BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-150C16
Chromosome3 (Build37)
Map Location 127,520,346 - 127,650,083
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC002199, 5730508B09Rik
Upstream geneCamk2d, Ank2, LOC100043749, LOC100043361, LOC100043364, Larp7, 4930422G04Rik, Neurog2, Alpk1, T2bp
Downstream geneLOC100043382, EG668828, LOC100043393
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-150C16.bB6Ng01-150C16.g
ACCDH946317DH946318
length1,170823
definitionDH946317|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150C16, 5' end.DH946318|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-150C16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,520,346 - 127,521,527)(127,649,266 - 127,650,083)
sequence
gaattccacacaccttcccacgtttcttccatgacaccagtcactctgct
cacccactctgggccccgagtctgtctacttttagtcccttctgctgtgg
accagaaataaaaaaaaatgcagcaacaatttggccctcagcctccagca
acagtctttgaacttatacaaggtgaccacctacactaactactccctag
cttccttaagtttcttgttcaagtttttttccttaagggcatcttcattt
cacttccacttcagtgcttaaattcaccgtattcttgcttcccttcctaa
agatgacccacctgaggtcatcactacccttatgatccttcaagtccatg
gcctgcatctccagtacttcactcgtgcagccactccatgtaaagtacag
gtagagatgacacggaagggagatgagatggacaggattaagacaagcat
gcggatgagctgggatgtaaatgcaggcagtccagcacccagtgtgcttc
ctgtctctgtgcccttgtttcagctcactcctcaggcctctgaagacatc
agctgccatcactctaggaactggtgaccagcagtgtctctgctgctaaa
cagcgtgaacaacttgggtccttctgacctccgtgtcatgagcaggctta
gcagcccctctagcctagcctgcatctggaccttctcatttctcttttgc
cttcctacgctctctgggtctttgtctcgatgacttctcaaccattctca
aagtccttttactgtgtgcagggtctttcccatgctccaaaaaccctact
ctcttatcccccaatccaggtatgtgacctgacctgctctaaggtggtgg
ggactgaccctgggtgcatgctagataagtgccctgccactgagctagtt
acatctgggcacagcgatataggccaatgaggctagccttcacaaagacc
aaaagctctgagacacacacacacacacacacacacacacacacacacac
acatgtatatgtatgtatcagtgcagcacacaaataccttagaatttatt
aagccacttatttaaagctactaaaatttttcattcagatattttgatca
tatctttcccctccctcaatgctccagatctccccaatcaatttcctttc
tctgctgcttaaagaaacca
gaattctttcgctagcccttcagtgaaggagagaagccctgaaacactgt
ttattctatcactgtttgcttggggatgatttttgagagcatttatgtaa
gcttaagggactgtgggaaaaggaacttggaagctgtcacacacacatgc
acgcacgcatgcgcacgcaggcatgcacacgcgcgcacgcacacacacac
acacactcacacacacacatcttatactcccagatgactgagaagaaatg
cctctaatctgcctttatggtggccctttgtcataaccagattggggaat
ggggtggggtggagttctttgcacatggagagcaggtggcataaggcttt
ttctgcaacgccacacgatgctggtgtcagcatcagcctctcttggacag
gtcacacggcagacacatggacgcctgccttcctttcctccctctgtcac
acctttcaatgcaactcttgataggtcctcatcgagagaggccaacacag
gatccaggaccaaagcctctgagctcagatcaggcaagactctgacgtct
ttagccctcagtttcattatctataaaacagagatcatgacagtgattcc
tacattatgaatatctaacatggattaaatgaaagagccacacacaagct
cttcatccataccacctagtgcagagttagcttaattgctatgtattagc
cacgttatttaccatcctagaaaaatccactttaggaagaagtctgctca
gctgtgttcatgctttgaagtgtacacttaaaggaagaaagcctgtgtac
atccaagtgcacacacacacaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_127520346_127521527
seq2: B6Ng01-150C16.b_49_1218

seq1  GAATTCCACACACCTTCCCACGTTTCTTCCATGACACCAGTCACTCTGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACACACCTTCCCACGTTTCTTCCATGACACCAGTCACTCTGCT  50

seq1  CACCCACTCTGGGCCCCGAGTCTGTCTACTTTTAGTCCCTTCTGCTGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACTCTGGGCCCCGAGTCTGTCTACTTTTAGTCCCTTCTGCTGTGG  100

