctgacaggtcctaaggct
gagaaggcaatgctctggagcaaacccctcagctcccaggagctcccctt
gccaagccactgggatgatcacagaaaatgaaaaatcctaaggtcttgat
gttcatcataactacactcattaaataccaagtaacattgtagatggaga
catttatgatctatatactatttaataatcagttagaggattgtgatact
ctaattacatttaaaaatggggttgtatgtttacactaaggtgtttatat
tttataaaatgtttggatgcatttatgcactcctatatccattttcagaa
agtgcattcaaaaatgaacataatgtcaatgctaagctatatgtaaaatg
atatttggtgctgcttcctaagagtgcccctcactggcagttatggccca
ccctcccctggtttaccttctacttttctggattcattttcaaaaccttc
acccgaagtcatcttctccaattgctggggacagactgagtttctcccaa
ggattagtccccagtctattcttcctttaacatgcctgctgggttctatt
caaccactcccagactataatcttctttccttccctatgctgataactca
ctgacaatgcctctaaccacaggcttccttctgaacctcaaactggttca
tccagttgtcccagaggtatctaagttcaacttggccaactctgaaaatg
tgtgtaccttctttctctggctgctacttgattagcctcggcgtttctct
ccagccccgaattcagctagttcccaaggcctgttgatgacattttctaa
gcagctttcatgccaggcacttctcacccttgcttatcttcttccacatc
agtcagcacacccagcttcttgcatacaaccacttcatttagcatttctc
caatgccactgggttgacgtagcttgataaaggcaacttctgtgggctag
ggttacttccgtaagacagtacttgtccaggtgtacagctcgggattcag
tctcagctcattgcaggaa
gaattcctttgatagtcttcattgagtgtcagcaaaagatattatttttg
gcttctgtcctgattagcccagacattttaatgtgtgttatgatgggctt
cttgatggattgtcacttgcaccctgtgatcaactgaatcctggccccgg
gagtgaaacctcagtggtggaatgtcataatttcccatcttctgcttgat
taatacttccttttgaaacctgaaaagggaaatgtctggaagtatccctc
gatgcacagtcccatcatgatgagaaggaagacatgttttttttcttttt
ttttaatggcaaagaattccaagttgatcataacaagttcactcagggca
agccattagacatcttccctttaaaggagaggaaagcaaaataaagacta
aaagtgttttttcctaaagttttatagactcaagagcctttatgtaaatc
tgaaaaataatagccatgtatatgagaataagcaaaataaaattgttaca
tgacagatgacaaaggaacttagttataatgcgtgaaattacataggtac
ctttagagttgtgaatgtatcataagatgtcatgggaaatatgcaattct
tgtttgccctttatttttgaagcatagatagaacatttactatgcctgga
gcattttgggcatgaaaccatgacatatagaattattttgtaaagaaccc
tatcttctttctattttagagacagtgtgttacatttatcttgcaagcta
catagtagatttcattgtcttgataagtataaatatttaggaaatatttg
attaaacttctgatgtttacagaaaacatattaattgactcactatttaa
tatttattgagtctaaatatgcagtgtctcttcttcaggaggctgagata
ctctctggaaaacagtatagtaaacacagctttgccttctagagttatca
atcatatagtagagaggccataggaaactatgataattgacctatgatca
tgacatagatcatttttcttcagcagcagtgagggacttagaccctggaa
tcaataacccctggaataccttgagagaaaagaaggaggggggacattta
tcctagtcggaaaatagtgctggggatccttcccaaaggaatcattctgg
aacctgcatgccaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_29946549_29947683
seq2: B6Ng01-141G04.b_49_1167

seq1  GAATTCATGCAGAGACATTTGTGGCTATAGCCTAAATGGGTGTGTAACAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCAGAGACATTTGTGGCTATAGCCTAAATGGGTGTGTAACAG  50

seq1  TCATGTCTGGGCTTTTAACATGATATCAAGGTCTGACAGGTCCTAAGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTCTGGGCTTTTAACATGATATCAAGGTCTGACAGGTCCTAAGGCT  100

seq1  GAGAAGGCAATGCTCTGGAGCAAACCCCTCAGCTCCCAGGAGCTCCCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGGCAATGCTCTGGAGCAAACCCCTCAGCTCCCAGGAGCTCCCCTT  150

seq1  GCCAAGCCACTGGGATGATCACAGAAAATGAAAAATCCTAAGGTCTTGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGCCACTGGGATGATCACAGAAAATGAAAAATCCTAAGGTCTTGAT  200

seq1  GTTCATCATAACTACACTCATTAAATACCAAGTAACATTGTAGATGGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATCATAACTACACTCATTAAATACCAAGTAACATTGTAGATGGAGA  250

seq1  CATTTATGATCTATATACTATTTAATAATCAGTTAGAGGATTGTGATACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATGATCTATATACTATTTAATAATCAGTTAGAGGATTGTGATACT  300

