BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-155M07
Chromosome3 (Build37)
Map Location 142,448,950 - 142,614,246
singlet/doubletdoublet
Overlap genePkn2, LOC100040053
Upstream geneUnc5c, Bmpr1b, Gabarapl2-ps3, Pdlim5, Gbp5, Gbp6, Gbp3, Gbp1, Gbp2, EG621605, Ccbl2, Gtf2b
Downstream geneLOC100039883, 1700001N15Rik, EG668889, EG621809, LOC100039938
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-155M07.bB6Ng01-155M07.g
ACCDH950460DH950461
length1,1421,093
definitionDH950460|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155M07, 5' end.DH950461|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155M07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,613,166 - 142,614,246)(142,448,950 - 142,450,052)
sequence
gaattcaaaaccaggggccagtggttaagagcactggctgctcttccaga
gggttcagtactcagcacccacatggtggctcacagctgtctataactcc
agttctagggcatctgataccctcgcctgcaagcaaaacaccaaagcaca
taaaatatgataaataattttaaagttcaaagtctctttaaaatattcaa
actttctcttaaaaatccaaagtctttgtgaaactccaaaaatctcttta
aaagtttaaaagtctctcaactgtggtttcctgtaaaattaattaattaa
ttggttaattaattaataattaatttctcggttcatgagggaagaaccaa
ggcacagccacaatctgaacacattactatgacaaagggaacaggcaaat
gtgtctaagggtatggcacacttggtagcaagcacccagcacccagcacc
cagcatccacagttcagcccccagcacttctgaagtggggatgagaagtt
cagagtgatccttagtgtataagaaatcccaggccagcctaggctagaga
ccttgtctcaaaaaacaaatgcatgtacagaataataccacatagataaa
ctcttgacaccaatatgatacaatgctatgtatacaatcagatgtgataa
actgaacatatacaaatgctgtgtagtttcaaagttccccagagaactat
agaaacaacgaagccttatagtaaggaaatcatgataacaacttaaccta
gttatactattatctatgagttcccttacatgaagtctttctttgattcg
tccctttgtctgtccctctgggtactaagggtgtgtctgtagtccagcta
aaaggattaaaggtgtgtagcatgtctgcattccagccagatcacacaga
tctagaaggtcttaggaagggatcagagcagccctgttgctggattaaaa
ttcctctgtgcctcctacatcagttaacaatcaacaagcccctcccagac
catctgatggtgacattattcagttgagttccactttcccaccgtgtcac
accaacaacacaggagccacatgatagacagatgtacagtgcagatgcct
gttgcttctgtagggttctttgcctcatgctcacctcacttc
gaattctagccaggtggtggtggtgcacgcctttaagcccagcactcaaa
gtgcagaggcatgtggctacatggaagtcctgtcttcaaaacaaaacaaa
tagcaatacattcttttggggattggagaaaaggagtaaagcccttgtca
ttacaagtgtgacagtattgctctacagaacacacatgcaagttgggggg
atatgagaggccaccctgaatccccaagagttggctaggcaggcaagcag
aaacagatgaactctggattcagccaagagaccgtgcctcaatatataag
gtggagagtggtcaagagtcacctggggtcagccttgatcctccacgcgc
atgtccacgcacataggagcacaaatgtgtgtgtagcacactatgtacat
gcaaaaaaggtgaacttttatcagctgggtgacaaggagttaatagctag
aaatttccctttagttattcttgcaaactaaaaactcctgcatctcaatg
cctcttgatagtatgcctttgtgttcatagcagtaaatatattctccatg
gctgtctttggggcctgtgctaattttctatcacaggtgtgagatttact
ttaattatcataatgaactactaaaggggtcagccgtgtacccatctggt
cctaatccaggcaaaaggcttctatgccccaggctaatatttccaattgt
cagtggccctgacttttcctgatgctggattttaatctcatctaccattt
gtggagcttcggaaagacttcctgaccccctcaaggcatccttatgctct
ccccaccccagatccctacacatatgcctcaggatatcaggactaagtgg
catcacaatatggacattatcagtagatctccaggtcagagagagacccc
tgtgtctttcatataattccctcagtgcccattcaggtctgtggggaggg
gaggagtggcctttaaagtagcttcagaggctttgacagatttaagataa
ctggtttccctcacataccaatcactttgactctgagggtggctgttttc
cctacataccaggtaaatatcctataggatgcttagggaaaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_142613166_142614246
seq2: B6Ng01-155M07.b_117_1187 (reverse)

seq1  GAAGTGAGGTTGAGCATTTGAGGC-AAGAACCCTACAG-AGCAACAGGCA  48
      ||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  GAAGTGAGG-TGAGCA--TGAGGCAAAGAACCCTACAGAAGCAACAGGCA  47

seq1  TCCTGCAACTGTACATCTGTCTATCATTGTGCTCCTTGGTGTTTGTTGGT  98
      | |||| ||||||||||||||||||||   ||||||  ||| ||||||||
seq2  T-CTGC-ACTGTACATCTGTCTATCATGTGGCTCCT--GTG-TTGTTGGT  92

