BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-151E01
Chromosome3 (Build37)
Map Location 60,210,300 - 60,271,666
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040485
Upstream geneEG666756, EG229330, EG435732, LOC433597, LOC433598, LOC100040407, LOC669780, EG666803, C130079G13Rik, LOC676914, Aadacl2, Aadac, Sucnr1, LOC669823
Downstream geneMbnl1, LOC676933, LOC100040501, EG666853, P2ry1, Rap2b, LOC666891
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-151E01.bB6Ng01-151E01.g
ACCDH947122DH947123
length1,0541,065
definitionDH947122|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-151E01, 5' end.DH947123|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-151E01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,210,300 - 60,211,353)(60,270,604 - 60,271,666)
sequence
gaattcacttgcctttctgctttcctagcttccaaaacggaatcctttcc
tataaatctgaggttctctatgctctaagtatgaagtccatagagtggaa
aactcagcatagtggatatgtttgatttcatagtgggggtcgcaaaaagt
acaaagaaagaaacaaaccacaggtggaagaaaggaggagggctatctgg
ccctaagaatgaaagtataacctgccatctacgggatgcttgtgccatag
ataaaagtcctgggagaaagcggctgagtgcatcaggtccccaaggctgc
agttacagaaaaggaaagcagtatttattgctagccaactgtgggccgtg
gtctagtctatcagtgctttaaatgcatttctcatttgtcctcactattg
cctataaaacagcattgtgtagccttttatgatgaggatctgagctagcc
attgtgacatatctggtaagtgtggcagttaggaattaaagaggccactc
ttactccaatgtccattttgctccctgatatgtatgtgggctttcttctg
ctgaaaaactgagaacaataaaatgtgtttaaattaatcctgtacctagt
tctaatttctgtctatataaaaaaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacac
aaaacaaaaacaagaaaaaccctttcaaaactaaaccctttcactccctt
gtcttaagagtccataatataagcattatcatggtaaacatctaaaattc
aaactgtatcttgttatttccttagatttctctggagaaagcaaagacac
gtgaagagtgttacttgctaatctctttcctttgtttctcggcttcccct
tagaaaacaagttttcggtaagctacatggtctgaaaacacacagcttca
tcacggttcacaaatccaattgttacgtttttctgtgaaattagttttaa
tattcataattacttacacagattgctgattataaaaaaagtgtagccac
ttatttggaaaagaaaataagaaaaataaatctccaaatcctataagtca
tgta
gaattccttcattgactgaactttacaactcaaaacagtgccaaagacag
gaacagaatcatgaaggcctcccttctttctcccagccaggtattggaaa
aaggattattgaaccatctgtatatacatgttatttgtccatgctaaggc
atctagtcaaaaaaggtgttacaagtataaattgccattaatttttgttg
ttccatactgctgctaatatttgacacaataagacatttattgagttgac
actctgttgggtcaagaagagatgtcttagaaattttcagtttaccttcc
taatccaaatagaagtagatcatatttttattttttatgttcacagccaa
cttcactgcatatgctgcatacacacagctaccatttcatagactgctca
tttgctgatctcactcatttgtatcttggatgtttgtctgatctttatca
actggaagggttaagaagtcattccatattactgtgttgtactcattcgt
tctggtgctgctattatcatttctgcatcattttaaaggtttcttcatta
caattggagccttgtgagataacccttatatcctttgaaattatccctgc
tctctggggcaagatacttgaaccaactttgtatattttcttcctgagat
ctaaagttagttacttctctaaagaaccatggtgattttagggaatcaca
gttaaacccctgtgtaacttattactgctgagctattgatagcatttgga
ttaaatttgcaataaataaatcaatatttaacaagacggttagagatgtg
acttattgtaaagagctcttatagaagacccagattttaattctcagcac
ctgtgttggataacctggatctggcacctccagggtctgcaaacatctaa
atttatgtatatatacctacaagtgcatgcatacacacacacacacacac
acacacacacacacacacattcattcataatttaaataaacaaaataatt
ataggaatattttaatttcatcctattttgccaagcaacatatcctggaa
agccacatgtggtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_60210300_60211353
seq2: B6Ng01-151E01.b_44_1097

seq1  GAATTCACTTGCCTTTCTGCTTTCCTAGCTTCCAAAACGGAATCCTTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGCCTTTCTGCTTTCCTAGCTTCCAAAACGGAATCCTTTCC  50

seq1  TATAAATCTGAGGTTCTCTATGCTCTAAGTATGAAGTCCATAGAGTGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATCTGAGGTTCTCTATGCTCTAAGTATGAAGTCCATAGAGTGGAA  100

seq1  AACTCAGCATAGTGGATATGTTTGATTTCATAGTGGGGGTCGCAAAAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGCATAGTGGATATGTTTGATTTCATAGTGGGGGTCGCAAAAAGT  150

seq1  ACAAAGAAAGAAACAAACCACAGGTGGAAGAAAGGAGGAGGGCTATCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGAAAGAAACAAACCACAGGTGGAAGAAAGGAGGAGGGCTATCTGG  200

seq1  CCCTAAGAATGAAAGTATAACCTGCCATCTACGGGATGCTTGTGCCATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAGAATGAAAGTATAACCTGCCATCTACGGGATGCTTGTGCCATAG  250

seq1  ATAAAAGTCCTGGGAGAAAGCGGCTGAGTGCATCAGGTCCCCAAGGCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGTCCTGGGAGAAAGCGGCTGAGTGCATCAGGTCCCCAAGGCTGC  300

seq1  AGTTACAGAAAAGGAAAGCAGTATTTATTGCTAGCCAACTGTGGGCCGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACAGAAAAGGAAAGCAGTATTTATTGCTAGCCAACTGTGGGCCGTG  350

seq1  GTCTAGTCTATCAGTGCTTTAAATGCATTTCTCATTTGTCCTCACTATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGTCTATCAGTGCTTTAAATGCATTTCTCATTTGTCCTCACTATTG  400

seq1  CCTATAAAACAGCATTGTGTAGCCTTTTATGATGAGGATCTGAGCTAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATAAAACAGCATTGTGTAGCCTTTTATGATGAGGATCTGAGCTAGCC  450

seq1  ATTGTGACATATCTGGTAAGTGTGGCAGTTAGGAATTAAAGAGGCCACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGACATATCTGGTAAGTGTGGCAGTTAGGAATTAAAGAGGCCACTC  500

seq1  TTACTCCAATGTCCATTTTGCTCCCTGATATGTATGTGGGCTTTCTTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCCAATGTCCATTTTGCTCCCTGATATGTATGTGGGCTTTCTTCTG  550

seq1  CTGAAAAACTGAGAACAATAAAATGTGTTTAAATTAATCCTGTACCTAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAAACTGAGAACAATAAAATGTGTTTAAATTAATCCTGTACCTAGT  600

seq1  TCTAATTTCTGTCTATATAAAAAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATTTCTGTCTATATAAAAAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAC  650

seq1  AAAACAAAAACAAGAAAAACCCTTTCAAAACTAAACCCTTTCACTCCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAAAACAAGAAAAACCCTTTCAAAACTAAACCCTTTCACTCCCTT  700

seq1  GTCTTAAGAGTCCATAATATAAGCATTATCATGGTAAACATCTAAAATTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAAGAGTCCATAATATAAGCATTATCATGGTAAACATCTAAAATTC  750

seq1  AAACTGTATCTTGTTATTTCCTTAGATTTCTCTGGAGAAAGCAAAGACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTATCTTGTTATTTCCTTAGATTTCTCTGGAGAAAGCAAAGACAC  800

seq1  GTGAAGAGTGTTACTTGCTAATCTCTTTCCTTTGTTTCTCGGCTTCCCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGAGTGTTACTTGCTAATCTCTTTCCTTTGTTTCTCGGCTTCCCCT  850

seq1  TAGAAAACAAGTTTTCGGTAAGCTACATGGTCTGAAAACACACAGCTTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAACAAGTTTTCGGTAAGCTACATGGTCTGAAAACACACAGCTTCA  900

seq1  TCACGGTTCACAAATCCAATTGTTACGTTTTTCTGTGAAATTAGTTTTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGGTTCACAAATCCAATTGTTACGTTTTTCTGTGAAATTAGTTTTAA  950

seq1  TATTCATAATTACTTACACAGATTGCTGATTATAAAAAAAGTGTAGCCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATAATTACTTACACAGATTGCTGATTATAAAAAAAGTGTAGCCAC  1000

seq1  TTATTTGGAAAAGAAAAATAAG-AAAATAAATCTCCAAATCCTATAAGTC  1049
      ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGGAAAAG-AAAATAAGAAAAATAAATCTCCAAATCCTATAAGTC  1049

seq1  ATGTA  1054
      |||||
seq2  ATGTA  1054

seq1: chr3_60270604_60271666
seq2: B6Ng01-151E01.g_69_1133 (reverse)

seq1  ACACACACATGTGCTTTTCAAGAATATGTTGCTTGGC-AAATA-GATGAA  48
      |||| ||||||||  |||| || |||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  ACAC-CACATGTGGCTTTCCAGGATATGTTGCTTGGCAAAATAGGATGAA  49

seq1  ATTAAAATATTTCATATATTTATTTTGTTTATTTAAATTATG-ATGAATG  97
      ||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATTAAAATA-TTCCTATAATTATTTTGTTTATTTAAATTATGAATGAATG  98

