BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-147A23
Chromosome3 (Build37)
Map Location 45,216,994 - 45,327,294
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039282
Upstream geneLOC676484, LOC100039296, Pcdh10
Downstream geneLOC433580, LOC671801, EG241989
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-147A23.bB6Ng01-147A23.g
ACCDH944042DH944043
length1,1581,168
definitionDH944042|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147A23, 5' end.DH944043|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147A23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,326,136 - 45,327,294)(45,216,994 - 45,218,159)
sequence
gaattctttgcacaacttgaaggcagctccataatttgccatatttccct
tcagacaggtcgggtggtctgatcatcttctaggccactcaagtgtttaa
gtgtatttctcactaaacctcatggattatataaaaacaagaataaagtg
tcctcatcaattttcaggaattcttgagacaattaaaatttttatttctg
gagttattgttgtagaatttatttaatcccaacccatgctttctacactg
cctttgttcattaagttcccagataaaagtcacacaaacctttatattta
caataagccttaatcagtactagagctgggcagatatctgtcctctatat
tattaaaatctatgttgcatgataaccatgtcttattacttactatcttt
catctgagctgctcttaattccaatttcccagcactcagggccatgtgtt
cttgacttctaacacacggggacatttttatttatccttatcttcttctc
tccaacacggagagaaggaagaaaggagaaatttgccctgaagggagagg
aactaggatcacatggccaggagaatgaacaagtaactggggtgcacact
ggggaggtaaccatgccagcagttgtagattagagttgacctcccccccc
ccaccagtaattgtcaaagccaaataaaataaacatagtctgagactcat
ttattgtaagcaagttagggataagcttaaattggttgtactaatgtata
aggaatgtccacgtggaattgagtattgtaattccagaacattctgcatc
ttaggggtattcacttcaagaagaaaatgtttgtagattgtatgaaactg
ttataaaacatccttgaactaccatgacttttgcctttacatagtacctt
tcccagatatcgtcattgggaaaggaggatagacacacctatatattacc
atgtagaacagtacttcactgtagagctaaaaccttactaaatggggatt
gtcacactagacttttatttgggtgttcataactccatttactcaatgag
atgaatccatggtcattggcaaaatcagcttgtactcagatcttattacc
agacactattctgaatcatataggtagattttgacattccaactttgtga
ggagagcc
gaattcattggtaataagcagatacatgagtaaattaagccacccaatta
aaatgttaaatactcatgtattttggtattgtatgataataagtttatgc
ttggttttcatataaacaagcaatcacatgggtcttgaagaactgaaatg
aatggcatgtaaaaatgatgtttgacatacaaagctctctgtatcggtag
tatcctcgtgtacaaagtgatgaccaaacttactctgaaattgttcatgc
tttctgctgtgaataaggatgataatttaaaccttacaagtaggtaactc
atcctcgatgctttgaagaaaccacttgaagcttaagtgttaaaaggcag
taaatattattaggctcattttaaacaaccatttatttttgaagaaatat
gaggttattcttttttttaaattttagttgtagtaaaagcatttgtcagt
ctgaatgagctaataccttgagcttatgagcaggaaggtgtactgggtaa
attgtcttcagaagttgcaaaaatttatgtttaagtgtaaattgtgtttt
taaatagctctgaacaaaacattccacatgtgagcatattatgatatgtt
aaaaagcccatgttgattgtcactgagagaaatatacacttctgttttgt
aaagtatatactgagttagggccagaatgatcgaaactctaaatttaact
ttaaaagaatttatttatttatttatttatttatttatgtatttatttcc
tgtatgtgagtacactgtcactatcttcagacacatcagaagagggcatc
ggattcccattacagatggttgtgagccaccatgtggttgcttggaattg
aactcaggatctctggaagagcagtcagtactcttaaccactaagccatc
tcttcagacactcaaaatttaacttaaactaatggaatgaatttttggct
tagtttatttttcagaaagcctgctacatattcatcagtacggagaagta
ccattagtccaatatcctttttgcaatctagcttgaaatgcatatttttt
cattacatgccgagttgtttattctttttatgaatatttaatttagttat
accttaccttcaaaccaatacttttcatagtatatttctagatgggggat
gctctctaaaatgatgtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_45326136_45327294
seq2: B6Ng01-147A23.b_44_1201 (reverse)

seq1  GGCTCTCCTCAC-AAGTTGG-ATGTCAATATCTA-CTATATGATTCAGAA  47
      |||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  GGCTCTCCTCACAAAGTTGGAATGTCAAAATCTACCTATATGATTCAGAA  50

seq1  TAGTGTCTGGTAATAAAGAATCTGAGTAC-AGCTGATTTTTGCAATGACC  96
      ||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||  ||||||||
seq2  TAGTGTCTGGTAATAA--GATCTGAGTACAAGCTGATTTTGCCAATGACC  98

seq1  ATGGATTCATCTTCATTTTGAGTTAATGGAGTTATGAACACCCAAATAAA  146
      ||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATTCATC-TCA--TTGAGTAAATGGAGTTATGAACACCCAAATAAA  145

