BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-143P05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 118,892,317 - 119,029,277
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDpyd
Upstream genenone
Downstream geneLOC100043275, LOC100043278, Ptbp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-143P05.bB6Ng01-143P05.g
ACCDH941752DH941753
length9661,146
definitionDH941752|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143P05, 5' end.DH941753|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143P05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,892,317 - 118,893,283)(119,028,108 - 119,029,277)
sequence
gaattcattgaaatgccatcttctaagaaatccatttcgaaaagaattgt
acagactgaaaattaccgggtaaattggagagaaatgtttcttcaagtca
aaaacttcacttgtattttagctccttgagaagtgcacatagcctcactc
tggagtgcttttctttgaaaggtggtgtggggaggtctcactgctgagat
ctgcaaccagtgcctgacaagtagcaggggtggcatcccaaggacctgtg
acatggaagggcaggttctatgtgcagagagctagagactctgcagttac
tagaattagaagttcatcgcttaatttagaaaggaaagcttacagtcctt
gttacacagtgaaaactatgcaaggtgcaagtgcagccttagattttctc
atctatacttggtcatttgtagttaattctccaagagaaatacactgtgg
gtgaaagtagattcttctctatgaatacttctctccttccttctatttct
gtcttccgtctttccattgagtcagagtctatgttgcctttggtgggcct
gatacacactaaatagtcaaaggtggccctgaactcagggcagtccttct
gcctcaagactctcaagtgctgggatttcatgcatacattgccattcctg
gcttccatgaaagttgtcagatgggccaaatgtgtctgtaggctgtactt
cttctctttgaagtacttctaaactgtgctgtgtcacctttggttcatgt
ggtaccctcaaaagcatcatttgctccccatacctgtcactagtcctttc
aggacaccagtgcctttctggtgatgatgacacttttatgtctgccacaa
ggaaatgtgatgatgtgatattgcttggagcattttcagctgtttatatt
gactaccaaagagttaacaaacataaaatgtatatatgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtg
gaattctgtagggttggaatgatttttatctgcccacaatgattgggttc
ctttggttggtttcactttggaacctcaataactatgagaaaacacttgg
taaccattgaggtttgaaagtgcccagaatgagagtcaggaaatcaatag
gggcactctgcagctcagagcgactgaagaatgaccaacagtagaatacc
agagagaagggtattacattttgagaaaaaatcatgagcacagaagacat
ggggcgggggttggggttaaagattggctgtagaaaatcatcatcaaagg
ttgcagctttgtttgctggtgaaattccaggaccgtacagctacaagatg
tgagggctgggagcaaagactcaggaacaactagagttggctagggaact
tcacaaatagtgcctgaagctgcaaatcaaaggactcagagaagcattag
tcacattctctgtgtaggctgtagttccccatctcagacccatttctatt
atgtagtctatgactcttgtaacacaacatttacttccaggattacataa
catacagtcatgtattggggatcccatagctaactaggtcagtatacaat
tcaaaataatcaggttctccaagagaagctgattagacaaacttattttt
gccacatatgagatgctaatcatgccattaaacatatctcagattatcct
ccctaaaatcccctaaaactgcaaagacctgtttcatagcacttatgaca
tctaattttgtttgtttgtctgagtcatggtctcacactagtgtaggcta
gcactgaactcagagcaatgctcccacatactttcagagttaagccattt
ccacagattagccatgtcattcatgtcatttttcacatcaaaactaactg
caattttgtttgtttgttggattttttttgtaaataaataatagttttat
ttctctttctaataaagtaatctatttattttcaactcttaggatagata
gactgcagaagattagtgtagttgaatctctgtgagtccacttatcagga
agctcatttcactcttatgactacctgagtattctttcacctaatttctc
attatcacttggcggatgtgtagacagagaatctgttttctcagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_118892317_118893283
seq2: B6Ng01-143P05.b_46_1011

seq1  GAATTCATTGAAATGCCATCTTCTAAGAAATCCATTTCGAAAAGAATTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGAAATGCCATCTTCTAAGAAATCCATTTCGAAAAGAATTGT  50

seq1  ACAGACTGAAAATTACCGGGTAAATTGGAGAGAAATGTTTCTTCAAGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTGAAAATTACCGGGTAAATTGGAGAGAAATGTTTCTTCAAGTCA  100

seq1  AAAACTTCACTTGTATTTTAGCTCCTTGAGAAGTGCACATAGCCTCACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTTCACTTGTATTTTAGCTCCTTGAGAAGTGCACATAGCCTCACTC  150

seq1  TGGAGTGCTTTTCTTTGAAAGGTGGTGTGGGGAGGTCTCACTGCTGAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTGCTTTTCTTTGAAAGGTGGTGTGGGGAGGTCTCACTGCTGAGAT  200