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGCATGCACTTGTA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGCATGCACTTGTA  148

seq1  GGTATATATACATAAATTTAGATGTTTGCAGACCCTGGAGGTGCCAGATC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATATATACATAAATTTAGATGTTTGCAGACCCTGGAGGTGCCAGATC  198

seq1  CAGGTTATCCAACACAGGTGCTGAGAATT-AAATCTGGGTCTTCTATAAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTATCCAACACAGGTGCTGAGAATTAAAATCTGGGTCTTCTATAAG  248

seq1  AGCTCTTTACAATAAGTCACATCTCTAACCGTCTTGTTAAATATTGATTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTTACAATAAGTCACATCTCTAACCGTCTTGTTAAATATTGATTT  298

seq1  ATTTATTGCAAATTTAATCCAAATGCTATCAATAGCTCAGCAGTAATAAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTGCAAATTTAATCCAAATGCTATCAATAGCTCAGCAGTAATAAG  348

seq1  TTACACAGGGGTTTAACTGTGATTCCCTAAAATCACCATGGTTCTTTAGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACAGGGGTTTAACTGTGATTCCCTAAAATCACCATGGTTCTTTAGA  398

seq1  GAAGTAACTAACTTTAGATCTCAGGAAGAAAATATACAAAGTTGGTTCAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAACTAACTTTAGATCTCAGGAAGAAAATATACAAAGTTGGTTCAA  448

seq1  GTATCTTGCCCCAGAGAGCAGGGATAATTTCAAAGGATATAAGGGTTATC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTTGCCCCAGAGAGCAGGGATAATTTCAAAGGATATAAGGGTTATC  498

seq1  TCACAAGGCTCCAATTGTAATGAAGAAACCTTTAAAATGATGCAGAAATG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAGGCTCCAATTGTAATGAAGAAACCTTTAAAATGATGCAGAAATG  548

seq1  ATAATAGCAGCACCAGAACGAATGAGTACAACACAGTAATATGGAATGAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAGCAGCACCAGAACGAATGAGTACAACACAGTAATATGGAATGAC  598

seq1  TTCTTAACCCTTCCAGTTGATAAAGATCAGACAAACATCCAAGATACAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAACCCTTCCAGTTGATAAAGATCAGACAAACATCCAAGATACAAA  648

seq1  TGAGTGAGATCAGCAAATGAGCAGTCTATGAAATGGTAGCTGTGTGTATG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGAGATCAGCAAATGAGCAGTCTATGAAATGGTAGCTGTGTGTATG  698

seq1  CAGCATATGCAGTGAAGTTGGCTGTGAACATAAAAAATAAAAATATGATC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATATGCAGTGAAGTTGGCTGTGAACATAAAAAATAAAAATATGATC  748

seq1  TACTTCTATTTGGATTAGGAAGGTAAACTGAAAATTTCTAAGACATCTCT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCTATTTGGATTAGGAAGGTAAACTGAAAATTTCTAAGACATCTCT  798

seq1  TCTTGACCCAACAGAGTGTCAACTCAATAAATGTCTTATTGTGTCAAATA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGACCCAACAGAGTGTCAACTCAATAAATGTCTTATTGTGTCAAATA  848

seq1  TTAGCAGCAGTATGGAACAACAAAAATTAATGGCAATTTATACTTGTAAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCAGCAGTATGGAACAACAAAAATTAATGGCAATTTATACTTGTAAC  898

seq1  ACCTTTTTTGACTAGATGCCTTAGCATGGACAAATAACATGTATATACAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTTTTGACTAGATGCCTTAGCATGGACAAATAACATGTATATACAG  948

seq1  ATGGTTCAATAATCCTTTTTCCAATACCTGGCTGGGAGAAAGAAGGGAGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTCAATAATCCTTTTTCCAATACCTGGCTGGGAGAAAGAAGGGAGG  998

seq1  CCTTCATGATTCTGTTCCTGTCTTTGGCACTGTTTTGAGTTGTAAAGTTC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATGATTCTGTTCCTGTCTTTGGCACTGTTTTGAGTTGTAAAGTTC  1048

seq1  AGTCAATGAAGGAATTC  1063
      |||||||||||||||||
seq2  AGTCAATGAAGGAATTC  1065