seq1  AGTCTAGTGTGACAATCCCCATTTAGTAAGGTTTTTAGCTCTACAGTGAA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAGTGTGACAATCCCCATTTAGTAAGG-TTTTAGCTCTACAGTGAA  194

seq1  GTACTGTTCTACATGGTAATATTATAGGTGTGTCTATCCTCCTTT-CCAA  245
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTACTGTTCTACATGGTAATA-TATAGGTGTGTCTATCCTCCTTTCCCAA  243

seq1  TGACGATATCTGGGAAAGGTACTATGTAAAGGCAAAAGTCATGGTAGTTC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGATATCTGGGAAAGGTACTATGTAAAGGCAAAAGTCATGGTAGTTC  293

seq1  AAGGATGTTTTATAACAGTTTCATACAATCTAC-AACATTTTCTTCTTGA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AAGGATGTTTTATAACAGTTTCATACAATCTACAAACATTTTCTTCTTGA  343

seq1  AGTGAATACCCCTAAGATGCAGAATGTTCTGGAATTACAATACTCAATTC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATACCCCTAAGATGCAGAATGTTCTGGAATTACAATACTCAATTC  393

seq1  CACGTGGACATTCCTTATACATTAGTACAACCAATTTAAGCTTATCCCTA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTGGACATTCCTTATACATTAGTACAACCAATTTAAGCTTATCCCTA  443

seq1  ACTTGCTTACAATAAATGAGTCTCAGACTATGTTTATTTTATTTGGCTTT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCTTACAATAAATGAGTCTCAGACTATGTTTATTTTATTTGGCTTT  493

seq1  GACAATTACTGGTGGGGGGGGGGAGGTCAACTCTAATCTACAACTGCTGG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATTACTGGTGGGGGGGGGGAGGTCAACTCTAATCTACAACTGCTGG  543

seq1  CATGGTTACCTCCCCAGTGTGCACCCCAGTTACTTGTTCATTCTCCTGGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTACCTCCCCAGTGTGCACCCCAGTTACTTGTTCATTCTCCTGGC  593

seq1  CATGTGATCCTAGTTCCTCTCCCTTCAGGGCAAATTTCTCCTTTCTTCCT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGATCCTAGTTCCTCTCCCTTCAGGGCAAATTTCTCCTTTCTTCCT  643

seq1  TCTCTCCGTGTTGGAGAGAAGAAGATAAGGATAAATAAAAATGTCCCCGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCGTGTTGGAGAGAAGAAGATAAGGATAAATAAAAATGTCCCCGT  693

seq1  GTGTTAGAAGTCAAGAACACATGGCCCTGAGTGCTGGGAAATTGGAATTA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAGAAGTCAAGAACACATGGCCCTGAGTGCTGGGAAATTGGAATTA  743

seq1  AGAGCAGCTCAGATGAAAGATAGTAAGTAATAAGACATGGTTATCATGCA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGCTCAGATGAAAGATAGTAAGTAATAAGACATGGTTATCATGCA  793

seq1  ACATAGATTTTAATAATATAGAGGACAGATATCTGCCCAGCTCTAGTACT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGATTTTAATAATATAGAGGACAGATATCTGCCCAGCTCTAGTACT  843

seq1  GATTAAGGCTTATTGTAAATATAAAGGTTTGTGTGACTTTTATCTGGGAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAGGCTTATTGTAAATATAAAGGTTTGTGTGACTTTTATCTGGGAA  893

seq1  CTTAATGAACAAAGGCAGTGTAGAAAGCATGGGTTGGGATTAAATAAATT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATGAACAAAGGCAGTGTAGAAAGCATGGGTTGGGATTAAATAAATT  943

seq1  CTACAACAATAACTCCAGAAATAAAAATTTTAATTGTCTCAAGAATTCCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAACAATAACTCCAGAAATAAAAATTTTAATTGTCTCAAGAATTCCT  993

seq1  GAAAATTGATGAGGACACTTTATTCTTGTTTTTATATAATCCATGAGGTT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTGATGAGGACACTTTATTCTTGTTTTTATATAATCCATGAGGTT  1043

seq1  TAGTGAGAAATACACTTAAACACTTGAGTGGCCTAGAAGATGATCAGACC  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGAAATACACTTAAACACTTGAGTGGCCTAGAAGATGATCAGACC  1093

seq1  ACCCGACCTGTCTGAAGGGAAATATGGCAAATTATGGAGCTGCCTTCAAG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGACCTGTCTGAAGGGAAATATGGCAAATTATGGAGCTGCCTTCAAG  1143

seq1  TTGTGCAAAGAATTC  1159
      |||||||||||||||
seq2  TTGTGCAAAGAATTC  1158

seq1: chr3_45216994_45218159
seq2: B6Ng01-147A23.g_72_1239

seq1  GAATTCATTGGTAATAAGCAGATACATGAGTAAATTAAGCCACCCAATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGGTAATAAGCAGATACATGAGTAAATTAAGCCACCCAATTA  50

seq1  AAATGTTAAATACTCATGTATTTTGGTATTGTATGATAATAAGTTTATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTAAATACTCATGTATTTTGGTATTGTATGATAATAAGTTTATGC  100

seq1  TTGGTTTTCATATAAACAAGCAATCACATGGGTCTTGAAGAACTGAAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTTCATATAAACAAGCAATCACATGGGTCTTGAAGAACTGAAATG  150

seq1  AATGGCATGTAAAAATGATGTTTGACATACAAAGCTCTCTGTATCGGTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCATGTAAAAATGATGTTTGACATACAAAGCTCTCTGTATCGGTAG  200

seq1  TATCCTCGTGTACAAAGTGATGACCAAACTTACTCTGAAATTGTTCATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTCGTGTACAAAGTGATGACCAAACTTACTCTGAAATTGTTCATGC  250

seq1  TTTCTGCTGTGAATAAGGATGATAATTTAAACCTTACAAGTAGGTAACTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCTGTGAATAAGGATGATAATTTAAACCTTACAAGTAGGTAACTC  300

seq1  ATCCTCGATGCTTTGAAGAAACCACTTGAAGCTTAAGTGTTAAAAGGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCGATGCTTTGAAGAAACCACTTGAAGCTTAAGTGTTAAAAGGCAG  350

seq1  TAAATATTATTAGGCTCATTTTAAACAACCATTTATTTTTGAAGAAATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTATTAGGCTCATTTTAAACAACCATTTATTTTTGAAGAAATAT  400

seq1  GAGGTTATTCTTTTTTTTAAATTTTAGTTGTAGTAAAAGCATTTGTCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTATTCTTTTTTTTAAATTTTAGTTGTAGTAAAAGCATTTGTCAGT  450

seq1  CTGAATGAGCTAATACCTTGAGCTTATGAGCAGGAAGGTGTACTGGGTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGAGCTAATACCTTGAGCTTATGAGCAGGAAGGTGTACTGGGTAA  500

seq1  ATTGTCTTCAGAAGTTGCAAAAATTTATGTTTAAGTGTAAATTGTGTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCTTCAGAAGTTGCAAAAATTTATGTTTAAGTGTAAATTGTGTTTT  550

seq1  TAAATAGCTCTGAACAAAACATTCCACATGTGAGCATATTATGATATGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGCTCTGAACAAAACATTCCACATGTGAGCATATTATGATATGTT  600

seq1  AAAAAGCCCATGTTGATTGTCACTGAGAGAAATATACACTTCTGTTTTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGCCCATGTTGATTGTCACTGAGAGAAATATACACTTCTGTTTTGT  650

seq1  AAAGTATATACTGAGTTAGGGCCAGAATGATCGAAACTCTAAATTTAACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATATACTGAGTTAGGGCCAGAATGATCGAAACTCTAAATTTAACT  700

seq1  TTAAAAGAATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATGTATTTATTTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGAATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATGTATTTATTTCC  750

seq1  TGTATGTGAGTACACTGTCACTATCTTCAGACACATCAGAAGAGGGCATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTGAGTACACTGTCACTATCTTCAGACACATCAGAAGAGGGCATC  800

seq1  GGATTCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTTGGAATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTTGGAATTG  850

seq1  AACTCAGGATCTCTGGAAGAGCAGTCAGTACTCTTAACCACTAAGCCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGGATCTCTGGAAGAGCAGTCAGTACTCTTAACCACTAAGCCATC  900

seq1  TCTTCAGACACTCAAAATTTAACTTAAACTAATGGAATGAATTTTTGGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAGACACTCAAAATTTAACTTAAACTAATGGAATGAATTTTTGGCT  950

seq1  TAGTTTATTTTTCAGAAAGCCTGCTACAATATCCATCAGGTACGGAGAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||
seq2  TAGTTTATTTTTCAGAAAGCCTGCTAC-ATATTCATCA-GTACGGAGAAG  998

seq1  TACCA-TAGTCCAATATCCCTTTTGCAAAATCTAGCTTGAAATGCATA-T  1048
      ||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| |
seq2  TACCATTAGTCCAATATCCTTTTTGC--AATCTAGCTTGAAATGCATATT  1046

seq1  TTTTCA-TACATGCCGAGTTGTTTATTCTTTTTATGAATATTTTATTTTA  1097
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
seq2  TTTTCATTACATGCCGAGTTGTTTATTCTTTTTATGAATA-TTTAATTTA  1095

seq1  GTATAATACTTTA-CTTCAAAACATATCTTTTCATAG--TATTTCTAGAT  1144
      |  | |||| ||| ||||||| ||   ||||||||||  |||||||||||
seq2  G--TTATACCTTACCTTCAAACCAATACTTTTCATAGTATATTTCTAGAT  1143

seq1  --GGGATG--CTCATAAATGAGTGTT  1166
        ||||||  |||  |||||| ||||
seq2  GGGGGATGCTCTCTAAAATGA-TGTT  1168