BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-157F10
Chromosome3 (Build37)
Map Location 126,257,594 - 126,355,478
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCamk2d
Upstream geneNdst4, Ugt8a, Arsj
Downstream geneAnk2, LOC100043749, LOC100043361, LOC100043364, Larp7, 4930422G04Rik, Neurog2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-157F10.bB6Ng01-157F10.g
ACCDH951601DH951602
length1,170998
definitionDH951601|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157F10, 5' end.DH951602|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157F10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(126,354,286 - 126,355,478)(126,257,594 - 126,258,592)
sequence
gaattcccaactatagtagccacactgtttaagtgggtgacaaggcagat
gccaaattactcgatccatcttccacaaagcagagccaataacttagctc
tgtgctgtgccttaataaaatgttcttcatattcttgaggaaagacaaag
aaaaacagcaatgaatgagataaataaagtcaactgtgaaacaaccatat
aggcgagaattaaaatgtccctaaggagacccaaagtaagggttttcaca
cagggtttcaatcttcaatctcttgttctctaagaaatgattgtctcaca
cttgggggcctttcatccagatgtcccagtttagaaacttcgcttgatca
cacttatcccatccagacattaaaataccaattcaacttcatccatgaag
gagaaaaaaaatctttaaaaagacacttcaaatatgtaacattaacatga
taacactcactacccaaaaatgtctataatcttcaatgtttatgaacatt
tgaaaaatacagcattctaatgacttatatttatagagagttaacttctg
ttacactagatattcagcagaaacatagacacaaaaattcggaactgtat
ataaacatactgaatacaagtctataaagtttatgttgatatttttaata
ttttctgctttgtgagacaggatcttatgttcaggttttttcttttgtga
gctcttcctgcctcagcggtgaatgctaggattggattttttttccccaa
aattaaatcttttccagttcctttgctatcatttgcagagcttctcgcca
gtgttttcacagagccgctggttcttggcagctttacttccttcccttag
gcgggatccttgcacttgcagaggtgcctcatccgtggagcagatcatga
ggagggagttctgaaggcttagactaaccaagtcagccatatacaaggcc
gagcatagaagcactgtggctgcccagtatcgtgcagaccttgggcaaaa
caaatgagagcccagagatgactctgtgggtttgtatgctgtgtgcacac
gaggacttgagttcaatccgcaacatatcatgtgtcataatcacagtgcc
tcctcacagggacagaggcggaagcacagagctcaagctctcaggctact
gactggctatgcatctttga
gaattccacctgattgccgcaacttccccaactggtttctgttgagttgt
gaacactcaatttgaggatgccatctctctgtgtattcattttgaaagaa
tacttggaagcctcacaaaataggctcttcctgggactccagctgactgc
cttagagagacttctctagttggtttctgctggatgctttgaatacccaa
ctgatgacatctattgtttatctatctattcatccacccatctgtccttc
tcttcattacttgctattatttttctttggcttgctatatgcttagtaaa
cttacttattcaaagctagaagtatggttataaaaggtcattatctagac
tgtcttaaacaacaaggtaccagtgacagaaacaaagaaatcattccatc
aagttgtagcttggtgattcaataagttgaattgtggttatttgtaagag
catggataagaagttacttagaagagcataagaaactagtgggtaactaa
actatagaaggaaaaagagctcttagtatgatacttgctagaatctggaa
ccacctaggaccaaaatctccagacactccagtttattattttttaaccc
cttggcaagcttttgagaaattatgttaagatttattttgttatattgag
aagattcattgtaagaataggtggtaccgtttacttggtttgggttctgg
actatgtaaaaatgtgaaagctagctgagccccaatgttctctgacgttt
cttcttcctgaccccagacccagtgacaagctgcttcaaggtcctgctgt
cttgtcaacaatgcatgataaactgtacctcgagctgcaagatgttcttc
cttcaattgtttttatctggcacttcattacaacacagtaagagacattc
atcaattcttcatctgctcatccagcctcaggagtccctccatctttgtc
atggacgcttaatggccacaatctgtgggggggggtgtgtgtggtttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_126354286_126355478
seq2: B6Ng01-157F10.b_48_1217 (reverse)

seq1  TCAAAGATGCATAAGCCAGGCTCAGTAGACTTGAGAGCTTTGAGCATCTG  50
      |||||||||||| ||||||  ||||||| | ||||||| |||||| ||||
seq2  TCAAAGATGCAT-AGCCAG--TCAGTAG-CCTGAGAGC-TTGAGC-TCTG  44

seq1  TGCTGTCCCCGCCTCCTGTCACTTTGTGGGAGCACTGTGATTATGGACAC  100
      ||||    |||||| ||||| || || ||  ||||||||||||| |||||
seq2  TGCT---TCCGCCT-CTGTCCCTGTGAGGAGGCACTGTGATTAT-GACAC  89