seq1  ACCAGAAATAAAAAAAAATGCAGCAACAATTTGGCCCTCAGCCTCCAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAAATAAAAAAAAATGCAGCAACAATTTGGCCCTCAGCCTCCAGCA  150

seq1  ACAGTCTTTGAACTTATACAAGGTGACCACCTACACTAACTACTCCCTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTTTGAACTTATACAAGGTGACCACCTACACTAACTACTCCCTAG  200

seq1  CTTCCTTAAGTTTCTTGTTCAAGTTTTTTTCCTTAAGGGCATCTTCATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTAAGTTTCTTGTTCAAGTTTTTTTCCTTAAGGGCATCTTCATTT  250

seq1  CACTTCCACTTCAGTGCTTAAATTCACCGTATTCTTGCTTCCCTTCCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCCACTTCAGTGCTTAAATTCACCGTATTCTTGCTTCCCTTCCTAA  300

seq1  AGATGACCCACCTGAGGTCATCACTACCCTTATGATCCTTCAAGTCCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGACCCACCTGAGGTCATCACTACCCTTATGATCCTTCAAGTCCATG  350

seq1  GCCTGCATCTCCAGTACTTCACTCGTGCAGCCACTCCATGTAAAGTACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCATCTCCAGTACTTCACTCGTGCAGCCACTCCATGTAAAGTACAG  400

seq1  GTAGAGATGACACGGAAGGGAGATGAGATGGACAGGATTAAGACAAGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGATGACACGGAAGGGAGATGAGATGGACAGGATTAAGACAAGCAT  450

seq1  GCGGATGAGCTGGGATGTAAATGCAGGCAGTCCAGCACCCAGTGTGCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGATGAGCTGGGATGTAAATGCAGGCAGTCCAGCACCCAGTGTGCTTC  500

seq1  CTGTCTCTGTGCCCTTGTTTCAGCTCACTCCTCAGGCCTCTGAAGACATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCTGTGCCCTTGTTTCAGCTCACTCCTCAGGCCTCTGAAGACATC  550

seq1  AGCTGCCATCACTCTAGGAACTGGTGACCAGCAGTGTCTCTGCTGCTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCCATCACTCTAGGAACTGGTGACCAGCAGTGTCTCTGCTGCTAAA  600

seq1  CAGCGTGAACAACTTGGGTCCTTCTGACCTCCGTGTCATGAGCAGGCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGTGAACAACTTGGGTCCTTCTGACCTCCGTGTCATGAGCAGGCTTA  650

seq1  GCAGCCCCTCTAGCCTAGCCTGCATCTGGACCTTCTCATTTCTCTTTTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCCCTCTAGCCTAGCCTGCATCTGGACCTTCTCATTTCTCTTTTGC  700

seq1  CTTCCTACGCTCTCTGGGTCTTTGTCTCGATGACTTCTCAACCATTCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTACGCTCTCTGGGTCTTTGTCTCGATGACTTCTCAACCATTCTCA  750

seq1  AAGTCCTTTTACTGTGTGCAGGGTCTTTCCCATGCTCCAAAAACCCTACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCTTTTACTGTGTGCAGGGTCTTTCCCATGCTCCAAAAACCCTACT  800

seq1  CTCTTATCCCCCAATCCAGGTATGTGACCTGACCTGCTCTAAGGTGGTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTATCCCCCAATCCAGGTATGTGACCTGACCTGCTCTAAGGTGGTGG  850

seq1  GGACTGACCCTGGGTGCATGCTAGATAAGTGCCCTGCCACTGAGCTAGTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGACCCTGGGTGCATGCTAGATAAGTGCCCTGCCACTGAGCTAGTT  900

seq1  ACATCTGGGCACAGCGATATAGGCCAATGAGGCTAGCCTTCACAAAGACC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTGGGCACAGCGATATAGGCCAATGAGGCTAGCCTTCACAAAGACC  950

seq1  AAAAGCTCTGAGACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCTCTGAGACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC  1000

seq1  ACATGTATATGTATGTATCAGTGCAGCAACACAAATACCCTAGAATTTAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  ACATGTATATGTATGTATCAGTGCAGC-ACACAAATACCTTAGAATTTAT  1049

seq1  TAAG-CACTTATTTAAAAGCTTACTTAAAATTTTTTCATTCAGTATATTT  1099
      |||| ||||||||| ||||| ||||  ||| |||||||||||| ||||||
seq2  TAAGCCACTTATTT-AAAGC-TACT--AAAATTTTTCATTCAG-ATATTT  1094

