BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163L09
Chromosome3 (Build37)
Map Location 147,131,716 - 147,235,197
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSpata1, Gng5, Bxdc5, LOC100040473, Dnase2b, Uox, 4930503B20Rik, Gm1652, LOC670100, Prkacb, LOC100040540, Ttll7, Ppia-ps3_1528.1
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163L09.bB6Ng01-163L09.g
ACCDH956228DH956229
length1,1341,204
definitionDH956228|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163L09, 5' end.DH956229|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163L09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(147,234,061 - 147,235,197)(147,131,716 - 147,132,716)
sequence
gaattcaaacattattgtatcagatctgaaaacatttattcattaagact
aaaataaaggaaaatgttttgaaaaataacagccagtaattcaagtctgg
ctgggctagatttaaacttgagttctggccactttcctgtgtgttatcat
gagtatttaccatgacaacatctgcatagaattacgtcctcacttctgag
tatttaatgtgcatactcttgagaaacatgtgccctgtggtctgttacat
atattttaaagaccacattaaaagggtccgaagtggaaaagatgtttcca
aaatcttgaacatggacgtttttcatttggagttctgaaaatgtgcacca
tttgctttaatacgtggagaccatgctacaaaatgtctgtggaaatgtaa
tgtgaacccaaagttcccaactttaatgtgtgaagataatgttatagttt
gaaaatacgaatgttataattttaaaaaatgaatttcccattaaatatat
aggataacatatgaggaaatgcatgtttttcgcttgatggaaccctggca
ttttttaatcaagcaacaggaaaagaagccttcctgtgaatgtcttccca
tagttttgaaagtttaaacacaaacaaaccaaacctgacatagggtagat
tttcagagaatgaagcttcctggatataaaacagatgggagagtaatgga
atgtcacccttgtactgagaagatgtgtttggctttgtttgtggatacag
gctcttactatatagctttggctatcctgcaagtcattatggtgatctca
aactcacagagataggcttgcctctgcatactggtattaaataccagtgc
cactatgcccagcaatacacaagcacacatacgtgcacacacatacacac
acacacacaccacacacatcacacacactcacacacacacacacacacac
acacacacactcacacacatatacatatatgtgtacgagtatgaatacct
atacctatacctatacctatacctatacctatacctatacctatacatat
acttatacatataccgcccacatacaccgcatatgtgaacatttgtccga
gacaagaagaacgaatatgccctctccttggctt
gaattctcacctgaggaataccgaatggctgagaagcacctgaaaaaatg
ctcagcttccttaatcatcagagaaatgcaaatcaaaacaaccctgagat
tccacttcattccagtcagaatggttaagatcaaaaattcaggtgacagc
agatgctggcaaggatgtggagaaagaggaacactcctccattgttggtg
ggattgcaagcttgtacaaccactctggaaatcagtctggcggttcctca
gaaaattggacatagtactaccggaggatcccgcaatacctctcctgggc
atatatcccaacgggtaagaaggacacatgctccactatgttcatagcag
ccttatttataatagccagaagctggaaagaatccagatgcctctcaaca
gaggaatggttacaaaaaatgtggcacatttacacaatggagtactactc
agctattaaaaagaatgaatttatgaaattcctagccaaatggatggacc
tggagggcatcatcctgagtgaggtaacacaatcacaaaagaactcaaat
gatatgtactcactgataagtggatattagcccagaaacttagtataccc
gagatataagatacaatttgcaaaacacatgaaactgtagaagaacgaag
accaaagtgtggacactttgccccttcttagaattggaaacaataaccca
gctaaaattgttaattaatacctcaattaatatctcattgagagagcaaa
agaatcttagcatctgattttattttgtatatagttgacattaaccaaac
atgtaaacttgcatttctttctaaaaatggtaaatgactaatttatttct
ggattcaagtagacatgtctagaatcttagcttttactgctcacaaattg
tgtaatcaattacacatgattttatcctagatgaagctcagttttctgct
tgtgaaatggaatattaaaaggcaattttattaattattacatggtatgt
gtagaaaaacaggcccatacacagtagcccgcctggaaatgtaacttatt
tctttaaaagtggggtgtctaagagaaatataaaaaaccttgttagacat
agatatagggagaaattattaattaagtgcacaattgaacaaccaggtat
tgcttgttacctggtcattagtgatcttggcaaacctattgatggattat
gtag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr3_147234061_147235197
seq2: B6Ng01-163L09.b_46_1179 (reverse)

seq1  AAGCCAAAGGAGAGGGCATTATTCTGTCTTCTTTTGTCTCTGTACAAATG  50
      ||||| |||||||||||| |||||  |||||  ||||||| | |||||||
seq2  AAGCC-AAGGAGAGGGCA-TATTCGTTCTTC--TTGTCTC-GGACAAATG  45

seq1  TTCACATATGC-GTGTATGTGTGC-GTATATGTATATGTATATGTATAGG  98
      ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTCACATATGCGGTGTATGTGGGCGGTATATGTATAAGTATATGTATAGG  95

seq1  TATAGGTATAGGTATAGGTATAGGTATAGGTATAGGTATAGGTATTCATA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGTATAGGTATAGGTATAGGTATAGGTATAGGTATAGGTATTCATA  145

seq1  CTCGTACACATATATGTATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  198
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTACACATATATGTATATGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  195

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATGTGTGTGGTGTGTGTGTGTGTGTATGTG  248
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGAGTGTGTGTGATGTGTGTGGTGTGTGTGTGTGTGTATGTG  245

seq1  TGTGCACGTATGTGTGCTTGTGTATTGCTGGGCATAGTGGCACTGGTATT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACGTATGTGTGCTTGTGTATTGCTGGGCATAGTGGCACTGGTATT  295

seq1  TAATACCAGTATGCAGAGGCAAGCCTATCTCTGTGAGTTTGAGATCACCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACCAGTATGCAGAGGCAAGCCTATCTCTGTGAGTTTGAGATCACCA  345

seq1  TAATGACTTGCAGGATAGCCAAAGCTATATAGTAAGAGCCTGTATCCACA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGACTTGCAGGATAGCCAAAGCTATATAGTAAGAGCCTGTATCCACA  395

seq1  AACAAAGCCAAACACATCTTCTCAGTACAAGGGTGACATTCCATTACTCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGCCAAACACATCTTCTCAGTACAAGGGTGACATTCCATTACTCT  445

seq1  CCCATCTGTTTTATATCCAGGAAGCTTCATTCTCTGAAAATCTACCCTAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTGTTTTATATCCAGGAAGCTTCATTCTCTGAAAATCTACCCTAT  495

seq1  GTCAGGTTTGGTTTGTTTGTGTTTAAACTTTCAAAACTATGGGAAGACAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGTTTGGTTTGTTTGTGTTTAAACTTTCAAAACTATGGGAAGACAT  545

seq1  TCACAGGAAGGCTTCTTTTCCTGTTGCTTGATTAAAAAATGCCAGGGTTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGGAAGGCTTCTTTTCCTGTTGCTTGATTAAAAAATGCCAGGGTTC  595

seq1  CATCAAGCGAAAAACATGCATTTCCTCATATGTTATCCTATATATTTAAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAGCGAAAAACATGCATTTCCTCATATGTTATCCTATATATTTAAT  645

seq1  GGGAAATTCATTTTTTAAAATTATAACATTCGTATTTTCAAACTATAACA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATTCATTTTTTAAAATTATAACATTCGTATTTTCAAACTATAACA  695

seq1  TTATCTTCACACATTAAAGTTGGGAACTTTGGGTTCACATTACATTTCCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTCACACATTAAAGTTGGGAACTTTGGGTTCACATTACATTTCCA  745

seq1  CAGACATTTTGTAGCATGGTCTCCACGTATTAAAGCAAATGGTGCACATT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACATTTTGTAGCATGGTCTCCACGTATTAAAGCAAATGGTGCACATT  795

seq1  TTCAGAACTCCAAATGAAAAACGTCCATGTTCAAGATTTTGGAAACATCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAACTCCAAATGAAAAACGTCCATGTTCAAGATTTTGGAAACATCT  845

seq1  TTTCCACTTCGGACCCTTTTAATGTGGTCTTTAAAATATATGTAACAGAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACTTCGGACCCTTTTAATGTGGTCTTTAAAATATATGTAACAGAC  895

seq1  CACAGGGCACATGTTTCTCAAGAGTATGCACATTAAATACTCAGAAGTGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGGCACATGTTTCTCAAGAGTATGCACATTAAATACTCAGAAGTGA  945

seq1  GGACGTAATTCTATGCAGATGTTGTCATGGTAAATACTCATGATAACACA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACGTAATTCTATGCAGATGTTGTCATGGTAAATACTCATGATAACACA  995

seq1  CAGGAAAGTGGCCAGAACTCAAGTTTAAATCTAGCCCAGCCAGACTTGAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAGTGGCCAGAACTCAAGTTTAAATCTAGCCCAGCCAGACTTGAA  1045

seq1  TTACTGGCTGTTATTTTTCAAAACATTTTCCTTTATTTTAGTCTTAATGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGGCTGTTATTTTTCAAAACATTTTCCTTTATTTTAGTCTTAATGA  1095

seq1  ATAAATGTTTTCAGATCTGATACAATAATGTTTGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGTTTTCAGATCTGATACAATAATGTTTGAATTC  1134

seq1: chr3_147131716_147132716
seq2: B6Ng01-163L09.g_267_1270

seq1  GGATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGCAAGCTTGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCGGTTCCTCA  50

seq1  GAAAATTGGACATAGTACTACCGGAGGATCCCGCAATACCTCTCCTGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTGGACATAGTACTACCGGAGGATCCCGCAATACCTCTCCTGGGC  100

seq1  ATATATCCCAACGGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATGTTCATAGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATCCCAACGGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATGTTCATAGCAG  150

seq1  CCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAATCCAGATGCCTCTCAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATTTATAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAATCCAGATGCCTCTCAACA  200

seq1  GAGGAATGGTTACAAAAAATGTGGCACATTTACACAATGGAGTACTACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAATGGTTACAAAAAATGTGGCACATTTACACAATGGAGTACTACTC  250

seq1  AGCTATTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCCTAGCCAAATGGATGGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCCTAGCCAAATGGATGGACC  300

seq1  TGGAGGGCATCATCCTGAGTGAGGTAACACAATCACAAAAGAACTCAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGGCATCATCCTGAGTGAGGTAACACAATCACAAAAGAACTCAAAT  350

seq1  GATATGTACTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAGTATACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGTACTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAGTATACCC  400

seq1  GAGATATAAGATACAATTTGCAAAACACATGAAACTGAAGAAGAACGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAGATATAAGATACAATTTGCAAAACACATGAAACTGTAGAAGAACGAAG  450

seq1  ACCAAAGTGTGGACACTTTGCCCCTTCTTAGAATTGGAAACAATAACCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAGTGTGGACACTTTGCCCCTTCTTAGAATTGGAAACAATAACCCA  500

seq1  GCTAAAATTGTTAATTAATACCTCAATTAATATCTCATTGAGAGAGCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAATTGTTAATTAATACCTCAATTAATATCTCATTGAGAGAGCAAA  550

seq1  AGAATCTTAGCATCTGATTTTATTTTGTATATAGTTGACATTAACCAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCTTAGCATCTGATTTTATTTTGTATATAGTTGACATTAACCAAAC  600

seq1  ATGTAAACTTGCATTTCTTTCTAAAAATGGTAAATGACTAATTTATTTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAAACTTGCATTTCTTTCTAAAAATGGTAAATGACTAATTTATTTCT  650

seq1  GGATTCAAGTAGACATGTCTAGAATCTTAGCTTTTACTGCTCACAAATTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCAAGTAGACATGTCTAGAATCTTAGCTTTTACTGCTCACAAATTG  700

seq1  TGTAATCAATTACACATGATTTTATCCTAGATGAAGCTCAGGTTTTCTGC  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGTAATCAATTACACATGATTTTATCCTAGATGAAGCTCA-GTTTTCTGC  749

seq1  TTGTGAAATGGAATAATAAAAGGCAATTTTATTAATAATTACATGGAATG  800
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  TTGTGAAATGGAATATTAAAAGGCAATTTTATTAATTATTACATGGTATG  799

seq1  TGTAG-AAAACAGGCCAATACACAGTAGCCCGCCTGGAAATGTAAC-TAA  848
      ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || 
seq2  TGTAGAAAAACAGGCCCATACACAGTAGCCCGCCTGGAAATGTAACTTAT  849

seq1  TTCTTTAAAAGT-GGGTGTCAAAGAGATATATAAAAA--CCTGTTAGACC  895
      |||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||  | ||||||| |
seq2  TTCTTTAAAAGTGGGGTGTCTAAGAGAAATATAAAAAACCTTGTTAGA-C  898

seq1  ATAGATATA-GGAGAAATTA-TAATAAAGTGCAC-ATAGAACAACCA-GT  941
      ||||||||| |||||||||| |||| |||||||| || ||||||||| ||
seq2  ATAGATATAGGGAGAAATTATTAATTAAGTGCACAATTGAACAACCAGGT  948

seq1  AATGC-TGTCACTGTGTCATTAGTTGAATCTTTGGCAGAGCCTATTGATG  990
      | ||| ||| ||   |||||||||   ||| |||||| | ||||||||| 
seq2  ATTGCTTGTTACCTGGTCATTAGT--GATC-TTGGCA-AACCTATTGAT-  993

seq1  GGATTATGTAG  1001
      |||||||||||
seq2  GGATTATGTAG  1004