BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-146N10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 141,216,442 - 141,392,045
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUnc5c
Upstream geneLOC621343, 4930590L14Rik, Pdha2, LOC100039923
Downstream geneBmpr1b, Gabarapl2-ps3, Pdlim5, Gbp5, Gbp6, Gbp3, Gbp1, Gbp2, EG621605, Ccbl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-146N10.bB6Ng01-146N10.g
ACCDH943877DH943878
length1,1101,114
definitionDH943877|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146N10, 5' end.DH943878|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146N10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(141,216,442 - 141,217,571)(141,390,931 - 141,392,045)
sequence
gaattcactgctcacaggaacacattgtcagtcttctgcatgactcggca
caggtagatgcctattcattttgtcagttcttacaaccaaacaagaacaa
agtagcaacacaatgccttgtaaacagagttgaatttcaaggttatttta
ttttgtccaacttaggaaaataacatgggtttggaaaatataaagaggtg
gctaaattgtgacctactgcactatttccaactcttctccttagcaaaga
caatttaaaatgaggttgaggattacttcctattttattatttcttagtc
ttcgtttacatatacaagtttctaagaaggttgggttatatatgcaaagg
tgatagagtgcataaatatgttttctcttctgtatagagcctaaatttaa
gtgagagcatgtatgacgaagcagaatgggaaaggtaaaaagagaggggg
tggtaaaaagaaagaggatggcaggaggacgggagaaggcaaaagggaag
aaagaccaagaatgacacattattctcatatttaatcttgatttacacac
acacatgcacatacgcacacatacaatcatacacacacatacaaacatac
acacaaagatatacacacacatgcacatacgcatacacacacatacacac
acagagttatgcaaacggggtgagggttacaatggatgttgaaggggtcg
attatatattttatgttatataaatgaacatatagttcataatacataaa
tcatacctatgatgtatagtatattaaattgtaataatgaaataattttg
catgcctacttattaaataaaacaatagaaccaatctttcaatgtcttta
ccatctctacctatcggctctggctctcactctcttcctttcaaagttct
gtgtgataattcataaataagtagttaagatatcagttcagtccgaatgc
tgcaaatattagggcacaaacatcatcaaaggcagtgataggcatggggt
gggtcaaagcctatctctatgtcctattctcctatgaaatttgatgaatt
tttctatgcctttccagatgatgagcaaaagtatagaatttttatgtggc
atcatgacaa
gaattctgagaatgagagaaatattcttccccagggatgagtacacaagt
tggttattcaatatcaaatggtcagcctgaaaacataaacataacattat
atagactgagcaaattgtatttaggaatatgcaaggacacatacacacac
acatacagacacacacacacacacacacacagagagagagagagagagag
agtgagagagagatacaccatcaattaatgaaaacagaggacatgaattt
gaaagagaaaggagaggtatgtgggaaaatttagaagaagaaaaaaaagg
agaaatgatataattataatcataaaaaccaaaaattatcatcaaagtct
tatgtaaaattttaaagtaatatatatcacaaaacaaaaaatgaaaattt
atttattatatatacactctgaattactctgagaaaaatggagaatagag
aaatccatctcaaaataacatataagaaagttcatcatgtccacttgctc
attagaagagagagagaggaccatttctcccaagggatagtgtcaggctc
cattacctgacagtctgaactgtgtacattgatgaatgtacacactgatg
tgacagttgaggctggacagagctcagcttagattatgatggaccacact
cgtacttgggagccctgctgatgtgcaaagtaagatgtatgaacttgtca
gcaaaaagatctcctaatcatggttaagcaggcaggtgactaatactatt
gcctatgcaaaggacaagtgccttttaattccaagctttaaagaacagtc
tatgctaactatgttaacagtcttagcacttgttaaccatgcccagtctt
ttcaggtttaatagagaaaaacaatttcagacaacaaagtttaggaacta
tgacaggctaattctgtaaagtgacaaattctctattgatttaatcttgc
agttgactattggagttggaattcagattcaaatttaatagaataagata
taaacaaaacattattatatttatattggctgggtttgttcttcttcttt
aggccaaatgaatgtaaatacatattgaatgctaggtgagagtttgggaa
gattaaatatcaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_141216442_141217571
seq2: B6Ng01-146N10.b_44_1153

seq1  GAATTCACTGCTCACAGGAACACATTGTCAGTCTTCTGCATGACTCGGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGCTCACAGGAACACATTGTCAGTCTTCTGCATGACTCGGCA  50

seq1  CAGGTAGATGCCTATTCATTTTGTCAGTTCTTACAACCAAACAAGAACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAGATGCCTATTCATTTTGTCAGTTCTTACAACCAAACAAGAACAA  100

seq1  AGTAGCAACACAATGCCTTGTAAACAGAGTTGAATTTCAAGGTTATTTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCAACACAATGCCTTGTAAACAGAGTTGAATTTCAAGGTTATTTTA  150

