BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161K05
Chromosome3 (Build37)
Map Location 22,072,621 - 22,187,978
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTbl1xr1
Upstream geneLOC100040325, 7530428D23Rik, LOC100039465, LOC100040353, LOC545506
Downstream geneLOC675593, LOC100040378, LOC623751
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161K05.bB6Ng01-161K05.g
ACCDH954699DH954700
length1,0851,061
definitionDH954699|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161K05, 5' end.DH954700|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161K05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,072,621 - 22,073,705)(22,186,924 - 22,187,978)
sequence
gaattcaattaaatctttgtgagatacatgatgttagcttaagacagcca
ttttcagtgtaattgttaaatcacatgggtgtctgtggagaactccatat
acagaggtgtggccttttctaagtgtattttcttaatttctctaatgatt
cagagatagatgcaatatgtttaattaaaaactagatcttttgcgtactg
ctgtttatgatttttttaccttagtgcttattctctgaagtacgtgttga
gggggctagctaatgcatattcccatgtaagcttaaatggaagacttagg
ccaagttaaaaatctgaacaatcctggcctaatgaaacagtttcccttct
tgtcaggaaactgactgtggcagagaaatgataactggtatcgctaagaa
ggattggggttttatacccagccgtcctcaggcattcacagtcctgtaca
acctgacttcattaaccataaagagttgttgttgttgttgttgttttttt
aaataatgtgtggtatgtactattggtatttactacatcagacgctaaaa
gtgtaaaaatttataattcacattttaacataacttcatgcttaacatag
taacacaaatcatgtgtatataaaataaaagtgtttcccaagaaaagtat
ttagatcatcgcattgttttatgtttctgcaaatcctttaatctctggct
cgctgcacagctgggtattcacatctgctctgaattcaagtctgagatgt
gctgctgcagttgaaacatatggggagccttgactgtgcggaaagctgga
atgtttccaaattaaaaccaaaaatttatttttggaataaatttcatcat
cttttttattaccaggctgacacacccagcagatgaacaggttttttaag
ggctcactgtgatactgggatcagtgaaagtttcataatgtttaatcttt
tggtatttttaaattaagtgtatgtgcataggtgtggtgcctggagatgc
cagagcatgccatcatctcaagctgctccctattggagcctgaatactgc
tctttgactgctaagctctctggaacttttgaatt
gaattcatgaggaacgggagtagcttgggagacataatacaaacacggct
gggtctgaagttgactcaagtgaaaggcagtcacctgcttcatcacctgg
aaaagatacagagccccagagttttggcttactttgtcttcattctccat
gtcctggtgtcatgataacggatgtggagtcatagaattgttttcacaac
taatccaaccatatttcagagaaaggatttgttgggactcagctatattt
ttaattcccagtttggacttctagttatttgtgggtaaagggctctttaa
caggtgcaagcaaggcaaacacactcccaagtatggcaaacatacactca
agcctggcaaacacactcccaaacatggcaaacatggctccaacgggttc
tgccttttacccttgctaaaaactgtaatgattacattcctaacattagc
cccaaagcccattcccatatttggtcactgactcattccagagacaaaat
accacagttgaccaatcaaaattcactatttggctaacatgtctaatcag
aatttaccaactcatcctagcacagatcaccctgtttccccttaaaaccc
cactcctgcagaaacacctgctgtaacctgtttgcttgcttgcttgcttg
cttctactgttgctgctgctgctgatgatgatgatgctgctgatgatgat
gatgatgcttgctatttctattttgctccatccccaccttccctacttgc
ccttccaggatcataaatctcctttatgctgagaacttgtggtctgggta
tgtcctgtactgattccagagggccatcccacctttacaatgtgtatctt
ccatgttaggaaagcagttacttgaattcctctattcccatctaccttaa
catattaaaacagggtcctcttaactgtctaggtctgggtcctctattct
gcataaacatcatgaccaagaagcagttgggggaggaaaggtaacctcag
cttacacctccacattgcctgtttatcacaaaatgatagtcaggactgaa
atttagcaggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_22072621_22073705
seq2: B6Ng01-161K05.b_46_1130

seq1  GAATTCAATTAAATCTTTGTGAGATACATGATGTTAGCTTAAGACAGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTAAATCTTTGTGAGATACATGATGTTAGCTTAAGACAGCCA  50

seq1  TTTTCAGTGTAATTGTTAAATCACATGGGTGTCTGTGGAGAACTCCATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGTGTAATTGTTAAATCACATGGGTGTCTGTGGAGAACTCCATAT  100

seq1  ACAGAGGTGTGGCCTTTTCTAAGTGTATTTTCTTAATTTCTCTAATGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGTGTGGCCTTTTCTAAGTGTATTTTCTTAATTTCTCTAATGATT  150