seq1  CTGCAACCAGTGCCTGACAAGTAGCAGGGGTGGCATCCCAAGGACCTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAACCAGTGCCTGACAAGTAGCAGGGGTGGCATCCCAAGGACCTGTG  250

seq1  ACATGGAAGGGCAGGTTCTATGTGCAGAGAGCTAGAGACTCTGCAGTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGAAGGGCAGGTTCTATGTGCAGAGAGCTAGAGACTCTGCAGTTAC  300

seq1  TAGAATTAGAAGTTCATCGCTTAATTTAGAAAGGAAAGCTTACAGTCCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTAGAAGTTCATCGCTTAATTTAGAAAGGAAAGCTTACAGTCCTT  350

seq1  GTTACACAGTGAAAACTATGCAAGGTGCAAGTGCAGCCTTAGATTTTCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACACAGTGAAAACTATGCAAGGTGCAAGTGCAGCCTTAGATTTTCTC  400

seq1  ATCTATACTTGGTCATTTGTAGTTAATTCTCCAAGAGAAATACACTGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATACTTGGTCATTTGTAGTTAATTCTCCAAGAGAAATACACTGTGG  450

seq1  GTGAAAGTAGATTCTTCTCTATGAATACTTCTCTCCTTCCTTCTATTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGTAGATTCTTCTCTATGAATACTTCTCTCCTTCCTTCTATTTCT  500

seq1  GTCTTCCGTCTTTCCATTGAGTCAGAGTCTATGTTGCCTTTGGTGGGCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCCGTCTTTCCATTGAGTCAGAGTCTATGTTGCCTTTGGTGGGCCT  550

seq1  GATACACACTAAATAGTCAAAGGTGGCCCTGAACTCAGGGCAGTCCTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACACACTAAATAGTCAAAGGTGGCCCTGAACTCAGGGCAGTCCTTCT  600

seq1  GCCTCAAGACTCTCAAGTGCTGGGATTTCATGCATACATTGCCATTCCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAAGACTCTCAAGTGCTGGGATTTCATGCATACATTGCCATTCCTG  650

seq1  GCTTCCATGAAAGTTGTCAGATGGGCCAAATGTGTCTGTAGGCTGTACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCATGAAAGTTGTCAGATGGGCCAAATGTGTCTGTAGGCTGTACTT  700

seq1  CTTCTCTTTGAAGTACTTCTAAACTGTGCTGTGTCACCTTTGGTTCATGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTTTGAAGTACTTCTAAACTGTGCTGTGTCACCTTTGGTTCATGT  750

seq1  GGTACCCTCAAAAGCATCATTTGCTCCCCATACCTGTCACTAGTCCCTTC  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGTACCCTCAAAAGCATCATTTGCTCCCCATACCTGTCACTAGTCCTTTC  800

seq1  AGGACACCAGTGCCTTTCTGGTGATGATGACACTTTTATGTCTGCCACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACCAGTGCCTTTCTGGTGATGATGACACTTTTATGTCTGCCACAA  850

seq1  GGAAATGTGATGATGTGATATTGCTTGGAGCATTTTCAGCTGTTTATA-T  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGAAATGTGATGATGTGATATTGCTTGGAGCATTTTCAGCTGTTTATATT  900

seq1  GACTAACAAAAGAGTTAACAAACATAAAAATGTATATATGTGTGTGTGTG  949
      |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GACT-ACCAAAGAGTTAACAAACAT-AAAATGTATATATGTGTGTGTGTG  948

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTG  967
      ||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTG  966

seq1: chr3_119028108_119029277
seq2: B6Ng01-143P05.g_69_1214 (reverse)

seq1  TCCTGAGAAAAACATGATTTTCCTCTGTCT---CATCTGTCGCCATGTAT  47
      ||||||| |||||| ||||   ||||||||   ||||   ||||| ||  
seq2  TCCTGAG-AAAACA-GATT---CTCTGTCTACACATC---CGCCAAGTGA  42

seq1  AAATGGAATATGAGGTTGAAGAATAACCTTCAGGTAGTCATAAGAGTGAA  97
       ||||  | || ||||  |||||||    |||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAGAAATTAGGTGAAAGAATA---CTCAGGTAGTCATAAGAGTGAA  89

seq1  ATGAGCTTTCTTGATAAGTGGAACTCAACAGAGATTTCAACTACACTGAT  147
      |||||| ||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| ||
seq2  ATGAGC-TTCCTGATAAGTGG-ACTC-ACAGAGA-TTCAACTACACTAAT  135