seq1  TTTTGTCCAACTTAGGAAAATAACATGGGTTTGGAAAATATAAAGAGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTCCAACTTAGGAAAATAACATGGGTTTGGAAAATATAAAGAGGTG  200

seq1  GCTAAATTGTGACCTACTGCACTATTTCCAACTCTTCTCCTTAGCAAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAATTGTGACCTACTGCACTATTTCCAACTCTTCTCCTTAGCAAAGA  250

seq1  CAATTTAAAATGAGGTTGAGGATTACTTCCTATTTTATTATTTCTTAGTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTAAAATGAGGTTGAGGATTACTTCCTATTTTATTATTTCTTAGTC  300

seq1  TTCGTTTACATATACAAGTTTCTAAGAAGGTTGGGTTATATATGCAAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTTTACATATACAAGTTTCTAAGAAGGTTGGGTTATATATGCAAAGG  350

seq1  TGATAGAGTGCATAAATATGTTTTCTCTTCTGTATAGAGCCTAAATTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGAGTGCATAAATATGTTTTCTCTTCTGTATAGAGCCTAAATTTAA  400

seq1  GTGAGAGCATGTATGACGAAGCAGAATGGGAAAGGTAAAAAGAGAGGGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAGCATGTATGACGAAGCAGAATGGGAAAGGTAAAAAGAGAGGGGG  450

seq1  TGGTAAAAAGAAAGAGGATGGCAGGAGGACGGGAGAAGGCAAAAGGGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAAAAGAAAGAGGATGGCAGGAGGACGGGAGAAGGCAAAAGGGAAG  500

seq1  AAAGACCAAGAATGACACATTATTCTCATATTTAATCTTGATTTACACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCAAGAATGACACATTATTCTCATATTTAATCTTGATTTACACAC  550

seq1  ACACATGCACATACGCACACATACAATCATACACACACATACAAACATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGCACATACGCACACATACAATCATACACACACATACAAACATAC  600

seq1  ACACAAAGATATACACACACATGCACATACGCATACACACACATACACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAGATATACACACACATGCACATACGCATACACACACATACACAC  650

seq1  ACAGAGTTATGCAAACGGGGTGAGGGTTACAATGGATGTTGAAGGGGTCG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGTTATGCAAACGGGGTGAGGGTTACAATGGATGTTGAAGGGGTCG  700

seq1  ATTATATATTTTATGTTATATAAATGAACATATAGTTCATAATACATAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATATTTTATGTTATATAAATGAACATATAGTTCATAATACATAAA  750

seq1  TCATACCTATGATGTATAGTATATTAAATTGTAATAATGAAATAATTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACCTATGATGTATAGTATATTAAATTGTAATAATGAAATAATTTTG  800

seq1  CATGCCTACTTATTAAATAAAACAATAGAACCAATCTTTCAATGTCTTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTACTTATTAAATAAAACAATAGAACCAATCTTTCAATGTCTTTA  850

seq1  CCATCTCTACCTATCGGCTCTGGCTCTCACTCTCTTCCTTTCAAAGTTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTCTACCTATCGGCTCTGGCTCTCACTCTCTTCCTTTCAAAGTTCT  900

seq1  GTGTGATAATTCATAAATAAGTAGTTAAGATATCAGTTCAGTCCGAATGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGATAATTCATAAATAAGTAGTTAAGATATCAGTTCAGTCCGAATGC  950

seq1  TGCAAATATTAGGGCACAAACATCATCAAAGGCAGGTGATAGGCATGGGG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGCAAATATTAGGGCACAAACATCATCAAAGGCA-GTGATAGGCATGGGG  999

seq1  TTGGGTCAAAAGCCTATCTTCTATGTCCTATTCTCCTATGAAATTTTGAT  1050
       |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  -TGGGTC-AAAGCCTATC-TCTATGTCCTATTCTCCTATGAAA-TTTGAT  1045

seq1  GAAATTTTTTCCTATGCCTTTCTCAGATGAATGGAGGCAAAAAAGTTAAT  1100
      |||   |||| ||||||||||| |||||||   |||    ||||||  ||
seq2  GAA---TTTTTCTATGCCTTTC-CAGATGA--TGAG---CAAAAGT--AT  1084

seq1  AGGAATATTTTATGTTGGCATCATGGACAA  1130
      | |||| ||||||| ||||||||| |||||
seq2  A-GAAT-TTTTATG-TGGCATCAT-GACAA  1110

seq1: chr3_141390931_141392045
seq2: B6Ng01-146N10.g_68_1181 (reverse)

seq1  TTTG-TATTTTAAAATCTT-CCAAACTCT--ACTAGCATTCAATATGTAT  46
      |||| |||||   |||||| |||||||||   ||||||||||||||||||
seq2  TTTGATATTT---AATCTTCCCAAACTCTCACCTAGCATTCAATATGTAT  47