seq1  GTGACACGGTTGGGAAAGTGGAACCTCAACTGAATAATTGTCACCATCAG  148
      ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGACACGG-TGGGAAAGTGGAA-CTCAACTGAATAA-TGTCACCATCAG  139

seq1  ATTGGTCTGGGAGGGGCTTGTTGATTGTTAACTGATGTAGGAGGCACAGA  198
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TGGTCTGGGAGGGGCTTGTTGATTGTTAACTGATGTAGGAGGCACAGA  188

seq1  GGAATTTTAATCCAGCAACAGGGCTGCTCTGATCCCTTCCTAAGACCTTC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTTAATCCAGCAACAGGGCTGCTCTGATCCCTTCCTAAGACCTTC  238

seq1  TAGATCTGTGTGATCTGGCTGGAATGCAGACATGCTACACACCTTTAATC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATCTGTGTGATCTGGCTGGAATGCAGACATGCTACACACCTTTAATC  288

seq1  CTTTTAGCTGGACTACAGACACACCCTTAGTACCCAGAGGGACAGACAAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGCTGGACTACAGACACACCCTTAGTACCCAGAGGGACAGACAAA  338

seq1  GGGACGAATCAAAGAAAGACTTCATGTAAGGGAACTCATAGATAATAGTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACGAATCAAAGAAAGACTTCATGTAAGGGAACTCATAGATAATAGTA  388

seq1  TAACTAGGTTAAGTTGTTATCATGATTTCCTTACTATAAGGCTTCGTTGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAGGTTAAGTTGTTATCATGATTTCCTTACTATAAGGCTTCGTTGT  438

seq1  TTCTATAGTTCTCTGGGGAACTTTGAAACTACACAGCATTTGTATATGTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATAGTTCTCTGGGGAACTTTGAAACTACACAGCATTTGTATATGTT  488

seq1  CAGTTTATCACATCTGATTGTATACATAGCATTGTATCATATTGGTGTCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTATCACATCTGATTGTATACATAGCATTGTATCATATTGGTGTCA  538

seq1  AGAGTTTATCTATGTGGTATTATTCTGTACATGCATTTGTTTTTTGAGAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTTATCTATGTGGTATTATTCTGTACATGCATTTGTTTTTTGAGAC  588

seq1  AAGGTCTCTAGCCTAGGCTGGCCTGGGATTTCTTATACACTAAGGATCAC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCTCTAGCCTAGGCTGGCCTGGGATTTCTTATACACTAAGGATCAC  638

seq1  TCTGAACTTCTCATCCCCACTTCAGAAGTGCTGGGGGCTGAACTGTGGAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAACTTCTCATCCCCACTTCAGAAGTGCTGGGGGCTGAACTGTGGAT  688

seq1  GCTGGGTGCTGGGTGCTGGGTGCTTGCTACCAAGTGTGCCATACCCTTAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTGCTGGGTGCTGGGTGCTTGCTACCAAGTGTGCCATACCCTTAG  738

seq1  ACACATTTGCCTGTTCCCTTTGTCATAGTAATGTGTTCAGATTGTGGCTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTTGCCTGTTCCCTTTGTCATAGTAATGTGTTCAGATTGTGGCTG  788

seq1  TGCCTTGGTTCTTCCCTCATGAACCGAGAAATTAATTATTAATTAATTAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTGGTTCTTCCCTCATGAACCGAGAAATTAATTATTAATTAATTAA  838

seq1  CCAATTAATTAATTAATTTTACAGGAAACCACAGTTGAGAGACTTTTAAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTAATTAATTAATTTTACAGGAAACCACAGTTGAGAGACTTTTAAA  888

seq1  CTTTTAAAGAGATTTTTGGAGTTTCACAAAGACTTTGGATTTTTAAGAGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAAAGAGATTTTTGGAGTTTCACAAAGACTTTGGATTTTTAAGAGA  938

seq1  AAGTTTGAATATTTTAAAGAGACTTTGAACTTTAAAATTATTTATCATAT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTGAATATTTTAAAGAGACTTTGAACTTTAAAATTATTTATCATAT  988

seq1  TTTATGTGCTTTGGTGTTTTGCTTGCAGGCGAGGGTATCAGATGCCCTAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTGCTTTGGTGTTTTGCTTGCAGGCGAGGGTATCAGATGCCCTAG  1038

seq1  AACTGGAGTTATAGACAGCTGTGAGCCACCATG  1081
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGAGTTATAGACAGCTGTGAGCCACCATG  1071

seq1: chr3_142448950_142450052
seq2: B6Ng01-155M07.g_67_1159

seq1  GAATTCTAGCCAGGTGGTGGTGGTGCACGCCTTTAAGCCCAGCACTCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGCCAGGTGGTGGTGGTGCACGCCTTTAAGCCCAGCACTCAAA  50

seq1  GTGCAGAGGCATGTGGCTACATGGAAGTCCTGTCTTCAAAACAAAACAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGAGGCATGTGGCTACATGGAAGTCCTGTCTTCAAAACAAAACAAA  100

seq1  TAGCAATACATTCTTTTGGGGATTGGAGAAAAGGAGTAAAGCCCTTGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAATACATTCTTTTGGGGATTGGAGAAAAGGAGTAAAGCCCTTGTCA  150

seq1  TTACAAGTGTGACAGTATTGCTCTACAGAACACACATGCAAGTTGGGGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAAGTGTGACAGTATTGCTCTACAGAACACACATGCAAGTTGGGGGG  200

seq1  ATATGAGAGGCCACCCTGAATCCCCAAGAGTTGGCTAGGCAGGCAAGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGAGGCCACCCTGAATCCCCAAGAGTTGGCTAGGCAGGCAAGCAG  250

seq1  AAACAGATGAACTCTGGATTCAGCCAAGAGACCGTGCCTCAATATATAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGATGAACTCTGGATTCAGCCAAGAGACCGTGCCTCAATATATAAG  300

seq1  GTGGAGAGTGGTCAAGAGTCACCTGGGGTCAGCCTTGATCCTCCACGCGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGAGTGGTCAAGAGTCACCTGGGGTCAGCCTTGATCCTCCACGCGC  350

seq1  ATGTCCACGCACATAGGAGCACAAATGTGTGTGTAGCACACTATGTACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCACGCACATAGGAGCACAAATGTGTGTGTAGCACACTATGTACAT  400

seq1  GCAAAAAAGGTGAACTTTTATCAGCTGGGTGACAAGGAGTTAATAGCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAAGGTGAACTTTTATCAGCTGGGTGACAAGGAGTTAATAGCTAG  450

seq1  AAATTTCCCTTTAGTTATTCTTGCAAACTAAAAACTCCTGCATCTCAATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCCCTTTAGTTATTCTTGCAAACTAAAAACTCCTGCATCTCAATG  500

seq1  CCTCTTGATAGTATGCCTTTGTGTTCATAGCAGTAAATATATTCTCCATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTGATAGTATGCCTTTGTGTTCATAGCAGTAAATATATTCTCCATG  550

seq1  GCTGTCTTTGGGGCCTGTGCTAATTTTCTATCACAGGTGTGAGATTTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTCTTTGGGGCCTGTGCTAATTTTCTATCACAGGTGTGAGATTTACT  600

seq1  TTAATTATCATAATGAACTACTAAAGGGGTCAGCCGTGTACCCATCTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTATCATAATGAACTACTAAAGGGGTCAGCCGTGTACCCATCTGGT  650

seq1  CCTAATCCAGGCAAAAGGCTTCTATGCCCCAGGCTAATATTTCCAATTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATCCAGGCAAAAGGCTTCTATGCCCCAGGCTAATATTTCCAATTGT  700

seq1  CAGTGGCCCTGACTTTTCCTGATGCTGGATTTTAATCTCATCTACCATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGCCCTGACTTTTCCTGATGCTGGATTTTAATCTCATCTACCATTT  750

seq1  GTGGAGCTTCGGAAAGACTTCCTGACCCCCTCAAGGCATCCTTATGCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGCTTCGGAAAGACTTCCTGACCCCCTCAAGGCATCCTTATGCTCT  800

seq1  CCCCACCCCAGATCCCTACACATATGCCTCAGGATATCAGGACTAAGTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCCAGATCCCTACACATATGCCTCAGGATATCAGGACTAAGTGG  850

seq1  CATCACAATATGGACATTATCAGTAGATCTCCAGGTCAGAGAGAGACCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACAATATGGACATTATCAGTAGATCTCCAGGTCAGAGAGAGACCCC  900

seq1  TGTGTCTTTCATATAATTCCCTCAGTGCCCATTCAGGGTCTGT-GGGAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  TGTGTCTTTCATATAATTCCCTCAGTGCCCATTCA-GGTCTGTGGGGAGG  949

seq1  GGAGGAGTGGCCTTTAAAGTAGCTTCTAGAGGCTTTTGACAGATTTTAAG  999
      |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||
seq2  GGAGGAGTGGCCTTTAAAGTAGCTTC-AGAGGC-TTTGACAGA-TTTAAG  996

seq1  ATAACTGTTTTCCCTCACATACCAATCACTTTGACTCCCTGTATGTGTGC  1049
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    |  | ||| 
seq2  ATAACTGGTTTCCCTCACATACCAATCACTTTGACTC----TGAGGGTGG  1042

seq1  CTG-TTTCCCTACATACCAAGTAAAATACCTAAATAGAAATTGCTTAGGG  1098
      ||| ||||||||||||||| |||||   |||  |||| |  |||||||||
seq2  CTGTTTTCCCTACATACCAGGTAAATATCCT--ATAGGA--TGCTTAGGG  1088

seq1  AAAAC  1103
      |||||
seq2  AAAAC  1093