BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-142N11
Chromosome3 (Build37)
Map Location 17,959,892 - 18,103,045
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCyp7b1
Upstream geneLOC100040059, EG383936, LOC622737, ENSMUSG00000074674, LOC100040120, Cypt12, LOC545508, Bhlhb5
Downstream geneLOC622921, LOC100040153, Armc1, Mtfr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-142N11.bB6Ng01-142N11.g
ACCDH940936DH940937
length1,1831,085
definitionDH940936|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142N11, 5' end.DH940937|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-142N11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,101,854 - 18,103,045)(17,959,892 - 17,961,002)
sequence
gaattcccaaagacccacctgtttatctctttagagtattgtggttaaag
atgtgatccaccaagcctcactggattctgttttgtaatgcagtctgtta
atctgtgctctttttgttgttgttgttgttggggatcatactcactacaa
aaacccaaagaaggaactattttaaggtataaaataggaagtaaatatga
aacatgaaaaacatgtttgatataaatgcatcattacattttgaaataca
taaaccgtcaaatattatgaactaatttagagtaataatttgaaggtctg
aaagttcttagaaattttaagtaacatactacatgtcaatcataatttct
attgtaacaaattagtagagttataatgcagttaagctgagcatataatt
ttcaatttttcataattatagctcttatgtgatatcaatggtaatctacc
tgatcaaagaatttatgtaagatggagaagtttctgttagttagcctctt
tgttaaaatacttactgggatctggttggggacttttcttcggattgtag
agaactgatctttgaacattattgagtctatctacccatgaacatgaaat
acatctcttcatttatttaattctttatgtcttttatcagagttttttag
atttgcaaatagcttatgtgcatattttgttaggattatcaaatgtccta
attggtgtatcactttattatgtttttcaattaaaattccaaaagtcccc
cataccctcccacccaactccccaacccacccatacccacttcttgacgc
tgccgttcccctatactgaggcatataaagtttgcaagaccaatgggcct
ttctttccaatgatggatgactaagccatcttctgatacatatgcagcta
gagacatgagctctagggggtactggttagttcatatgtgtccacctata
gggttgcagatcctttagctccttgggtactttctctagctcctccattg
ggggccctgtgatctatccaatagctgactgtgagcatccactctgttgt
tgctagcctcagctaagtctcacaagagagaaagctaattctggttcctt
cagcaaaacttgcttaggatgcatggtgtcaggttggaaggctgatatat
gggatgattccagaattggcagtctctacatgg
gaattcttgctgtaattgctcccattgccttttcttagcccacgatccac
tagagaaaacccaggctcacagatttccttccccatgcacttttcgcatg
caacaccagaaacaaacttttgtacctgccttgcagacctaacccaacat
gagtggcagtgactgttgcaatgtaatgacttatgaaagatataatcatg
ggttaaattgaatcctccgtttaactgttaatggtgtgctctgggcacat
ttatgtattaaatgctatggtaactaattaccattaggaaaaaaaaaaag
ataatgcccttcccagactttgaaaaataatgataagttcagttccgggc
atgcagcgctttgtggtggctctgcctggctgagcaaggggaccagtgga
gatcggaggtccgcccgtgttccagcaaagagggaggtaatgaagcctgg
tcaggggaggtttccaagcttcctcttccaacctttaatgaaaacgagat
tcagcctggggatgtagtggtggcccggggaagcatgaacggaatgatac
ctctacacaaaatcaaatagcaaaacctaaacaccagacacataaaagag
ctttcttttaaccaaaatgcagatcagactaaaatcatccacctcccaag
gggctttacatcaattaacgttttgcagaatggtttaaactcagtcttga
agccaaacctaggcatagatagaacgaaggaaacctaagagacagtaagg
tcagtttgaagtacagaacactttcagggcgtgagttcttttttttctca
aacagttcttctggtcaagtggtgtgtgttttgcaggcttcacaagataa
acagtgtttggtccaacccaagccccaggataggcctagtgcatgctgcc
tagccttagtcgatcaaaaagctttctgcagcttgtggtgaaaaatcaca
ctcacgatagattgagcacccaagagctttttttgtccctctgagctagc
taaagggtggtgattcagagccttgagcaaatttcttcccaagccttcca
agactgcattctgctgtccctcctgcagcactgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_18101854_18103045
seq2: B6Ng01-142N11.b_48_1230 (reverse)

seq1  CCATGTAGAGACTGCCATATCTGGGGATTCATCCCATA-ATCAGCCTCCA  49
      |||||||||||||||||  |||  ||| |||||||||| |||||||| | 
seq2  CCATGTAGAGACTGCCAATTCT--GGAATCATCCCATATATCAGCCTTCC  48

seq1  AACGCTGACACCATTGCATACCTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCAGA  99
      ||| ||||||||| ||||| |  |||||| |||||||| ||||| |||||
seq2  AAC-CTGACACCA-TGCATCCTAAGCAAG-TTTTGCTG-AAGGAACCAGA  94