seq1  TGATCATATTCTTTCTCCTCCCTCATTGCCTCCCAGATCCTCCCCATTCA  1149
      |||||||| |||||| ||||||||| |||   |||||| ||||||| |||
seq2  TGATCATA-TCTTTCCCCTCCCTCAATGC--TCCAGAT-CTCCCCAATCA  1140

seq1  ATTTCCTTTCTCTGCTGCTTAAAAAGAAAACCA  1182
      |||||||||||||||||||||||    ||||||
seq2  ATTTCCTTTCTCTGCTGCTTAAA---GAAACCA  1170

seq1: chr3_127649266_127650083
seq2: B6Ng01-150C16.g_65_887 (reverse)

seq1  TGTGTGTGTGTGTGCACTTGGATGTACACAGGC-TTCTTCC-TTAAGTGT  48
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGCACTTGGATGTACACAGGCTTTCTTCCTTTAAGTGT  50

seq1  ACAC-TCAAAGCATGAACACAGCTGAGCAGACTTCTTCCTAAAGTGGA-T  96
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACACTTCAAAGCATGAACACAGCTGAGCAGACTTCTTCCTAAAGTGGATT  100

seq1  TTTCTAGGATGGTAAATAACGTGGCTAATACATAGC-ATTAAGCTAACTC  145
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTTCTAGGATGGTAAATAACGTGGCTAATACATAGCAATTAAGCTAACTC  150

seq1  TGCACTAGGTGGTATGGATGAAGAGCTTGTGTGTGGCTCTTTCATTTAAT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTAGGTGGTATGGATGAAGAGCTTGTGTGTGGCTCTTTCATTTAAT  200

seq1  CCATGTTAGATATTCATAATGTAGGAATCACTGTCATGATCTCTGTTTTA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTAGATATTCATAATGTAGGAATCACTGTCATGATCTCTGTTTTA  250

seq1  TAGATAATGAAACTGAGGGCTAAAGACGTCAGAGTCTTGCCTGATCTGAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAATGAAACTGAGGGCTAAAGACGTCAGAGTCTTGCCTGATCTGAG  300

seq1  CTCAGAGGCTTTGGTCCTGGATCCTGTGTTGGCCTCTCTCGATGAGGACC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGGCTTTGGTCCTGGATCCTGTGTTGGCCTCTCTCGATGAGGACC  350

seq1  TATCAAGAGTTGCATTGAAAGGTGTGACAGAGGGAGGAAAGGAAGGCAGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAGAGTTGCATTGAAAGGTGTGACAGAGGGAGGAAAGGAAGGCAGG  400

seq1  CGTCCATGTGTCTGCCGTGTGACCTGTCCAAGAGAGGCTGATGCTGACAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCATGTGTCTGCCGTGTGACCTGTCCAAGAGAGGCTGATGCTGACAC  450

seq1  CAGCATCGTGTGGCGTTGCAGAAAAAGCCTTATGCCACCTGCTCTCCATG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCGTGTGGCGTTGCAGAAAAAGCCTTATGCCACCTGCTCTCCATG  500

seq1  TGCAAAGAACTCCACCCCACCCCATTCCCCAATCTGGTTATGACAAAGGG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAAGAACTCCACCCCACCCCATTCCCCAATCTGGTTATGACAAAGGG  550

seq1  CCACCATAAAGGCAGATTAGAGGCATTTCTTCTCAGTCATCTGGGAGTAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCATAAAGGCAGATTAGAGGCATTTCTTCTCAGTCATCTGGGAGTAT  600

seq1  AAGATGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGCGCGTGTGCA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGCGTGCGCGCGTGTGCA  650

seq1  TGCCTGCGTGCGCATGCGTGCGTGCATGTGTGTGTGACAGCTTCCAAGTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCGTGCGCATGCGTGCGTGCATGTGTGTGTGACAGCTTCCAAGTT  700

seq1  CCTTTTCCCACAGTCCCTTAAGCTTACATAAATGCTCTCAAAAATCATCC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCCCACAGTCCCTTAAGCTTACATAAATGCTCTCAAAAATCATCC  750

seq1  CCAAGCAAACAGTGATAGAATAAACAGTGTTTCAGGGCTTCTCTCCTTCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCAAACAGTGATAGAATAAACAGTGTTTCAGGGCTTCTCTCCTTCA  800

seq1  CTGAAGGGCTAGCGAAAGAATTC  818
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGGGCTAGCGAAAGAATTC  823