BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-148L16
Chromosome3 (Build37)
Map Location 136,479,662 - 136,593,244
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpp3ca
Upstream geneSlc39a8, LOC100039350, LOC383923, Bank1, LOC100039477, LOC668868
Downstream geneLOC668870, LOC100039447, Emcn, EG229862, Ddit4l, LOC668874, H2afz, Dnajb14, Map2k1ip1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-148L16.bB6Ng01-148L16.g
ACCDH945257DH945258
length7541,090
definitionDH945257|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-148L16, 5' end.DH945258|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-148L16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,592,322 - 136,593,244)(136,479,662 - 136,480,760)
sequence
gaattccacatgaataacacaaacagatggacttaaaataaaaggaactc
gactaagtgaaactacaaacagaggtgaccgtctgaaggtgaccctgtct
actgtaagcatttaaagaccttagctttagaagcaaagctgaaactctgg
aaccacaccagcattcctgagcagaaatacacacagcttagtgtgttcta
agctcaggaagtctgtggtcaggcactgaaagtgtatgtgccactgttgt
atgctacgattattagacactgtagctttccttcagtggggcagagttgt
attctgctcatataaatgatctctgcgctaatttcccaggatattcattt
tgatggaaaagttttttgtctttttttttttttttttggtttgtttttgt
ttttatgaagtgattaatttctaactacggatttacctctgtttttccag
attttctttcttttggtgaactgtttttgagttttggggggcaactcata
gacagtggttttagaggaaagtcatctgaaaataaaggctatgactgttg
tcactaaaatgtgatgggctgacaatgtcatgctcacaggttgaccatta
cgtgttgtgtggaacaaatgtcttaataaagttagagtaaaaacacctga
ggcttttgggatggagagtagggataggaaagaaaatatgagacagatcc
agggagagaaaaaaagtaagaggctgagattgtattaaaatactatagga
tttt
gaattcatagccttttgcattcttttagatcaagagctacacatagacta
gttagtacctgtatacatgcataaacatacatgtacacacacatacatac
atacatgtacatcatgttaaagtttacatgcatgtaatttatattcttct
tctagaactcattaatattgaaaaagctttaacacattattggaagaaat
gtgcccaaactaagtatgacttaggaaagatttgtcagattaaacataca
cataagtacaaaatggcttcaattgccctttaaaccataaagcataaacc
agacctccagtgtttcccctttggtaaaatattccctaatgacaattagt
tttgtgaagtatttgtggagaagtttattccactgggtggatcgattgct
tcattctcttgaaaactcagcttttaggtctatgttttaaaagagcttgt
attaaacaaaaaatatggaagaagccgaccttattgataaaaccatgttg
aaggaacccattgaccagcagacttgaatgtaaaggtcattgaattaaat
catttgtaagctagttattaaaagcccaagtgcctttttgtaaaatcaaa
atagtatgcaaagctccaactacaaagtagagaagtcaagggtaaaacag
taagtcccccgtacctataagcaaaactgttggaagataggcttgagaca
tattcacatccctgagagaagctgggaggcattgcaaggccgttgtgcta
gtttagcacctgtcctgggatagaaatcagtgtcttcaactcttcctaag
caggacatactttcataccactcttggccttgaacagtgtgcttctagtt
acctctactatacaagggaagtgaaggacatgaaaggatctggttcaatt
ctgcacctgctgggtgtttccttaaacagcttaccacacccacactctac
ttactgaatatgttttcctctgcagcagattgccactagatactcctcag
tagtttttgtccaccacttgtcagggagaatgttatttgcatgatgtcct
cattgttcatagaatgcattgaactactaataagactgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_136592322_136593244
seq2: B6Ng01-148L16.b_47_972 (reverse)

seq1  ACACATAGCTAG-TGCCATCCATGTTAGAC-AACATAATCAGATATACTG  48
      |||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||
seq2  ACACATAGCTAGTTGCCATCCATGTAAGACAAACATAATCAGAAATACTG  50

seq1  TTTCTTTAGTTGTATTTACTTTTTTATCCATTTTAGTTAATATCACTAAT  98
      || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTAGTTGTATATACTTTTTTATCCATTTTAGTTAATATCACTAAT  100

seq1  TTAAAAATAGCATTCAATATGGAAATTTTGCTGTTATGTTAGACTTCAAC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATAGCATTCAATATGGAAATTTTGCTGTTATGTTAGACTTCAAC  150

seq1  AGAAAGAAATATTTCCAGCAAAAAAATCCTATAGTATTTTAATACAATCT  198
      ||||                  ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAATCCTATAGTATTTTAATACAATCT  200

seq1  CAGCCTCTTAC-TTTTTTCTCTCCCTGGATCTGTCTCATATTTTCTTTCC  247
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTCTTACTTTTTTTCTCTCCCTGGATCTGTCTCATATTTTCTTTCC  250

seq1  TATCCCTACTCTCCATCCCAAAAGCCTCAGGTGTTTTTACTCTAACTTTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCCTACTCTCCATCCCAAAAGCCTCAGGTGTTTTTACTCTAACTTTA  300

seq1  TTAAGACATTTGTTCCACACAACACGTAATGGTCAACCTGTGAGCATGAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGACATTTGTTCCACACAACACGTAATGGTCAACCTGTGAGCATGAC  350

seq1  ATTGTCAGCCCATCACATTTTAGTGACAACAGTCATAGCCTTTATTTTCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCAGCCCATCACATTTTAGTGACAACAGTCATAGCCTTTATTTTCA  400

seq1  GATGACTTTCCTCTAAAACCACTGTCTATGAGTTGCCCCCCAAAACTCAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTTTCCTCTAAAACCACTGTCTATGAGTTGCCCCCCAAAACTCAA  450

seq1  AAACAGTTCACCAAAAGAAAGAAAATCTGGAAAAACAGAGGTAAATCCGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTTCACCAAAAGAAAGAAAATCTGGAAAAACAGAGGTAAATCCGT  500

seq1  AGTTAGAAATTAATCACTTCATAAAAACAAAAACAAACCAAAAAAAAAAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGAAATTAATCACTTCATAAAAACAAAAACAAACCAAAAAAAAAAA  550

seq1  AAAAAAGACAAAAAACTTTTCCATCAAAATGAATATCCTGGGAAATTAGC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGACAAAAAACTTTTCCATCAAAATGAATATCCTGGGAAATTAGC  600

seq1  GCAGAGATCATTTATATGAGCAGAATACAACTCTGCCCCACTGAAGGAAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGATCATTTATATGAGCAGAATACAACTCTGCCCCACTGAAGGAAA  650

seq1  GCTACAGTGTCTAATAATCGTAGCATACAACAGTGGCACATACACTTTCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAGTGTCTAATAATCGTAGCATACAACAGTGGCACATACACTTTCA  700

seq1  GTGCCTGACCACAGACTTCCTGAGCTTAGAACACACTAAGCTGTGTGTAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTGACCACAGACTTCCTGAGCTTAGAACACACTAAGCTGTGTGTAT  750

seq1  TTCTGCTCAGGAATGCTGGTGTGGTTCCAGAGTTTCAGCTTTGCTTCTAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTCAGGAATGCTGGTGTGGTTCCAGAGTTTCAGCTTTGCTTCTAA  800

seq1  AGCTAAGGTCTTTAAATGCTTACAGTAGACAGGGTCACCTTCAGACGGTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAGGTCTTTAAATGCTTACAGTAGACAGGGTCACCTTCAGACGGTC  850

seq1  ACCTCTGTTTGTAGTTTCACTTAGTCGAGTTCCTTTTATTTTAAGTCCAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGTTTGTAGTTTCACTTAGTCGAGTTCCTTTTATTTTAAGTCCAT  900

seq1  CTGTTTGTGTTATTCATGTGGAATTC  923
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGTGTTATTCATGTGGAATTC  926

seq1: chr3_136479662_136480760
seq2: B6Ng01-148L16.g_69_1158

seq1  GAATTCATAGCCTTTTGCATTCTTTTAGATCAAGAGCTACACATAGACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGCCTTTTGCATTCTTTTAGATCAAGAGCTACACATAGACTA  50

seq1  GTTAGTACCTGTATACATGCATAAACATACATGTACACACACATACATAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTACCTGTATACATGCATAAACATACATGTACACACACATACATAC  100

seq1  ATACATGTACATCATGTTAAAGTTTACATGCATGTAATTTATATTCTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGTACATCATGTTAAAGTTTACATGCATGTAATTTATATTCTTCT  150

seq1  TCTAGAACTCATTAATATTGAAAAAGCTTTAACACATTATTGGAAGAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAACTCATTAATATTGAAAAAGCTTTAACACATTATTGGAAGAAAT  200