seq1  TTTAACATTCATTTGGCCTTATAGAGAAGACAAAACCCAGCCAATATAAA  96
      ||  ||||||||||||||| |   ||||||  ||||||||||||||||||
seq2  TT--ACATTCATTTGGCCTAAAGAAGAAGAACAAACCCAGCCAATATAAA  95

seq1  TATTATAATGTTTTGTTTATATCTTATTCTATGTAAATTTGAATCTGAAT  146
      ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TATAATAATGTTTTGTTTATATCTTATTCTAT-TAAATTTGAATCTGAAT  144

seq1  TCCAACTCAAATAGTCAACTGC-AGATTAAATCATTAGAGAATTTGTCAC  195
      |||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCCAACTCCAATAGTCAACTGCAAGATTAAATCAATAGAGAATTTGTCAC  194

seq1  TTTACAGAATTAGCCTGTCATAGTTCCTAAACTTTGTTGTCTGAAATTGT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAGAATTAGCCTGTCATAGTTCCTAAACTTTGTTGTCTGAAATTGT  244

seq1  TTTTCTCTATTAAACCCTGAAAGACTGGGCATGGTTAACAAGTGCTAAGA  295
      ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTATTAAACCTGAAAAGACTGGGCATGGTTAACAAGTGCTAAGA  294

seq1  CTGTTAACATAGTTAGCATAGACTGTTCTTTAAAGCTTGGAATTAAAAGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAACATAGTTAGCATAGACTGTTCTTTAAAGCTTGGAATTAAAAGG  344

seq1  CACTTGTCCTTTGCATAGGCAATAGTATTAGTCACCTGCCTGCTTAACCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGTCCTTTGCATAGGCAATAGTATTAGTCACCTGCCTGCTTAACCA  394

seq1  TGATTAGGAGATCTTTTTGCTGACAAGTTCATACATCTTACTTTGCACAT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTAGGAGATCTTTTTGCTGACAAGTTCATACATCTTACTTTGCACAT  444

seq1  CAGCAGGGCTCCCAAGTACGAGTGTGGTCCATCATAATCTAAGCTGAGCT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGGCTCCCAAGTACGAGTGTGGTCCATCATAATCTAAGCTGAGCT  494

seq1  CTGTCCAGCCTCAACTGTCACATCAGTGTGTACATTCATCAATGTACACA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCAGCCTCAACTGTCACATCAGTGTGTACATTCATCAATGTACACA  544

seq1  GTTCAGACTGTCAGGTAATGGAGCCTGACACTATCCCTTGGGAGAAATGG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGACTGTCAGGTAATGGAGCCTGACACTATCCCTTGGGAGAAATGG  594

seq1  TCCTCTCTCTCTCTTCTAATGAGCAAGTGGACATGATGAACTTTCTTATA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCTCTCTCTTCTAATGAGCAAGTGGACATGATGAACTTTCTTATA  644

seq1  TGTTATTTTGAGATGGATTTCTCTATTCTCCATTTTTCTCAGAGTAATTC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATTTTGAGATGGATTTCTCTATTCTCCATTTTTCTCAGAGTAATTC  694

seq1  AGAGTGTATATATAATAAATAAATTTTCATTTTTTGTTTTGTGATATATA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGTATATATAATAAATAAATTTTCATTTTTTGTTTTGTGATATATA  744

seq1  TTACTTTAAAATTTTACATAAGACTTTGATGATAATTTTTGGTTTTTATG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTTAAAATTTTACATAAGACTTTGATGATAATTTTTGGTTTTTATG  794

seq1  ATTATAATTATATCATTTCTCCTTTTTTTTCTTCTTCTAAATTTTCCCAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAATTATATCATTTCTCCTTTTTTTTCTTCTTCTAAATTTTCCCAC  844

seq1  ATACCTCTCCTTTCTCTTTCAAATTCATGTCCTCTGTTTTCATTAATTGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTCTCCTTTCTCTTTCAAATTCATGTCCTCTGTTTTCATTAATTGA  894

seq1  TGGTGTATCTCTCTCTCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTATCTCTCTCTCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGT  944

seq1  GTGTGTGTGTGTCTGTATGTGTGTGTGTATGTGTCCTTGCATATTCCTAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTCTGTATGTGTGTGTGTATGTGTCCTTGCATATTCCTAA  994

seq1  ATACAATTTGCTCAGTCTATATAATGTTATGTTTATGTTTTCAGGCTGAC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATTTGCTCAGTCTATATAATGTTATGTTTATGTTTTCAGGCTGAC  1044

seq1  CATTTGATATTGAATAACCAACTTGTGTACTCATCCCTGGGGAAGAATAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGATATTGAATAACCAACTTGTGTACTCATCCCTGGGGAAGAATAT  1094

seq1  TTCTCTCATTCTCAGAATTC  1115
      ||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCATTCTCAGAATTC  1114