seq1  CTAATTACATTTAAAAATGGGGTTGTATGTTTACACTAAGGTGTTTATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTACATTTAAAAATGGGGTTGTATGTTTACACTAAGGTGTTTATAT  350

seq1  TTTATAAAATGTTTGGATGCATTTATGCACTCCTATATCCATTTTCAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAAATGTTTGGATGCATTTATGCACTCCTATATCCATTTTCAGAA  400

seq1  AGTGCATTCAAAAATGAACATAATGTCAATGCTAAGCTATATGTAAAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCATTCAAAAATGAACATAATGTCAATGCTAAGCTATATGTAAAATG  450

seq1  ATATTTGGTGCTGCTTCCTAAGAGTGCCCCTCACTGGCAGTTATGGCCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGGTGCTGCTTCCTAAGAGTGCCCCTCACTGGCAGTTATGGCCCA  500

seq1  CCCTCCCCTGGTTTACCTTCTACTTTTCTGGATTCATTTTCAAAACCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCCTGGTTTACCTTCTACTTTTCTGGATTCATTTTCAAAACCTTC  550

seq1  ACCCGAAGTCATCTTCTCCAATTGCTGGGGACAGACTGAGTTTCTCCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGAAGTCATCTTCTCCAATTGCTGGGGACAGACTGAGTTTCTCCCAA  600

seq1  GGATTAGTCCCCAGTCTATTCTTCCTTTAACATGCCTGCTGGGTTCTATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAGTCCCCAGTCTATTCTTCCTTTAACATGCCTGCTGGGTTCTATT  650

seq1  CAACCACTCCCAGACTATAATCTTCTTTCCTTCCCTATGCTGATAACTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCACTCCCAGACTATAATCTTCTTTCCTTCCCTATGCTGATAACTCA  700

seq1  CTGACAATGCCTCTAACCACAGGCTTCCTTCTGAACCTCAAACTGGTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAATGCCTCTAACCACAGGCTTCCTTCTGAACCTCAAACTGGTTCA  750

seq1  TCCAGTTGTCCCAGAGGTATCTAAGTTCAACTTGGCCAACTCTGAAAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTTGTCCCAGAGGTATCTAAGTTCAACTTGGCCAACTCTGAAAATG  800

seq1  TGTGTACCTTCTTTCTCTGGCTGCTACTTGATTAGCCTCGGCGTTTCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACCTTCTTTCTCTGGCTGCTACTTGATTAGCCTCGGCGTTTCTCT  850

seq1  CCAGCCCCGAATTCAGCTAGTTCCCAAGGCCTGTTGATGACATTTTCTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCCGAATTCAGCTAGTTCCCAAGGCCTGTTGATGACATTTTCTAA  900

seq1  GCAGCTTTCATGCCAGGCACTTCTCACCCTTGCTTATCTTCTTCCACATC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTTTCATGCCAGGCACTTCTCACCCTTGCTTATCTTCTTCCACATC  950

seq1  AGTCAGCACACCCAGCTTCTTGCATACAAACCCACTTCATTTAAGCCATT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||   ||||
seq2  AGTCAGCACACCCAGCTTCTTGCATACAA--CCACTTCATTTA--GCATT  996

seq1  TCTCCAAATGCCACTGGGTTGACGTAGCTTGAATAAAAGGCAAACTCTGT  1050
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||  |||||
seq2  TCTCC-AATGCCACTGGGTTGACGTAGCTTGA--TAAAGGCAACTTCTGT  1043

seq1  GGGCTAGGGGTTTACTTCCGTAGGACAGTACCTGTCTCAGGTGTACAAGG  1100
      |||||||||  ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||  |
seq2  GGGCTAGGG--TTACTTCCGTAAGACAGTACTTGTC-CAGGTGTACA--G  1088

seq1  CCCCGGATTCAGTCTCAGCTCCAAATTGCAAGGAA  1135
      | | |||||||||||||||||   ||||| |||||
seq2  CTCGGGATTCAGTCTCAGCTC---ATTGC-AGGAA  1119

seq1: chr3_30074602_30075789
seq2: B6Ng01-141G04.g_68_1232 (reverse)

seq1  TCTGGCATTCACTGTTTCCATGAATGAAATTCCTTTCTGCTGAAGGTATT  50
      |||||||| ||  | ||||| |||||  ||||||||     ||||| || 
seq2  TCTGGCATGCA--GGTTCCA-GAATG--ATTCCTTT---GGGAAGG-ATC  41

seq1  CCCAGCACTATTTTCTCTGGCTA-GACTAATGTCCCCCTCTCCTCTCTAT  99
      |||||||||||||  || | ||| ||  |||||||||| ||||| ||| |
seq2  CCCAGCACTATTT--TCCGACTAGGATAAATGTCCCCC-CTCCT-TCTTT  87

seq1  TCTCTCAGAGTTATTTCAGGTGTTATTGTATTCCAGGGTCTAAGTCCCTC  149
      ||||||| || |||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCA-AGGTATTCCAGGGGTTATTG-ATTCCAGGGTCTAAGTCCCTC  135

seq1  TACTGCTGCTGGAG-AAAATGATCTAATGTCATGATCATAGGTCAATTTA  198
       |||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||  
seq2  -ACTGCTGCTGAAGAAAAATGATCT-ATGTCATGATCATAGGTCAATT--  181

seq1  TTCATAGTTTCCTATGGCCTCTCTTACTATATGATTGATTAACTCTTAGA  248
       |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||
seq2  ATCATAGTTTCCTATGGCCTCTC-TACTATATGATTGA-TAACTC-TAGA  228

seq1  AGGCAAAGCTGTGTTTACTATACTGTTTTCCAGAGAGTATTCTCAGCCTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGGCAAAGCTGTGTTTACTATACTGTTTTCCAGAGAGTA-TCTCAGCCTC  277

seq1  CTTGAAGAAGAGACACTGCATATTTTAGACTCAATAAATATTAAATAGTG  348
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-TGAAGAAGAGACACTGCATA-TTTAGACTCAATAAATATTAAATAGTG  325

seq1  AGTCAATTAATATGTTTTCTGTAAACATCAGAAGTTTAATCAAATATTTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAATTAATATGTTTTCTGTAAACATCAGAAGTTTAATCAAATATTTC  375

seq1  CTAAATATTTATACTTATCAAGACAATGAAATCTACTATGTAGCTTGCAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATATTTATACTTATCAAGACAATGAAATCTACTATGTAGCTTGCAA  425

seq1  GATAAATGTAACACACTGTCTCTAAAATAGAAAGGAGGTAGGGTTCTTTA  498
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
seq2  GATAAATGTAACACACTGTCTCTAAAATAGAAAGAAGATAGGGTTCTTTA  475

seq1  CAAAATAATTCTATATGTCATGGTTTCATGCCCAAAATGCTCCAGGCATA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAATTCTATATGTCATGGTTTCATGCCCAAAATGCTCCAGGCATA  525

seq1  GTAAATGTTCTATCTATGCTTCAAAAATAAAGGGCAAACAAGAATTGCAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATGTTCTATCTATGCTTCAAAAATAAAGGGCAAACAAGAATTGCAT  575

seq1  ATTTCCCATGACATCTTATGATACATTCACAACTCTAAAGGTACCTATGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCATGACATCTTATGATACATTCACAACTCTAAAGGTACCTATGT  625

seq1  AATTTCACGCATTATAACTAAGTTCCTTTGTCATCTGTCATGTAACAATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCACGCATTATAACTAAGTTCCTTTGTCATCTGTCATGTAACAATT  675

seq1  TTATTTTGCTTATTCTCATATACATGGCTATTATTTTTCAGATTTACATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTGCTTATTCTCATATACATGGCTATTATTTTTCAGATTTACATA  725

seq1  AAGGCTCTTGAGTCTATAAAACTTTAGGAAAAAACACTTTTAGTCTTTAT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTCTTGAGTCTATAAAACTTTAGGAAAAAACACTTTTAGTCTTTAT  775

seq1  TTTGCTTTCCTCTCCTTTAAAGGGAAGATGTCTAATGGCTTGCCCTGAGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTTCCTCTCCTTTAAAGGGAAGATGTCTAATGGCTTGCCCTGAGT  825

seq1  GAACTTGTTATGATCAACTTGGAATTCTTTGCCATTAAAAAAAAAGAAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTGTTATGATCAACTTGGAATTCTTTGCCATTAAAAAAAAAGAAAA  875

seq1  AAAACATGTCTTCCTTCTCATCATGATGGGACTGTGCATCGAGGGATACT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATGTCTTCCTTCTCATCATGATGGGACTGTGCATCGAGGGATACT  925

seq1  TCCAGACATTTCCCTTTTCAGGTTTCAAAAGGAAGTATTAATCAAGCAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGACATTTCCCTTTTCAGGTTTCAAAAGGAAGTATTAATCAAGCAGA  975

seq1  AGATGGGAAATTATGACATTCCACCACTGAGGTTTCACTCCCGGGGCCAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGAAATTATGACATTCCACCACTGAGGTTTCACTCCCGGGGCCAG  1025

seq1  GATTCAGTTGATCACAGGGTGCAAGTGACAATCCATCAAGAAGCCCATCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCAGTTGATCACAGGGTGCAAGTGACAATCCATCAAGAAGCCCATCA  1075

seq1  TAACACACATTAAAATGTCTGGGCTAATCAGGACAGAAGCCAAAAATAAT  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACACATTAAAATGTCTGGGCTAATCAGGACAGAAGCCAAAAATAAT  1125

seq1  ATCTTTTGCTGACACTCAATGAAGACTATCAAAGGAATTC  1188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTGCTGACACTCAATGAAGACTATCAAAGGAATTC  1165