BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-152D15
Chromosome3 (Build37)
Map Location 42,082,076 - 42,228,731
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666004, Ppia-ps3_337.1, LOC100039115, Phf17, Sclt1, D3Ertd751e, LOC666031
Downstream geneLOC100039204, LOC100039219, LOC677788
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-152D15.bB6Ng01-152D15.g
ACCDH947851DH947852
length8581,097
definitionDH947851|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152D15, 5' end.DH947852|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152D15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,082,076 - 42,082,935)(42,227,623 - 42,228,731)
sequence
gaattcagttaagcaataagtccataaaatccaacaaggtgcatgcagca
aatgccacatgattgaaaataatttagcaatgttaactttaagatatcta
tctatctatctatctatctatctatctatctatctatctattcattcaga
agaaccattgattaaaacaggtttttaagacatgtgaaagtaaaaaagat
tttctttggatagtttagagtcaatccatttcataatatctactgatcac
aggttgtatgtcaaatgattcctgtgaaatatcaaatcccttgaatgggt
tattttccttttcatactgatctacaatttaaaacacaaattcatgtatt
ttatatgtttatacatattaacaagtttatgtgtgtctgaaatgtttctt
gggtatgagaacagctttcatatgctatcagtgggcacagagagctatgt
gcagaattaaactgacctatcccttttccccaaagttgtttcttgtaatt
agttatctttaaaaatccaacccaccagtccaccaatctgaaacaaaaca
gattatttttaaaggagagagagagagagagagagagagagagagagaga
gagagagagagagagactgtagctctgatatttttaaattgggtatttat
ttcttttacatttccaatgctatcctaaaagtcccccacatgctccccta
cccactcccacttcttggccctggccttcccctgtactgaggcatataaa
gtttgcatgaccaatgggcctctctttccactgatggccgactaggccat
cttctgattcatatgcagctagagacactagctccggggagggggggggc
gggtattg
gaattccagattacaagtggcttaattccactaaaacaactctaaatctc
aatctaggagaaaggattagctcaaacagtagattaggaccaggaaaatg
agctatcccaacagtaacgtataaacagagcatgcatgtctttgatacca
acttttggttgtcaacttgactatatctggaattaactaaaaccctagat
agagcacacacctgcatggagtataatccatgcctaatccaaactattga
aatatgaagacacacctttactaaagatatttaacataggtttaatctgg
gtcacaccttctgctggaagcttatttaaggacatggaaaaaggaaggtt
ttgtaggttgactgctcttgtcttgctggcaaatctactccttcactagc
attagagcctgcttcttcaagattccagggtatgtggaaactcagcttgt
atactgagaaactactggattcttagactattcagagcaagccattgttg
gattaaatggactacagcctgttagccattctaattctaataagtcctct
ctctgtgtgtatggacgtgcacacgcacatacatagagagagataacgtt
attaaagagcgattcattatgttttgtttctctgtttatcttgtgaatct
gtataccacatgcatgcctattaaatcccctagaatagggattagaaact
gtggtgagacacgatgtgggtttgtggaagcaaacctaggtcctctgtaa
gagcatcaagtaatcataagtactaaactaccactctagctccctcatgt
atagatgtatatatagtatatatttgaacttttataaatcttacttagct
tcatgcactgcccttataattatttctctaccagtgtttctcatttttca
aattttagtagattattcataatactaaatgaatatttgagacaaaatta
ttagtaaccacatattatttcatataaactattttgtgggttttttaatt
cattagaatgtctatttcagtgagtacttcccacccacaatctgttatac
ttgtattacaccaccctacatagattgtgaaatttgaactttctagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_42082076_42082935
seq2: B6Ng01-152D15.b_45_902

seq1  GAATTCAGTTAAGCAATAAGTCCATAAAATCCAACAAGGTGCATGCAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTAAGCAATAAGTCCATAAAATCCAACAAGGTGCATGCAGCA  50

seq1  AATGCCACATGATTGAAAATAATTTAGCAATGTTAACTTTAAGATATCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCACATGATTGAAAATAATTTAGCAATGTTAACTTTAAGATATCTA  100

seq1  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATTCATTCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATTCATTCAGA  150

