BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-152H21
Chromosome3 (Build37)
Map Location 81,185,891 - 81,306,427
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG626797, Gria2, Glrb, EG626841, Pdgfc
Downstream geneLOC229443, LOC100041901, Ctso, Tdo2, Accn5, Gucy1b3, Gucy1a3, Mtap9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-152H21.bB6Ng01-152H21.g
ACCDH948053DH948054
length1,127996
definitionDH948053|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152H21, 5' end.DH948054|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-152H21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,305,289 - 81,306,427)(81,185,891 - 81,186,886)
sequence
gaattcaatcctatccaactccccaaaaaataatcttgtaggtttaaaag
ttacccttattaagttcacaaaaaagtaaacagaattaataattgaaaag
tagggaactggcactttgaaagcactaatatcaacgcataaataacttag
tagcatacaatggttgtcctaaatggtggaatgcttaactttgatacagt
ggtttctatagcatgggaattttaacaatctcactccatgttgttctaga
acccttctgcaaccaaaatctataataggcagggttctgtagaagaacag
aactgatacattagtatatacattatattaattatgtaaattaattatat
gaaataactatacaatgtgaatatatatatatatatgtatatatatatct
tattagaggagtggtttacaagctgtggcctagctagtccaacaatagct
ctctaccaataaaaaaatacaagaatccattagttgttcagttcatcagg
ctgcatgtggcagatggtcttcaaaatatgttggaatcctgaagaatgag
cctctaatgcccgtgaaggaatgcaattaccaatgagaacaagcagaaaa
agagcaaaatcttgcttcttctatatcctttaaatataggctgccaccag
aaggtatgacctggatgaagagtggattgttccacctcaaatttcctggt
tgaagggtagactttccttcttcaaatgatgatttaataatgaaaatctc
ccacaggtatacccagaggctaggattttagtagaatcaagttatggtca
agttgacaagtaagaacagctatcaccaatgtgttccttttctatctagt
tttgtgagcctccacctgtgatcacttctaagcgtcattccaaagccatt
tgccctcctctctctcttcagccatcccagagaactaaatcattccattg
aattattttccacatagttgatgtctcgagcacagtatagtatctaaaaa
ctaatttctttcttactgacacattatgacctgaaatacacaatcccagc
agtttttatgatgttttataaattccttgtctttgcacattgtctccata
tctgactttgtttttctgtcactatgg
gaattctgtctctgaattcacagagaaacctaaggctttgaaagaatgga
acatggtgtcatatactttcatttctttagagagcatttatcttgtctat
acactaatttgaatgtttattcaatggataatagaagacaaatactgtat
aacaaatgtaattttaataaatgttcagggctggggattgagctagacaa
gaatgattccattgtgtgatttcttgaccatgactttaacaaatacattc
attaacctctcattcccacatcctgctgccattcacttaatggaggagag
aaagtttgataagtgaggggaaaggcagagaatgtcaaaggcttacaagg
aattaaattacagttttagaaaaggacatactcaatttggaattatttaa
aggttacaaactcaacatattaaaacttgctcctccccctacagactctt
aagaagcacagaaaatatttacatgactataaaattaagtgtaaattaag
gaggataattgagaaaattgaatcttttaaaatttatgtttttaaaaata
aaacttccataacataaagaggctttgcatcattaattattctggctctg
cttcctatggtagaataaaaaaaaaatattctcctaaacaatggagaagg
actgtatgtatttattagtaaagtgataaaaattatcaggaaatacacaa
aacagcaaagacataatgttgaatttaataaaactattgctttgagagaa
agtatttctaaactatatgtgtgataaaatggatgctcatagtcagttat
tggatgaatcacagggcccccaatggaggagctagagaaagtaccaaagg
ggagctaaaggggtctgcaaccctataggtggaacaaccatatgaactaa
ccagtattcgaaagagaggtccattggtcttgcaaactttatatgcctca
gtacaggggaatgccagggccaagagtagagtgggtggggtagggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_81305289_81306427
seq2: B6Ng01-152H21.b_44_1170 (reverse)

seq1  CCATAAGTGACAAGGAAAAACAAAGTCAGGATAT-GAGACAATAGTGCAA  49
      |||| |||||||  |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||
seq2  CCAT-AGTGACA--GAAAAACAAAGTCA-GATATGGAGACAAT-GTGCAA  45

seq1  AGGACAAGGGAATTTTATAAAACATCATAAAACTTGCTTGGGATTTGTGT  99
      | |||||||  | |||||||||||||||||||  ||| ||||| ||||||
seq2  A-GACAAGG--AATTTATAAAACATCATAAAAACTGC-TGGGA-TTGTGT  90