seq1  TATAGC--TGTCTCTTGTGAGACTATGCTGAGGCCTAGCAAACACAGAAG  147
        ||||  | ||||||||||||||  ||||||| |||||||  |||| ||
seq2  ATTAGCTTTCTCTCTTGTGAGACTTAGCTGAGG-CTAGCAACAACAG-AG  142

seq1  TGGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATAGATCACAGGGCCCCCAATGGAGG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATAGATCACAGGGCCCCCAATGGAGG  192

seq1  AGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGATCTGCAACCCTATAGGTG  247
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAA-GGATCTGCAACCCTATAGGTG  241

seq1  GAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCCTAGAGCTCATGTCTCTAGCT  297
      | |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-ACA--CATATGAACTAACCAGTACCCCCTAGAGCTCATGTCTCTAGCT  288

seq1  GCATATGTATCAGAAGATGGCTTAGTCATCCATCATTGGAAAGAAAGGCC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGTATCAGAAGATGGCTTAGTCATCCATCATTGGAAAGAAAGGCC  338

seq1  CATTGGTCTTGCAAACTTTATATGCCTCAGTATAGGGGAACGGCAGCGTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGTCTTGCAAACTTTATATGCCTCAGTATAGGGGAACGGCAGCGTC  388

seq1  AAGAAGTGGGTATGGGTGGGTTGGGGAGTTGGGTGGGAGGGTATGGGGGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTGGGTATGGGTGGGTTGGGGAGTTGGGTGGGAGGGTATGGGGGA  438

seq1  CTTTTGGAATTTTAATTGAAAAACATAATAAAGTGATACACCAATTAGGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGGAATTTTAATTGAAAAACATAATAAAGTGATACACCAATTAGGA  488

seq1  CATTTGATAATCCTAACAAAATATGCACATAAGCTATTTGCAAATCTAAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGATAATCCTAACAAAATATGCACATAAGCTATTTGCAAATCTAAA  538

seq1  AAACTCTGATAAAAGACATAAAGAATTAAATAAATGAAGAGATGTATTTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTCTGATAAAAGACATAAAGAATTAAATAAATGAAGAGATGTATTTC  588

seq1  ATGTTCATGGGTAGATAGACTCAATAATGTTCAAAGATCAGTTCTCTACA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCATGGGTAGATAGACTCAATAATGTTCAAAGATCAGTTCTCTACA  638

seq1  ATCCGAAGAAAAGTCCCCAACCAGATCCCAGTAAGTATTTTAACAAAGAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGAAGAAAAGTCCCCAACCAGATCCCAGTAAGTATTTTAACAAAGAG  688

seq1  GCTAACTAACAGAAACTTCTCCATCTTACATAAATTCTTTGATCAGGTAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAACTAACAGAAACTTCTCCATCTTACATAAATTCTTTGATCAGGTAG  738

seq1  ATTACCATTGATATCACATAAGAGCTATAATTATGAAAAATTGAAAATTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCATTGATATCACATAAGAGCTATAATTATGAAAAATTGAAAATTA  788

seq1  TATGCTCAGCTTAACTGCATTATAACTCTACTAATTTGTTACAATAGAAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTCAGCTTAACTGCATTATAACTCTACTAATTTGTTACAATAGAAA  838

seq1  TTATGATTGACATGTAGTATGTTACTTAAAATTTCTAAGAACTTTCAGAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATTGACATGTAGTATGTTACTTAAAATTTCTAAGAACTTTCAGAC  888

seq1  CTTCAAATTATTACTCTAAATTAGTTCATAATATTTGACGGTTTATGTAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAATTATTACTCTAAATTAGTTCATAATATTTGACGGTTTATGTAT  938

seq1  TTCAAAATGTAATGATGCATTTATATCAAACATGTTTTTCATGTTTCATA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAATGTAATGATGCATTTATATCAAACATGTTTTTCATGTTTCATA  988

seq1  TTTACTTCCTATTTTATACCTTAAAATAGTTCCTTCTTTGGGTTTTTGTA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACTTCCTATTTTATACCTTAAAATAGTTCCTTCTTTGGGTTTTTGTA  1038

seq1  GTGAGTATGATCCCCAACAACAACAACAACAAAAAGAGCACAGATTAACA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTATGATCCCCAACAACAACAACAACAAAAAGAGCACAGATTAACA  1088

seq1  GACTGCATTACAAAACAGAATCCAGTGAGGCTTGGTGGATCACATCTTTA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCATTACAAAACAGAATCCAGTGAGGCTTGGTGGATCACATCTTTA  1138

seq1  ACCACAATACTCTAAAGAGATAAACAGGTGGGTCTTTGGGAATTC  1192
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAATACTCTAAAGAGATAAACAGGTGGGTCTTTGGGAATTC  1183

seq1: chr3_17959892_17961002
seq2: B6Ng01-142N11.g_68_1152

seq1  GAATTCTTGCTGTAATTGCTCCCATTGCCTTTTCTTAGCCCACGATCCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCTGTAATTGCTCCCATTGCCTTTTCTTAGCCCACGATCCAC  50

seq1  TAGAGAAAACCCAGGCTCACAGATTTCCTTCCCCATGCACTTTTCGCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAAACCCAGGCTCACAGATTTCCTTCCCCATGCACTTTTCGCATG  100

seq1  CAACACCAGAAACAAACTTTTGTACCTGCCTTGCAGACCTAACCCAACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACACCAGAAACAAACTTTTGTACCTGCCTTGCAGACCTAACCCAACAT  150

seq1  GAGTGGCAGTGACTGTTGCAATGTAATGACTTATGAAAGATATAATCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGCAGTGACTGTTGCAATGTAATGACTTATGAAAGATATAATCATG  200

seq1  GGTTAAATTGAATCCTCCGTTTAACTGTTAATGGTGTGCTCTGGGCACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAATTGAATCCTCCGTTTAACTGTTAATGGTGTGCTCTGGGCACAT  250

seq1  TTATGTATTAAATGCTATGGTAACTAATTACCATTAGGAAAAAAAAAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTATTAAATGCTATGGTAACTAATTACCATTAGGAAAAAAAAAAAG  300

seq1  ATAATGCCCTTCCCAGACTTTGAAAAATAATGATAAGTTCAGTTCCGGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGCCCTTCCCAGACTTTGAAAAATAATGATAAGTTCAGTTCCGGGC  350

seq1  ATGCAGCGCTTTGTGGTGGCTCTGCCTGGCTGAGCAAGGGGACCAGTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGCGCTTTGTGGTGGCTCTGCCTGGCTGAGCAAGGGGACCAGTGGA  400

seq1  GATCGGAGGTCCGCCCGTGTTCCAGCAAAGAGGGAGGTAATGAAGCCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCGGAGGTCCGCCCGTGTTCCAGCAAAGAGGGAGGTAATGAAGCCTGG  450

seq1  TCAGGGGAGGTTTCCAAGCTTCCTCTTCCAACCTTTAATGAAAACGAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGGAGGTTTCCAAGCTTCCTCTTCCAACCTTTAATGAAAACGAGAT  500

seq1  TCAGCCTGGGGATGTAGTGGTGGCCCGGGGAAGCATGAACGGAATGATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTGGGGATGTAGTGGTGGCCCGGGGAAGCATGAACGGAATGATAC  550

seq1  CTCTACACAAAATCAAATAGCAAAACCTAAACACCAGACACATAAAAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACACAAAATCAAATAGCAAAACCTAAACACCAGACACATAAAAGAG  600

seq1  CTTTCTTTTAACCAAAATGCAGATCAGACTAAAATCATCCACCTCCCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTTTAACCAAAATGCAGATCAGACTAAAATCATCCACCTCCCAAG  650

seq1  GGGCTTTACATCAATTAACGTTTTGCAGAATGGTTTAAACTCAGTCTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTTACATCAATTAACGTTTTGCAGAATGGTTTAAACTCAGTCTTGA  700

seq1  AGCCAAACCTAGGCATAGATAGAACGAAGGAAACCTAAGAGACAGTAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAACCTAGGCATAGATAGAACGAAGGAAACCTAAGAGACAGTAAGG  750

seq1  TCAGTTTGAAGTACAGAACACTTTCAGGGCGTGAGTTC-TTTTTTTCTCA  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCAGTTTGAAGTACAGAACACTTTCAGGGCGTGAGTTCTTTTTTTTCTCA  800

seq1  AACAGTTCTTCTGGTCAAGTGGTGTGTGTTTTGCAGGCTTCACAAGATAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTTCTTCTGGTCAAGTGGTGTGTGTTTTGCAGGCTTCACAAGATAA  850

seq1  ACAGGTGTTTGGTCCAACCCAAGCCCCAGGATAGGCCTAGTGCATGCTGC  899
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACA-GTGTTTGGTCCAACCCAAGCCCCAGGATAGGCCTAGTGCATGCTGC  899

seq1  CTAGCCTTAGTCGGATCAAAAAGGCTTTCTGCAGCTTGGTGGTGAAAAAA  949
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||
seq2  CTAGCCTTAGTC-GATCAAAAA-GCTTTCTGCAGCTT-GTGGTG--AAAA  944

seq1  ATCAACCACTTCCACGATAGATTTGAGCACCCAAAGAGCTTTTTTTTTGT  999
      ||||  ||||  ||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||
seq2  ATCA--CACT--CACGATAGA-TTGAGCACCC-AAGAGC--TTTTTTTGT  986

seq1  CACTCTGAGCCTAGCTAAAGGGTGGTGATTCAGAGCCCTTGAGGCAAATT  1049
      | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
seq2  CCCTCTGAG-CTAGCTAAAGGGTGGTGATTCAGAG-CCTTGA-GCAAATT  1033

seq1  TCTTCCCAGGCTTCCCAAAGACTGGCATTTTCCCTGCCTGCCCCTCCTGC  1099
      |||||||| || | || |||||| |||||    ||| ||| |||||||||
seq2  TCTTCCCAAGCCTTCC-AAGACT-GCATT----CTG-CTGTCCCTCCTGC  1076

seq1  AGGCCAACTGTG  1111
      ||    ||||||
seq2  AG---CACTGTG  1085