BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-149H17
Chromosome3 (Build37)
Map Location 86,176,152 - 86,294,646
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrba
Upstream geneLOC100042237, LOC100042125, Pet112l, 9930021J17Rik, Glt28d2, LOC100042265, Gm1019, Sh3d19, Rps3a, LOC634201
Downstream geneMab21l2, EG667024, LOC100042319, Dclk2, EG625055, Cd1d2, Cd1d1, LOC667897, Kirrel1, LOC100042355, Msr2, Cd5l, Fcrl1, Fcrl5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-149H17.bB6Ng01-149H17.g
ACCDH945809DH945810
length1,1311,077
definitionDH945809|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-149H17, 5' end.DH945810|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-149H17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,176,152 - 86,177,306)(86,293,559 - 86,294,646)
sequence
gaattctttcaaaattaattttatttcaaaatataatgttttaaaatgtt
tatgagaaatgtccacttgtaataaaaatgctacatgtatgacacatttt
tctgagcttatggtgtatattgtggataattatgaattcttaagaataca
ttgtaccttttctttaaaagtgttaaagtgatggtatctggtcaatcatg
atcctattaatactgcattctacatagagtttacttttacttagaatttt
aatttggaatatatgtttcaaaatttaattctgaaatctatagccacatt
tttatccactatatgccaagtggtcagagaatttttgtttttcttaccat
aattgccaattccctgtctccccagggcagtggggtacttctgtgaatgc
tatatatttgtgggatcacacaggcctaaaaggtttggtgaagcacaggg
agaaatctgtgaggagtggttgtggagaccagtatcttttagaggattgt
ctggtagtttcagtgggagccctctgttgctattataagatatggaagta
ctattgtgaaccaagagtagcactggctgttgacttgtttgctgtgtaaa
ctctgggtactcatcagttccctgacattcagcatacctgtttgttcttc
taaattcattaaatgtatgtgattgattacatataaacatatatgtacat
tcatgcaaacttgttaatatgttgagataattataaatgtatagtttatg
gtttgtctaatgaagtctcttaggttagattagaaagtgttatcacttca
ataaaagtttgactagtttttacaaacatttacatgcaacaactgacaac
ttaaaataaagacatgatattttatctcaagttttttgatagccaagttt
gataagagaaatgggatgaggtcttgagttagttcagattatatggagtc
attaaaatgcttttagtgagtgaggtgcagttgcagtagaactgatgctt
agatggtagttgcagggctgtgcaacttgaattggaaagatgattcagaa
aaaagacatttggaggaagtactgggcacagtatgtggtttttggccatt
ttattatctgtgagctaggatttctatggga
gaattcctatttcaaaagctgttatcaagactgtagatatgatcagtgct
aaaggggtgcaactatttttgagtctccatgaactaaactacagaataaa
tgagcatatttatatacaaagttttatatttatatttatctacagtcatc
tatttatttaatatcagtataattccagtttcctgtcttgttatttataa
cccccataattaaagaataatttagttctcattcataacctatatactga
tttgacctatctttgtaaacatgaccaaagtcccaccatacacagatgac
ctatccaaccagtatctcctgctgagacttctccgtgaatattttctaaa
cactactcaggctctggcaatccaggccaggcctccatcctccccagcaa
agcctgcaacagtacacataaataggtcttgccattgtgtagacacccac
ctcagtccatttttccttcagcatcaaccatctgataaaaatgtcctcac
tctgctcaagctgatatgctgtttcctgtatctgttaaacttctgtgctt
ttggttaaccaccttgggctccaataccacaggctgagccatatcactgc
atagtctccttattatttaggtgatgacttcctgattatatcttttgctg
tgaatacctatatttctcagcccatataatgcatgttggactaaatataa
aggaatagtgaagcaggaaaaaagaaagaaagtggaaaccataatgtttg
tagaatgattaacttataatttggtgatttggtataaatttatgtattta
tgcgatctgcatcataagtttgagagtccttccataactcaaaaagtact
cttacatttgataataatttctactcttaacgcaaatctcacatgcacac
tcctgtagggatctgtctgtctgtctgctgattcttcgtacatgagacta
aataaaaaaactgtctggattgttttactcacatgacttgtgtttatcca
gttgctactgattggacagttcttctcaatttgctatagttctcatttgg
gaaactatacatgggttatcagctacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_86176152_86177306
seq2: B6Ng01-149H17.b_45_1175

seq1  GAATTCTTTCAAAATTAATTTTATTTCAAAATATAATGTTTTAAAATGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCAAAATTAATTTTATTTCAAAATATAATGTTTTAAAATGTT  50

seq1  TATGAGAAATGTCCACTTGTAATAAAAATGCTACATGTATGACACATTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGAAATGTCCACTTGTAATAAAAATGCTACATGTATGACACATTTT  100

seq1  TCTGAGCTTATGGTGTATATTGTGGATAATTATGAATTCTTAAGAATACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCTTATGGTGTATATTGTGGATAATTATGAATTCTTAAGAATACA  150

