BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-154O19
Chromosome3 (Build37)
Map Location 18,202,230 - 18,351,673
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneENSMUSG00000074674, LOC100040120, Cypt12, LOC545508, Bhlhb5, Cyp7b1
Downstream geneLOC622921, LOC100040153, Armc1, Mtfr1, Pde7a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-154O19.bB6Ng01-154O19.g
ACCDH949840DH949841
length1,1971,132
definitionDH949840|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154O19, 5' end.DH949841|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154O19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,350,477 - 18,351,673)(18,202,230 - 18,203,372)
sequence
gaattcatttccaaccacaaatacaagacagaggaaatgaactgggagtg
aattgaggctgcagtctcatagccctgtcccagtgatgtattttctctat
tgagtttctatgacctaaaagttttcatgaccccaagagtgccatcaacc
aggcattttaactgctcaactttctgagcatattagcatcatttattttt
aaaccatcacagacagtatactacaaagcaaaacactaagaaagtcaggt
aattttaggtactcaataagtttggaacatttcatatgatgggcaacagt
aagattggatgtcatatatggcttattgcaattctataaaggcataaagg
taaaaattcccagtcttcattagatgctttgaaatcttaagttgtaatga
gagccccaaggaagttccttatgagttttccatgtatacatatgctcact
actgtggtatgtgtgctattccacactgaaccatatacattacaaagtag
ggagattggcctcaagtgaacatcacaggtgaacttttctgctccacttt
cttgtaaaggtaagaggtcacactgacttggtagaacttcaacactaaca
agcaaatctgctagactgtaaatcccaggtggatatgactatgtagtttt
gactcacatcaatggctatctaatatctgtttgaatgaaggaaattagta
catagaaggatatacaagactagctcataaaataacttttaaatatctaa
cctctactagcagccatatggtacatgaaataatttccatttgccagcaa
tagctaaaaatcattgtaagcctttttgctcctacaatgattatgatgat
tgttaaaagttaaaatagttcataattcagaggagctaaacaaactgtga
aggtggtctagaaggagccagtgcttcccttcatgccatgaataccatat
ggataagcatgggtgctctgcatggatagctcttgtattttattttctaa
catccttaaactagccaaagtcctctgcggctgaatgaagacttcctgct
gtgtatttctgctatttttttggagagggtttcccattatcagaactcat
cattcagaagaacctccaacggaatataatggtcagtgattcgggtattg
agccatggataggaaagaacatgcacagctggttccttgctctttgc
gaattcaccactgagagaatccagggtaagtcagacgtgtgatttggtga
gaagagagaaggcattcagacattggattgattatagggggtatgtatca
caactgaaactagagtgaaaaatatcagatcttttcaaaggcaggtaaaa
gttaaaattctaactaatggagcagcaccatttgtgactggtgtcaggtc
ttctttgtgcaagctgcatggatattgctcagctggtgctcttccattca
agaaactgattggatatcattgttatggatttttttttccaaagataatc
gcaacagtctctctactctagttaggcctcagttaagatatagagtcaat
gaccctaccgtattctactaagtaagcagttcatagttgttgtatccaat
gctatggtgagtgcgactttgtctgttttaggtgcagtgtttctttggct
tggtagcttctctctgattcctgggacaatagtttttagggtacacttct
cagagccatcattaactgccagtcttgtggctgaaacactatgaattctt
agccttaaatggatgaatattaacccagtctctctcttaaattcactact
aaaagatacctatcaagatgtttattggaaggcagttaagacatagaact
ataaaaaataataaattggtttaggtggcaaaatttagggactatacatc
atgcctagtagattataaaacaattatctgttatccctcactcaatcttt
tgcttcaactggttaggagattggataagtttacttttctatagtcatta
gctcgttgattgctttcacagtcctgtttacctgtagatgtatcttgtat
ttgttgcacttatatactatgtattgtccttcaaattttcctttctttat
ggatcttagatcttaatgagggagataactcatgaataagtaagttacag
ggctaaagaaaatacaattaggaaataatggtgcattccttctggtttga
gccatatgctgagcagaccttgggtgcttgctttgattagtctcaaactg
aagaaaagctcacttccgggtgtctctaatcattcagtttcataggtgag
aaaccacaatttctttcccccaaccatgtgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_18350477_18351673
seq2: B6Ng01-154O19.b_49_1245 (reverse)

seq1  GCAAAGAGCAAGGGAACAGACTGTGCATTGTTC-TTCCTATCCATGGCTC  49
      ||||||||||||| | ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  GCAAAGAGCAAGGAACCAG-CTGTGCA-TGTTCTTTCCTATCCATGGCTC  48

seq1  -ATA-CCGCATCACTGGCCATTTAATATCTGTTGG-TGTTCTTCTGAATG  96
       ||| ||| ||||||| |||||  || || |||||  |||||||||||||
seq2  AATACCCGAATCACTGACCATTATAT-TCCGTTGGAGGTTCTTCTGAATG  97

seq1  ATGGGTTTCTGATAATGTGAAACCCTCT-CAAAAAAATAGCAGAAATACA  145
      ||| | ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATGAG-TTCTGATAATGGGAAACCCTCTCCAAAAAAATAGCAGAAATACA  146

seq1  CAGCAGGAAGTCTTCAATTCAGCCGCAGAGGACTTTGGCTAGTTTAAGGA  195
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGAAGTCTTC-ATTCAGCCGCAGAGGACTTTGGCTAGTTTAAGGA  195

seq1  TGTTAGAAAATAAAATACAAGAGCTATCCATGCAGAGCACCCATGCTTAT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGAAAATAAAATACAAGAGCTATCCATGCAGAGCACCCATGCTTAT  245

seq1  CCATATGGTATTCATGGCATGAAGGGAAGCACTGGCTCCTTCTAGACCAC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATGGTATTCATGGCATGAAGGGAAGCACTGGCTCCTTCTAGACCAC  295

seq1  CTTCACAGTTTGTTTAGCTCCTCTGAATTATGAACTATTTTAACTTTTAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACAGTTTGTTTAGCTCCTCTGAATTATGAACTATTTTAACTTTTAA  345

seq1  CAATCATCATAATCATTGTAGGAGCAAAAAGGCTTACAATGATTTTTAGC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATCATAATCATTGTAGGAGCAAAAAGGCTTACAATGATTTTTAGC  395

seq1  TATTGCTGGCAAATGGAAATTATTTCATGTACCATATGGCTGCTAGTAGA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTGGCAAATGGAAATTATTTCATGTACCATATGGCTGCTAGTAGA  445

seq1  GGTTAGATATTTAAAAGTTATTTTATGAGCTAGTCTTGTATATCCTTCTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGATATTTAAAAGTTATTTTATGAGCTAGTCTTGTATATCCTTCTA  495

seq1  TGTACTAATTTCCTTCATTCAAACAGATATTAGATAGCCATTGATGTGAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTAATTTCCTTCATTCAAACAGATATTAGATAGCCATTGATGTGAG  545

seq1  TCAAAACTACATAGTCATATCCACCTGGGATTTACAGTCTAGCAGATTTG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACTACATAGTCATATCCACCTGGGATTTACAGTCTAGCAGATTTG  595

seq1  CTTGTTAGTGTTGAAGTTCTACCAAGTCAGTGTGACCTCTTACCTTTACA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTAGTGTTGAAGTTCTACCAAGTCAGTGTGACCTCTTACCTTTACA  645

seq1  AGAAAGTGGAGCAGAAAAGTTCACCTGTGATGTTCACTTGAGGCCAATCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGTGGAGCAGAAAAGTTCACCTGTGATGTTCACTTGAGGCCAATCT  695

seq1  CCCTACTTTGTAATGTATATGGTTCAGTGTGGAATAGCACACATACCACA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACTTTGTAATGTATATGGTTCAGTGTGGAATAGCACACATACCACA  745

seq1  GTAGTGAGCATATGTATACATGGAAAACTCATAAGGAACTTCCTTGGGGC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGAGCATATGTATACATGGAAAACTCATAAGGAACTTCCTTGGGGC  795

seq1  TCTCATTACAACTTAAGATTTCAAAGCATCTAATGAAGACTGGGAATTTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTACAACTTAAGATTTCAAAGCATCTAATGAAGACTGGGAATTTT  845

seq1  TACCTTTATGCCTTTATAGAATTGCAATAAGCCATATATGACATCCAATC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTATGCCTTTATAGAATTGCAATAAGCCATATATGACATCCAATC  895

seq1  TTACTGTTGCCCATCATATGAAATGTTCCAAACTTATTGAGTACCTAAAA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGTTGCCCATCATATGAAATGTTCCAAACTTATTGAGTACCTAAAA  945

seq1  TTACCTGACTTTCTTAGTGTTTTGCTTTGTAGTATACTGTCTGTGATGGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGACTTTCTTAGTGTTTTGCTTTGTAGTATACTGTCTGTGATGGT  995

seq1  TTAAAAATAAATGATGCTAATATGCTCAGAAAGTTGAGCAGTTAAAATGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATAAATGATGCTAATATGCTCAGAAAGTTGAGCAGTTAAAATGC  1045

seq1  CTGGTTGATGGCACTCTTGGGGTCATGAAAACTTTTAGGTCATAGAAACT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGATGGCACTCTTGGGGTCATGAAAACTTTTAGGTCATAGAAACT  1095

seq1  CAATAGAGAAAATACATCACTGGGACAGGGCTATGAGACTGCAGCCTCAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGAGAAAATACATCACTGGGACAGGGCTATGAGACTGCAGCCTCAA  1145

seq1  TTCACTCCCAGTTCATTTCCTCTGTCTTGTATTTGTGGTTGGAAATGAAT  1195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTCCCAGTTCATTTCCTCTGTCTTGTATTTGTGGTTGGAAATGAAT  1195

seq1  TC  1197
      ||
seq2  TC  1197

seq1: chr3_18202230_18203372
seq2: B6Ng01-154O19.g_68_1199

seq1  GAATTCACCACTGAGAGAATCCAGGGTAAGTCAGACGTGTGATTTGGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCACTGAGAGAATCCAGGGTAAGTCAGACGTGTGATTTGGTGA  50

seq1  GAAGAGAGAAGGCATTCAGACATTGGATTGATTATAGGGGGTATGTATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGAGAAGGCATTCAGACATTGGATTGATTATAGGGGGTATGTATCA  100

seq1  CAACTGAAACTAGAGTGAAAAATATCAGATCTTTTCAAAGGCAGGTAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTGAAACTAGAGTGAAAAATATCAGATCTTTTCAAAGGCAGGTAAAA  150

seq1  GTTAAAATTCTAACTAATGGAGCAGCACCATTTGTGACTGGTGTCAGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAATTCTAACTAATGGAGCAGCACCATTTGTGACTGGTGTCAGGTC  200

seq1  TTCTTTGTGCAAGCTGCATGGATATTGCTCAGCTGGTGCTCTTCCATTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGTGCAAGCTGCATGGATATTGCTCAGCTGGTGCTCTTCCATTCA  250

seq1  AGAAACTGATTGGATATCATTGTTATGGATTTTTTTTTCCAAAGATAATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTGATTGGATATCATTGTTATGGATTTTTTTTTCCAAAGATAATC  300

seq1  GCAACAGTCTCTCTACTCTAGTTAGGCCTCAGTTAAGATATAGAGTCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAGTCTCTCTACTCTAGTTAGGCCTCAGTTAAGATATAGAGTCAAT  350

seq1  GACCCTACCGTATTCTACTAAGTAAGCAGTTCATAGTTGTTGTATCCAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTACCGTATTCTACTAAGTAAGCAGTTCATAGTTGTTGTATCCAAT  400

seq1  GCTATGGTGAGTGCGACTTTGTCTGTTTTAGGTGCAGTGTTTCTTTGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGGTGAGTGCGACTTTGTCTGTTTTAGGTGCAGTGTTTCTTTGGCT  450

seq1  TGGTAGCTTCTCTCTGATTCCTGGGACAATAGTTTTTAGGGTACACTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGCTTCTCTCTGATTCCTGGGACAATAGTTTTTAGGGTACACTTCT  500

seq1  CAGAGCCATCATTAACTGCCAGTCTTGTGGCTGAAACACTATGAATTCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCATCATTAACTGCCAGTCTTGTGGCTGAAACACTATGAATTCTT  550

seq1  AGCCTTAAATGGATGAATATTAACCCAGTCTCTCTCTTAAATTCACTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTAAATGGATGAATATTAACCCAGTCTCTCTCTTAAATTCACTACT  600

seq1  AAAAGATACCTATCAAGATGTTTATTGGAAGGCAGTTAAGACATAGAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATACCTATCAAGATGTTTATTGGAAGGCAGTTAAGACATAGAACT  650

seq1  ATAAAAAATAATAAATTGGTTTAGGTGGCAAAATTTAGGGACTATACATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAATAATAAATTGGTTTAGGTGGCAAAATTTAGGGACTATACATC  700

seq1  ATGCCTAGTAGATTATAAAACAATTATCTGTTATCCCTCACTCAATCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTAGTAGATTATAAAACAATTATCTGTTATCCCTCACTCAATCTTT  750

seq1  TGCTTCAACTGGTTAGGAGATTGGATAAGTTTACTTTTCTATAGTCATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCAACTGGTTAGGAGATTGGATAAGTTTACTTTTCTATAGTCATTA  800

seq1  GCTCGTTGATTGCTTTCACAGTCCTGTTTACCTGTAGATGTATCTTGTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGTTGATTGCTTTCACAGTCCTGTTTACCTGTAGATGTATCTTGTAT  850

seq1  TTGTTGCACTTATATACTATGTATTGTCCTTCAAAATTTTCCTTTCTTTA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTGTTGCACTTATATACTATGTATTGTCCTTC-AAATTTTCCTTTCTTTA  899

seq1  TGGATCTTAGATCTTAATGAGGGAGATAACTCATGAATAAGGTAAGTTAC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGGATCTTAGATCTTAATGAGGGAGATAACTCATGAATAA-GTAAGTTAC  948

seq1  AAGGGCTAAAGAAAATACAATTAGGAAATAAATGTGCATTCCTTCTGGTT  1000
       ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  -AGGGCTAAAGAAAATACAATTAGGAAATAATGGTGCATTCCTTCTGGTT  997

seq1  TGAGCCAATATGCTGAGCAGACCTTGGGTGCTAGCTCTGCACCCAGCCCC  1050
      |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||     || | |
seq2  TGAGCC-ATATGCTGAGCAGACCTTGGGTGCTTGCTTTG--ATTAGTCTC  1044

seq1  ACAACACGAAGAAGAAGCTCAACTCCCGGGTG-CTCTAATACATCCAGGT  1099
      | |||  |||||| |||||| ||| ||||||| ||||||| ||| ||| |
seq2  A-AAC-TGAAGAA-AAGCTC-ACTTCCGGGTGTCTCTAAT-CATTCAGTT  1089

seq1  TCATAGGTGAGGACACCACAATATCTGCCCCAACACCATGTGTA  1143
      |||||||||| || |||||||| |||  |||   ||||||||||
seq2  TCATAGGTGA-GAAACCACAATTTCTTTCCCCCAACCATGTGTA  1132