seq1  CAGAGATAGATGCAATATGTTTAATTAAAAACTAGATCTTTTGCGTACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATAGATGCAATATGTTTAATTAAAAACTAGATCTTTTGCGTACTG  200

seq1  CTGTTTATGATTTTTTTACCTTAGTGCTTATTCTCTGAAGTACGTGTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTATGATTTTTTTACCTTAGTGCTTATTCTCTGAAGTACGTGTTGA  250

seq1  GGGGGCTAGCTAATGCATATTCCCATGTAAGCTTAAATGGAAGACTTAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGCTAGCTAATGCATATTCCCATGTAAGCTTAAATGGAAGACTTAGG  300

seq1  CCAAGTTAAAAATCTGAACAATCCTGGCCTAATGAAACAGTTTCCCTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTAAAAATCTGAACAATCCTGGCCTAATGAAACAGTTTCCCTTCT  350

seq1  TGTCAGGAAACTGACTGTGGCAGAGAAATGATAACTGGTATCGCTAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGGAAACTGACTGTGGCAGAGAAATGATAACTGGTATCGCTAAGAA  400

seq1  GGATTGGGGTTTTATACCCAGCCGTCCTCAGGCATTCACAGTCCTGTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGGGGTTTTATACCCAGCCGTCCTCAGGCATTCACAGTCCTGTACA  450

seq1  ACCTGACTTCATTAACCATAAAGAGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGACTTCATTAACCATAAAGAGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTT  500

seq1  AAATAATGTGTGGTATGTACTATTGGTATTTACTACATCAGACGCTAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATGTGTGGTATGTACTATTGGTATTTACTACATCAGACGCTAAAA  550

seq1  GTGTAAAAATTTATAATTCACATTTTAACATAACTTCATGCTTAACATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAAAATTTATAATTCACATTTTAACATAACTTCATGCTTAACATAG  600

seq1  TAACACAAATCATGTGTATATAAAATAAAAGTGTTTCCCAAGAAAAGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACAAATCATGTGTATATAAAATAAAAGTGTTTCCCAAGAAAAGTAT  650

seq1  TTAGATCATCGCATTGTTTTATGTTTCTGCAAATCCTTTAATCTCTGGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATCATCGCATTGTTTTATGTTTCTGCAAATCCTTTAATCTCTGGCT  700

seq1  CGCTGCACAGCTGGGTATTCACATCTGCTCTGAATTCAAGTCTGAAGATG  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CGCTGCACAGCTGGGTATTCACATCTGCTCTGAATTCAAGTCTG-AGATG  749

seq1  TGCTGCTGCAGTTGAAACATATGGGGAGCCTTGACTGTGCGGAAAGCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTGCAGTTGAAACATATGGGGAGCCTTGACTGTGCGGAAAGCTGG  799

seq1  AATGTTTCCAAATTAAAACC-AAAATTTATTTTTGGAATAAATTTCATCA  849
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTCCAAATTAAAACCAAAAATTTATTTTTGGAATAAATTTCATCA  849

seq1  TCTTTTTTATTACCAGGCTGACACA-CCAGCAGATGAACAGGTTTTTTAA  898
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTTTATTACCAGGCTGACACACCCAGCAGATGAACAGGTTTTTTAA  899

seq1  GGGCTCACTGTGATACT-GGATCAGTGAAAGTTTCATATATGTTTTATCT  947
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  GGGCTCACTGTGATACTGGGATCAGTGAAAGTTTCATA-ATGTTTAATCT  948

seq1  TTTGTTATTTTT-AATTAAGTGTATGTGCATAGGTGT-GTGCCTGAAGAT  995
      |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  TTTGGTATTTTTAAATTAAGTGTATGTGCATAGGTGTGGTGCCTGGAGAT  998

seq1  GCCAGAGCATGCCATCATCTCAAGCTGCTCCCCTATTTGGAGCTGGAATA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||
seq2  GCCAGAGCATGCCATCATCTCAAGCTGCT-CCCTA-TTGGAGCCTGAATA  1046

seq1  CTGCTC-TTGACTGCTAAGCTCTCTGCACCCTTTTGTAATT  1085
      |||||| ||||||||||||||||||| |  |||||| ||||
seq2  CTGCTCTTTGACTGCTAAGCTCTCTGGA-ACTTTTG-AATT  1085

seq1: chr3_22186924_22187978
seq2: B6Ng01-161K05.g_71_1131 (reverse)

seq1  ACCTGCTTAATTTCCAGTCCTGACT-TCTTTTGGTGATAAACA-GCAATG  48
      ||||||| ||||| ||||||||||| || ||| |||||||||| ||||||
seq2  ACCTGCTAAATTT-CAGTCCTGACTATCATTTTGTGATAAACAGGCAATG  49

seq1  TGGAAGTGTAAGCTGAGGTTACCCTTTCCTCCCCAACTTGCTTCTTGGTC  98
      |||| |||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||
seq2  TGGAGGTGTAAGCTGAGGTTA-CCTTTCCTCCCCCAACTGCTTCTTGGTC  98

seq1  ATGATGTTTATGCAGGAATAGA-GACCCAGACTTAGACAGTTAAGA-GAC  146
      |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  ATGATGTTTATGCA-GAATAGAGGACCCAGACCTAGACAGTTAAGAGGAC  147

seq1  CCTGTTTTAATATG-TAAGGTAGATGGGAATAGAGGAATTCAAGTAACTG  195
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTTAATATGTTAAGGTAGATGGGAATAGAGGAATTCAAGTAACTG  197

seq1  CTTTC--TACATGGAAGATACACATTGT-AAGGTGGGATGGCCCTCTGGA  242
      |||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCTAACATGGAAGATACACATTGTAAAGGTGGGATGGCCCTCTGGA  247

seq1  ATCAGTACAGGACATACCCAGACCACAAGTTCTCAGCATAAAGGAGATTT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTACAGGACATACCCAGACCACAAGTTCTCAGCATAAAGGAGATTT  297

seq1  ATGATCCTGGAAGGGCAAGTAGGGAAGGTGGGGATGGAGC-AAATAGAAA  341
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATGATCCTGGAAGGGCAAGTAGGGAAGGTGGGGATGGAGCAAAATAGAAA  347

seq1  TAGCAAGCATCATCATCATCATCAGCAGCATCATCATCATCAGCAGCAGC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAAGCATCATCATCATCATCAGCAGCATCATCATCATCAGCAGCAGC  397

seq1  AGCAACAGTAGAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAACAGGTTACAGCAGGTG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACAGTAGAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAACAGGTTACAGCAGGTG  447

seq1  TTTCTGCAGGAGTGGGGTTTTAAGGGGAAACAGGGTGATCTGTGCTAGGA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCAGGAGTGGGGTTTTAAGGGGAAACAGGGTGATCTGTGCTAGGA  497

seq1  TGAGTTGGTAAATTCTGATTAGACATGTTAGCCAAATAGTGAATTTTGAT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTGGTAAATTCTGATTAGACATGTTAGCCAAATAGTGAATTTTGAT  547

seq1  TGGTCAACTGTGGTATTTTGTCTCTGGAATGAGTCAGTGACCAAATATGG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAACTGTGGTATTTTGTCTCTGGAATGAGTCAGTGACCAAATATGG  597

seq1  GAATGGGCTTTGGGGCTAATGTTAGGAATGTAATCATTACAGTTTTTAGC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGCTTTGGGGCTAATGTTAGGAATGTAATCATTACAGTTTTTAGC  647

seq1  AAGGGTAAAAGGCAGAACCCGTTGGAGCCATGTTTGCCATGTTTGGGAGT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTAAAAGGCAGAACCCGTTGGAGCCATGTTTGCCATGTTTGGGAGT  697

seq1  GTGTTTGCCAGGCTTGAGTGTATGTTTGCCATACTTGGGAGTGTGTTTGC  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGCCAGGCTTGAGTGTATGTTTGCCATACTTGGGAGTGTGTTTGC  747

seq1  CTTGCTTGCACCTGTTAAAGAGCCCTTTACCCACAAATAACTAGAAGTCC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTTGCACCTGTTAAAGAGCCCTTTACCCACAAATAACTAGAAGTCC  797

seq1  AAACTGGGAATTAAAAATATAGCTGAGTCCCAACAAATCCTTTCTCTGAA  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGGGAATTAAAAATATAGCTGAGTCCCAACAAATCCTTTCTCTGAA  847

seq1  ATATGGTTGGATTAGTTGTGAAAACAATTCTATGACTCCACATCCGTTAT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTTGGATTAGTTGTGAAAACAATTCTATGACTCCACATCCGTTAT  897

seq1  CATGACACCAGGACATGGAGAATGAAGACAAAGTAAGCCAAAACTCTGGG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACACCAGGACATGGAGAATGAAGACAAAGTAAGCCAAAACTCTGGG  947

seq1  GCTCTGTATCTTTTCCAGGTGATGAAGCAGGTGACTGCCTTTCACTTGAG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTATCTTTTCCAGGTGATGAAGCAGGTGACTGCCTTTCACTTGAG  997

seq1  TCAACTTCAGACCCAGCCGTGTTTGTATTATGTCTCCCAAGCTACTCCCG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTTCAGACCCAGCCGTGTTTGTATTATGTCTCCCAAGCTACTCCCG  1047

seq1  TTCCTCATGAATTC  1055
      ||||||||||||||
seq2  TTCCTCATGAATTC  1061