seq1  TTGTACCTTTTCTTTAAAAGTGTTAAAGTGATGGTATCTGGTCAATCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACCTTTTCTTTAAAAGTGTTAAAGTGATGGTATCTGGTCAATCATG  200

seq1  ATCCTATTAATACTGCATTCTACATAGAGTTTACTTTTACTTAGAATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTATTAATACTGCATTCTACATAGAGTTTACTTTTACTTAGAATTTT  250

seq1  AATTTGGAATATATGTTTCAAAATTTAATTCTGAAATCTATAGCCACATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGGAATATATGTTTCAAAATTTAATTCTGAAATCTATAGCCACATT  300

seq1  TTTATCCACTATATGCCAAGTGGTCAGAGAATTTTTGTTTTTCTTACCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCACTATATGCCAAGTGGTCAGAGAATTTTTGTTTTTCTTACCAT  350

seq1  AATTGCCAATTCCCTGTCTCCCCAGGGCAGTGGGGTACTTCTGTGAATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGCCAATTCCCTGTCTCCCCAGGGCAGTGGGGTACTTCTGTGAATGC  400

seq1  TATATATTTGTGGGATCACACAGGCCTAAAAGGTTTGGTGAAGCACAGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATTTGTGGGATCACACAGGCCTAAAAGGTTTGGTGAAGCACAGGG  450

seq1  AGAAATCTGTGAGGAGTGGTTGTGGAGACCAGTATCTTTTAGAGGATTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATCTGTGAGGAGTGGTTGTGGAGACCAGTATCTTTTAGAGGATTGT  500

seq1  CTGGTAGTTTCAGTGGGAGCCCTCTGTTGCTATTATAAGATATGGAAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAGTTTCAGTGGGAGCCCTCTGTTGCTATTATAAGATATGGAAGTA  550

seq1  CTATTGTGAACCAAGAGTAGCACTGGCTGTTGACTTGTTTGCTGTGTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGTGAACCAAGAGTAGCACTGGCTGTTGACTTGTTTGCTGTGTAAA  600

seq1  CTCTGGGTACTCATCAGTTCCCTGACATTCAGCATACCTGTTTGTTCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGTACTCATCAGTTCCCTGACATTCAGCATACCTGTTTGTTCTTC  650

seq1  TAAATTCATTAAATGTATGTGATTGATTACATATAAACATATATGTACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCATTAAATGTATGTGATTGATTACATATAAACATATATGTACAT  700

seq1  TCATGCAAACTTGTTAATATGTTGAGATAATTATAAATGTATAGTTTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCAAACTTGTTAATATGTTGAGATAATTATAAATGTATAGTTTATG  750

seq1  GTTTGTCTAATGAAGTCTCTTAGGTTAGATTAGAAAGTGTTATCACTTCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTCTAATGAAGTCTCTTAGGTTAGATTAGAAAGTGTTATCACTTCA  800

seq1  ATAAAAGTTTGAACTAGTTTTTACAAACATTTACATGCAACAACTGACAA  850
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGTTTG-ACTAGTTTTTACAAACATTTACATGCAACAACTGACAA  849

seq1  CTTAAAATAAAGACATGATATTTTATCTCAAGTTTTTTGATAGCCAAGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAATAAAGACATGATATTTTATCTCAAGTTTTTTGATAGCCAAGTT  899

seq1  TGATAAGTAGAAATGGGATGAGGTCTTGAGTTAGTTCAGATTATAATGGA  950
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGATAAG-AGAAATGGGATGAGGTCTTGAGTTAGTTCAGATTAT-ATGGA  947

seq1  GTCATTAAAAATGCTTTTAGTGAGTGAGGTGCAGTTTGCAGTAAGAACTG  1000
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  GTCATT-AAAATGCTTTTAGTGAGTGAGGTGCAG-TTGCAGT-AGAACTG  994

seq1  ATGCTTAGAATGGTAGTTTGTCAGGTGTCTGTGCGAACTTGGATTGGAAA  1050
      |||||||| |||||||||   |||  | |||||| |||||| ||||||||
seq2  ATGCTTAG-ATGGTAGTT--GCAG--GGCTGTGC-AACTTGAATTGGAAA  1038

seq1  GATGTATCAGTAAAAAAGGACATTTTAGGTAGGAAGTTACTGGGCACAGT  1100
      ||||  ||||  ||||| |||||||   | |||||| |||||||||||||
seq2  GATGATTCAG--AAAAAAGACATTT---GGAGGAAG-TACTGGGCACAGT  1082

seq1  AATGTGGTTTTTTTGGCCATTTTTATTTTACATGTGACTTTGTATTTCTA  1150
       ||||||  |||||||||||||   | |||  |||||  | | |||||||
seq2  -ATGTGG--TTTTTGGCCATTT---TATTATCTGTGAGCTAGGATTTCTA  1126

seq1  TGGAA  1155
      ||| |
seq2  TGGGA  1131

seq1: chr3_86293559_86294646
seq2: B6Ng01-149H17.g_65_1141 (reverse)