seq1  ATTTCAGGTCATAATGTGTCCAGTAAGAAAGAAATTTAGTTTTTAGATAC  149
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATTTCAGGTCATAATGTGT-CAGTAAGAAAGAAA-TTAGTTTTTAGATAC  138

seq1  TATACTGTGCTCGAGACATTCAACTATTGTGGAAAATAATTCAATGGAAT  199
      |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTGTGCTCGAGACA-TCAACTA-TGTGGAAAATAATTCAATGGAAT  186

seq1  GATTTAGTTCTCTGGGATGGCTGAAGAGAGAGAGGAGGGCAAATGGCTTT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAGTTCTCTGGGATGGCTGAAGAGAGAGAGGAGGGCAAATGGCTTT  236

seq1  GGAATGACGCTTAGAAGTGATCACAGGTGGAGGCTCACAAAACTAGATAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGACGCTTAGAAGTGATCACAGGTGGAGGCTCACAAAACTAGATAG  286

seq1  AAAAGGAACACATTGGTGATAGCTGTTCTTACTTGTCAACTTGACCATAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAACACATTGGTGATAGCTGTTCTTACTTGTCAACTTGACCATAA  336

seq1  CTTGATTCTACTAAAATCCTAGCCTCTGGGTATACCTGTGGGAGATTTTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATTCTACTAAAATCCTAGCCTCTGGGTATACCTGTGGGAGATTTTC  386

seq1  ATTATTAAATCATCATTTGAAGAAGGAAAGTCTA-CCTTCAACCAGGAAA  448
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATTATTAAATCATCATTTGAAGAAGGAAAGTCTACCCTTCAACCAGGAAA  436

seq1  TTTGAGGTGGAACAATCCACTCTTCATCCAGGTCATACCTTCTGGTGGCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGGTGGAACAATCCACTCTTCATCCAGGTCATACCTTCTGGTGGCA  486

seq1  GCCTATATTTAAAGGATATAGAAGAAGCAAGATTTTGCTCTTTTTCTGCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATATTTAAAGGATATAGAAGAAGCAAGATTTTGCTCTTTTTCTGCT  536

seq1  TGTTCTCATTGGTAATTGCATTCCTTCACGGGCATTAGAGGCTCATTCTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCATTGGTAATTGCATTCCTTCACGGGCATTAGAGGCTCATTCTT  586

seq1  CAGGATTCCAACATATTTTGAAGACCATCTGCCACATGCAGCCTGATGAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATTCCAACATATTTTGAAGACCATCTGCCACATGCAGCCTGATGAA  636

seq1  CTGAACAACTAATGGATTCTTGTATTTTTTTATTGGTAGAGAGCTATTGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACAACTAATGGATTCTTGTATTTTTTTATTGGTAGAGAGCTATTGT  686

seq1  TGGACTAGCTAGGCCACAGCTTGTAAACCACTCCTCTAATAAGATATATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTAGCTAGGCCACAGCTTGTAAACCACTCCTCTAATAAGATATATA  736

seq1  TATACATATATATATATATATTCACATTGTATAGTTATTTCATATAATTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACATATATATATATATATTCACATTGTATAGTTATTTCATATAATTA  786

seq1  ATTTACATAATTAATATAATGTATATACTAATGTATCAGTTCTGTTCTTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACATAATTAATATAATGTATATACTAATGTATCAGTTCTGTTCTTC  836

seq1  TACAGAACCCTGCCTATTATAGATTTTGGTTGCAGAAGGGTTCTAGAACA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAACCCTGCCTATTATAGATTTTGGTTGCAGAAGGGTTCTAGAACA  886

seq1  ACATGGAGTGAGATTGTTAAAATTCCCATGCTATAGAAACCACTGTATCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGAGTGAGATTGTTAAAATTCCCATGCTATAGAAACCACTGTATCA  936

seq1  AAGTTAAGCATTCCACCATTTAGGACAACCATTGTATGCTACTAAGTTAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAAGCATTCCACCATTTAGGACAACCATTGTATGCTACTAAGTTAT  986

seq1  TTATGCGTTGATATTAGTGCTTTCAAAGTGCCAGTTCCCTACTTTTCAAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCGTTGATATTAGTGCTTTCAAAGTGCCAGTTCCCTACTTTTCAAT  1036

seq1  TATTAATTCTGTTTACTTTTTTGTGAACTTAATAAGGGTAACTTTTAAAC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATTCTGTTTACTTTTTTGTGAACTTAATAAGGGTAACTTTTAAAC  1086

seq1  CTACAAGATTATTTTTTGGGGAGTTGGATAGGATTGAATTC  1139
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAGATTATTTTTTGGGGAGTTGGATAGGATTGAATTC  1127

seq1: chr3_81185891_81186886
seq2: B6Ng01-152H21.g_68_1063

seq1  GAATTCTGTCTCTGAATTCACAGAGAAACCTAAGGCTTTGAAAGAATGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTCTCTGAATTCACAGAGAAACCTAAGGCTTTGAAAGAATGGA  50

seq1  ACATGGTGTCATATACTTTCATTTCTTTAGAGAGCATTTATCTTGTCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTGTCATATACTTTCATTTCTTTAGAGAGCATTTATCTTGTCTAT  100

seq1  ACACTAATTTGAATGTTTATTCAATGGATAATAGAAGACAAATACTGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAATTTGAATGTTTATTCAATGGATAATAGAAGACAAATACTGTAT  150

seq1  AACAAATGTAATTTTAATAAATGTTCAGGGCTGGGGATTGAGCTAGACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATGTAATTTTAATAAATGTTCAGGGCTGGGGATTGAGCTAGACAA  200

seq1  GAATGATTCCATTGTGTGATTTCTTGACCATGACTTTAACAAATACATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGATTCCATTGTGTGATTTCTTGACCATGACTTTAACAAATACATTC  250

seq1  ATTAACCTCTCATTCCCACATCCTGCTGCCATTCACTTAATGGAGGAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACCTCTCATTCCCACATCCTGCTGCCATTCACTTAATGGAGGAGAG  300

seq1  AAAGTTTGATAAGTGAGGGGAAAGGCAGAGAATGTCAAAGGCTTACAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTGATAAGTGAGGGGAAAGGCAGAGAATGTCAAAGGCTTACAAGG  350

seq1  AATTAAATTACAGTTTTAGAAAAGGACATACTCAATTTGGAATTATTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAATTACAGTTTTAGAAAAGGACATACTCAATTTGGAATTATTTAA  400

seq1  AGGTTACAAACTCAACATATTAAAACTTGCTCCTCCCCCTACAGACTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTACAAACTCAACATATTAAAACTTGCTCCTCCCCCTACAGACTCTT  450

seq1  AAGAAGCACAGAAAATATTTACATGACTATAAAATTAAGTGTAAATTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCACAGAAAATATTTACATGACTATAAAATTAAGTGTAAATTAAG  500

seq1  GAGGATAATTGAGAAAATTGAATCTTTTAAAATTTATGTTTTTAAAAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATAATTGAGAAAATTGAATCTTTTAAAATTTATGTTTTTAAAAATA  550

seq1  AAACTTCCATAACATAAAGAGGCTTTGCATCATTAATTATTCTGGCTCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCCATAACATAAAGAGGCTTTGCATCATTAATTATTCTGGCTCTG  600

seq1  CTTCCTATGGTAGAATAAAAAAAAAATATTCTCCTAAACAATGGAGAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTATGGTAGAATAAAAAAAAAATATTCTCCTAAACAATGGAGAAGG  650

seq1  ACTGTATGTATTTATTAGTAAAGTGATAAAAATTATCAGGAAATACACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTATGTATTTATTAGTAAAGTGATAAAAATTATCAGGAAATACACAA  700

seq1  AACAGCAAAGACATAATGTTGAATTTAATAAAACTATTGCTTTGAGAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCAAAGACATAATGTTGAATTTAATAAAACTATTGCTTTGAGAGAA  750

seq1  AGTATTTCTAAACTATATGTGTGATAAAATGGATGCTCATAGTCAGTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTTCTAAACTATATGTGTGATAAAATGGATGCTCATAGTCAGTTAT  800

seq1  TGGATGAATCACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCAAA-G  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGGATGAATCACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCAAAGG  850

seq1  GGAGCTAAAGGGGTCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGAGCTAAAGGGGTCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACCATATGAACTAA  900

seq1  CCAGTATTCGAAAGAGAGGTCCATTGGTCTTGCAAACTTTATATGCCTCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTATTCGAAAGAGAGGTCCATTGGTCTTGCAAACTTTATATGCCTCA  950

seq1  GTACAGGGGAATGCCAGGGCCAAGAAGTAGGAGTGGGT-GGGTAGGGG  996
      |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||
seq2  GTACAGGGGAATGCCAGGGCCAAG-AGTA-GAGTGGGTGGGGTAGGGG  996