seq1  ATGCTATGGTTGCGGATTTGAACTCAGGTCCTCGTGGTTGCACAACAAGC  150
      ||| ||| |||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||   |||
seq2  ATGATAT-GTTGCGGA-TTGAACTCAAGTCCTCGTG--TGCACA--CAGC  133

seq1  ATACAAACCCACAGAGTCATCTCCTTGGGCTCCTCATTTGTTTTTGCCAA  200
      |||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||  ||||
seq2  ATACAAACCCACAGAGTCATCTC--TGGGCT-CTCATTTGTTTTGCCCAA  180

seq1  GGTCCTGCACCGATACTGGGCAGCCACAGTGCTTCTGATGCTCGGCCTTG  250
      ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGT-CTGCA-CGATACTGGGCAGCCACAGTGCTTCT-ATGCTCGGCCTTG  227

seq1  TATATGGCTGACTTGGTTAGTCTAAGCCCTCAGAACTCCCTCCTCATGGT  300
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | 
seq2  TATATGGCTGACTTGGTTAGTCTAAGCCTTCAGAACTCCCTCCTCAT-GA  276

seq1  TCTGCTCCACGGATGGGGCACCTCTGCAAGTGCAAGGATCCCGCCTAA-G  349
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCTGCTCCACGGATGAGGCACCTCTGCAAGTGCAAGGATCCCGCCTAAGG  326

seq1  GAAGGAAGTAAAGCTGCCAAGAACCAGCGGCTCTGTGAAAACACTGGCGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAGTAAAGCTGCCAAGAACCAGCGGCTCTGTGAAAACACTGGCGA  376

seq1  GAAGCTCTGCAAATGATAGCAAAGGAACTGGAAAAGATTTAATTTTGGGG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCTGCAAATGATAGCAAAGGAACTGGAAAAGATTTAATTTTGGGG  426

seq1  AAAAAAAATCCAATCCTAGCATTCACCGCTGAGGCAGGAAGAGCTCACAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAATCCAATCCTAGCATTCACCGCTGAGGCAGGAAGAGCTCACAA  476

seq1  AAGAAAAAACCTGAACATAAGATCCTGTCTCACAAAGCAGAAAATATTAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAAACCTGAACATAAGATCCTGTCTCACAAAGCAGAAAATATTAA  526

seq1  AAATATCAACATAAACTTTATAGACTTGTATTCAGTATGTTTATATACAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCAACATAAACTTTATAGACTTGTATTCAGTATGTTTATATACAG  576

seq1  TTCCGAATTTTTGTGTCTATGTTTCTGCTGAATATCTAGTGTAACAGAAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGAATTTTTGTGTCTATGTTTCTGCTGAATATCTAGTGTAACAGAAG  626

seq1  TTAACTCTCTATAAATATAAGTCATTAGAATGCTGTATTTTTCAAATGTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTCTCTATAAATATAAGTCATTAGAATGCTGTATTTTTCAAATGTT  676

seq1  CATAAACATTGAAGATTATAGACATTTTTGGGTAGTGAGTGTTATCATGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACATTGAAGATTATAGACATTTTTGGGTAGTGAGTGTTATCATGT  726

seq1  TAATGTTACATATTTGAAGTGTCTTTTTAAAGATTTTTTTTCTCCTTCAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTACATATTTGAAGTGTCTTTTTAAAGATTTTTTTTCTCCTTCAT  776

seq1  GGATGAAGTTGAATTGGTATTTTAATGTCTGGATGGGATAAGTGTGATCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAAGTTGAATTGGTATTTTAATGTCTGGATGGGATAAGTGTGATCA  826

seq1  AGCGAAGTTTCTAAACTGGGACATCTGGATGAAAGGCCCCCAAGTGTGAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGAAGTTTCTAAACTGGGACATCTGGATGAAAGGCCCCCAAGTGTGAG  876

seq1  ACAATCATTTCTTAGAGAACAAGAGATTGAAGATTGAAACCCTGTGTGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCATTTCTTAGAGAACAAGAGATTGAAGATTGAAACCCTGTGTGAA  926

seq1  AACCCTTACTTTGGGTCTCCTTAGGGACATTTTAATTCTCGCCTATATGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTTACTTTGGGTCTCCTTAGGGACATTTTAATTCTCGCCTATATGG  976

seq1  TTGTTTCACAGTTGACTTTATTTATCTCATTCATTGCTGTTTTTCTTTGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCACAGTTGACTTTATTTATCTCATTCATTGCTGTTTTTCTTTGT  1026

seq1  CTTTCCTCAAGAATATGAAGAACATTTTATTAAGGCACAGCACAGAGCTA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTCAAGAATATGAAGAACATTTTATTAAGGCACAGCACAGAGCTA  1076

seq1  AGTTATTGGCTCTGCTTTGTGGAAGATGGATCGAGTAATTTGGCATCTGC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATTGGCTCTGCTTTGTGGAAGATGGATCGAGTAATTTGGCATCTGC  1126

seq1  CTTGTCACCCACTTAAACAGTGTGGCTACTATAGTTGGGAATTC  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCACCCACTTAAACAGTGTGGCTACTATAGTTGGGAATTC  1170

seq1: chr3_126257594_126258592
seq2: B6Ng01-157F10.g_67_1064

seq1  GAATTCCACCTGATTGCCGCAACTTCCCCAACTGGTTTCTGTTGAGTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCTGATTGCCGCAACTTCCCCAACTGGTTTCTGTTGAGTTGT  50

seq1  GAACACTCAATTTGAGGATGCCATCTCTCTGTGTATTCATTTTGAAAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACTCAATTTGAGGATGCCATCTCTCTGTGTATTCATTTTGAAAGAA  100

seq1  TACTTGGAAGCCTCACAAAATAGGCTCTTCCTGGGACTCCAGCTGACTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGGAAGCCTCACAAAATAGGCTCTTCCTGGGACTCCAGCTGACTGC  150

seq1  CTTAGAGAGACTTCTCTAGTTGGTTTCTGCTGGATGCTTTGAATACCCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGAGACTTCTCTAGTTGGTTTCTGCTGGATGCTTTGAATACCCAA  200

seq1  CTGATGACATCTATTGTTTATCTATCTATTCATCCACCCATCTGTCCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGACATCTATTGTTTATCTATCTATTCATCCACCCATCTGTCCTTC  250

seq1  TCTTCATTACTTGCTATTATTTTTCTTTGGCTTGCTATATGCTTAGTAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATTACTTGCTATTATTTTTCTTTGGCTTGCTATATGCTTAGTAAA  300

seq1  CTTACTTATTCAAAGCTAGAAGTATGGTTATAAAAGGTCATTATCTAGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTTATTCAAAGCTAGAAGTATGGTTATAAAAGGTCATTATCTAGAC  350

seq1  TGTCTTAAACAACAAGGTACCAGTGACAGAAACAAAGAAATCATTCCATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTAAACAACAAGGTACCAGTGACAGAAACAAAGAAATCATTCCATC  400

seq1  AAGTTGTAGCTTGGTGATTCAATAAGTTGAATTGTGGTTATTTGTAAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGTAGCTTGGTGATTCAATAAGTTGAATTGTGGTTATTTGTAAGAG  450

seq1  CATGGATAAGAAGTTACTTAGAAGAGCATAAGAAACTAGTGGGTAACTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGATAAGAAGTTACTTAGAAGAGCATAAGAAACTAGTGGGTAACTAA  500

seq1  ACTATAGAAGGAAAAAGAGCTCTTAGTATGATACTTGCTAGAATCTGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAGAAGGAAAAAGAGCTCTTAGTATGATACTTGCTAGAATCTGGAA  550

seq1  CCACCTAGGACCAAAATCTCCAGACACTCCAGTTTATTATTTTTTAACCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTAGGACCAAAATCTCCAGACACTCCAGTTTATTATTTTTTAACCC  600

seq1  CTTGGCAAGCTTTTGAGAAATTATGTTAAGATTTATTTTGTTATATTGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCAAGCTTTTGAGAAATTATGTTAAGATTTATTTTGTTATATTGAG  650

seq1  AAGATTCATTGTAAGAATAGGTGGTACCGTTTACTTGGTTTGGGTTCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTCATTGTAAGAATAGGTGGTACCGTTTACTTGGTTTGGGTTCTGG  700

seq1  ACTATGTAAAAATGTGAAAGCTAGCTGAGCCCCAATGTTCATTGTACGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||
seq2  ACTATGTAAAAATGTGAAAGCTAGCTGAGCCCCAATGTTCTCTG-ACGTT  749

seq1  TCTTCTTCCTGACCCCAGACCCAGTGACAAGCTGCTTCAAGGTCCTGCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTCCTGACCCCAGACCCAGTGACAAGCTGCTTCAAGGTCCTGCTG  799

seq1  TCTTGTCAACAATGCATGATAAACTGTACCTCGAGCTGCAAGATGTTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTCAACAATGCATGATAAACTGTACCTCGAGCTGCAAGATGTTCTT  849

seq1  CCTTCAATTGTTTTTATCTGGCACTTCATTACAACAACAGTAAGAGACAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCTTCAATTGTTTTTATCTGGCACTTCATTACAAC-ACAGTAAGAGACAT  898

seq1  TCATCAATTCTTCA-CCGCTCATCCAGCCTCAGGAGTCCCTCCATTCTTT  949
      |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCATCAATTCTTCATCTGCTCATCCAGCCTCAGGAGTCCCTCCA-TCTTT  947

seq1  GTCATGGACGCTTAATGGCCACAATCTTGTGTGGGGTGTGTGTGT-GTTT  998
      |||||||||||||||||||||||||||   | |||| |||||||| ||||
seq2  GTCATGGACGCTTAATGGCCACAATCTGTGGGGGGGGGTGTGTGTGGTTT  997

seq1  G  999
      |
seq2  G  998