seq1  GGTAGCTGATAACCCAATGTAT-GTTTCCACAAAATGAGAAACTACTGAG  49
      ||||||||||||||| |||||| |||||  | ||||||| |||||   ||
seq2  GGTAGCTGATAACCC-ATGTATAGTTTC--CCAAATGAG-AACTA--TAG  44

seq1  CAATATGAAGAAAGAACTGTCCAATCAGTAGCAACTTGGATAAACCACAA  99
      |||  |||   |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |
seq2  CAAATTGA--GAAGAACTGTCCAATCAGTAGCAAC-TGGATAAA-CAC-A  89

seq1  AGTCATGTTGAGTAAAAACAATCCAGACAG-TTTTTTATTTAGTCTCATG  148
      ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGTCATG-TGAGT-AAAACAATCCAGACAGTTTTTTTATTTAGTCTCATG  137

seq1  TACGAGGAATCAGCAGACAGACAGACAGATCCCTACAGGAGTGTGCATGT  198
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGAAGAATCAGCAGACAGACAGACAGATCCCTACAGGAGTGTGCATGT  187

seq1  GAGATTTGCGTTAAGAGTAGAAATTATTATCAAATGTAAGAGTACTTTTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTGCGTTAAGAGTAGAAATTATTATCAAATGTAAGAGTACTTTTT  237

seq1  GAGTTATGGAAGGACTCTCAAACTTATGATGCAGATCGCATAAATACATA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTATGGAAGGACTCTCAAACTTATGATGCAGATCGCATAAATACATA  287

seq1  AATTTATACCAAATCACCAAATTATAAGTTAATCATTCTACAAACATTAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATACCAAATCACCAAATTATAAGTTAATCATTCTACAAACATTAT  337

seq1  GGTTTCCACTTTCTTTCTTTTTTCCTGCTTCACTATTCCTTTATATTTAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCCACTTTCTTTCTTTTTTCCTGCTTCACTATTCCTTTATATTTAG  387

seq1  TCCAACATGCATTATATGGGCTGAGAAATATAGGTATTCACAGCAAAAGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACATGCATTATATGGGCTGAGAAATATAGGTATTCACAGCAAAAGA  437

seq1  TATAATCAGGAAGTCATCACCTAAATAATAAGGAGACTATGCAGTGATAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCAGGAAGTCATCACCTAAATAATAAGGAGACTATGCAGTGATAT  487

seq1  GGCTCAGCCTGTGGTATTGGAGCCCAAGGTGGTTAACCAAAAGCACAGAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGCCTGTGGTATTGGAGCCCAAGGTGGTTAACCAAAAGCACAGAA  537

seq1  GTTTAACAGATACAGGAAACAGCATATCAGCTTGAGCAGAGTGAGGACAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAACAGATACAGGAAACAGCATATCAGCTTGAGCAGAGTGAGGACAT  587

seq1  TTTTATCAGATGGTTGATGCTGAAGGAAAAATGGACTGAGGTGGGTGTCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCAGATGGTTGATGCTGAAGGAAAAATGGACTGAGGTGGGTGTCT  637

seq1  ACACAATGGCAAGACCTATTTATGTGTACTGTTGCAGGCTTTGCTGGGGA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAATGGCAAGACCTATTTATGTGTACTGTTGCAGGCTTTGCTGGGGA  687

seq1  GGATGGAGGCCTGGCCTGGATTGCCAGAGCCTGAGTAGTGTTTAGAAAAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGAGGCCTGGCCTGGATTGCCAGAGCCTGAGTAGTGTTTAGAAAAT  737

seq1  ATTCACGGAGAAGTCTCAGCAGGAGATACTGGTTGGATAGGTCATCTGTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCACGGAGAAGTCTCAGCAGGAGATACTGGTTGGATAGGTCATCTGTG  787

seq1  TATGGTGGGACTTTGGTCATGTTTACAAAGATAGGTCAAATCAGTATATA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTGGGACTTTGGTCATGTTTACAAAGATAGGTCAAATCAGTATATA  837

seq1  GGTTATGAATGAGAACTAAATTATTCTTTAATTATGGGGGTTATAAATAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATGAATGAGAACTAAATTATTCTTTAATTATGGGGGTTATAAATAA  887

seq1  CAAGACAGGAAACTGGAATTATACTGATATTAAATAAATAGATGACTGTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACAGGAAACTGGAATTATACTGATATTAAATAAATAGATGACTGTA  937

seq1  GATAAATATAAATATAAAACTTTGTATATAAATATGCTCATTTATTCTGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATATAAATATAAAACTTTGTATATAAATATGCTCATTTATTCTGT  987

seq1  AGTTTAGTTCATGGAGACTCAAAAATAGTTGCACCCCTTTAGCACTGATC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTAGTTCATGGAGACTCAAAAATAGTTGCACCCCTTTAGCACTGATC  1037

seq1  ATATCTACAGTCTTGATAACAGCTTTTGAAATAGGAATTC  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTACAGTCTTGATAACAGCTTTTGAAATAGGAATTC  1077