seq1  GTGCCCAAACTAAGTATGACTTAGGAAAGATTTGTCAGATTAAACATACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCAAACTAAGTATGACTTAGGAAAGATTTGTCAGATTAAACATACA  250

seq1  CATAAGTACAAAATGGCTTCAATTGCCCTTTAAACCATAAAGCATAAACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGTACAAAATGGCTTCAATTGCCCTTTAAACCATAAAGCATAAACC  300

seq1  AGACCTCCAGTGTTTCCCCTTTGGTAAAATATTCCCTAATGACAATTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTCCAGTGTTTCCCCTTTGGTAAAATATTCCCTAATGACAATTAGT  350

seq1  TTTGTGAAGTATTTGTGGAGAAGTTTATTCCACTGGGTGGATCGATTGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGAAGTATTTGTGGAGAAGTTTATTCCACTGGGTGGATCGATTGCT  400

seq1  TCATTCTCTTGAAAACTCAGCTTTTAGGTCTATGTTTTAAAAGAGCTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTCTTGAAAACTCAGCTTTTAGGTCTATGTTTTAAAAGAGCTTGT  450

seq1  ATTAAACAAAAAATATGGAAGAAGCCGACCTTATTGATAAAACCATGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACAAAAAATATGGAAGAAGCCGACCTTATTGATAAAACCATGTTG  500

seq1  AAGGAACCCATTGACCAGCAGACTTGAATGTAAAGGTCATTGAATTAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACCCATTGACCAGCAGACTTGAATGTAAAGGTCATTGAATTAAAT  550

seq1  CATTTGTAAGCTAGTTATTAAAAGCCCAAGTGCCTTTTTGTAAAATCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTAAGCTAGTTATTAAAAGCCCAAGTGCCTTTTTGTAAAATCAAA  600

seq1  ATAGTATGCAAAGCTCCAACTACAAAGTAGAGAAGTCAAGGGTAAAACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTATGCAAAGCTCCAACTACAAAGTAGAGAAGTCAAGGGTAAAACAG  650

seq1  TAAGTCCCCCGTACCTATAAGCAAAACTGTTGGAAGATAGGCTTGAGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCCCCCGTACCTATAAGCAAAACTGTTGGAAGATAGGCTTGAGACA  700

seq1  TATTCACATCCCTGAGAGAAGCTGGGAGGCATTGCAAGGCCGTTGTGCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCACATCCCTGAGAGAAGCTGGGAGGCATTGCAAGGCCGTTGTGCTA  750

seq1  G-TTAGCACCTGTCCTGGGATAGAAATCAGTGTCTTCAACTCTTCCTAAG  799
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGCACCTGTCCTGGGATAGAAATCAGTGTCTTCAACTCTTCCTAAG  800

seq1  CAGGACATAC-TTCATACCACTCTTGGCCTTGAACAGTGTGCTTCTAGTT  848
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACATACTTTCATACCACTCTTGGCCTTGAACAGTGTGCTTCTAGTT  850

seq1  ACCTCTACTATACAAGGGAAGTGAAGGACATGAAAGGATCTGGTTCAAAT  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACCTCTACTATACAAGGGAAGTGAAGGACATGAAAGGATCTGGTTC-AAT  899

seq1  TCTGCACCTGCTGGGTTGTTCCTTAAACAGCTTACCACACCCACACTCTA  948
      ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCACCTGCTGGGTGTTTCCTTAAACAGCTTACCACACCCACACTCTA  949

seq1  CTTACTGGATAATGTTTTCCTCTGCAGCAAGAATGGCACTAGATACT-CT  997
      ||||||| || ||||||||||||||||| ||| || ||||||||||| ||
seq2  CTTACTGAAT-ATGTTTTCCTCTGCAGC-AGATTGCCACTAGATACTCCT  997

seq1  CAGTAGGTTTTTGTTCCACCACCTTGTCAGGGAAGGATATGTTATTTGCA  1047
      ||||| ||||||| ||||||| |||||||||||  || ||||||||||||
seq2  CAGTA-GTTTTTG-TCCACCA-CTTGTCAGGGA--GA-ATGTTATTTGCA  1041

seq1  TTGATGTCCTCATTGTTCATAGAAATGCATTGAACTACTTAATAAGACTG  1097
       ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||
seq2  -TGATGTCCTCATTGTTCATAG-AATGCATTGAACTAC-TAATAAGACTG  1088

seq1  AA  1099
      ||
seq2  AA  1090