seq1  AGAACCATTGATTAAAACAGGTTTTTAAGACATGTGAAAGTAAAAAAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCATTGATTAAAACAGGTTTTTAAGACATGTGAAAGTAAAAAAGAT  200

seq1  TTTCTTTGGATAGTTTAGAGTCAATCCATTTCATAATATCTACTGATCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGGATAGTTTAGAGTCAATCCATTTCATAATATCTACTGATCAC  250

seq1  AGGTTGTATGTCAAATGATTCCTGTGAAATATCAAATCCCTTGAATGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGTATGTCAAATGATTCCTGTGAAATATCAAATCCCTTGAATGGGT  300

seq1  TATTTTCCTTTTCATACTGATCTACAATTTAAAACACAAATTCATGTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCCTTTTCATACTGATCTACAATTTAAAACACAAATTCATGTATT  350

seq1  TTATATGTTTATACATATTAACAAGTTTATGTGTGTCTGAAATGTTTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGTTTATACATATTAACAAGTTTATGTGTGTCTGAAATGTTTCTT  400

seq1  GGGTATGAGAACAGCTTTCATATGCTATCAGTGGGCACAGAGAGCTATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATGAGAACAGCTTTCATATGCTATCAGTGGGCACAGAGAGCTATGT  450

seq1  GCAGAATTAAACTGACCTATCCCTTTTCCCCAAAGTTGTTTCTTGTAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAATTAAACTGACCTATCCCTTTTCCCCAAAGTTGTTTCTTGTAATT  500

seq1  AGTTATCTTTAAAAATCCAACCCACCAGTCCACCAATCTGAAACAAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATCTTTAAAAATCCAACCCACCAGTCCACCAATCTGAAACAAAACA  550

seq1  GATTATTTTTAAAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  600
      ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTTTTAAAG--GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  598

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGACTGTAGCTCTGATATTTTTAAATTGGGTATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGACTGTAGCTCTGATATTTTTAAATTGGGTATTT  648

seq1  ATTTCTTTTACATTTCCAATGCTATCCTAAAAGTCCCCCACATGCTCCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTTTACATTTCCAATGCTATCCTAAAAGTCCCCCACATGCTCCCC  698

seq1  TACCCACTCCCACTTCTTGGCCCTGGCCTTCCCCTGTACTGAGGCATATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCACTCCCACTTCTTGGCCCTGGCCTTCCCCTGTACTGAGGCATATA  748

seq1  AAGTTTGCATGACCAATGGGCCTCTCTTTCCACTGATGGCCGACTAGGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTGCATGACCAATGGGCCTCTCTTTCCACTGATGGCCGACTAGGCC  798

seq1  ATCTTCTGATTCATATGCAGCTAGAGACACTAGCTCCGGGGAGGGGGGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTGATTCATATGCAGCTAGAGACACTAGCTCCGGGGAGGGGGGGG  848

seq1  GCGGGTATTG  860
      ||||||||||
seq2  GCGGGTATTG  858

seq1: chr3_42227623_42228731
seq2: B6Ng01-152D15.g_66_1162 (reverse)

seq1  CCTATGAAAGTTCAAATATTTCACAATCTTATGTTTATGTGTTGTTGT-T  49
      |||| ||||||||||  |||||||||||       |||||   || || |
seq2  CCTA-GAAAGTTCAA--ATTTCACAATC-------TATGTAGGGTGGTGT  40

seq1  AATACAAGTATAGACAGA-TGTGGGTTGGAAGTAACTCACTTGATATAGA  98
      |||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||| ||| |||||
seq2  AATACAAGTATA-ACAGATTGTGGGTGGGAAGT-ACTCAC-TGAAATAGA  87

seq1  CATTCTAATGAATTATAAAAACCAACAAAATAGTTTATATG-AATAATAT  147
      ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  CATTCTAATGAATTA-AAAAACCCACAAAATAGTTTATATGAAATAATA-  135

seq1  TGTGGTTACTAATAATTTTGTCTCAAATATTCATTTAGTATTATGAATAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTACTAATAATTTTGTCTCAAATATTCATTTAGTATTATGAATAA  185

seq1  TCTACTAAAATTTGAAAAATGAGAAACACTGGTAGAGAAATAATTATAAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTAAAATTTGAAAAATGAGAAACACTGGTAGAGAAATAATTATAAG  235

seq1  GGCAGTGCATGAAGCTAAGTAAGATTTATAAAAGTTCAAATATATACTAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTGCATGAAGCTAAGTAAGATTTATAAAAGTTCAAATATATACTAT  285

seq1  ATATACATCTATACATGAGGGAGCTAGAGTGGTAGTTTAGTACTTATGAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACATCTATACATGAGGGAGCTAGAGTGGTAGTTTAGTACTTATGAT  335

seq1  TACTTGATGCTCTTACAGAGGACCTAGGTTTGCTTCCACAAACCCACATC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGATGCTCTTACAGAGGACCTAGGTTTGCTTCCACAAACCCACATC  385

seq1  GTGTCTCACCACAGTTTCTAATCCCTATTCTAGGGGATTTAATAGGCATG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTCACCACAGTTTCTAATCCCTATTCTAGGGGATTTAATAGGCATG  435

seq1  CATGTGGTATACAGATTCACAAGATAAACAGAGAAACAAAACATAATGAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGTATACAGATTCACAAGATAAACAGAGAAACAAAACATAATGAA  485

seq1  TCGCTCTTTAATAACGTTATCTCTCTCTATGTATGTGCGTGTGCACGTCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTCTTTAATAACGTTATCTCTCTCTATGTATGTGCGTGTGCACGTCC  535

seq1  ATACACACAGAGAGAGGACTTATTAGAATTAGAATGGCTAACAGGCTGTA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACACAGAGAGAGGACTTATTAGAATTAGAATGGCTAACAGGCTGTA  585

seq1  GTCCATTTAATCCAACAATGGCTTGCTCTGAATAGTCTAAGAATCCAGTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATTTAATCCAACAATGGCTTGCTCTGAATAGTCTAAGAATCCAGTA  635

seq1  GTTTCTCAGTATACAAGCTGAGTTTCCACATACCCTGGAATCTTGAAGAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCAGTATACAAGCTGAGTTTCCACATACCCTGGAATCTTGAAGAA  685

seq1  GCAGGCTCTAATGCTAGTGAAGGAGTAGATTTGCCAGCAAGACAAGAGCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCTCTAATGCTAGTGAAGGAGTAGATTTGCCAGCAAGACAAGAGCA  735

seq1  GTCAACCTACAAAACCTTCCTTTTTCCATGTCCTTAAATAAGCTTCCAGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACCTACAAAACCTTCCTTTTTCCATGTCCTTAAATAAGCTTCCAGC  785

seq1  AGAAGGTGTGACCCAGATTAAACCTATGTTAAATATCTTTAGTAAAGGTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTGTGACCCAGATTAAACCTATGTTAAATATCTTTAGTAAAGGTG  835

seq1  TGTCTTCATATTTCAATAGTTTGGATTAGGCATGGATTATACTCCATGCA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTCATATTTCAATAGTTTGGATTAGGCATGGATTATACTCCATGCA  885

seq1  GGTGTGTGCTCTATCTAGGGTTTTAGTTAATTCCAGATATAGTCAAGTTG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTGTGCTCTATCTAGGGTTTTAGTTAATTCCAGATATAGTCAAGTTG  935

seq1  ACAACCAAAAGTTGGTATCAAAGACATGCATGCTCTGTTTATACGTTACT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCAAAAGTTGGTATCAAAGACATGCATGCTCTGTTTATACGTTACT  985

seq1  GTTGGGATAGCTCATTTTCCTGGTCCTAATCTACTGTTTGAGCTAATCCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGATAGCTCATTTTCCTGGTCCTAATCTACTGTTTGAGCTAATCCT  1035

seq1  TTCTCCTAGATTGAGATTTAGAGTTGTTTTAGTGGAATTAAGCCACTTGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTAGATTGAGATTTAGAGTTGTTTTAGTGGAATTAAGCCACTTGT  1085

seq1  AATCTGGAATTC  1109
      ||||||||||||
seq2  AATCTGGAATTC  1097