seq1  CCTCCTGCCAGTCTATCTAATCCTAAGAGTTGAAAATAAAATTAGATTTA  197
       || ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| |||
seq2  -CTTCTG-CAGTCTATCT-ATCCTAAGAGTTGAAAATAAA--TAGA-TTA  179

seq1  CTTTATTAGAAAGAGAAATAAAACTATTATTTAATTTACAAAAAAAAATC  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  CTTTATTAGAAAGAGAAATAAAACTATTATTT-ATTTAC-AAAAAAAATC  227

seq1  CAACAAAACAAAACAAAATTGCAGTTAGTTTTGATGTTGAAAAATGACAT  297
      |||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CAACAAA--CAAACAAAATTGCAGTTAGTTTTGATG-TGAAAAATGACAT  274

seq1  GAATGACATGGCTAATCTGTGGAAATGGCTTAACTCTGAAAGTATGTGGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGACATGGCTAATCTGTGGAAATGGCTTAACTCTGAAAGTATGTGGG  324

seq1  AGCATTGCTCTGAGTTCAGTGCTAGCCTACACTAGTGTGAGACCATGACT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTGCTCTGAGTTCAGTGCTAGCCTACACTAGTGTGAGACCATGACT  374

seq1  CAGACAAAACAAACAAAATTAGATGTCATAAGTGCTATGAAACAGGTCTT  447
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAC-AAACAAACAAAATTAGATGTCATAAGTGCTATGAAACAGGTCTT  423

seq1  TGCAGTTTTAGGGGATTTTAGGGAGGATAATCTGAGATATGTTTAATGGC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTTTTAGGGGATTTTAGGGAGGATAATCTGAGATATGTTTAATGGC  473

seq1  ATGATTAGCATCTCATATGTGGCAAAAATAAGTTTGTCTAATCAGCTTCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTAGCATCTCATATGTGGCAAAAATAAGTTTGTCTAATCAGCTTCT  523

seq1  CTTGGAGAACCTGATTATTTTGAATTGTATACTGACCTAGTTAGCTATGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAGAACCTGATTATTTTGAATTGTATACTGACCTAGTTAGCTATGG  573

seq1  GATCCCCAATACATGACTGTATGTTATGTAATCCTGGAAGTAAATGTTGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCCAATACATGACTGTATGTTATGTAATCCTGGAAGTAAATGTTGT  623

seq1  GTTACAAGAGTCATAGACTACATAATAGAAATGGGTCTGAGATGGGGAAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAAGAGTCATAGACTACATAATAGAAATGGGTCTGAGATGGGGAAC  673

seq1  TACAGCCTACACAGAGAATGTGACTAATGCTTCTCTGAGTCCTTTGATTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCCTACACAGAGAATGTGACTAATGCTTCTCTGAGTCCTTTGATTT  723

seq1  GCAGCTTCAGGCACTATTTGTGAAGTTCCCTAGCCAACTCTAGTTGTTCC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTTCAGGCACTATTTGTGAAGTTCCCTAGCCAACTCTAGTTGTTCC  773

seq1  TGAGTCTTTGCTCCCAGCCCTCACATCTTGTAGCTGTACGGTCCTGGAAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTTTGCTCCCAGCCCTCACATCTTGTAGCTGTACGGTCCTGGAAT  823

seq1  TTCACCAGCAAACAAAGCTGCAACCTTTGATGATGATTTTCTACAGCCAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCAGCAAACAAAGCTGCAACCTTTGATGATGATTTTCTACAGCCAA  873

seq1  TCTTTAACCCCAACCCCCGCCCCATGTCTTCTGTGCTCATGATTTTTTCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAACCCCAACCCCCGCCCCATGTCTTCTGTGCTCATGATTTTTTCT  923

seq1  CAAAATGTAATACCCTTCTCTCTGGTATTCTACTGTTGGTCATTCTTCAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGTAATACCCTTCTCTCTGGTATTCTACTGTTGGTCATTCTTCAG  973

seq1  TCGCTCTGAGCTGCAGAGTGCCCCTATTGATTTCCTGACTCTCATTCTGG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTCTGAGCTGCAGAGTGCCCCTATTGATTTCCTGACTCTCATTCTGG  1023

seq1  GCACTTTCAAACCTCAATGGTTACCAAGTGTTTTCTCATAGTTATTGAGG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTTCAAACCTCAATGGTTACCAAGTGTTTTCTCATAGTTATTGAGG  1073

seq1  TTCCAAAGTGAAACCAACCAAAGGAACCCAATCATTGTGGGCAGATAAAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAGTGAAACCAACCAAAGGAACCCAATCATTGTGGGCAGATAAAA  1123

seq1  ATCATTCCAACCCTACAGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTCCAACCCTACAGAATTC  1146